조심 2014서0611 (2015.12.14)

OOO세무서장이 2013.11.19. 청구법인에게 한 2010사업연도부터 2012사업연도까지의 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 각 사업연도 수입금액을 실제보다 과다하게 계상하여 신고하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 각 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인(변경 전 상호는 OOO 주식회사)은 2006.12.20. 설립되어 금속구조재 가공설치 및 플랜트 강구조물 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 법인세 신고 당시 수입금액(공사도급금액)을 과다하게 계상하여 신고하였다 하여 2013.8.21. 처분청에게 아래의 ＜표1＞과 같이 2010사업연도부터 2012사업연도까지 신고한 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 제기하였다.

OOO

나. 처분청은 청구법인이 적법한 절차에 따라서 확정하여 신고한 재무제표를 정정하여 경정청구를 제기할 수는 없는 것으로 보아 2013.11.19. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 변동된 공사도급금액을 적시에 재무제표에 반영하지 못하여 수입금액을 과다하게 계상하였고 OOO국세청장의 세무조사에서 이를 발견하였으나 직권으로 경정되지 아니하여 재무제표를 정정공시한 후 경정청구를 하였으나 처분청이 수입금액의 과다계상 여부를 확인하지 아니하고 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 이 건 경정청구는 신고한 과세표준 및 세액이 과다하여 제기한

「국세기본법」제45조의2

제1항 제1호에 따른 정당한 청구이고, 변경 전·후의 계약서, 세금계산서 등의 증빙에 의하여 수입금액을 과다하게 계상한 사실이 확인됨에도 처분청이 거부한 것은 부당하며, 경정청구 거부근거로 제시하는 유권해석(징세과-1754 2013.12.6.)은 재무제표의 수정이 없이 신고금액과의 차이를 세무조정으로 반영하여 경정청구를 하라는 것일 뿐이고, 다수의 심판결정은 청구법인과 같이 재무제표를 수정하여 경정청구를 한 경우 구체적 사실관계에 따라 판단하고 있다.

(2) 이 건 경정청구는 OOO국세청장의 세무조사에서는 다루지 아니한 부분(확인 거부)으로 당시 인정되지 아니한 것일 뿐만 아니라 설령 그렇다고 하더라도 이를 이유로 하여 경정청구를 거부하는 것은 납세의무자의 권리를 부당하게 침해하는 것이다.

나. 처분청 의견

수입금액을 과다하게 계상하였다는 청구주장은 이유가 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구법인이 적법한 절차에 따라서 결산을 확정하고 과세표준을 신고한 후에는 그에 따라 과세표준이 확정되므로 이를 정정하여 경정청구를 할 수는 없다.

(2) 수입금액을 과다하게 계상하였다는 청구주장은 OOO국세청장이 세무조사에서 확인하지 못하여 인정하지 아니한 것으로 서면검토대상인 경정청구에서 그 결과에 반하게 함은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

수입금액을 과다하게 계상하여 신고.납부한 법인세를 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

4. 내국법인이「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제159조에 따른 사업보고서 및「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제8조에 따른 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 해당 내국법인·그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여

「국세기본법」제45조의2

에 따라 경정을 청구한 때

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO국세청장이 2013.4.17.부터 2013.6.15.까지 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 결과를 통지하자, 처분청은 부당행위계산부인, 사실과 다른 세금계산서 등을 이유로 청구법인에게 법인세·부가가치세·근로소득세 원천분의 합계 OOO원을 과세하였으며, 처분청 등은 청구법인이 2011년에 고가로 유상증자하면서 실권주를 인수한 유한회사 OOO가 청구법인 주주들에게 이익을 증여한 것으로 보아 증여세를 과세한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 도급금액의 과다반영, 도급금액 변경의 미반영, 총공사예정원가 산정의 오류 등으로 실제의 수입금액보다 OOO원 상당을 과다하게 계상하였다며 2010∼2012 사업연도의 재무제표를 정정공시하였고, 이와 관련하여 청구법인 등이

「법인세법」제66조

제2항 제4호에 따른 경고·주의를 받지 아니하였으며, 과다계상한 수입금액에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 한 사실이 경정청구서 등의 심리자료에 나타난다.

OOO

(3) 청구법인의 2011년 유상증자와 관련한 증여세 과세처분에 대하여 주주 등이 심판청구를 제기하여 수입금액이 과다하게 계상되었으므로 정정된 재무제표를 기준으로 주식평가를 하여야 한다고 주장하였으나, 우리 원은 기각결정(조심 2014서624, 2014.6.25. 외 5건)하였고 결정서의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

(4) 위 결정에서는 수정된 재무제표에 대한 감사보고서에 청구법인에게 계속기업으로서의 존속능력에 의문을 일으킬 중요한 불확실성이 존재한다고 되어 있어 수정된 재무제표의 신뢰성이 떨어지는 것으로 보았으나, 수정된 재무제표에 대한 감사보고서상 감사의견은 적정이고, 불확실성이 존재한다는 표현은 기업회계기준상 현재의 영업구조가 향후 상당한 기간 동안 지속될 경우 청구법인이 계속 존속할 수 있는지에 대한 확실성이 없다는 의미로 정정 공시한 재무제표의 신뢰성과는 무관한 것이고 당시는 법인세 경정이 결정되지 아니한 상태로 심리에서 수입금액이 과다하게 계상되었다는 주장을 입증할 증빙이 제시되지 아니하였다고 청구법인은 주장한다.

(5) 청구법인은 신고한 수입금액이 과다하게 계상되어 있으나, 부가가치세는 실제 수입금액으로 세금계산서를 발급하여 신고하였고 대금 또한 이에 맞게 수취하였으며 법인세 신고 당시 제출한 별지 제17호 서식 조정후수입금액명세서에 기재한 부가가치세 신고금액과 신고한 수입금액의 차이가 상당하다고 주장하며 당초 및 변경 후의 도급공사계약서, 세금계산서, 공사매출명세서, 계정별 원장, 도급금액 변경명세서, 작업진행률 계산내역, 예산집행 결재자료 및 법인세 신고서 등을 증빙서류로 제시하고 있다.

(6) 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고 당시 제출한 별지 제16호 서식 수입금액조정명세서에 OOO 주식회사와의 도급금액을 OOO원으로 기재하였으나 실제의 도급금액은 OOO원이라 주장하면서 동 법인의 전자입찰사이트 화면을 증빙으로 제출하였고, 이를 보면 도급금액이 OOO원으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 당초의 재무제표를 정정하여 경정청구를 할 수 없고 수입금액을 과다하게 계상하였다는 청구주장은 세무조사에서 확인하지 못하여 인정하지 아니한 것이라는 의견이나,

「국세기본법」제45조의2

에서 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여 신고한 경우에는 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있어서 납세의무자가 수입금액을 과다하게 계상하는 등의 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고·납부하였다가 그 세액에 대하여 경정청구를 한 사실만으로 가지고 이를 배척할 수 없는바, 처분청은 이 건 경정청구와 관련하여 청구법인이 제출한 당초 및 변경 후 도급공사계약서, 세금계산서, 공사매출명세서 등의 증빙을 조사하지 아니한 점, 청구법인이 실제의 수입금액에 따라 세금계산서를 발급하여 부가가치세를 신고한 증빙으로 변경계약서, 세금계산서 등의 증빙을 제출하였다고 주장하는 점, 2012사업연도에 법인세를 신고한 OOO이 주식회사와의 도급금액과 제시된 전자입찰사이트상의 금액이 다른 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시한 증빙을 근거로 하여 수입금액을 실제 과다하게 계상하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 신고한 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.