조심 2019지2286 (2020.06.02)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 내 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목을 변경한 후 2018.4.2. 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 지목변경 취득세 등을 신고·납부하면서 건설자금이자 등을 과세표준에서 누락하여 취득세 등을 과소 신고·납부한 것으로 보아, 2019.4.10. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 세무조사과정에서 청구법인 및 OOO 주식회사는 「지방세특례제한법」제78조 제1항을 적용하여 달라는 주장을 하였으나, 처분청은 지목변경으로 인한 토지대장상 토지의 취득자가 사업 시행자인 OOO 주식회사가 아닌 신탁사인 청구법인이라는 이유로 감면적용을 거부하였다. 「지방세법」제7조 의 규정에 따라 취득세의 납세의무자는 취득자가 되어야 할 것이고, 지목변경으로 인한 취득행위의 납세의무자도 지목이 변경된 토지를 취득하는 자이며, OOO의 지목변경 후 새로운 지적에 따른 각 필지의 보존등기상 소유자는 시행자인 OOO 주식회사라 할 것이다. 이에 시행자는 토지의 지목변경으로 인한 취득자를 명확히 하기 위하여, 신탁등기를 해제하여 해당 토지의 소유자가 시행자인 OOO 주식회사임을 명시한 이후 구 등기부를 폐쇄하였고, 보존등기도 시행자 명의로 수행한 후 새로운 계약을 통하여 신탁등기를 설정하였는바, 시행자는 이 건 사업이 준공되어 지목이 변경된 토지의 취득자가 시행자임을 등기를 통해 명확히 하였고, 지목변경 전후로 신탁등기가 되어 있었다 하더라도 지목변경으로 인한 취득자는 시행자라 할 것이다. (2) 처분청은 지목변경 시점(준공승인)의 등기상 소유자인 청구법인에게 취득세를 부과하였고, 청구법인은 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 규정된 사업시행자가 아니므로 감면을 배제하였으나, 보존등기가 준공 이후 시점에 이루어진 것은 법령상 제약에 의한 것이었고, 이러한 등기 시점의 차이는 법령 위반이 아니라 할 것이다. 장기간에 걸친 조성사업의 취득세를 산정하는 데에는 여러 과세기간의 장부를 정리하여야 하므로, 준공 시점에 바로 취득세 납부를 할 수 없었고, 따라서 등기를 이행하는 것이 현실적으로 매우 어려워 준공 시점에 비하여 등기 시점이 늦어지긴 했으나 이는 법률상 하자가 없다. 즉 부동산등기 특별조치법과 부동산등기법에는 부동산의 유상취득의 경우 취득일부터 60일 이내에 등기해야 하는 의무조항을 제외하고는 등기에 대한 기한이 없으므로, 시행자가 구 등기부와 신 등기부에 행한 등기는 관련 법령을 위반한 것이 아니다. (3) 대법원은 2019.10.31. 산업단지의 취득세와 관련된 판결OOO에서, 신탁등기가 되어 소유권 이전이 마쳐진 이후에 지목이 변경되었으므로 납세의무자는 신탁사이고, 그에 따라 지방세 감면을 적용하지 않는다고 판시하였으나, “OOO와 원고는 상호 협의하여 원고명의의 신탁등기를 말소한 후 이 건 토지의 지목을 변경한 다음 다시 원고 명의의 신탁등기를 마치는 등의 조치를 취할 수 있었음에도 그러한 조치를 취하지 아니하였다”는 단서를 달았는바, 지목변경 전후에 신탁등기를 말소하고 재 신탁하는 절차를 거쳤다면 지목변경으로 인한 취득자 및 취득세 납세의무자는 시행자가 되고 지방세 감면을 받을 수 있었다는 의미라 할 것이며, 이 사건 토지의 지목변경이 이루어지기 전에 OOO가 신탁계약을 해지하고 이 사건 토지의 등기 명의를 회복하였거나 취득세를 면제받을 수 있었을 것이라는 사정이 있다고 하여 이 사건 처분이 조세평등주의에 반한다고 할 수 없다.”고 판시하였다. 따라서, 위 판례에 나타나는 OOO의 등기부등본에서는 보존등기상 소유자가 사업시행자가 아닌 신탁사임을 알 수 있는 반면 이 건 OOO의 시행자인 OOO 주식회사는 위 판례에서 단서 조항으로 언급한 바와 같이 등기부상 지목변경이 이루어지기 전에 신탁계약을 해지하고, 등기부를 폐쇄한 후 지목이 변경된 토지의 보존등기 상에 소유자가 시행자임을 명시하였으므로 취득세 납세의무자는 청구법인이 아닌 시행자로 보아야 할 것이다. (4) 청구법인과 OOO 주식회사가 체결한 신탁계약은 신탁법에 따른 계약이며, 신탁계약으로 인하여 지목변경 시점에 쟁점토지의 명목상 소유권이 청구법인에게 있었으나 실질적이고 궁극적인 소유권은 시행자에게 있는 만큼 「지방세특례제한법」 제78조 제1항의 요건을 적용함에 있어 토지를 취득하는 자를 넓게 해석하여 동 조항의 요건을 충족하는 것으로 보는 것이 실질과세원칙에 부합하고, 조세심판원OOO도 신탁방식의 산업단지 개발 사업에서 실질 시행자와 명목상 시행자를 모두 시행자로 보는 결정을 내렸고, 이는 「신탁법」, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 및 「지방세특례제한법」이 서로 완벽하게 조화를 이루지 못한 공백을 해소하고 각 법령의 취지에 부합할 수 있도록 한 취지에 비추어 볼 때, 이 건도 토지의 취득자를 명의상 취득자로 한정하지 않고 실질 취득자까지 포괄하는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 처분청이 부과한 취득세 등의 부과처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 「신탁법」에 따라 수탁자에게 소유권이 이전된 토지의 경우 지목변경으로 인한 취득세 납세의무자는 수탁자인 청구법인으로 보는 것이 타당하고, 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자를 감면대상으로 규정하고 있고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에서 “산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.”고 규정하고 있는바, 「지방세특례제한법」상 감면대상은 “산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정한 사업시행자”가 감면대상으로, 단순히 신탁계약을 체결한 신탁자인 청구법인은 지방세법령에서 정한 시행자로 보기 어렵다. (2) 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조 제1항 제3호 및 제5호, 제20조의2에 따라 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산 신탁자에 해당되므로 산업단지개발 사업시행자에 해당된다고 주장하나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제20조의2 제2항에서 “제1항에 따라 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자는 종전의 사업시행자의 권리·의무를 포괄적으로 승계 받은 것으로 본다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제24조의2에서 사업시행자가 부동산신탁업자와 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결하고자 하는 경우 계약서에 산업단지의 명칭ㆍ위치 및 면적, 사업의 목적, 종류, 개요, 시행기간 등을 명시하도록 규정하고 있으며, 신탁계약을 체결한 날부터 14일 이내에 위치도, 사업계획서, 자금조달계획서, 처분계획서를 산업단지지정권자에게 제출하도록 규정하고 있다. 청구법인과 사업시행자가 작성한 신탁계약서 제1조(목적)에서 ‘OOO’고 약정하였는 바, 이 건 신탁계약은 산업단지개발에 관한 것이 아니라 일반적인 부동산담보신탁으로 보이는 점, 달리 산업단지와 관련한 사업 목적, 시행기간 등 「산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령」제24조의2에서 규정한 사항이 명시되어 있지 않고, OOO 계획 승인 고시를 비롯하여 이후 실시계획 변경 고시에도 청구법인이 사업시행자로 기재되어 있지 않음을 미루어 볼 때 청구법인이 산업단지지정권자에게 사업계획서 등을 제출하지 아니한 것으로 보이는 점, 그로 인하여 산업단지지정권자로부터 산업단지 개발사업의 시행자로 지정받지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 사업시행자의 권리·의무를 포괄적으로 승계 받은 것으로 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 지목변경에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 사업시행자로 지정되지 아니한 수탁자에게 산업단지 감면조항을 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO 내 OOO(쟁점토지)의 지목을 변경한 후 2018.4.2. 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 지목변경 취득세 등을 신고·납부하면서 건설자금이자 등을 과세표준에서 누락하여 취득세 등을 과소 신고·납부한 것으로 보아, 2019.4.10. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다. (다) 이 건 산업단지 승인 등에 대한 개요를 보면, OOO 주식회사(사업 시행자)는 2010.9.16. OOO계획 승인을 받고, 2011.5.13. 청구법인과 OOO 주식회사 간의 부동산담보신탁계약을 체결하였으며, 2011.5.25. 이 건 부동산 신탁등기 완료하였다. 이후 2012.11.22. OOO 관리기본계획이 고시되고, 2017.12.21. OOO는 준공인가 공고를 거쳐, 2018.2.22. 준공인가 정정 공고가 되었다. (라) 쟁점토지 중 일부인 OOO의 등기사항전부증명서는 아래와 같다. (마) 수탁자인 청구법인과 위탁자이자 시행자인 OOO 주식회사의 부동산담보 신탁계약서의 주요내용은 아래와 같다. (바) OOO은 2012.11.22. OOO 관리기본계획 고시(관리기관 : 사업시행자 OOO 주식회사 외 39개사), 2017.12.21. OOO 준공인가 공고(사업시행자 : OOO 주식회사 외 76개 업체)를 하였으나, 청구법인이 사업시행자로 지정되거나 승인된 사항은 확인되지 않는다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 지목변경 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장하나, 「신탁법」에 따른 신탁으로 수탁자 명의로 소유권이 이전등기된 토지가 지목변경된 경우의 지목변경 취득세의 납세의무자는 수탁자인 점OOO, 지목변경될 당시 쟁점토지는 청구법인의 명의로 등기되어 있었으므로 쟁점토지의 지목변경 취득세 등의 납세의무자는 청구법인으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 산업단지개발사업의 시행자로 지정된 사실이 없으므로, 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정된 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어 쟁점토지의 지목변경 취득세 등의 납세의무자인 청구법인은 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. (2) 지방세법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25058호로 개정된 것) 제20조(취득의시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. (3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조 에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. (4) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2015.9.1. 법률 제13509호로 개정된 것) 제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다. 1. 산업단지를 개발하여 분양 또는 임대하고자 하는 경우로서 다음 각 목에 해당하는 자 라. 산업단지 개발을 목적으로 설립한 법인으로서 가목부터 다목까지에 해당하는 자가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한을 행사하는 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 지배력을 확보하고 있는 법인 3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자 5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의2에 따라 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자 제20조의2(산업단지의 신탁개발) ① 제16조 제1항 제3호에 따른 사업시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 설립된 부동산신탁업자와 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결하여 산업단지를 개발할 수 있다. ② 제1항에 따라 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자는 종전의 사업시행자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한다. (5) 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령(2014.1.1. 대통령령 제25050호로 개정된 것) 제24조의2(산업단지의 신탁개발) ① 사업시행자가 법 제20조의2 제1항의 규정에 의하여 부동산신탁업자와 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결하고자 하는 경우 그 계약서에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 1. 위탁자 및 수탁자의 성명(법인인 경우에는 그 명칭 및 대표자의 성명) 및 주소 2. 산업단지의 명칭ㆍ위치 및 면적 3. 신탁개발에 관하여 다음 각목의 사항이 포함된 시행계획개요 가. 사업의 목적 나. 사업의 종류 및 개요 다. 사업의 시행기간 ② 사업시행자는 제1항의 규정에 의한 신탁계약을 체결한 경우에는 그 계약서 사본에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 그 계약을 체결한 날부터 14일 이내에 산업단지지정권자에게 제출하여야 한다. 1. 위치도 2. 사업계획서 3. 자금조달계획서 4. 처분계획서