국심2004서3163 (2005.05.18)

OO세무서장이 2004.6.9. 청구법인에게 고지한 1999.1기분 부가가치세 119,579,790원은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각합니다.

1. 처분개요 (가) 청구법인은 OOOOO OO OOO OOOOOO번지 공장용지 8,265㎡와 같은 곳 OOOOOO번지 임야 1,042㎡, 위 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 공장건물만을 칭할 때는 “쟁점공장건물”이라 한다)을 5,067,630,000원에 청구외 OOOOOOOOOO(이하 “OOOO”이라 한다)에게 1999.6.25. 양도하였다. 처분청은 2004.1.20. 조사대상기간을 2000.1.1.～2000.12.31.로 명시하여 세무조사 사전통지를 한후 실제 세무조사과정에서는 청구법인이 1999.6.25. 쟁점부동산을 OOOO에 양도한 거래까지 조사범위에 포함시켜 세무조사를 하여 1999.1기분 부가가치세 119,579,790원을 고지하였으며, 청구법인은 이와 같이 세무조사범위와 조사대상기간을 확대한 것은 국세기본법 제81조의 3 세무조사권 남용금지규정을 위반한 것이라는 주장을 하고 있다. (나) 한편, 처분청은 양도일 현재 쟁점토지상에 부가가치세 과세대상인 건물이 있었고, 동 건물은 양도일 이후인 1999.8.14. 철거됐으며, 매매계약서상의 거래가액 5,067,630,000원에는 토지대금뿐만 아니라 건물가격도 포함돼 있다고 보아 건물분 양도에 따른 부가가치세 과세표준을 안분계산하여 1999.1기분 부가가치세 119,579,790원을 2004.6.9.고지하였다. (다) 또한, 청구법인은 1999.9.10. 청구법인의 대표이사인 이OO에게 5억원을 대여하고 2000년 및 2001년 각 미수이자 55,000,000원을 미수이자로 장부상 계상하고 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 회수하지 아니하였으며, 처분청은 청구법인이 미수이자를 정당한 사유없이 1년이내에 회수하지 않은 것으로 보아 2004.6.7. 소득귀속자인 이OO에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.6. 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 조사대상기간을 2000.1.1.～2000.12.31.로 통지하고서도 1999년도에 양도한 쟁점부동산까지 조사범위를 자의로 확대하여 부당한 세무조사를 하여 1999.1기분 부가가치세 119,579,790원을 과세하였는 바, 이는 세무공무원은 적정하고 공평한 과세 실현을 위해 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 해야 하고, 다른 목적을 위해 조사권을 남용해서는 아니된다는 국세기본법 제81조의3 세무조사권 남용금지규정을 위반한 것이다. (2) 쟁점부동산의 매매계약서상 거래대상물건이 “공장용지 8,265m², 임야 1,042m²”로 되어 있어 재산적 가치가 없는 공장건물은 포함되지 않아 매매계약서상의 매매대금 5,067,630,000원은 토지만의 가액임이 분명함에도 불구하고 처분청이 매매계약서에 공장건물가격이 토지대금에 포함된 것으로 보아 장부가액으로 안분계산하여 건물분에 대해 1999.1기분 부가가치세 119,579,790원을 과세한 것은 부당하다(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO, O OO OO O). (3) 청구법인은 대표이사에게 자금을 대여할 당시 그 채권채무 관계를 명확히 하기 위해 임시주주총회 결의를 거쳐 「자금의 대여 및 차용에 관한 약정서」를 작성하고 원리금 상환일을 2005.2.28.로 명백히 규정하였고, 또한 1999년도분 이자는 정상적으로 회수하는 등 실제로 약정내용을 이행했고, 이 건 2000년 및 2001년 각 미수이자 55,000,000원의 경우도 추후 회수될 것이 확실하여 「회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우」에 해당하여 소득금액 상여처분대상에서 제외해야 하는데도 처분청이 이를 대표자상여로 소득처분한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 조사대상 사업연도인 2000년분 서류를 청구법인으로부터 제출받아 검토중 1999년 부동산양도자료와 관련하여 그 양도대금의 적정여부 및 부가가치세 신고여부 등 관련사항의 확인이 필요하여 1999년과 2002년 서류를 추가로 제출받아 조사를 한 것으로 이는 세무조사의 일반적인 절차진행에 따른 것일뿐 자의적으로 조사기간 또는 조사범위를 확대하여 중복조사를 하였거나 조사권을 남용한 것이 아니다. (2) 청구법인은 매매계약서상의 매매가액 5,067,630,000원은 토지만의 가격이라는 주장이나, 1999.6.25. 매매계약 당시 부가가치세 과세대상인 건물이 지상에 존재하고 있었고, 동 건물은 양도일 이후인 1999. 8.14. 철거된 사실이 확인되며, 또한 수정된 매매계약서를 보면 매매가액 5,067,630,000원에는 지상 건물을 포함하여 거래한 것으로 확인되므로 건물양도분에 대해 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다. (3) 청구법인은 대표이사인 이OO에게 1999.9.15. 현금 5억원을 대여하고 2000년 및 2001년 각 인정이자를 미수이자로 계상하였는 바, 미수이자를 정당한 사유없이 1년 이내에 회수하지 아니하면 대표자상여로 소득처분하는 것이고, 청구법인의 경우에는 정당한 사유가 없으므로 처분청이 대표자상여로 소득처분한데에는 잘못이 없다. 청구법인이 주장하는 약정서에서 정하고 있는 상환방법은 원리금 전체에 대하여 “상환일 또는 상환일전 일시불 또는 비정기 분할상환한다는 것”으로 이는 상환방법을 구체적으로 정한 것이 아니라 포괄적으로 약정한 것에 불과하여 법인세법 기본통칙 4-6-6(가지급등의 처리기준) 5항 각호에서 규정한 「회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우」에 해당하는 것으로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 이 건 과세가 국세기본법 제81조의3 세무조사권 남용금지규정을 위배한 처분인지 여부, (2) 토지와 건물 구분 없이 그 가액을 전부 토지가액으로 하여 일괄양도한 경우 건물에 대한 부가가치세 과세가 정당한지 여부, (3) 대표이사에 대한 가지급금 인정이자를 1년이내에 회수하지 않은 것에 대하여 상여처분한 것이 정당한지 여부. 나. 관련법령 국세기본법 제81조의 3 【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다. ② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 국세기본법 시행령 제63조의 2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3 제2항에서 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기 매점매석 무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우 부가가치세법 제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방OOOO 또는 OOOO은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. 1. 확정신고를 하지 아니한 때 2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 ② 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방OOOO 또는 OOOO은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서 장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다. 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서 장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 2. 세금계산서 장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모 종업원수와 원자재 상품 제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때 3. 세금계산서 장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량 동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때 ③ 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방OOOO 또는 OOOO은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 재경정한다. 부가가치세법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. ⑤ 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다. 1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액 2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다. 3. 지가공시및토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액 법인세법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방OOOO은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 과세가 국세기본법 제81조의 3 (세무조사권 남용 금지) 규정을 위배한 처분인지 여부에 대하여 본다. 국세기본법 제81조의 3 (세무조사권 남용 금지) 제1항에서 「세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다」고 하면서 제2항에서 「세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다」고 규정하고 있다. 세무조사권 남용금지의 조항은 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등의 특별한 경우 외에는 재조사하여 재경정할 수 없도록 한 것으로 중복조사 없이 단순히 재경정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것인 바, 단순히 조사대상 기간을 연장한 사유만으로 세무조사권 남용규정에 위반되었다고 보기는 어렵고, 납세자의 자발적인 협력이 있었다면 세무공무원이 자의적으로 조사의 한계를 유월(踰越)하여 강압적인 세무조사를 하였다고 보기는 더욱 어려운 것이라 할 것이고, 이 건의 경우 당초 세무조사대상 사업연도 이전에 쟁점부동산을 양도한 사실이 확인됨에 따라 그에 대한 세무신고를 정당하게 이행한 것인지를 확인한 것으로 이는 정상적인 조사활동의 일환으로 보아야 할 것이므로 국세기본법 제81조의3 세무조사권 남용금지규정을 위반한 것이라는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O). (2) 매매계약서상의 매매가액 5,067,630,000원은 토지(공장부지)만의 가액인데도 처분청이 건물가격이 포함된 것으로 보아 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 본다. 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항에서 부가가치세 과세사업자가 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 다만, 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 하면서 같은 법 시행령 제5항에서 토지와 건물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 실지거래가액으로 보도록 규정하고 있다. 청구법인 소유였던 쟁점부동산을 OOOO에서 매입하여 학교부지로 OOOOO에 기부채납해야 하는 OOO의 사업계획이 확정됨에 따라 1999. 4.30. 청구법인과 OOOO간에 매매계약을 체결케 됐으며, 그후 청구법인이 부동산매매계약서상의 특약사항을 변경하게 된 것은 당시 공장부지에는 폐자재들이 산적해 있었고, 건축물 폐자재 등의 처리비용을 놓고 쌍방이 다시 합의한 결과 1999.4.30.자 부동산매매계약서상의 특약사항과 같이 계약내용을 변경·확정하였고, OOOO은 토지만 필요한 상황에서 건축물, 폐자재 등 지상물 철거비용 8천만원을 청구법인에게 별도 지급하여 처리토록 하지 않고 자신들이 직접 철거 처리하였고, 건축물 등은 철거시까지 공부상 소유명의가 매도인으로 되어 있어 멸실신고 등 제반 행정처리는 매도자인 청구법인이 한 것이며, 위 사실에 의할 때 건물가액은 매매가액에 포함되지 아니하였다는 주장이다. 처분청 과세자료와 청구법인이 제시하는 심리자료에 의하면 쟁점공장건물은 20년이 넘은 경량철골조 주물공장 건물로 매매당시 이미 다 허물어진 상태로 더 이상 사용이 불가능하여 실질적으로 재산적 가치가 없는 건물이며, 매수인인 OOOO은 쟁점공장건물을 철거한 뒤 이를 학교부지로 OOO에 기부채납하기로 예정되어 있었고, 쟁점공장건물의 소유권을 취득한다고 하더라도 이를 사용, 수익할 가치가 없어 건물의 가치를 포함하여 매수하였다고는 보기 어렵고, 쟁점건물은 1999.8.14.자로 철거되어 말소된 것으로 확인되는 점 등을 종합해 볼 때 1999.4.30.자 부동산매매계약서에서 지상물 가격을 부지대에 포함시킨다는 특약을 하였다고 하더라도 이는 단지 청구법인이 철거가 예정된 이 건 건물에 대한 소유권을 포기하는 데에 대한 보상이라고 보는 것이 경제적 실질에 맞는다고 할 것이고(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O), 따라서 처분청이 매매대상물을 확대해석하여 공장건물가액이 포함된 것으로 보아 장부가액으로 안분계산하여 건물분에 대한 부가가치세를 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단된다(OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO O). (3) 대표이사에 대한 가지급금 인정이자를 1년이내에 회수하지 않은 경우 상여처분한 것이 정당한지 여부에 대하여 본다. 청구법인은 1999.9.10. 주주 전원이 출석하여 임시주주총회를 열고, 회사자금 5억원을 1999.9.15.～2005.2.28.까지 대표이사인 이OO에게 대여하고 OOOO이 정하는 인정이자율에 연동하여 이자를 수수하기로 전원 동의하고 「자금대여 및 차용에 관한 약정서」를 작성, 1999.9.15. 이OO에게 5억원을 대여하였다. 청구법인은 계약상 원리금상환방법인 일시불 또는 비정기분할상환방법에 따라 1999년도분 약정이자 16,273,972원을 2000.1.19. 수령했으나 2000년 및 2001년 사업연도의 이자발생금액 각 55,000,000원은 장부상 미수이자로 계상하고 동 이자를 1년 이내에 회수하지 아니하였으며, 처분청은 2001년 및 2002년 귀속으로 동 금액을 대표이사 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다(청구법인은 2001년분과 2002년분 근로소득세 30,699,710원을 수정 신고 납부하였다). 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세법 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하며, 특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자상당액이 특수관계가 계속되는 경우 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 미수이자에 해당하는 경우에는 이를 시행령 제106조의 규정에 의하여 처분한 것으로 보며, 다만 회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나, 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에는 그러하지 아니한다 할 것이다(법인세법 기본통칙 4-0-6-가지급금 등의 처리기준). 청구법인은 대표이사인 이OO에게 1999.9.15. 현금 5억원을 대여하고 2000년 및 2001년도분 대여금에 대한 인정이자를 미수이자로 계상하였으나 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니하였고, 청구법인이 미수이자를 회수하지 아니한데에 대한 정당한 사유가 있거나 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에도 해당하지 아니하므로 처분청이 2000년 및 2001년도분 대여금에 대한 미수이자를 대표자상여로 소득처분한데에는 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.