국심1996전0848 (1997.01.22)

심판청구를 기각합니다.

1. 처분내용 청구법인은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정을 받아 조성한 여천지구를 포함한 8개구역 토지중 90년도 및 91년도에 분양된 11,180,000㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 양도하고 구 조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호로 개정된 것, 이하 “89년 개정된 구조감법” 이라 한다) 제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점토지의 양도소득에 대한 90사업년도 및 91사업년도의 법인세(특별부가세, 이하 “특별부가세” 라 한다)가 비과세되는 것으로 하여 91.3.30 및 92.3.30 법인세 신고를 하였다. 처분청은 89년 개정된 구조세감면규제법제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만 감면되는 것으로 보아 95.7.1 청구법인에게 90사업년도분 특별부가세 25,765,637,220원 및 91사업년도분 동 37,934,628,740원 합계 63,700,265,960원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.8.30 이의신청 및 95.11.15 심사청구를 거쳐 96.2.29 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 88.12.26 법률 제4020호로 개정된 구 법인세법(이하 “88년 개정된 구법인세법” 이라 한다) 부칙 제16조의 경과규정에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 88년 개정된 구법인세법 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의한다” 고 규정한 후 삭제나 폐지된 바 없으므로 청구인이 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정되어 조성된 토지를 90­91사업년도에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여도 88년 개정된 구법인세법 부칙 제16조를 적용하여 비과세하여야 하고, (2) 90­91사업년도의 법인세 신고시 쟁점토지의 양도소득에 대하여 특별부가세가 비과세되는 것으로 신고하였음에도 신고 및 납부불성실 가산세를 과세한 당초처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발지역으로 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 90.1.1 이후에 양도함으써 발생하는 소득에 대하여는 89년 개정된 구조세감면규제법제59조 제5호 및 동법 부칙 제5조 제1항과 제3항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만이 감면되는 것이므로 처분청의 당초 과세처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 대하여 청구법인이 조성한 토지를 90.1.1 이후에 양도한 경우 그 양도소득에 대하여 88년 개정된 구법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세가 비과세되는 것으로 볼 수 있는지와 (2) 특별부가세가 50% 감면된 것으로 보아 신고납부한데 대하여 과소 신고납부에 따른 가산세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 (1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 비과세·감면규정의 개정연혁을 보면, 88년 개정되기 전인 구법인세법 제59조의3 제1항 제14호에서 특별부가세를 비과세하도록 규정하였다가, 88.12.26 동법 개정시 위 제1항 제14호의 규정을 삭제하고, 동조 제2항 제4호에서 세액의 100분의 50만을 감면하는 것으로 개정함과 동시에 동법 부칙 제12조 제1항에서는 위 제2항 제4호의 개정규정은 “이 법 시행(89.1.1) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고, 아울러 동 부칙 제16조에서 “이 법 시행당시(89.1.1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전(88년 개정되기 이전인 구법인세법)의 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의한다”고 규정하고 있으며, 89.12.30(법률 제4165호) 법인세법 개정시 다시 위 본문 제59조의3 제2항 제4호(50% 감면규정)를 삭제하고, 이를 89년 개정된 구조세감면규제법제59조 제5호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5조 제1항에서는 본법 제59조 의 개정규정(50% 감면규정)은 “이 법 시행(90.1.1) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있으며, 동조 제3항에서 “이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하면서 동 부칙 제19조 제2항에서는 “ 법인세법 제59조의3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다”고 규정하고 있다. (2) 구법인세법(94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 이전의 것) 제41조 제2호에서는 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산하여 징수하도록 규정하고 있고, 동법 동조 제3호에서 법인세를 납부하지 않았거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 미납부가산세율을 적용하여 계산한 금액을 가산하여 징수하도록 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점(1)에 대하여 (가) 쟁점토지의 양도소득에 대하여 처분청은 89년 개정된 구조세감면규제법제59조 제5호 및 동법 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 특별부가세가 50%만 감면되는 것으로 보아 과세하였으나, 청구법인은 88년 개정된 구법인세법의 부칙 제16조의 규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 한다고 주장함으로써 다툼이 있는 바, 이 건의 경우 쟁점토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 비과세되는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴 본다. (나) 88년 개정된 구법인세법 부칙 제16조에서 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의한다”고 규정하고 있으나, 89년 개정된 구조감법 부칙 제5조 제1항에서 동법 제59조 의 규정은 동법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하는 것 이외에 종전의 법인세법등과의 관계에 있어서 동법 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법등과의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세 및 특별부가세는 종전의 법인세법등의 규정에 의하도록 규정한 것은 89년 개정된 구조감법 시행전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법등을 적용하고 89년 개정된 구조감법 시행이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조감법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 이로 인하여 88년 개정된 구법인세법 부칙 제16조의 규정은 89년 개정된 구조감법 부칙 제5조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구법인이 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 90.1.1 이후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청의 당초 과세처분은 정당하다고 판단된다. (2) 쟁점(2)에 대하여 (가) 쟁점토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 위에서 살펴 본 바와 같이 특별부가세가 50%만 감면되는 것인데도 청구법인은 90­91사업년도의 법인세 신고시 이를 비과세되는 것으로 보아 신고 및 세액을 납부한 사실이 과세자료에 의하여 확인된다. (나) 그렇다면 청구법인은 쟁점토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세의 과세표준과 세액을 미달하여 신고납부하였음을 알 수 있고, 처분청이 구법인세법 제41조 의 규정에 의하여 신고납부불성실 가산세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.