조심2010서1139 (2012.06.22)

청구법인이 법인세 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원을 환급할 것을 경정 청구한 것에 대하여, 처분청이 2009.12.23. 청구법인에게 2007사업연도분 OOO 원과 2008사업연도분 OOO원만 세액을 경정하고 나머지는 거 부한 처분은, 1. 청구법인으로부터 전산(신용카드)신시스템의 개발용역을 위탁받은 수탁자가 재위탁하여 지출한 비용 2006사업연도분OOO 원, 2007사업연도 분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원 중 연구개발전담부서 또는 기업부설연구소가 있는 재수탁자에게 지급한 금액은 「조세특례제한법」제10조 에서 규정하는 연구·인 력개발비에 대 한 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정하고, 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 「은행법」제3조 에서 규정하는 금융기관으로 2009년 10월 처분청에 전 산시스템(신용카드신시스템 구축)의 위탁개발비용과 관련하여 법인세 신고당시 누락한 연구 및 인력 개발비 세액공제금액(2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원 및 2008 사업연도 OOO원)을 감면하여 신고·납부한 세액을 경정하여 야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였다. 나. 처분청은 2009.12.23. 청구법인에게 수탁자가 제3자에게 재위탁 한 비용(2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원 및 2008사업연도 OOO원, 이하 쟁점비용 이라 한다)을 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용대상에서 배제하고, 나머지(2007사업연도 OOO원, 2008사업연도분 OOO원분)만을 공제하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 주위적 청구 (가) 청구법인이 제기한 경정청구에 대한 거부처분은 조세법률주의(엄격해석원칙)에 위배되어 위법하다. 1) 「조세특례제한법」제10조 등에서 연구 및 인력개발비 세액 공제의 대상인 위탁개발비용은 내국법인이「기술개발촉진법」에 따 라 인정받은 전담부서를 보유한 수탁자에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있으며, 재위탁한 비용의 공제배제 여부에 대하여 규정하고 있지 아니한 이상, 수탁자가 제3자에게 특정업무를 재위탁한 비용은 역시 세액공제대상에 해당된다 할 것이다. 2) 연구 및 인력개발비 세액공제는 연구 및 인력개발을 촉진시 켜 기술을 축적하며 인재의 확보를 용이하게 하여 성장잠재력을 확충하도록 투자활성화를 지원하는 것이 입법취지이고, 당해 취지상 재위탁한 비용을 공제대상에서 제외하여야 하는 이유는 없다. 3) 조세법률주의원칙상 조세법규해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 할 것이고 합리적인 이유가 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며, 감면요건규정 가운데 명백히 특혜규정이라 할 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에 부합되는데, 연구 및 인력개발비를 위한 위탁비용을 공제하는 것은 법인세를 감면하는 반면 제외하는 것은 배제하는 것인데, 후자의 경우 엄격하게 해석· 적용하여야 하고, 또한 연구 및 인력개발을 위한 위탁비용을 공제대 상으로 하며 재위탁비용을 제외하는 것은 원칙에 대한 예외를 인정하는 것인바, 특별한 근거가 없이 그렇게 할 수는 없다. (나) 자기책임의 원칙에 위배되어 위법하다. 청구법인은 전산시스템 위탁개발을 수탁자에게 맡기면서 그 용역을 직접 수행하는 것인지 재위탁할 것인지 전혀 알 수 없는 상황이라 관여하지 아니하였고 현실적으로 통제할 수도 없으며, 수탁자와 재수탁자 간의 영업상 필요, 전문성 및 경제성 등의 합리적인 요인을 고려하여 결정된 통상적인 것으로 청구법인의 의지와는 무관함에도, 재위탁한 쟁점비용에 대하여 세제상의 불이익을 받는 것은 부당하고, 납세자에게 책임이 없는 사유로 부담을 주는 것은 법적인 안정성 및 예측가능성을 훼손하며 자기책임의 원리에 반한다. (다) 조세평등의 원칙에 위반되어 위법하다. 1) 수탁자는 자체적으로 전산시스템의 개발용역을 수행하기에 인력이 부족하면, 해당 기술을 가진 인력을 단기간 채용하여 직접 수 행 하거나 그 중 일부를 재위탁할 수 있으며, 후자의 경우 연구개발 전 담부서를 보유한 재수탁자에게 하거나 그러하지 아니한 경우도 있는데, 2) 특정위탁개발에 대하여 전담부서를 보유하는 수탁자가 모든 업무를 수행한 경우 발주자는 비용 전체에 대한 세액공제를 적용받을 수 있으나, 수탁자가 다시 위탁하면 그렇지 아니하고, 또한 수탁자가 위임하는 범위가 20%, 40%인 경우 각각 공제되는 금액이 달라지는 데, 동일한 위탁개발비용을 지출하였음에도 수탁자의 업무처리방식에 따 라 세제상 차별적인 취급을 받는 것은 조세평등원칙에 위배된다. (라) 다음과 같이 경정청구 거부처분은 논리적으로 취약하다. 1) 전산시스템의 개발업무에 대한 책임과 위험은 수탁자가 전 적으로 부담하는 것이며, 그가 다시 위탁하더라도 그 업무를 구분하여 수행책임자를 별도로 하는 것이 아니라 여전히 전적인 책임을 진다. 따라서 청구법인은 수탁자와 체결한 위탁계약에 약정된 절차를 통하 여 결과물의 품질에 대한 통제만 하는 것이지 구체적인 업무수행방식인 재위탁을 기피하거나 규제할 하등의 이유가 없다. 2) 수탁자의 재위탁은 개발용역의 완성을 위한 구체적인 업무형태이고 필수적이고 통상적인 것인데, 이를 규제하는 경우 정상적인 기술개발을 저해하여 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 훼손한다. 가) 전제용역 중 일부는 특정 재수탁자가 전문성과 수행경험 을 보유하고 있어서 필수적인 경우가 있으며, 핵심인력은 수탁자의 자체 인력으로 진행하되, 그의 지시 또는 지침에 따라 일반개발인력은 조 달하는 방식이 원가경쟁력 측면에서 보다 유리한 경우가 있다. 나) 전문성 측면의 재위탁은 전체 용역의 진행과 품질관리는 수탁업자가 책임지되, 재수탁자의 기술력, 노하우 및 업무경험이 보다 우수하여 업무 중 일부를 위임하는 것이고, 수익성 측면의 재위탁은 고정비 형태 인건비가 발생하는 자체 인력은 수임을 위하여 필수적인 수준을 유지하되, 일반개발인력은 용역의 제안단계 또는 수임이 확정 된 뒤 재위탁으로 조달하여 인건비를 변동비로 하여 가격경쟁력을 제고 할 수 있는데, 결국 재위탁을 통한 노동유연화는 이윤을 추구하는 수탁자의 특성상 지극히 경제적이고 정상적인 업무수행방식임에도, 이를 차별하는 경우 선택가능성 을 감소시켜 정상적인 기술개발을 저해한다. 다) 한편, 조세심판결정, 국세청 유권해석 등 을 근거로 재위탁 비용도 세액공제대상인 것으로 알고 있었는데, 공제되지 아니한다면, 이것을 이해하지 못한 발주자와 수탁자 간에 책 임소재에 대한 분쟁이 발생할 수가 있고, 이는 자기책임원칙을 무시한 거부처분이 원인이다. (마) 위와 같이 이 건 거부처분은 조세법률주의(엄격해석원칙)를 위반하여 자의적으로 판단한 것인 점, 수탁자가 발주용역을 수행함에 있어 발주자(청구법인)가 전혀 통제할 수 없음에도, 재위탁한 비용인 쟁점비용을 세액공제하지 아니한 것은 자기책임의 원리에 반하는 점, 재위탁으로 인하여 불이익을 받는 것은 그것이 없는 경우 등과 비교하여 조세형평성을 저해하는 점, 발주자에게 개발용역에 대한 책임과 위험을 부담하는 주체는 수탁자인 점, 수탁자가 모든 업무를 자체적으로 실행하지 아니하고 일부의 업무를 재위탁하는 것은 기본적으로 개발결과물의 완성도를 높이기 위한 것으로 법률적 책임을 부담하는 수탁자의 합리적 선택이므로 이를 규제하는 것은 정상적인 기술개발 을 저해하여 세액공제의 취지를 침해하는 점 등을 감안하면, 쟁점비용이 공제대상이 아니라고 보아 거부한 처분은 위법·부당하다. (2) 예비적 청구 (가) 「조세특례제한법」제10조 에서 연구개발 전담부서를 보유하 는 자에게 지출되는 위탁개발비에 한정하여 세액공제가 적용되는 것으로 규정하고 있는데, 전담부서 보유요건은 연구 및 인력개발비 세액공제 를 적용함에 있어 일정한 수준의 기술개발능력을 소유한 자에게 지출된 연구개발비에 한하여 세제혜택을 부여하겠다는 취지로 이해되며, 그 에 대한 객관적 기준으로 기업부설연구소와 전담부서를 제시한 것이다. (나) 그러하다면, 기술개발자가 적격요건을 갖추었다면 수탁자와 재수탁자의 구분이 없이 발주자인 납세의무자 입장에서 연구 및 인력 개발비 세액공제가 적용되는 것이 타당한 만큼, 재위탁의 여부를 불 문하고 직접적·간접적으로 위탁기술개발을 한 자(수탁자, 재수탁자)가 전담부서를 보유하였다면 모두 세액공제대상에 해당된다. 나. 처분청 의견 (1) 주위적 청구 (가) 조세법률주의원칙에서 파생되는 엄격해석원칙은 납세의무자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하므로 「조세특례제한법」제9조 제2항 별표 6에서 규정한 위탁함에 따르는 비용은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 위탁받아서 직접 기술개발용역을 제공하여야만 하는 것으로 해석함이 타당함에도, 청구법인이 오히려 엄격해석 원칙을 위반하면서 당해 조항이 수탁자(1차 위탁)의 적격성만 규정하고 있을 뿐이며 세액공제에서 배제한다는 사유로 재수탁자(2차 위탁)에 대하여는 어떠한 내용도 규정하고 있지는 아니하다는 취지로 관련법령의 조문을 확대 및 유추 해석하고 있다. 기획재정부의 유권해석(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)에도 「조 세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 ① ㉲에 따른 전담부서 (수탁자)에게 위탁하는 기술개발용역(위탁용역) 비용 중 수탁자가 위 탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 「조세특례제한법」제9조 제1항에서 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있으므로 이 건 거부처분인 조세법률주의원칙상 엄격해석원칙에 반하여 자의적으로 판단한 부당한 해석이라는 청구법인 주장은 받아들일 수 없다. (나) 청구법인이 제출한 전산자원구매계약서상의 구매계약 일반조건 제53조 제1항에 수탁자는 청구법인에게 서면으로 사전 승인을 받아 계약 된 사업의 일부를 제3자에게 하도급을 할 수 있고, 필요한 때 전문기술업자의 인력을 사용할 수 있다 고 되어 있어 수탁자가 제3자에게 하도급을 할 경우 청구법인의 승인이 있었음이 확인되고, 구매계약 일반조건 제49조 제2항에 사업에 투입된 수탁자의 근로자가 자격요건을 갖추지 못하여 계약 수행에 적당하지 아니하다고 청구법인이 판단하여 근로자의 교체를 요구할 때에는 지체 없이 교체하여야 한다. 고 약정되어 있으며 제4항에 수탁자는 사업을 참가하는 근로자에 대하여 신원보증에 관한 조치를 취하여야 한다. 고 규정되어 있고, 제50조 제1항에서 사업에 착수하는 경우에는 주요 인력 및 장비투입계획서 등이 기재된 보고서를 제출하도록 약정되어 있으며, 구매계약 특수조건 제5조 제1항에 수탁자는 본 프로젝트를 수행함에 있어 청구법인이 지정하는 경우 필수적 상주인력을 교체할 수 없다고 규정되어 있는 등의 내용에 의하여 판단하면, 청구법인이 전산시스템 개발용역의 특성상 영업비밀 및 지적재산건 등의 보호를 위하여 투입인원에 대한 권한 행사 및 보안, 신원보증 등을 철저하게 관리하고 있음을 확인할 수 있는 만큼, 청구법인이 수탁자의 하도급 여부, 하도급자 선정, 하도급금액 결정 등에 전혀 관여하거나 통제할 수 없는 상황에서 법인에게 책임 없는 사유에 의하여 세제상 불이익 을 부담시키는 것은 자기책임원칙에 반한다는 주장도 이유 없다. (다) 수탁자가 위탁용역의 일부를 다시 위탁하는 경우 사전승인 등의 방법으로 청구법인의 의사에 따라 결정할 수 있었고, 기획재정부 유권해석도 수탁자가 제3자에게 다시 위탁한 비용은 세액공제대상이 아니라고 해석하고 있으므로 모든 책임을 부담하여야 하는 수탁자가 업무처리방식에 따라서 세제상 차별적인 취급을 받는 것은 조세평등원칙에 위배되어 위법하다는 청구법인 주장은 합당하지 아니하다. (라) 전산시스템 위탁개발용역의 특성상 분야별로 세부 프로젝트 가 모여 전체 프로젝트가 수행되는데, 수탁자는 해당 분야에 특정기술이 있거나 고급인력이 있는 자에게 다시 위탁하는 것이고, 특히 IT업계 간에 기술유출이 발생할 소지가 있어 협력업자 사이에도 보유기술에 대한 보안을 철저히 하는 관행을 고려하면, 단순히 전문 인력의 부족으로 다른 인력을 빌려 프로젝트를 수행하는 계약의 형태이므로 위탁으로 인정할 수 없다는 청구법인 주장은 타당하지 아니하다. (마) 수탁자가 위탁용역을 직접 실행하지 아니하고 특정 분야에 대한 개발용역을 다시 위탁하는 경우에 수탁자는 연구 및 인력개발을 위한 노력보다는 프로젝트계약을 취한 영업에 치중하게 되어 연구 및 인력개발을 촉진시키거나 기술축적에 따르는 대외경쟁력 향상이라는 해당 세액공제제도의 입법취지를 달성하지 못할 것이므로 청구법인의 주장은 앞뒤가 맞지 아니한 것이라 불합리하고, 또한 위의 제도는 세제혜택에 의하여 기술개발을 위한 연구 및 인력개발에 보다 많이 투자하게 유도하는 것이기 때문에 결과물의 완성도를 높이기 위한 수탁자의 경제적 관점이나 노동유연화에 의한 이윤극대화 측면에서 지원하는 것이 아니라 연구 및 인력개발의 촉진이나 기술축적에 따른 대외경쟁력의 향상에 의의가 있으므로 전문성 및 수익성 측면에서 제기하는 청구법인 주장은 채택할 수 없다. (바) 청구법인과 수탁자가 작성한 계약서의 구매계약의 일반조건 제53조 제1항에 재위탁의 문제에 따라 발생하는 책임에 대한 귀속을 별도로 규정하고 있는 이상, 쟁점비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제함에 따라서 당사자 간에 구상관계를 유발시켜 법률관계를 복잡하게 만든다는 청구법인 주장은 사실과 다르다. (사) 그렇다면, 기획재정부의 유권해석에 따라 쟁점비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 없다. (2) 기획재정부의 유권해석에 수탁자가 전담부서를 보유하고 있는 재수탁자에게 위탁하는 비용을 배제대상에서 제외하지 아니하고 있는 이상, 그 취지를 감안하여 수탁자가 위탁한 비용인 쟁점비용 전체에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 주위적 청구 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 중에 일부를 제3자에게 다시 위탁한 경우 그에 따라 지출한 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용대상인지 여부 ② 예비적 청구 수탁자가 연구개발 전담부서를 보유한 제3자에게 위탁한 비용만큼은 연구 및 인력개발비 세액공제대상이라는 주장의 당부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장 ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성 서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31 일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한 다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상 당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소 급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50 에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연 도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초 과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세 액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용 을 말한다. 〔별표6〕

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범 위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설 연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내 의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원 등” 이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으 며, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별 도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인(갑) 및 OOO주식회사(을)가 20008.10.14. 작성한 전 산자원구매계약서, 구매계약특수조건, 과업내용서, 산출물내역서 및 물품공급내역서상에는 다음과 같은 내용이 약정되어 있다. (가) 제2조[정의] 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1 ) 시스템개발 이란 당해 사업을 전산화하기 위한 정의, 분 석, 설계, 프로그래밍, 시험(테스트), 설치 등 일련의 업무와 부수업무 및 그와 관련된 산출물을 말한다. 2) 컨설팅 이란 정보기술을 적용하여 당해 사업 분야를 개선, 효율화하기 위한 전략 및 계획 수립 등을 지원하는 업무와 그와 관련 된 산출물을 말한다. 3) 사업목적물 이란 갑이 당해 사업의 수행을 위하여 계약에 따라 구매하고자 하는 물품, 시스템개발 또는 컨설팅업무 등을 말한 다. 4) 사업수행의 완성 이란 을이 계약기간 내에 사업목적물을 갑에게 공급 및 설치 완료한 후 종료보고서를 제출하는 것을 말한다. 5 ) 사업의 수행 이란 계약의 이행을 위한 제반 활동을 말한 다. 6) 검수 는 갑 또는 갑이 지정하는 대리인에 의하여 을이 납품한 본 계약의 사업목적물의 품목, 규격, 수량, 품질 및 설치의 이 상 유무 등을 검사하는 행위를 말한다. (나) 제3조[계약문서] ① 계약문서는 계약서, 구매계약일반조건, 구매계약특수조건, 과업내용서, 물품사양서 및 산출물내역서로 구성되며 상호 보완하는 효력을 가진다. (다) 제4조[계약의 범위] ① 을이 갑에게 납품하는 본 계약의 사업목적물의 상세 내용은 불임 과업내용서, 산출내역서 또는 물품사양서의 기재사항과 같다. ③ 모든 물품의 사양은 계약상에 명시된 물품사양서, 규격명세 및 갑이 제시하는 견품의 규격에 맞아야 하며, 신품이어야 한다. (라) 제11조[계약기간의 연장] ① 을은 제30조 제③항 각 호의 사유가 계약기간 내에 발생한 경우 지체 없이 갑에게 서면으로 계약기간의 연장을 청구할 수 있다. ② 갑은 제①항의 규정에 의한 계약기간 연장신청이 접수된 때에는 즉시 그 사실을 조사확인하고 계약이 적절히 이행될 수 있도록 계약기간의 연장 등 필요한 조치를 취하여야 한다. (마) 제12조[을의 책임 있는 사유로 인한 계약의 해지] ① 갑은 을이 다음 각 호의 하나에 해당하는 경우에는 시정을 위한 최고를 하고, 최고 후에도 계속하여 시정하지 아니할 때에는 당 해 계약의 전부 또는 일부를 해지할 수 있다. 9. 납품한 사업목적물의 품질 또는 서비스의 질이 일정수준 이하라고 갑이 판단한 경우 (바) 제20조[사업목적물에 대한 권리] ① 계약에 따른 사업목적물에 대한 저작권, 소유권 및 사용권 은 갑에게 귀속되며 양도할 수 있으며, 을은 이를 확인하고 동의한다. (사) 제23조[계약이행상의 감독] ① 갑은 필요하다고 인정할 때에는 사업의 일정에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서 사업수행과정이나 계약이행상황을 관리·감독 할 수 있다. (아) 제24조[제조물책임] ① 을은 사업목적물로 인하여 제조물책임이 갑에게 발생하지 아니하도록 사용설명서 제공, 주의·경고 표시, 기타 제반의 노력을 다하여야 한다. 특히, 을은 계약을 이행할 때 사업목적물에 제조업자 및 공급어자를 정확히 표기하여야 한다. (자) 제25조[검수] ① 을은 사업수행을 완성한 때에는 그 사실을 서면(검수요청 서) 으로 갑에게 통지하고 필요한 검수를 받아야 한다. 기성 부분에 대하 여 계약이행 완료 전에 대금의 전부 또는 일부를 지급하고자 할 때에도 또한 같다. (차) 제32조[무상하자보수 및 무상보증수리 등] ① 을은 사업목적물에 대한 검수 완료부터 계약서에 정한 기간 (하자담보책임기간) 동안 사업목적물에 대한 무상하자보수 및 무상보 증수리의 책임이 있다. 다만, 당해 기간이 경과되었더라도 그 기간 내에 하자보수 및 A/S를 요청한 경우에는 그것이 종료되었음을 갑이 확인하는 날에 종료된다. ④ 을은 사업목적물의 하자로 인하여 갑에게 손해가 발생하는 경우 이를 배상할 책임이 있다. ⑥ 종료 후 유지보수의 계약은 갑이 요구하는 경우에만 체결할 수 있고, 상호 협의하여 갑이 요구하는 경우 을은 승낙하여야 한다. (카) 제43조[보증] ① 을은 검수와는 별도로 납품 후 1년간 납품한 물품의 규격과 품질 이 계약내용과 동일함을 보증하여야 한다. (타) 제49조[을의 근로자] ② 사업에 투입되는 을의 근로자가 자격요건을 갖추지 못하여 계약의 수행에 적당하지 아니하다고 갑이 판단하여 근로자의 교체를 요구할 때에는 지체 없이 교체하여야 한다. ④ 을은 사업에 참여하고 있는 근로자에 대하여는 신원보증에 관한 조치를 취하여야 한다. (파) 제50조[사업의 착수 및 보고] ① 을은 계약문서에 정하는 바에 따라 사업에 착수하여야 하 며, 착수할 때에는 다음 각 호 사항이 포함된 착수보고서를 갑에게 제출하여야 한다. 3. 주요인력 및 장비투입계약서 (하) 제53조[하도급 또는 전문기술인력의 사용] ① 을은 갑으로부터 서면으로 사전 승인을 받아 계약된 사업의 일부를 제3자에게 하도급을 할 수 있으며, 필요한 경우에는 전문기술업자의 인력을 사용할 수 있다. ② 제①항의 규정에 의하여 하도급하거나 전문기술인력을 사용하는 경우에는 을은 사업의 주계약자로서 전체 사업의 수행에 대하여 책임을 부담하며, 갑의 하도급업자 또는 전문기술업자 사이의 유일한 창구가 된다. 구매계약특수조건 제5조[필수인력 등 참여 인력관리] ① 을은 본 프로젝트를 수행함에 있어서 갑이 지정하는 필수의 상주인력을 교체할 수 없다.(단서 생략) (2) 「조세특례제한법」제10조 제1항에서 연구·인력개발비는 법인 세에서 공제한다고, 같은 법 시행령 제9조 제2항에 연구 및 인력개발 을 위한 비용 중 별표6의 비용을 세액공제대상으로, 별표6에는 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함된다고 각각 규정하고 있다. (3) 처분청은 전담부서가 있는 수탁자에게 위탁하는 연구개발용역 중 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁함에 따라 지급하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라는 의견이다. (4) 「조세특례제한법」제10조 등에서 연구개발용역의 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제의 적용대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지는 아니한 점, 수탁자가 당해 개발용역의 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 사실상 어려운 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 용역이라 수탁자 1인의 기술력만으로 완성하기에는 한계가 있으므로 다른 사업자가 보유하는 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 같은 법 시행령 제8조 제2항 제7호에 위탁받아 수행하는 연구 활동은 별표6의 비용에서 제외하도록 규정하고 있으므로 이 건과 같 이 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 위탁한 경우 발주자(청구법인)가 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없다면 발주자 및 수탁자가 모두 이미 지출한 비용에 대하여 조세감면을 적용받을 수 없게 되어 불합리한 점, 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 용역을 위탁함에 따르는 비용을 세액공제대상으로 규정하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 규정한 것은 당해 기관의 기술력 및 전문성 등을 담보하기 위한 취지인 것으로 해석되는 이상, 그 기관이 연구개발용역을 수행한 경우에는 위탁받은 것인지 또는 다시 위탁받 은 것인지 여부에 따라 차별하지 아니하는 것이 합리적인 점, 다만, 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항 별표6 제1호 나 목에서 위탁 및 공동기술개발의 경우 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하는 연구개발비를 세액공제대상으로 한다고 규정하고 있는 이상, 수탁자 뿐만 아니라 재수탁자도 전담부서에 해당되어야 하는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호에 따라 개정된「조세감면규제법 시 행령」의 별 표6에서 세액공제대상으로 전담부서를 보유한 기업 을 추가하고, 1992.12.31. 대통령령 제 13804호로 개정할 때 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 규정하여 현재까지 시행하고 있는 점, 처분청도 위탁비용을 공제대상으로 하며 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용을 과세하지 아니한 점, 국세청이 공제대상을 전담부서 를 보유한 기업 으로 해석한 사례가 다수 있는 점(법률-2998, 2007.6.15. 법인-675, 2010.7.14. 외 다수 참조),「기초진흥연구 및 기술개발지원 에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서 직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어서 전담 부서가 위탁업무를 수행하기는 곤란한 것으로 보이는 점 등을 보 면, 청구법인으로부터 위탁받은 수탁자가 다시 위탁한 비용 전체가 공제대상이라는 주위적 청구(쟁점①)를 인정하기는 어려운 반면, 적어 도 그 중 전담부서(기업부설연구소를 포함)를 보유한 재수탁자에게 지출한 금액은 공제대상에 해당된다는 예비적 청구(쟁점②)는 이유가 있음에 도 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 취지). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으 므 로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.