조심 2023부8125 (2024.02.05)

심판청구를 기각한다.

1.처분개요 가. 청구법인은 호텔업을 영위하는 법인으로 2019.8.29. 지점의 사업장으로 사용하던 제주특별자치도 제주시 OOO 소재 대지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 건물 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 AAA 외 1인에게 양도하는 매매계약을 체결하였는바, 2020.2.5. 잔금수령과 동시에 매매계약서상 구분기재된 토지 OOO원, 건물 OOO원에 대하여 각각 계산서 및 세금계산서를 발급하였고, 2020.4.22. 실지거래가액을 기준으로 2020년 제1기 부가가치세 예정신고 및 납부를 하였다. 나. 처분청은 청구법인의 2020년 제1기 부가가치세 예정신고에 대하여 서면확인을 실시하였고, 실지거래가액으로 구분한 쟁점토지.건물의 가액이 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하는 것으로 보아 공급가액을 안분계산(토지 OOO원, 건물 OOO원)한 금액으로 하여 2023.3.2. 과소신고한 과세표준 OOO원에 대해OOO 2020년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.30. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 청구법인은 본사(BBB)와 지점(쟁점부동산, CCC)을 경영하고 있었으나, 2018년에 본사를 대폭 수선하면서 예상을 뛰어넘는 OOO원의 은행차입이 발생하였고, 호텔 업황이 불황으로 미래가 불투명하여 부득이 쟁점부동산을 처분하기로 하였는바, 2018.4.5. 당시 쟁점부동산의 시장가치(감정평가액)는 OOO원(쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원)이었다. (2) OOO원의 매매대금 중 건물 OOO원은 사실상 무상 양도로 매수인인 DDD 주식회사(이하 “매수인”이라 한다)가 공동주택을 신축하여 분양할 목적으로 쟁점부동산의 매입을 희망하고 있었기에 쟁점토지 이외의 건축물들은 필요가 없어 건축물을 철거한 후 토지에 대한 거래만을 희망하였으나, 청구법인의 입장에서 쟁점건물을 철거한 후 거래를 진행하는 것은 토지에 대한 매매계약을 체결한 후 일정기간 내에 쟁점건물의 철거를 완료해야 하므로 이에 따른 철거비용과 매수인이 요구하는 다른 조건들도 받아들여야 하는 문제 등으로 인하여 거래 시 불리한 여러 사항들이 예상됨에 따라 차라리 매매대금을 인하하는 한이 있더라도 매수인의 책임하에 건물을 철거하게 함으로써 향후 발생할 수 있는 문제를 미연에 방지할 수 있어 청구법인 임원진의 판단으로 쟁점부동산의 매매계약을 체결하였는바, 쟁점건물의 기준시가가 OOO원에 이르는 사실에 비추어 매수인 책임으로 쟁점부동산의 거래를 진행하기 위하여 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하여 부동산 거래 신고를 하였을 뿐 사실상 쟁점건물의 매매대금이라고 할 수 없다. (3) 사업자 간에 정당하게 체결된 계약서는 「부가가치세법」의 규정에 따라 그 내용을 변경할 수 없으므로 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액이 30% 이상 차이가 있는 경우에는 그 안분계산한 가액을 공급가액으로 한다고 규정되어 있는바, OOO와 같이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 나지 않는 과세표준(정상 과세표준)과 그 금액에 미달하는 과소신고금액을 산출하여 그 과소신고 과세표준 OOO원을 기준으로 이 건 과세처분을 하여야 한다. 왜냐하면, 정상 과세표준으로 이 건 계약이 이루어졌다면 청구법인이 추가로 부가가치세를 납부할 의무가 없기 때문이다. 처분청은 계약서상 건물의 매매금액에 ‘부가가치세 별도’라는 내용을 근거로 이 건 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가에 매매금액 OOO원을 안분하여 OOO 과소신고 과세표준을 산출하여 이 건 과세처분을 하였으나, 처분청이「부가가치세법」의 규정에 따라 과세표준을 재계산할 수는 있으나, 사업자 간에 체결된 계약서를 부정할 수 없음에도 청구법인과 매수인 간에 체결된 거래대금 OOO원에 부가가치세 OOO원을 가산한 OOO원으로 계약서를 변동시키는 모순된 결과를 초래하고 있다. (4) (예비적 주장) 위의 쟁점①의 주장이 맞지 않다고 하더라도 과세표준 안분계산 시 쟁점부동산의 매매대금은 OOO원이므로 최소한 부가가치세를 포함한 전체 거래가액에 대하여 안분하여 계산해야 하므로 OOO 과소신고한 과세표준은 OOO원이다. 나.처분청 의견 (1) 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나지 않는 범위의 금액을 공급가액으로 하여야 한다는 청구주장은 법리해석의 착오에서 비롯된 것으로 판단된다. (2) 「부가가치세법」제29조 제1항 및 제3항에 의하면 재화나 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화나 용역의 공급가액을 합한 금액으로 부가가치세는 포함하지 않고 있고, 같은 조 제7항에 의하면 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 아래 ＜표4＞와 같이 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액이 공급가액이 되나, 청구법인과 매수인 간에 체결된 쟁점부동산의 매매계약서를 살펴보면 매매대금 OOO원, 토지 OOO원과 건물 OOO원(부가가치세 별도)으로 기재되어 있는바, 쟁점거래의 공급가액에는 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명확하므로 거래가액 OOO원에 대하여 아래 ＜표4＞의 ①과 같이 과세표준을 산출하여야 한다. ＜표4＞ 토지와 건물 일괄 양도 시 건물 등의 공급가액 계산방법

한편, ‘부가가치세 집행기준’ 29-0-4에 따르면 부가가치세를 포함한 거래 가액으로 보아 과세표준을 안분계산하는 청구법인의 계산 방식은 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우와 부가가치세액이 별도 표시되지 아니한 경우에 한하여 적용이 가능할 것이다. (3) 또한 청구법인은 계약당사자 간 이미 확정된 계약금액을 변경할 수 없으므로 부가가치세를 포함한 거래대금에 대해 과세표준을 안분계산하여야 한다고 주장하나 이러한 이유로 과소신고된 과세표준에 대하여 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 결과가 발생할 수 있는바, 이는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위함이라는 2018.12.31. 「부가가치세법」 제29조 제9항의 개정 취지에도 부합하지 않는다. (4) 결론적으로 청구법인이 구분한 토지와 건물의 가액이 기준가액에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항의 개정 이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점, 매매계약서상 ‘부가가치세 별도’로 표기되어 공급가액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명백한 점 등에 비추어 볼 때 일괄양도한 토지와 건물의 가액에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ①실지거래가액으로 구분한 쟁점토지.건물의 가액이 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 쟁점건물의 공급가액을 안분계산한 금액이 아닌 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 나지 않는 금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부 ②(예비적 청구) 쟁점부동산의 매매대금은 부가가치세를 포함한 거래가액이므로 이를 반영하여 안분계산을 하여야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 등 : ＜별지1＞ 기재 다.사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인과 매수인 간 2019.3.29. 매매대금을 OOO원으로 하였고, 1차 계약금 OOO원을 계약체결 시, 2차 계약금 OOO원을 2019.8.29.까지 각각 지급하기로 하였으며, 2020.2.5.에 잔금 OOO원을 지급하기로 하여 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였는바, 제2조 매매대금 및 지급방법에서 ‘매매대금의 안분 토지 : 일금 OOO원, 건물 : 일금 OOO원 부가가치세 별도’라고 하여 토지와 건물의 가액을 구분하였으며, 계약서의 주요 내용은 ＜별지2＞ 기재와 같다. (나) 처분청은 쟁점부동산의 가액을 기준시가를 기준으로 안분계산하고, 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 산정하였으며, 가산세를 포함하여 2023.3.2. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세를 위 ＜표1＞과 같이 경정ㆍ고지하였다. (다) 청구법인은 2020.4.22. 쟁점부동산의 양도에 있어 토지와 건물의 실지거래가액을 아래 ＜표5＞와 같이 하여 2020년 제1기 부가가치세 예정신고ㆍ납부를 하였다. (라) 쟁점건물의 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 2000.5.3. 임의경매로 인한 낙찰을 사유로 쟁점건물의 소유권을 취득하였고, 양도에 있어 소유권이전등기 접수일은 2020.2.5.이며, 등기원인은 2019.8.29. 매매인 것으로 나타나며, 쟁점건물은 2021.4.23.자 멸실을 사유로 2021.5.6. 등기 기록이 폐쇄된 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 제출한 통장거래 내역에 따르면 쟁점부동산 거래와 관련하여 2019.3.29. AAA으로부터 OOO원을, 2019.8.29. 매수인으로부터 OOO원을, 2020.2.5. 매수인으로부터 OOO원을 각 수취하였고, 같은 날 OOO은행 영업부로부터 OOO원을 대체입금 받았으며, 전체 총 OOO원을 수령하였는바, 총 거래대금 OOO원과의 차액 OOO원은 쟁점부동산에 입주한 유흥업소의 임차보증금으로 동 금액을 잔금에서 차감 처리한 것으로 확인된다. (2) 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」제29조 제9항 단서는 ‘토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우(제1호)’ 또는 ‘실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(제2호)’에는 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 「부가가치세법」은 2021.12.8. 법률 제18577호로 일부 개정되면서 사업자가 구분한 토지, 건물의 실지거래가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우 안분계산하되, 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터는 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 등’은 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정할 만한 사유로서 안분계산 대상에서 제외하는 것으로 개정되었으며, 각각의 법률 개정 취지는 아래 ＜표6＞와 ＜표7＞과 같다. ＜표6＞ 2018.12.31. 「부가가치세법」제29조 제9항 개정 취지

＜표7＞ 2021.12.8. 「부가가치세법」제29조 제9항 개정 취지

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 부가가치세법 시행령 64조에 따라 안분계산한 금액과 차이가 100분의 30 이상일 때 공급가액은 안분계산한 금액이 아닌 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나지 않는 금액OOO으로 하여야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 실지거래가액이 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항의 개정 이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 일괄 양도한 쟁점토지와 쟁점건물 가액의 구분에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021서2536, 2021.6.29. 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 매매대금은 부가가치세를 포함한 거래가액이므로 이를 반영하여 안분계산을 하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 매수인이 이 건 쟁점부동산의 매매가액을 합계 OOO원으로 하고, 토지분 매매가액을 OOO원, 건물분 매매가액을 OOO원으로 정하면서 건물분 부가가치세를 매매가액과 별도인 것으로 사전에 약정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 사업자인 매수인이 청구법인에게 위 매매가액과 별도로 지급하는 건물분 부가가치세를 매입세액에서 공제받을 수 있는 점을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 청구법인과 매수인은 양도차익의 기준이 되는 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액을 합계 OOO원으로 정한 것이고, 여기에 쟁점건물에 대한 부가가치세는 포함하지 아니하기로 한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 건 쟁점부동산의 총 실지거래가액인 OOO원에 부가가치세가 포함되었는지가 불분명하다고 볼 수 없으므로, 처분청이 위 OOO원을 이 건 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 공급가액을 산정한 것은 적법하므로 청구법인의 이 부분 주장은 받아들이기가 어렵다 할 것이다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 ⑫ 시가와 그 밖에 공급가액 및 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령(2020.2.11., 대통령령 제30397호로 일부 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1.토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15., 대통령령 제32419호로 일부개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 1.다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우 2.토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 ※ 부가가치세 집행기준 29-0-4(세액이 별도 표시되지 아니한 대가의 공급가액) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. ② 부가가치세를 별도로 수수할 수 있음에도 거래당사자간 무자료 거래를 위하여 공급가액만을 수령하여 부가가치세를 포기한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다. ③ 부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다.