조심 2021부1013 (2021.06.21)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인 OOO 및 OOO(청구인 OOO은 청구인 OOO의 배우자로, 이하 “청구인들”이라 한다)은 공동으로 소유(각 지분 2/3 및 1/3)하고 있는 OOO(이하 “양도주택”이라 한다)를 2020.1.9. OOO백만원에 양도하고 양도가액 OOO억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세(OOO원)를 신고.납부하였다. 나. 처분청은 2020.7.7.부터 2020.7.26.까지 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 양도주택 양도 당시 청구인 OOO이 2018.11.3. 임대사업자로 등록하여 임대하고 있는 OOO(이하 “장기임대주택”이라 한다)를, 청구인 OOO이 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 보유하고 있는 것을 확인하고, 청구인들이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 상황에서 양도주택을 양도한 것으로 보아 「소득세법」제95조 제2항.제104조 제7항 제3호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에 따라 고가주택 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 20% 추가세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 2020.9.25., 2020.10.15. 및 2020.11.13. 청구인들에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래와 같이 경정.고지하였다. 다. 청구인들은 이에 불복하여 2020.12.10., 2020.12.17. 및 2021.1.22. 각 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 대체주택의 소유권이전등기가 2019.12.26. 청구인 앞으로 이루어졌으나, 그 시점에는 대체주택의 취득자금이 약 46.3%만 지급한 상태이어서 매수대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 인정될 만한 수준의 금액이 아니었고 대체주택의 매도자는 소유권이전등기된 대체주택에 근저당권을 설정하였다가 2020.1.9. 잔금을 수령한 후 근저당권을 말소하였으므로 소유권이전등기 당시에는 청구인이 실질적으로 대체주택을 보유하지 않고 있었다 할 것이다. (2) 대체주택의 취득일을 소유권이전등기일로 보더라도, 청구인은 1세대가 2014.6.3. 취득하여 2년 이상 보유하고 거주한 양도주택, 장기임대주택(2015.1.9. 매입하여 2018.10.29. 사업자등록 및 2018.11.3. 임대사업자등록) 및 대체주택을 보유하던 중 양도주택 취득일로부터 1년 이상이 지난 후에 대체주택을 취득하고 대체주택 취득일로부터 2년 이내에 양도주택을 양도하였으므로 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다. (3) 청구인은 대체주택을 1세대 3주택의 투기목적으로 취득한 것이 아니고, 대체주택을 취득하는 과정에서 매도자의 요청으로 매수대금의 46.3%만 지급하고 소유권이전등기를 이행함에 따라 부득이하게 1세대 3주택 보유자가 된 것이며, 실제 잔금지급일에 맞추어 양도주택의 잔금지급일을 조정하면서 실제 매도대금과 매수대금을 같은 날 정산하였는바, 이러한 과정에서 대체주택을 취득함으로써 1세대 3주택에 해당하는 시기는 단지 14일에 불과하였고, 청구인은 본래 3주택을 취득할 의사도 없었으므로 20% 중과세율이 아닌 1세대 2주택에 대한 중과세율(10%)을 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「소득세법」 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고，같은 법 시행령 제162조 제1항은 ‘법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 하면서，제2호에서 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부.등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일’을 양도시기로 규정하고 있는바, 청구인이 ‘대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부.등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일인 2019.12.26.을 대체주택의 취득시기로 보아야 하므로 청구인은 양도주택 양도 당시 대체주택 등을 포함하여 1세대 3주택자에 해당한다. (2) 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점(조심 2020서489, 2020.3.24.), 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 중과배제주택으로 양도주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점(조심 2020서489, 2020.3.24.), 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내에서 1세대 3주택 이상 소유자에 대하여는 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면에 취득 당시 기준으로 일시적으로 3주택에 해당한다는 등의 사유로 위 규정의 적용을 배제하라는 명문 규정이 없는 점(조심 2019서2998, 2019.11.13.) 등에 비추어 당초 처분은 정당하다. (3) 또한, 청구인은 대체주택의 취득시기를 소유권이전등기일로 보아 일시적으로 1세대 3주택자로 본다 하더라도 이는 대체주택 매도인의 사정으로 인하여 잔금수령일보다 14일 빨리 소유권이전등기를 하게 됨에 따른 것이므로 중과세율 적용에 따른 이 건 처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 청구인이 매도인과 합의하여 소유권을 취득한 정상거래임이 매매대금 지급 내역, 등기부 등으로 확인되고, 대체주택 잔금지급일 이전에 소유권이전등기가 경료된 이상, 취득시기를 달리 볼 수 없다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 양도주택 양도 당시 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 9억원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들의 주택보유현황과 대체주택의 취득 경위 등은 아래와 같다. (가) 청구인들의 주택보유현황에 의하면, 청구인 OOO은 2014.6.3. 양도주택을 취득하고, 2017.9.27. 배우자인 청구인 OOO에게 3분의 1지분을 증여하여 청구인들이 공동으로 보유하다가 2020.1.9. 양도하였는바, 양도주택 양도 당시 청구인 OOO이 2015.1.9. 취득하여 2018.10.29. 장기임대주택으로 등록한 임대주택을, 청구인 OOO이 2019.12.26. 소유권이전등기받아 2020.1.9. 잔금을 지급한 대체주택을 각 보유하고 있는 것으로 확인된다. (나) 청구인 OOO이 2019.10.29. 매도인(OOO)과 체결한 대체주택의 매매계약서에 의하면, 매매대금 OOO 중 계약금 OOO은 2019.10.29., 잔금OOO원은 임대보증금 대체)은 2019.12.26. 지급한다는 내용이 기재되어 있고, 대체주택의 취득대금 지급내역에 의하면, 청구인은 매도인으로부터 2019.10.27. 및 2019.10.29. 계약금 OOO만원을 지급한 것으로 확인된다. (다) 대체주택 매도인(OOO)의 요구에 따라 작성하였다는 청구인의 확인서에 의하면, ‘부동산 매매에 있어 계약서상 잔금청산일(2019.12.26.)에 소유권이전등기와 잔금 중OOO백만원을 지불하고, 나머지 잔금 OOO원에 대한 근저당권설정을 동시에 진행하며, 근저당권설정등기는 2020.1.9. 잔금 수령과 동시에 근저당권설정 해지 및 말소등기를 진행하기로 한다’는 내용 등이 기재되어 있다. (2) 처분청은 양도소득세 조사 결과, 양도주택에 대한 일시적 2주택 및 장기임대주택특례를 중첩 적용하여 1세대 1주택으로 보되, 고가주택 기준금액인 9억원 초과분은 중과제외 주택에 해당하지 않는 것으로 보아 1세대 3주택 중과세율(20%)을 적용하고 장기보유특별공제를 부인하여 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 대체주택의 취득시기와 관련하여, 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에서 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등을 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일’을 양도시기로 규정하고 있는바, 대체주택은 잔금지급일(2020.1.9.) 전에 소유권이전등기(2019.12.26.)가 이루어져 청구인의 대체주택의 취득일은 2019.12.26.이라 할 것이므로 잔금지급으로 근저당권말소등기가 이루어진 날을 대체주택의 취득시기로 하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 청구인은 대체주택의 취득시기를 소유권이전등기일로 보더라도 1세대 3주택 중과는 부당하다고 주장하나, 「소득세법」제89조 제1항 제3호에서 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고 있고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 중과제외주택으로 양도주택의 경우를 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점, 소득세법령의 1세대 3주택에 대한 양도소득세 중과세율 규정 중 달리 ‘일시적 보유’에 대하여는 중과세율을 적용하지 아니한다는 규정이 없는바, 청구인이 양도주택 양도 당시 대체주택을 14일만 보유하고 있었다 하여 1세대 3주택 중과대상에서 배제하기는 어려운 점, 청구인의 주택 취득과 관련하여 투기의 목적이 없었다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 청구인들이 조정대상지역 내 양도주택을 포함하여 3주택을 보유한 상황에서 양도주택을 양도한 것에 대하여 처분청이 고가주택 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율(20%)을 적용하여 청구인들에게 이 건 양도소득세 및 지방소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.