조심 2021서2729 (2022.04.04)

1. 처분개요 가. 청구법인은 AAA㈜ 등으로부터 택배화물 상하차 및 분류작업 등을 위탁받아 터미널현장 도급업무를 수행하고 있는 법인으로 아래 ＜표1＞과 같이 2016년 제2기∼2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 BBB외 4개 업체(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 세금계산서를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후, 각 과세기간(사업연도)에 대한 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다. ＜표1＞ 청구법인의 쟁점세금계산서 수취내역 (단위 : 공급가액, 원) OOO 나. 쟁점거래처의 관할세무서장은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 발행·수수된 거짓의 세금계산서로 보아 가공거래로 확정하고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2020.10.8.∼2020.12.15. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실제 공급하는 자가 달리 기재된 사실과 다른 세금계산서로 보아 2021.1.11. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 2016년 제2기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점거래는 청구법인이 쟁점거래처로부터 택배 상하차 및 분류 용역을 실제로 공급받고, 그에 대응하는 대금도 실제로 지급한 용역거래로 처분청 또한 이를 실제거래로 판단하여 쟁점거래의 금액을 청구법인 수입금액에 대응되는「법인세법」상 손금으로 인정하였다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인과 쟁점거래처간 용역거래는 실제거래이다. 1) 쟁점거래에 대한 계약서, 세금계산서 등의 거래증빙과 안전서약서 및 확인서 등을 통해 청구법인이 쟁점거래처로부터 택배 상하차 및 분류용역을 실제 공급받았음을 확인할 수 있고, 쟁점거래처로부터 공급받은 용역은 청구법인이 AAA㈜에게 공급한 용역서비스에 해당되는 것으로 이는 용역수행내역을 기록하여 청구법인이 AAA㈜에 제공한 연계일보를 통해서도 확인할 수 있다. 2) 쟁점세금계산서 상 거래대금은 청구법인에서 쟁점거래처 명의의 계좌로 이체되었고, 이후 청구법인이 해당 거래금액을 돌려받는 등의 행위를 수행한 적도 없다. (나) 처분청은 쟁점거래를 수행한 쟁점거래처의 대표자가 실제 대표자와 다른 명의위장사업자로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 해당 매입세액을 불공제 처분하였으나, 이는 쟁점거래에 있어 매입세액불공제의 근거가 될 수 없다. 1) 쟁점거래처와의 거래는 업종특성상 쟁점거래처의 현장담당직원들과 용역투입인원들에 의한 실제 용역제공여부를 상호 확인하며 이뤄졌는데, 이들 담당직원들은 쟁점거래처의 직원임을 표방하며 용역인원의 모집, 작업현장에서의 인원관리 및 작업내역의 정리를 담당하였고, 이는 쟁점거래처가 담당직원들에게 청구법인과의 업무와 관련한 현장에서의 권한이 수여된 것으로 보아 계속 거래를 해왔던 것이다. 2) 쟁점거래처의 대표자가 실질 대표자가 아니라고 하더라도 필수적 기재사항인 공급자의 사업자등록번호가 정상적으로 기재되었고, 성명 또는 명칭 중 어느 하나만 선택적으로 기재되었다면 정상적인 세금계산서에 해당되는 것이고, 기획재정부 예규(부가가치세제과-519, 2017.10.12.)에 의하면 명의위장사업장에서 발급받은 세금계산서도 실제거래에 의한 세금계산서인 경우 이를 사실과 다른 세금계산서로 보지 않는다고 하였으므로 쟁점세금계산서 상 매입세액은 불공제대상이 아니다. 3) 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제여부를 판단하는 것은 「부가가치세법」제39조 에 따라서 판단하여야할 것인바, 상기 예규는 세금계산서의 기타 기재사항들이 정상적이라면 명의위장에 따라 명의자로 기재된 공급받는 자의 성명은 필수적 기재사항도 아니어서 사실과 다른 것으로 보지 않겠다는 것이고, 이러한 취지라면 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서의 타 기재사항이 정상적이라면 명의위장에 따라 명의자로 기재된 공급자의 성명 또한 선택적 필수기재사항이 아니므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 것으로 보지 않아야 하는 것이다. 4) 따라서 대표자의 사업능력 여부와 상관없이 쟁점거래처로부터 실제로 용역을 제공받고 적법한 세금계산서를 수취하였다면 세금계산서에 기재된 대표자의 성명 또는 명칭이 달리 기재되었더라도 공급자와 공급받는자의 필수적 기재사항에 차별을 둘 만한 합리적인 이유가 없고, 타 기재사항으로 보아 해당 사업장과의 거래임이 확인되는 경우에 해당하므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하겠다는 것은 세법해석과 과세형평성에 어긋나는 것이다. (2) 청구법인은 쟁점거래를 수행함에 있어 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였기에 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 매입세액은 불공제대상이 아니다. (가) 청구법인은 쟁점세금계산서 외에 사실과 다른 세금계산서 등 수취혐의에 해당되는 거래를 수행한 사실이 없고, 청구법인이 이 건 과세기간 동안 사실과 다른 세금계산서를 수취한 비율은 전체매입세액의 8.3%에 불과하다. (나) 청구법인은 쟁점거래를 수행함에 있어 선의의 당사자로서 사업장과 거래사실에 대한 확인 및 결제대금 수수에 대한 주의의무를 다하였다. 1) 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 수행함에 있어 사업자등록증, 법인등기부등본, 인감증명서 등을 확인하여 쟁점거래처에 대한 기본사항을 확인하였고, 사업자등록증 상 사업자번호로 국세청 홈택스의 ‘사업자등록상태조회’를 통해 폐업여부를 확인하거나 ‘사업자등록증명’을 제출받아 거래 당시 계속사업자 여부를 확인하였다. 2) 청구법인은 거래상대방을 선정함에 있어 동종업종에서 동일 외주용역을 제공받고 있는 타 사업자로부터 추천업체, 기존의 상하차업무를 수행해 왔던 물류현장의 팀장과 직원들이 계속 동일한 업종을 영위하여 업무완성도가 높았던 업체 등 후보군 중 도급업체들을 선정하였는데, 기존 거래상대방의 평판과 일정기간의 테스트 용역의뢰 등을 통해 용역수행 가능여부를 검증한 후 계약을 체결하였고, 계약서는 도급계약서가 작성되었으며 날인 및 간인하여 각각 1부씩 보관하였다. 3) 청구법인은 쟁점거래처로부터 용역비청구명세서를 이메일로 수령하여 안전서약서상 용역제공 시간내역, 연계일보 등과 대사하여 상호확인한 후 일주일 단위로 세금계산서를 수령하였고, 화물상하차 분류서비스가 제공되는 물류센터(OOO 등)에서 청구법인의 담당직원이 쟁점거래처가 수행하는 도급용역을 안전서약부터 용역의 완료시점까지 모니터링하며 용역제공의 완료여부를 확인하였다. 4) 아울러 용역도급업체의 안전서약서 상 상호가 계약서 작성 시 상호와 일치함을 확인하였으며, 계약서상 도급업체가 제공하기로 한 용역서비스를 청구법인의 직원이 확인하였다. 5) 청구법인은 쟁점거래처의 통장사본과 인터넷뱅킹 시 계좌주가 사업자등록증 상의 상호와 일치하는지 확인하였고, 용역비청구서상 금액과 세금계산서의 수령금액을 대사한 후 입금하였으며, 대금결제 후 일부를 취소하거나 현금으로 출금하여 회수하는 등 비정상적인 거래를 수행한 적은 없다. 청구법인에서는 용역대가에 해당하는 세금계산서의 기재금액대로 쟁점거래처에 송금하였을 뿐, 쟁점거래처에서 수령한 자금을 어떻게 사용하였는지에 대하여는 알 수가 없었다. 6) 쟁점거래처가 청구법인으로부터 송금받은 금액을 출금하여 용역수행 인원들에게 현금으로 용역대가를 지급한 것은 업무특성상 새벽에 종료되는 일이 많고 신용불량 등의 사유로 계좌이체하기 어려운 경우가 많아서이지 용역제공 없이 매입대금을 현금화시킨 것이 아니다. 이는 쟁점거래처에 대한 금융증빙과 용역을 제공한 인원들의 확인서, 안전서약서 등으로 입증가능하다고 판단된다. (다) 처분청은 청구법인에 대한 조사과정에서 국세청의 ‘선의의 거래당사자 여부 검토’상 검토항목을 근거로 청구법인이 거래상대방에 대하여 주의의무를 다하였는지 여부를 서면으로 검증하도록 요구하였으나, 해당 검토항목은 재화거래 중심의 거래상대방에 대한 확인사항 위주로 되어있음을 알 수 있고, 청구법인의 경우와 같이 현장에서 즉시 용역을 제공하는 거래상대방이라는 특수성을 전혀 고려하지 않고 선의의 거래임을 증거서류로 입증하라고 하는 것은 납세자에게 거래상대방의 내밀한 사항을 확인하지 못한데 대하여 과도한 입증책임을 요구하는 것이다. 1) 청구법인은 쟁점거래처와의 계약을 체결할 당시 물류센터 현장 담당자로부터 사업자등록증 및 통장사본을 받았고, 거래기간 동안 실제로 용역을 정상적으로 공급받아 거래내용에 대하여 의심할 여지가 없었는바, 조사권한이 있는 처분청이 명의대여자와 실질사업자를 심문하여야 알 수 있는 사항을 청구법인이 알아야 한다는 점, 대금을 지급한 이후의 자금흐름까지 파악하여 실사업자를 밝혀야 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다한 것으로 보는 점은 부당하다. 2) 또한 처분청은 선의의 거래당사자로서 주의의무를 이행함에 있어 거래상대방의 금융거래내역과 세금신고정보를 알아야 한다고 주장하나, 이는 청구법인이 알 수 있는 정보가 아니고, AAA 팀장과 같이 기존의 상하차업무를 수행하였던 자들이 이직하여 새로운 직장에서 근무하고 있기에 쟁점거래처를 소개받은 것으로 선의의 주의의무를 다하기 위하여 청구법인이 할 수 있는 방안으로 거래계약시점에 사업자등록증, 통장사본을 받고 계속사업자여부를 확인한 것이다. (라) 청구법인은 택배터미널을 운영하면서 용역을 공급받고 세금계산서를 수취하는 과정에서 쟁점거래처의 용역수행능력을 검증하는 등 통상의 주의의무를 다하였고, 거래상대방의 외관으로 보아 명의를 위장한 비정상적인 사업자라고 의심할 근거를 찾을 수도 없었음으로 청구법인을 통상적인 확인절차를 거쳐 거래를 수행한 선의의 거래당사자라고 인정함이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서는 세금계산서의 필요적 기재사항인 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’이 실질과 달리 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 수익과 직접 관련된 것이면「법인세법」상 손금에 해당할 뿐만 아니라, 그에 대응하는 익금이 과세표준에 산입되므로 처분청은 청구법인이 제출한 거래명세서, 대금지급송금자료, 작업자들의 안전서약서, 투입인력 대비 물량흐름 등으로 볼 때, 물류현장에 인력투입 없이 쟁점세금계산서만 수취한 것은 아니라고 판단되어 청구법인이 사실과 다른 세금계산서에 의하여 거래를 하였더라도 이를 실제 지출된 비용으로 보아 손금으로는 인정하였다. (나) 가공거래로 확정되어 과세자료가 통보된 쟁점거래처의 조사내용을 보면 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 세금계산서상의 공급자인 쟁점거래처로부터 인력을 공급받고 수취한 것이 아니라, 물류현장 안에서 소속이 불분명한 제3의 담당팀장 등의 주도하에 인력을 제공받고 공급자를 쟁점거래처로 기재하여 수취한 것으로 판단된다. (다) 또한 청구법인은 쟁점거래처의 실제대표자와 명의대표자가 달리 기재되었을 뿐, 다른 기재사항으로 보아 청구법인과의 거래임이 확인되므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하지만, 처분청은 단지 대표자의 성명이 실질과 달라서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것이 아니라 쟁점거래처가 해당 사업을 실제 영위할 능력이나 여건이 되지 않아 쟁점거래를 수행할 수 없었다고 판단한 것이다. (라) 처분청은 쟁점거래처가 청구법인이 필요로 하는 인력을 공급할 능력이 없어 쟁점거래의 용역을 제공하지 않았다고 판단하였으며, 서류상 쟁점거래처가 청구법인에게 인력을 공급한 것처럼 작성되었을 뿐 실질적으로 물류현장 팀장 등의 주도하에 인력을 공급받은 것으로 실제 공급업체의 실체가 명확하지는 않으나 쟁점거래처로부터는 용역을 제공받지 않은 것이 분명하다. (2) 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다. (가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 하는바(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등 참조), 청구법인이 쟁점거래처와 거래계약 시점에 확인하였다는 사업자등록 관계서류, 대금결제증빙, 안전서약서, 통장 사본 및 대금지급 송금내역 등을 선의의 거래당사자의 증거로 제시하고 있으나, 이는 통상적인 거래관계에 있어서 주고받는 서류 및 대금결제 증빙일 뿐 선량한 관리자로서의 주의의무를 기울인 근거서류로 보기 어려우며, 오히려 청구법인이 신규 개업법인인 쟁점거래처의 사업장을 직접 방문하거나 대표자를 대면하지 않고 거래계약을 체결하는 등 선량한 관리자로서의 주의의무를 소홀히 한 것으로 쟁점거래처가 위장사업자임을 알 수도 있었을 것으로 보인다. (나) 또한 청구법인은 거래처를 선정함에 있어 동종업종에서 외주용역을 제공받고 있는 타 사업자의 추천업체, 물류현장에서 기존의 도급업무를 수행한 팀장과 직원들이 소속된 업무완성도가 높은 업체 등 후보군에서 쟁점거래처를 선정하였다고 주장하나, 사실은 이와 다르게 쟁점거래처의 용역제공 능력이 검증되기 전인 개업일 이후 곧바로 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 확인되고, 쟁점거래처와의 거래기간도 1년 내외로 단기간에 그치고 연달아 직권 폐업된 업체들이였다. (다) 쟁점거래처 중 ㈜CCC과 ㈜DDD은 대표자가 동일한 법인사업자로 신규 개업하여 단기간 거래한 후 부가가치세를 체납 및 직권 폐업되고 다시 법인을 설립하여 거래가 이루어졌음에도 인력을 원활히 공급하고 있다는 이유로 정상사업자 여부에 대한 의심이 없었고, 쟁점거래처 중 ㈜BBB, ㈜CCC, ㈜DDD에서 순차적으로 도급업체의 대리인 자격을 맡은 AAA 팀장 등에 대해서도 어느 회사 소속인지에 대한 최소한의 확인조차 하지 않았으며, OOO에서 인력을 수급받고 있음에도 쟁점거래처 중 일부는 사업장 소재지가 OOO라는 부분에 대해 특별한 의심이나 확인이 없었다. (라) 이와 같이 공통적으로 쟁점거래처가 실제 인력을 공급하는 것이 아니라 불분명한 소속의 현장대리인 팀장 등이 주도하는 명의위장업체로부터 세금계산서를 수취하고 있다는 의심을 가질만한 충분한 사정이 있음에도 쟁점거래처와의 용역거래를 수행함에 있어 선량한 주의의무를 다하였다고 보기 어려우므로 선의의 거래당사자에 해당하지 않는다고 보아 매입세액을 불공제한 것은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부 ② 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지 여부 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 ② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 3. 장부와 기록의 파기 4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1.「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 2015년 7월 AAA㈜ 및 EEE㈜ 등으로부터 OOO 물류센터 터미널현장 도급계약을 체결하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 택배화물 상하차 및 분류용역을 수행하는 과정에서 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하였다. ＜표2＞ 쟁점거래와 관련한 청구법인의 거래구조 OOO (나) 쟁점거래처의 관할세무서는 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 쟁점거래처가 아래 ＜표3＞과 같이 서류상 회사이거나 폭탄업체 등인 것으로 보아 아래 ＜표4＞의 쟁점세금계산서와 관련한 과세자료를 처분청에 통보하였다. ＜표3＞ 쟁점거래처 현황 OOO ＜표4＞ 쟁점세금계산서 관련 과세자료 내역 (단위 : 원) OOO ※ OOO 물류센터 관련임 (다) 처분청은 2020.10.8.∼2020.12.15. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 아래 ＜표5＞와 같이 청구법인의 매입처 중 OOO에 대한 매입은 실거래로 보았으며, 쟁점거래처와 관련한 매입인 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하는 처분을 하였다. 하지만 관련 지출금액은「법인세법」상 손금으로 인정하였다. ＜표5＞ 청구법인의 매입처 조사 내용 (단위 : 백만원) OOO (라) 청구법인은 선의의 거래당사자로서 쟁점거래와 관련하여 선량한 관리자의 주의의무를 다하였음을 입증하는 취지로 아래와 같은 내용의 자료 등을 제출하였다. 1) 청구법인은 업종특성상 아래 ＜표6-1＞ 및 ＜표6-2＞와 같이 물류센터 화물취급건수의 불규칙성과 이로 인한 일별 작업량의 큰 변동폭으로 인해 청구법인의 입장에서 최대물량을 가정한 작업인원을 정규직으로 고용하는 것은 과도한 고정비 부담으로 영업손실을 발생시키는 원인이 되었기에 쟁점거래처 같은 외주용역업체를 통해 화물 상하차 및 분류용역을 수행할 수밖에 없었다고 주장한다. ＜표6-1＞ 상하역 및 분류서비스 건수 내역(OOO 물류센터) (단위 : 건, 명) OOO ＜표6-2＞ 2018년 1월 상하역 및 분류서비스 건수 내역(OOO 물류센터) (단위 : 건, 명) OOO 2) 청구법인과 쟁점거래처의 업무흐름은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구법인과 쟁점거래처의 업무흐름 OOO ① 청구법인의 물류센터 현장담당자가 필요한 인원을 쟁점거래처 팀장에게 요청 ② 쟁점거래처 팀장은 인원 배치, 출근부(안전서약서)를 작성 후 용역을 제공 ③/④ 청구법인 현장담당자는 용역제공인원들의 출근부, 실제인원 확인 후 보고 ⑤ 쟁점거래처는 1∼2주 단위 정산서를 이메일로 청구법인에게 전달, 상호확인 후 세금계산서 발급 ⑥ 청구법인은 청구일로부터 5일 이내 쟁점거래처 계좌로 용역대금을 입금함 3) 청구법인은 쟁점거래처의 각 업체별 사업자등록증 및 통장사본과 도급계약서, 세금계산서 사본 등을 제출하였고, 도급계약서의 주요내용은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 도급계약서의 주요 내용 OOO 4) 청구법인이 제출한 안전서약서에는 쟁점거래처 및 작업날짜별 용역을 제공한 작업자들의 이름과 작업시작과 종료시점에 사인 등이 기재되어 있다. 5) 청구법인이 제출한 정산서에는 쟁점거래처 및 작업날짜별 작업인원과 청구금액이 기재되어 있다. 6) 청구법인이 제출한 대금결제증빙(금융기관 이체결과 조회)에 따르면 정산서에 기재된 청구금액을 청구법인이 쟁점거래처의 금융계좌로 이체한 내용이 나타난다. 7) 청구법인이 제출한 근로자 확인서의 내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 근로자 확인서 OOO (라) 청구법인 대표이사인 BBB가 2020.12.15. 처분청에 출석하여 작성한 심문조서 중 일부내용은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 청구법인 대표이사의 심문조서 중 일부내용 OOO (2) 청구법인의 2016∼2019사업연도 영업손익 내역과 청구법인의 사실과 다른 세금계산서 수취 비율은 아래 ＜표11·12＞와 같다. ＜표11＞ 청구법인의 2016∼2019사업연도 영업손익 내역 (단위 : 백만원) OOO ＜표12＞ 청구법인의 사실과 다른 세금계산서 수취 비율 (단위 : 건, 천원) OOO (3) 불송치 결정 증명서(사건번호 OOO)에 따르면, 처분청은 청구법인의 대표이사인 BBB를「조세범 처벌법」위반 혐의로 사법기관에 고발하였으나, OOO서장은 2021.6.2. 혐의없음(증거불충분)을 이유로 불송치결정한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처로부터 택배 상하차 및 분류 용역을 실제로 공급받았고 세금계산서 상 공급자와 공급받는자의 필수적 기재사항에 차별을 둘 이유가 없으므로 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호에서 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는바, 쟁점거래처 관할세무서장의 쟁점거래처에 대한 세무조사 결과 쟁점거래처는 계좌에 입금된 매출대금 전액을 입금 즉시 현금으로 인출하는 등 쟁점거래가 명의위장 거래인 것으로 조사된 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서는 용역의 실제 공급자와 세금계산서 발행자가 서로 달라 사실과 다른 세금계산서로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점거래를 하면서 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다는 의견이나, 공급받는 자에게 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무까지 있다고 볼 수는 없으므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계에 비추어 상대방을 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 대하여 과실이 있다고 할 것(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결 등 참조)인바, 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 시작할 때 정상적으로 택배 상하차 및 분류용역을 제공할 수 있는지를 확인하기 위해 정식계약 전 일주일간 용역의뢰를 통해 업무수행능력을 검증하고 사업자등록증, 법인등기부등본, 인감증명서 등을 제출받아 계약을 체결하는 등 상대방의 사업영위와 관련한 제반 기본사항 등을 확인한 것으로 보이는 점, 청구법인의 2016년 제2기∼2019년 제1기 과세기간 동안 총 매입세금계산서(7,135건, OOO원) 중 쟁점세금계산서는 212건(2.97%), OOO원(6.59%)으로 나타나 쟁점거래가 전체거래에서 차지하는 비중이 적고, 쟁점거래처가 이 건 택배 상하차 및 분류용역과 관련하여 작업일자별로 작성한 안전서약서(작업자의 이름과 작업시작 및 종료시점에 서명)와 이를 요약한 정산서 등으로 볼 때, 청구법인의 입장에서 쟁점거래처가 정상적인 사업자가 아닌지 의심하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 인력공급이 있었다는 사실은 인정하면서도 청구법인이 거래상대방에 대한 주의의무를 게을리 한 과실이 있다거나, 계약당시 청구법인이 실제 거래처를 알고 있음에도 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 볼 수 있다는 객관적인 증거나 정황은 제출하지 못하고 있는 점, OOO서장은 청구법인의 대표이사인 BBB의「조세범 처벌법」위반 피의사건에 대하여 증거불충분을 이유로 혐의없음으로 처분한 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점매입처와의 쟁점거래가 사실과 다른 거래라는 사실을 알지 못하였고, 그러한 사정을 알지 못한 데에 청구법인에게 과실이 있다고 인정하기는 어려워 보이므로 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 거래에 있어 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인을 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 청구법인에 대한 경정·고지 내역 (단위 : 원) OOO