조심2013서0084 (2014.03.24)

OOO세무서장이 2012.7.13. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO OOO의 양도소득 중 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1991.3.27. 서울특별시 OOO 305호 소재 주택(이하 “기존주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재건축사업으로 인하여 기존주택을 멸실하고 2003.1.20.(사용승인일) 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2008.8.22. OOO원에 양도하였고, 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 신고시 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 감면세액을 OOO원으로 하여 2008년 귀속 양도소득세를 신고하였다. 나. 처분청은 기존주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 양도소득금액을 양도소득세 감면대상 양도소득금액에서 제외하였으나 착오로 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 계 산하여 감면세액을 OOO원으로 감액한 후 청구인에게 2012.7.13. 2008년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO 원을 경정·고지하였다(처분청은 2012.10.4. 직권으로 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 OOO 원으로 정정하고 감면세액을 OOO원으로 증액하여 당초 고지세액을 OOO원으로 감액경정함). 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.12. 이의신청을 거쳐 2012.12.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 주위적 청구 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 취득당시 또는 취득일은 국세청 예규(서면4팀, 2109-2005.11.8.)에 의하면 쟁점신축주택의 사용승인일이며 이에 따라 청구인은 2008.8.22. 양도소득세 예정신고를 하였는바, 처분청이 2011년 변경된 해석에 의하여 양도소득세를 경정한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하는 부당한 처분이다. 처분청은 2011.12.31. 이전까지는 국세청 예규에 의한 양도소득세 신고에 대하여 변경된 해석을 적용한 사실이 없고, 「소득세법 시행령」제166조 제5항 및 제2항의 양도차익 계산방법이 시행되기 전부터 신축주택에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 전액감면하고 5년이 지난 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 세법을 해석하여 국세행정이 관행으로 이루어졌는바, 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고 감면에 대하여 내부적으로 검토한 결과 양도소득세 100% 감면을 신고시인하는 것으로 처리하였다가 2011.2.10. 예규를 변경하여 이를 소급적용한 것으로 생각되고, 청구인이 2008.8.22. 쟁점신축주택을 양도하면서 기존 국세청 예규에 의하여 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 신뢰하였고 관련법령 개정 등 별다른 사정변경 없이 양도소득세를 부과하는 것은 받아들이기 어렵다. (2) 예비적 청구 설령 2011년 이후 변경된 해석(예규)에 의하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도 ① 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하고, ② 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 기존주택 취득당시 기준시가(OOO원)에 청산금 납부분에 해당하는 쟁점신축주택의 취득당시 기준시가(OOO원)를 합계한 금액(OOO원)으로 계산하여야 하며, ③ 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 경우 증액부분에 관한 납부불성실가산세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) 주위적 청구 기존주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우 감면세액은 관련법령 및 예규(2009.1.20. 재산세과-227, 2010.5.18. 부동산거래관리과-708, 2011.2.10. 부동산거래관리과-127)에 의거, 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 양도소득세 감면대상 양도소득금액에 해당하고, 기존주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과 후의 양도소득금액은 감면배제되어야 하므로, 당초 처분은 정당하다. (2) 예비적 청구 ① 청구인은 대법원 판례(2012.6.28. 선고 2010두3725 판결)를 근거로 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도소득세 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다고 주장하나, 위 판례는 해당 사건을 구속하는 사실상 효력만을 가지는 것으로 본 사건에 적용하기 어렵고, ② “청산금을 납부한 신축주택의 감면소득 계산시 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득시 기준시가를 적용하여야 한다.”라고 해석하고 있는 예규(2011.2.10. 부동산거래관리과-127)에 의거, 당초 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 양도소득금액 계산시 적용되는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식 중 분 모의 ‘취득당시’를 ‘기존주택의 취득당시’로 해석하여 과세한 처분의 당부 ② 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부 ③ 양도소득세 감면대상 양도소득금액 계산식 중 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘청산금 납부분 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가’를 합산하여야 한다는 청구주장의 당부 ④ 납부불성실가산세 부과의 당부 나. 관련법령 : 별지 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 이의신청결정서 등에 의하면 청구인은 1991.3.27. 기존주택을 취득하였고, 재건축사업으로 기존주택을 멸실하고 사용승인일인 2003.1.20. 쟁점신축주택을 취득한 후 2008.8.22. OOO원에 양도한 것으로 나타난다. (2) 처분청 양도소득세 감면 산정내역 처분청이 제출한 양도소득세 결정결의서 및 이의신청결정서에 의하면 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분모에서의 취득당시의 기준시가를 기존주택 취득당시의 기준시가로 하여 청구인의 양도소득세 감면에 대해 다음과 같이 산정한 것으로 나타난다. - 다 음 - (3) 청구인 예정신고내역 처분청이 제출한 청구인의 양도소득세 예정신고서에 의하면, 청구인은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분자와 분모에서의 취득당시의 기준시가를 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가로 하여 양도소득세 감면대상 양도소득금액 및 감면세액을 다음과 같이 산정한 사실이 나타난다. - 다 음 - (4) 청구인의 양도소득세 예정신고서 등에 따르면 기존주택의 평가액은 OOO원으로, 납부한 청산금은 OOO원으로 나타나며, 청구인은 청산금 납부분에 해당하는 쟁점신축주택의 취득당시 기준시가(OOO원)를 다음과 같이 계산하여야 한다고 주장하는 것으로 나타난다. - 다 음 - (5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 (가) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청이 「조세특례제한법」제99조의3 , 같은 법 시행령 제99조의3 및 제40조 제1항의 산식에 따라 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 산정하면서 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 달리 적용한 것은 변경된 예규를 소급하여 적용한 것으로 부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 기존주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때 처분청이 당초 산식에 의하여 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 산정한 데에는 잘못이 없다고 판단된다. (나) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 감면세액을 산출세액으로부터 공제한 계산 방법은 정당하다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의3 의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산 정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (다) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따른 산식의 분모 중 취득당시 기준시가에는 청산금 납부분에 해당하는 쟁점신축주택의 취득당시 기준시가가 포함되어야 한다고 주장하나, 청산금은 「소득세법 시행령」제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하는 점 등을 고려하면 이 부분 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012부243, 2012.3.13., 같은 뜻임). (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세 신고 당시 널리 받아들여진 과세관청의 공적인 견해에 따라 「조세특례제한법」제99조의3 을 적용하여 양도소득세를 신고하였으므로 이를 과소신고·납부한 것에 대해 청구인에게 그 귀책사유를 물어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25. 선고, 2004두930 판결, 같은 뜻임), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2007.4.26. 선고, 2005두10545 판결, 같은 뜻임), 종전 국세청 예규가 기존주택의 보유로 인한 양도소득금액을 양도소득세 감면대상 양도소득금액으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 처분청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령 (1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제90조 (양도소득세액의 감면) 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 제95조 (양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제100조 (양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2010.2.28. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. 1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다) 2. 청산금을 지급받는 경우 제1항제2호에 따른 가액