조심 2021지5594 (2023.12.13)

경기도 평택시장이 2021.6.14. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은, 경기도 평택시 OOO 일반산업단지 개발사업의 시행으로 용도 폐지되는 공공시설용 토지 80,603㎡ 중 준공 이후 청구법인에게 최종적으로 귀속되는 57,060㎡를 청구법인의 지목변경 취득세 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.12.5.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 경기도 평택시 OOO 일반산업단지 개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 사업시행자로 지정되었고, 이 건 개발사업과 관련하여 신규로 설치한 공공시설과 그 부지 265,228.3㎡의 소유권을 처분청에 귀속시키는 동시에 이 건 개발사업의 시행으로 용도 폐지되는 공공시설용 토지 80,603㎡(이 중 준공 이후 청구법인에게 최종적으로 귀속되는 57,060㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 국가 등으로부터 취득하였다.

나. 청구법인은 2018.7.23. 이 건 개발사업의 준공(2018.6.25.)에 따른 지목변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다) 취득세 신고 시, 이 건 개발사업의 전체 사업면적 중 국가 등에 무상공급되어 취득세 비과세대상인 토지를 제외한 유상공급 면적을 과세대상으로 보아, 이 건 개발사업에서 발생된 전체 투입비용의 67.2%를 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 이 건 지목변경 취득세와 관련하여, 신고누락된 취득원가를 과세표준에 추가하고, 과세비율을 70.8%로 조정하여 2021.6.14. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 지목변경 당시 쟁점토지의 소유자는 국가 등이므로, 청구법인이 부담하는 지목변경 취득세 납세의무는 최소한 쟁점토지에 대해서는 성립되지 않는다.

「지방세법 시행령」제20조

제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고,「산업입지 및 개발에 관한 법률」제37조 제1항에서 사업시행자가 개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 시·도지사의 준공검사를 받아야 한다고 규정하고 있다.

위 규정에 따르면 개발사업시행자는 당초 인가받은 실시계획에 따라 산업단지 조성을 완료할 경우 준공인가를 받을 수 있으므로, ‘준공인가일’이 토지의 지목이 사실상 변경된 날에 해당한다.

따라서 이 건 개발사업의 경우 2018.6.25. 준공이 완료되었으므로, 이 건 지목변경 역시 2018.6.25. 이루어진 것으로 보아야 하고, 결국「지방세법」상 이 건 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 당시 쟁점토지의 소유자인 국가 등이라 할 것이다.

한편「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조 제1항 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제65조 제5항에서 개발사업의 시행자가 개발사업을 통해 새로 공공시설을 설치하거나 기존 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우, 기존 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 신규로 설치되는 공공시설은 그 시설을 관리할 국가, 지방자치단체에 무상으로 귀속하되, 그 귀속시기는 당해 사업이 준공되어 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 때로 규정하고 있다.

이 건 개발사업의 경우 청구법인은 2018.7.5. 무상귀속 대상 토지의 세목을 통지하였으므로, 같은 날 청구법인은 무상귀속 대상 토지를 국가 등에게 귀속시키게 되는 동시에 쟁점토지에 대한 소유권을 취득하게 된다.

결국 청구법인은 이 건 지목변경이 이루어진 2018.6.25. 쟁점토지의 소유자에 해당하지 않고, 2018.7.5. 에야 쟁점토지의 소유권을 취득하게 되었으므로, 쟁점토지 지목변경에 대한 취득세 납세의무자에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 쟁점토지에 대하여 지목변경 취득세를 추징하는 것은 이중과세에 해당된다.

청구법인은 2018.7.25. 쟁점토지의 소유권을 취득하게 되는바, 그 취득 당시 시가표준액은 2018.6.25. 준공이 완료된 이후의 가액이므로 준공과 함께 이루어진 ‘지목변경에 따른 가치상승분’을 포함하게 된다. 즉 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 지목변경에 따른 가치상승분을 이미 포함하여 취득세를 납부하게 된다.

그런데 처분청은 쟁점토지 지목변경에 따른 가치상승분에 대하여 청구법인이 2018.6.25. 쟁점토지를 사실상 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것이므로, 이에 따르면 청구법인은 ‘쟁점토지 지목변경에 따른 가치상승분’이라는 동일한 과세표준에 대하여 이중으로 취득세를 부담하게 된다.

(3) 따라서 이 건 지목변경 취득세 과세표준 산출 시, 청구법인에게 최종 귀속되는 쟁점토지를 유상공급면적에서 제외하여 과세비율을 64.5%로 조정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 지목변경 당시 쟁점토지의 소유자는 국가 등에 해당하므로 청구법인에게 지목변경 취득세 납세의무가 성립하지 않고, 쟁점토지에 대해 지목변경에 따른 경제적 가치가 반영된 시가표준액을 기준으로 취득세를 이미 신고·납부하였음에도 재차 추징하는 것은 이중과세에 해당하므로 처분청이 이를 고려하지 않고 과세비율을 조정한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

「지방세기본법」제17조

제1항에서 규정하는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 등).

비록 쟁점토지에 대한 법률적인 소유권이「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조 제4항에 따라 이 건 개발사업의 준공인가를 득한 후 청구법인에게 귀속되었다 하더라도, 청구법인은 이 건 개발사업의 사업시행자 지위에서 쟁점토지를 포함한 전체 사업부지의 지목변경을 변경하는데 소요된 비용을 부담하였고, 준공인가 전에 이미 쟁점토지에 대한 귀속이 확정되어 있어 그 토지의 가액 증가로 인한 이익은 청구법인에게 전적으로 귀속되므로 쟁점토지의 지목변경 납세의무는 국가 등이 아닌 청구법인에게 있다고 보는 것이 실질과세 원칙에 부합한다 할 것이다.

또한 승계 취득하는 과정에서 승계취득에 대한 취득의 시기가 성립되기 전에 지목변경 공사부터 먼저 함으로써 지목변경 취득세가 승계취득에 대한 취득세보다 먼저 발생하는 경우에는 각기의 과세객체의 발생은 독립적인 것으로 보아야 할 것인 점에서 이를 이중과세로 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 지목변경에 대한 과세비율을 산정함에 있어 쟁점토지에 안분 귀속되는 부분을 포함한 과세비율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

실질과세원칙에 따라 쟁점토지 지목변경에 따른 이익이 청구법인에 귀속한다고 보아 청구법인에게 지목변경에 따른 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 이 경우 「도시개발법」에 따른 도시개발사업(환지방식만 해당한다)의 시행으로 토지의 지목이 사실상 변경된 때에는 그 환지계획에 따라 공급되는 환지는 조합원이, 체비지 또는 보류지는 사업시행자가 각각 취득한 것으로 본다.

(2) 지방세법 시행령

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제26조(공공시설 및 토지등의 귀속) ① 제16조 제1항 제1호에 따른 사업시행자가 산업단지개발사업의 시행으로 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 기존의 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 관리청에 귀속될 공공시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산에 관하여 사업시행자는 그 산업단지개발사업의 준공 전에 그 종류와 세부 목록을 관리청에 통지하여야 하며, 해당 공공시설과 재산은 그 사업이 준공되어 관리청에 준공인가 통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

제37조(개발사업의 준공인가) ① 사업시행자가 산업단지개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 실시계획승인권자의 준공인가를 받아야 한다.

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속) ① 개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다.

⑤ 개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 개발행위가 끝나 준공검사를 마친 때에는 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지하여야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다.

(5) 지방세기본법

제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2008년 3월

「지방공기업법」제49조

및「평택시 A의 설립 및 운영 조례」에 근거하여 설립된 법인으로, 토지개발사업 및 관리 등을 주요 사업으로 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 2013.12.5.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 이 건 개발사업의 사업시행자로 지정되었고 2018.6.25. 이 건 개발사업을 완료한 후 준공인가를 득하였는데, 준공인가된 “공공시설 및 토지 등의 관리처분계획”은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 공공시설 및 토지 등의 관리처분계획

OOO

(다) 청구법인은「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조에 의거 2018.6.25. 이 건 개발사업을 완료한 이후 신규로 설치된 공공시설과 그 부지 265,228.3㎡를 처분청에 귀속시키고, 이 건 개발사업 시행으로 용도 폐지되는 공공시설에 대한 부동산 80,603㎡를 무상으로 취득하였다.

(라) 청구법인은 2018.7.23. 이 건 지목변경 취득세 신고 시, 이 건 개발사업 전체 사업면적(956,289.6㎡) 중 유상공급면적(642,824.9㎡)을 과세대상으로 보아 과세비율을 67.2%로 산정하고, 이 건 개발사업 투입비용의 67.2%를 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

(마) 이 건 지목변경 취득세 신고와 관련하여, 처분청은 과세비율 과소신고 및 취득원가에 계상된 하자보증충당부채, 토지조성 관련 부담금 등을 누락하였다고 보아 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과하였는데, 처분청은 이 건 개발사업 전체 사업면적 956,289.6㎡ 중 존치시설면적 48,236.4㎡를 제외한 908,053.2㎡을 개발로 인한 지목변경 조성면적으로 보아 이를 분모로, 유상공급면적 642,824.9㎡를 분자로 하여 과세비율을 70.8%로 조정하였다.

(바) 청구법인은 이 건 지목변경 취득세에서 신고누락된 취득원가(하자충당부채 등)를 과세표준에 추가하고(불복 없음), 과세비율을 이 건 개발사업 전체 사업면적 956,289.6㎡ 중 존치시설면적 48,236.4㎡를 제외한 908,053.2㎡을 개발로 인한 지목변경 조성면적으로 보아 이를 분모로, 유상공급면적 642,824.9㎡에서 쟁점토지 57,060㎡를 차감한 585,764.9㎡를 분자로 하여 산정한 64.5%로 하여야 한다는 취지로 조세심판을 청구하였다.

＜표2＞ 과세비율 산정내역

OOO

(사) 청구법인은 2018.7.5. 무상귀속 대상 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 관리청에 통보하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

처분청은 쟁점토지 지목변경에 따른 가치상승 이익은 최종적으로 청구법인에게 귀속되므로, 실질과세 원칙에 따라 쟁점토지에 대한 지목변경 취득세 납세의무자를 청구법인으로 보아야 한다는 의견이다.

그러나, 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 이를 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 다수).

따라서 이 사건에서 청구법인에게 실질과세원칙을 적용하기 위해서는 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하여 명의와 실질의 괴리를 초래하였다고 볼 수 있는 경우에 해당하여야 할 것인데, 처분청은 지목변경에 따른 이익이 사실상 청구법인에게 귀속된다는 의견만 제시하고 있을 뿐, 청구법인에게 조세회피 목적이 있었다거나 명의와 실질의 괴리가 있었다는 점에 대한 그 어떠한 주장·입증을 하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 쟁점토지의 지목변경 시기나, 청구법인의 쟁점토지 취득시기는「지방세법」및「산업입지 및 개발에 관한 법률」,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」등 관계 법령 규정에 따라 정해지는 것이므로, 청구법인이 조세회피 목적으로 비합리적인 형식이나 외관을 취함으로써 위 시기를 자의적으로 변경할 수 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건에 실질과세원칙을 적용하기는 어려운 것으로 보인다.

나아가, 지목변경에 따른 취득세나 쟁점토지 취득에 따른 취득세는 모두 토지의 ‘취득가액’을 과세대상으로 삼고 있으므로, 처분청 의견과 같이 청구법인이 쟁점토지 지목변경에 따른 취득세를 납부한 후, 쟁점토지 취득에 따른 취득세를 납부하여야 한다고 보면, 청구법인으로 하여금 ‘지목변경으로 인한 가액상승분’에 대하여 이중으로 취득세를 납부하도록 강요하는 불합리가 발생한다[부산고등법원 2021. 12.15. 선고 (창원) 2020누10404 판결, 같은 뜻임].

결국 지목변경에 따른 토지의 가액 증가는 부동산의 취득에 해당하고 그 취득자는 당해 토지의 소유자라고 할 것인바, 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 특별한 사정이 없는 한 지목변경 당시의 토지 소유자라 할 것이고(조심 2015지1230, 2015.12.1., 대법원 2012.6.14. 선고 2010두2395 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지는 국가 등이 소유한 기간 중에 지목이 변경되었다가 지목변경 이후 청구법인에게 귀속되는 것으로 보아야 할 것이므로, 쟁점토지에 대한 지목변경 취득세 납세의무자는 지목변경 당시 쟁점토지 소유자인 국가 등으로 보는 것이 타당하고 할 것이다(조심 2021지5595, 2023.9.29., 같은 뜻임).

따라서 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 지목변경 취득세 과세표준 산출 시 쟁점토지에 대한 납세의무자를 청구법인으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제7항,

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.