조심2012서5168 (2013.03.11)

OOO세무서장이 2012.7.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 서울 특별시 OOO 를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1988.4.18. 서울특별시 OOO 소재 대지 109㎡ 및 단독주택 33.75㎡ (이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 도시재개발로 인해 1999.6.19. 서울 특별시 OOO(이하 “신축 주택” 이라 한다)를 취득 보유하다가 5년이 경과한 2008.4.11. OOO에 양도하고, 구 「 조세특례제한법」(2009.1.1. 법률 제9272호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득금액 OOO에 대한 감면세액 OO,OOO,OOO O에 관하여 감면신청을 하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면대상 양도소득금액을 OOO으로 재계산한 후 이에 따른 감면세액 OOO을 산출세액에서 차감하여 2012.7.6. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO(납부불성실가산세 OOO 포함)을 경정·고지하였다. 다 . 청구인은 이에 불복하여 2012.9.10. 이의신청을 거쳐 2012.11.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 양도소득세 과세결정을 하면서 국세청 부동산거래관리과-127(2011.2.10.) 예규를 적용하여 감면소득금액을 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”의 산식으로 계산한바, 조특법 시행령 제99조 제1항에서 감면대상 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고 동 규정에는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 되어 있으며, 2009년까지 분모 및 분자의 취득당시 기준시가를 모두 신축주택 취득 당시 기준시가로 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)하여, 청구인은 이에 따라 전액 감면되는 것으로 신뢰하여 양도소득세를 신고하였으나, 관련 법령의 개정등 별다른 사정 없이 새로운 예규를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다. (2) 조특법 제99조 는 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감하도록 규정하고 있으므로, 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 OOO에서 처분청이 계산한 감면대상 금액을 차감하여 과세표준을 산정하고 과세하여야 한다. (3) 처분청이 2011년 이후 변경된 해석에 의하여 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시의 기준시가로 보더라도, 계산산식에서 분모의 ‘취득당시 기준시가’는 ‘종전부동산 취득당시 기준시가’에 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가’를 합계한 금액으로 계산하여야 한다. 처분청이 적용한 분모의 종전주택의 취득당시 기준시가는 종전주택을 재건축조합에 현물출자하여 추가 부담금 없이 신축주택을 취득하는 경우이다. 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값에 대한 감면비율인바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이다. 이에 따라, 청산금 납부분에 대한 신축주택 취득당시 기준시가는 OOO과 종전주택 취득당시 기준시가 OOO을 합산하면, 위 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 OOO이며, 감면대상 양도소득금액은 OOO으로 하여야 한다. (4) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으며(대법원 2005.11.15. 선고 2004두930 판결 외 다수), 납세자가 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고·납부한 후에 처분청이 관련 법령의 개정 없이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 산정함으로써 추가로 양도소득세를 증액결정한 경우 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구인에게 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 「국세기본법」제15조 (신의·성실) 및 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)에 반하여 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 조특법 제99조 에서는 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어, 조특법 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 또한, 「소득세법」 제114조 에서는 납세지 관할 세무서장은 ‘예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고 있어 부과제척기간내의 경우 경정이 가능하므로 소급과세에 해당하지 아니하고, 오류신고분의 미경정을 관행이라고 볼 수 없다. (2) 청구인은 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제40조의1 항의 규정에 의하여 감면소득금액은 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 산정하여 계산하는 것으로, 청구인이 재계산한 감면대상 양도소득금액은 청산금 납부분(100%)과 기존부동산 양도소득금액(기준시가로 계산)을 분리하여 재계산한 것으로, 이는 조특법 제99조 를 별도 해석한 것으로서 청구인 주장 이유 없다. (3) 청구인은 청산금 납부분을 분모의 기준시가에 포함하여야 한다고 주장하나, 조특법 제99조 에 의거 감면소득금액은 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 산정하여 계산하는 것으로, 청구인이 재계산한 감면대상 양도소득금액은 청산금 납부분(100%)과 기존부동산 양도소득금액(기준시가로 계산)을 분리하여 재계산한 것으로, 이는 조특법 제99조 를 별도 해석한 것으로 보여 청구인 주장 이유 없다. (4) 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 가산세를 부과한 것은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’로 해석하여 과세한 처분의 당부 ② 감면대상 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부 ③ 감면대상 소득금액 계산식 중 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘청산금납부분 신축건물 취득당시의 기준시가’를 합산하여야 한다는 청구주장의 당부 ④ 납부불성실가산세 부과의 당부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법( 2009.1.1. 법률 제9272호 로 일부개정되기 전의 것) 제 99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 소득세법 제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. (4) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 부동산 등기부등본, 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 1988.4.18. 종전주택을 취득하였고, 재개발로 인해 종전주택 멸실 후 1999.6.19 . 신축주택의 사용승인을 받았으며, 이로부터 5년이 경과한 2008.4.11. OOO에 신축주택을 양도한 것으로 나타난다. (2) 청구인은 신축주택의 양도에 대하여, 아래 산식에 따라 감면대상소득을 OOO으로 산정하고, 이에 대한 감면세액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다. (감면대상 양도소득금액) OOO (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)-(신축주택 취득당시 기준시가) =(양도소득금액)× -------------------------------------------------- (양도당시 기준시가)-(신축주택 취득당시 기준시가) OOO = OOO × ------------------------------- OOO (3) 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 아래 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 OO,OOO,OOO O, 감면세액을 OOO으로 재계산하고, 이를 산출세액에서 차감하였으며, 납부불성실가산세OOO을 가산한 것으로 나타난다. (감면대상 양도소득금액) OOO (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)-(신축주택 취득당시 기준시가) =(양도소득금액)× -------------------------------------------------- (양도당시 기준시가)-(종전주택 취득당시 기준시가) OOO = OOO × ------------------------------- OOO (감면세액) OOO (감면대상 양도소득금액)-(기본공제) = 산출세액× ----------------------------- (과세표준) OOO = OOO × -------------------- OOO (4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청이 조특법 제99조 , 같은 법 시행령 제99조 및 제40조 제1항의 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 산정하면서 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 달리 적용한 것은 변경된 예규를 소급하여 적용한 것으로 부당하다고 주장하나, 조특법 제99조 에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점( 조심2012서3441 , 2012.10.30. 참고) 등으로 볼 때 처분청이 당초 산식에 의하여 양도소득금액을 산정한 데에는 잘못이 없다고 판단된다. (5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 감면세액을 산출세액으로부터 공제한 계산 방법은 정당하다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 조특법 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조 의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조특법 제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (6) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 조특법 시행령 제40조 제1항에 따른 산식의 분모 중 취득당시 기준시가에는 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가’가 포함되어야 한다고 주장하나, 청산금은 「소득세법 시행령」제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하는 점(조심 2012부243, 2012.3.13. 참고) 등을 고려하면 이 부분 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (7) 쟁점④에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세 신고 당시 널리 받아들여진 과세관청의 공적인 견해에 따라 조특법 제99조 를 적용하여 양도소득세를 신고하였으므로 이를 과소신고·납부한 것에 대해 청구인에게 그 귀책사유를 물어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참고), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2005두10545, 2007.4.26. 참고), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.