조심 2021서5109 (2021.12.08)

OOO서장이 2021.3.25. 청구법인에 한 2015년 제2기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1981.2.1.부터 건설업과 부동산업을 주업으로 영위하고 있으며, 2014년 3월 OOO, 2014년 4월 OOO, 2014년 6월 OOO과 사이에, OOO 등 수탁자는 위탁자인 청구법인으로부터 OOO 상업용지 3,220㎡ 등 신탁토지를 인수하여 그 위에 건물을 건축한 후 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 분양(처분)하기로 하는 내용의 관리형 토지신탁 계약을 체결하였다. 나. 청구법인은 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 하여 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 아래 ＜표＞와 같이 신고·납부하였다가, 대법원이 OOO 판결(이하 “대법원 변경판결”이라 한다)로 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 변경하자, 이를 근거로 2021.1.25. 2015년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. ＜표＞ 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고.납부 내역 (단위 : 원) OOO 다. 처분청은 대법원 변경판결 이전의 공급분은 종전과 같이 부가가치세 납세의무자를 위탁자로 보아야 한다는 이유로, 2021.3.25. 경정청구를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 대법원 변경판결에 따라, 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다. (가) 대법원은 신탁 관련 부가가치세 납세의무자를 자익신탁·타익신탁 구분법에 따라 위탁자 내지 수익자로 보던 해석을 변경하여 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 판단하였다. 구체적으로 ① 「부가가치세법」이 ‘영리목적의 유무와 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세의 납세의무자라고 정하고 있고, ② 재화의 공급을 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’으로 정하고 있으며, ③ 「부가가치세법」은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접 과세대상으로 삼고 있지 않는 즉, 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띄고 있는 점 등을 고려하였을 때, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않은 한 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자 즉, 신탁에 있어 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속 주체로서 계약 당사자가 되어 신탁업무를 처리하는 수탁자가 부가가치세의 납세의무자가 되어야 한다고 판단하였다. 더욱이 이와 같이 수탁자를 납세의무자로 보아야만 다단계 거래세인 부가가치세의 특성을 고려할 때 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있으며, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있다고 설명하였다. 따라서, 신탁재산의 처분에 대한 납세의무자가 대법원 변경판결을 통해 위탁자가 아닌 수탁자로 변경되었으므로, 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아닌 수탁자인 신탁회사가 되어야 한다. (나) 조세심판원 또한 대법원 변경판결을 그대로 원용하여, 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보고 있다(조심 2017부4592, 2018.5.29. 등). (2) 신탁재산 양도에서 부가가치세 납세의무자를 원칙적으로 위탁자로 한다는 「부가가치세법」 개정규정은 2017.12.17. 신설되었고 이는 2018.1.1. 이후 적용되는 것이므로 그 이전의 신탁재산 양도에 따른 부가가치세 납세의무자는 수탁자이다. (3) 처분청은 대법원이 종전의 해석을 변경하여 기획재정부도 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하도록 기존의 예규를 변경하였으나 이를 질의회신일(2017.9.1.) 이후 공급분부터 적용하도록 한 점을 들어, 그 이전에 신탁재산의 공급시기가 도래한 경우에는 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 보아야 한다고 주장하나, 조세심판원은 대법원 변경판결일 이전의 공급분에 대해서도 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 판단하였다(조심 2017중1106, 2018.11.5. 등). 따라서 대법원 변경판결 이전 과세기간에 대한 부가가치세 납세의무자를 수탁자에게 있다고 볼 경우 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위반된다는 처분청의 주장은 부당하다. (4) 또한 납세자에게 유리하게 변경된 세법 해석 견해를 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않고, 법원과 관계부처는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 「국세기본법」 제18조 제3항을 해석할 때 “과세”라는 법문을 감액 경정과 증액 경정을 포괄하는 광의의 과세가 아니라 납세자에게 불이익이 발생하는 증액 경정만을 의미하는 협의의 과세로 보고 있다. 나. 처분청 의견 (1) 기획재정부는 대법원 변경판결에 따라 신탁의 유형에 관계없이 수탁자가 위탁자로부터 신탁받은 재산을 관리·처분하여 재화를 공급하는 경우, 그에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하도록 기존 예규를 아래와 같이 변경하였으나(부가가치세제과-447, 2017.9.1.), 질의회신일인 2017.9.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였는바, 2017.9.1. 이전에 신탁재산의 공급시기가 도래한 경우에는 종래의 과세관청 예규, 법원 판례 및 조세심판원 결정례에 따라 신탁재산의 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 보아야 한다.

(2) 「국세기본법」 제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기에서 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 함은 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는 것이다(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결). (3) 대법원은 2017.5.18. 전원합의체 판결 전, 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세의 납세의무자는 그 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 위탁자 또는 수익자가 되어야 한다는 입장을 취해 오고 있었고(대법원 2003.4.22. 선고 2000다57733 판결 등), 청구법인의 부가가치세 신고행위도 대법원의 판결에 따른 것이므로 신탁재산의 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 본 법 해석은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라 할 수 있다. (4) 대법원 변경판결에 따라 그 이전 과세기간에 대한 부가가치세 납세의무를 수탁자에게 있다고 볼 경우, 수탁자는 부가가치세 납부 및 가산세 부담의 위험이 있고, 신탁재산 매수자의 경우에는 매입세액 불공제에 대한 수정신고 및 가산세 부담의 위험이 발생하게 되므로 그동안 기획재정부 및 과세관청 예규 등을 신뢰한 위탁자 및 수탁자의 재산권을 부당하게 침해하거나 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위반될 여지가 크다. 따라서 대법원 변경판결은 그 이후 거래분부터 적용된다고 봄이 타당하다. (5) 청구법인의 주장과 같이 변경된 대법원 판례에 따라 판례 이전의 과세기간에 대한 부가가치세 납세의무가 수탁자에게 있다고 하더라도 청구법인은 경정청구 기한의 마지막날(2021.1.25.)에 경정청구를 제기하여 부과제척기간이 경과되어 수탁자에게도 부가가치세를 부과할 수 없는 불합리한 사정에 있게 된다. (6) 신탁재산에 있어 부가가치세 납세의무가 수탁자에게 있다고 한다면 위탁자인 청구법인의 매출세액이 감액되는 것 뿐만 아니라 해당 매출과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 권리와 의무의 주체도 위탁자가 아닌 수탁자가 되어야 하므로 공제받은 매입세액도 부인되어야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보고 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 1. 사업자 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매을 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다. ⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 「신탁법」 제2조 에 따른 위탁자(이하 “위탁자”라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다. (2017.12.19. 신설, 2018.1.1. 시행) (2) 신탁법 제2조(신탁의 정의) 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다. (3) 국세기본법 제15조(신의성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 OOO 개발사업, OOO 역세권을 위하여, 2014년 3월 OOO, 2014년 4월 OOO, 2014년 6월 OOO, 2015년 3월 OOO, 2015년 4월 OOO과 사이에 청구법인을 위탁자, OOO 등 신탁회사를 수탁자, 금융기관 등을 수익자로 하는 관리형 토지신탁 계약을 체결하였는데, 관리형 토지신탁은 위탁자가 사업비 조달을 부담하지만 사업부지의 소유권뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 모든 인허가 명의, 공사도급, 설계 및 감리계약 등 사업과 관련한 계약 명의를 수탁자(신탁회사)에게 이전함으로써, 수탁자가 직접 사업주체의 지위에서 부동산 개발사업을 진행하며, 수탁자는 건축된 건물의 소유권을 보유하게 되고, 또한 수분양자와 직접 분양계약을 체결하고 수분양자로부터 분양대금을 수령하며, 이를 재원으로 위탁자가 차입한 대출금을 상환하고 시공자에게 공사대금을 지급하는 등 자금을 관리하는 신탁방식을 말한다. (2) 청구법인은 OOO 등 신탁회사가 신탁계약에 따라 신탁재산을 처분(분양)하자, 수분양자에게 세금계산서를 발급하고 2015년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다가, 대법원이 2017.5.18. 전원합의체 판결로 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 변경하자, 2015년 제2기 부가가치세의 환급을 경정청구하였으며, 처분청은 이를 거부하였다. (3) 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자에 대하여, 대법원은 신탁부동산이 매각되는 경우 그로 인한 신탁 수익이 최종적으로 귀속되는 자에게 부가가치세 납세의무가 있다고 보고, 위탁자가 신탁의 수익을 향유하는 자익신탁의 경우에는 위탁자가 부가가치세 납세의무를 부담하고, 수익자가 별도로 있는 타익신탁의 경우에는 수익자가 부가가치세 납세의무를 부담한다고 판결해오다가, 다음과 같이 2017.5.18. 전원합의체 판결을 통해 신탁유형에 관계없이 위탁자는 재화의 공급자가 아니므로 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 보아야 한다며 기존 판결을 변경하였다. (가) 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 「부가가치세법」은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. (나) 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로 「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. (다) 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다. (라) 따라서 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래 행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 하고, 그 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용이 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성한 바 없는 위탁자나 수익자에게 최종적으로 귀속된다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. (4) 한편 기획재정부는 2017.12.19. 법률 15223호로 「부가가치세법」 제10조 제8항을 신설하여, 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 원칙적으로 위탁자가 재화를 공급한 것으로 본다고 규정하였다가, 2020.12.22. 법률 제17653호로 삭제하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 기획재정부 예규에 따라 2017.9.1. 이전의 공급분은 종전의 판례에 따라 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 보아야 한다는 의견이나, 「부가가치세법」은 재화나 용역의 공급이라는 거래 자체를 과세대상으로 삼고 있으므로 납세의무자 또한 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 재화나 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자’이어야 할 것인데, 신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음, 그 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점(조심 2017서1078, 2018.10.12. 조세심판관합동회의 등, 같은 뜻임), 부가가치세 납세의무자의 판단 근거는 원칙적으로 법률 규정이지 판례가 아니고 판례는 그 법률 규정의 내용을 확인하는 것에 지나지 아니한 점, 기획재정부는 대법원 변경판결 취지에 따라 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서도 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급분부터 적용하도록 하였으나 질의회신일을 기준으로 하여 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.