조심 2019지3590 (2021.06.15)

OOO이 2019.7.2. 청구법인에게 한 취득세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.10.1. 화장품 및 의약품 제조·판매/부동산 임대 및 투자사업을 영위하던 OOO주식회사(이하 “분할 전 법인”이라 한다)으로부터 인적분할되어 화장품 및 의약품 제조·판매업을 영위하는 법인으로, 2017.1.19. OOO(OOO내의 토지로 이하 “이 건 토지”라 한다) 소재 건축물 5,773.63㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축한 후, 「지방세특례제한법」(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 및 같은 법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “「지방세특례제한법」부칙“이라 한다) 제25조에 따라 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하고자 하는 자가 취득한 부동산에 해당한다며 취득세 감면신청을 하여 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 산업단지 시행자로부터 이 건 토지를 분양을 원인으로 하여 취득한 것이 아닌 법인분할에 따라 취득한 것이어서 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 면제 적용대상이 아니라 경감(100분의 75)대상에 해당한다고 보아, 2019.7.2. 청구법인에게 취득세 OOO부과·고지하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 분할 전 법인의 인적분할로 설립된 청구법인은 2001.12.27. 사업시행자와 이 건 토지에 관하여 분양계약을 체결한 명의자 즉 최초 입주기업의 지위에 있으므로 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용대상에 해당한다.

(가) 「지방세특례제한법」부칙 제25조는 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하고, 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축(

「건축법」제2조

제1항 제8호에 따라 증축을 포함)하려는 자가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 종전의 법률을 적용하도록 규정하고 있다.

이 때 사업시행자와 분양계약을 체결하는 자란 해당 분양계약의 명의자인 입주기업 또는 이와 동일시할 수 있는 경우로서 합병·분할의 사유로 입주기업의 지위를 승계한 자가 포함된다고 할 것인바(행정안전부 지방세운영과-2759, 2011.6.13. 참고), 합병·분할로 인하여 소유권이 이전되었다는 사유로 당초 피합병법인인 분할 전 법인에게 적용할 수 있는 취득세 등 면제 효력이 소멸하거나 새로이 적용되는 것은 아니다.

(나) 청구법인은 인적분할을 통하여 분할 전 법인으로부터, 분할 전 법인이 2001.12.27. 사업시행자와 체결한 분양계약을 포함한 화장품·의약품 사업 일체의 권리·의무를 포괄적으로 이전받았으므로, 분할 전 법인이 체결한 분양계약에 있어서 청구법인은 분할 전 법인과 동일시되는 자에 해당하는바, 청구법인은 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당한다.

(2) 따라서 「지방세특례제한법」부칙 제25조에 따라 사업시행자와 2015.12.31. 이전에 분양계약을 체결한 자가 취득한 쟁점건축물은 취득세 면제대상이라 할 것인바, 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법규의 엄격해석 원칙 등에 비추어 「지방세특례제한법」부칙 제25조는 사업시행자와 분양계약을 체결한 경우에만 적용이 가능한바, 별개의 법인격을 갖는 분할 전 법인과 청구법인을 동일시 할 수 없다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면 요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2014.1.16. 선고 2014두18384 판결 등 참조).

(나)「지방세특례제한법」부칙 제25조는 산업단지 시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자가 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하여 부동산을 취득하는 경우에 한하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 조세법규의 엄격해석 원칙 및 입법취지 등에 비추어 보면 사업시행자와 분양계약을 체결한 경우에만 「지방세특례제한법」부칙 제25조가 적용되어야 한다.

(다) 분할신설법인인 청구법인이 분할 전 법인의 권리와 의무를 포괄하여 승계하였다고 하나, 법인은 독립된 법인격을 가지고 권리의무가 주체가 되므로 분할신설법인인 청구법인과 분할 전 법인을 동일시 할 수 없는바, 청구법인은 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당하지 아니한다.

(2) 따라서 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

분할 전 법인이 2015.12.31. 이전에 산업단지 사업시행자와 분양계약을 체결하는 방법으로 토지를 취득하였으므로, 분할 전 법인을 포괄승계한 분할신설법인인 청구법인이 그 지상에 증축한 쟁점건축물은 취득세 면제 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세기본법

제17조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

제41조[법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계] 법인이 합병한 경우에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다.

제44조[연대납세의무] ② 법인이 분할되거나 분할합병되는 경우 분할되는 법인에 대하여 분할일 또는 분할합병일 이전에 부과되거나 납세의무가 성립된 지방자치단체의 징수금은 다음 각 호의 법인이 연대하여 납부할 의무를 진다.

1. 분할되는 법인

2. 분할 또는 분할합병으로 설립되는 법인

3. 분할되는 법인의 일부가 다른 법인에 합병되어 그 다른 법인이 존속하는 경우 그 다른 법인(이하 "존속하는 분할합병의 상대방 법인"이라 한다)

(2) 지방세특례제한법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(

「건축법」제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(

「건축법」제2조

제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

부칙 제25조[산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례] 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(

「건축법」제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(

「건축법」제2조

제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

(5) 상법

제530조의9[분할 및 분할합병 후의 회사의 책임] ① 분할회사, 단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할 또는 분할합병 전의 분할회사 채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있다.

② 제1항에도 불구하고 분할회사가 제530조의3 제2항에 따른 결의로 분할에 의하여 회사를 설립하는 경우에는 단순분할신설회사는 분할회사의 채무 중에서 분할계획서에 승계하기로 정한 채무에 대한 책임만을 부담하는 것으로 정할 수 있다. 이 경우 분할회사가 분할 후에 존속하는 경우에는 단순분할신설회사가 부담하지 아니하는 채무에 대한 책임만을 부담한다.

③ 분할합병의 경우에 분할회사는 제530조의3 제2항에 따른 결의로 분할합병에 따른 출자를 받는 분할승계회사 또는 분할합병신설회사가 분할회사의 채무 중에서 분할합병계약서에 승계하기로 정한 채무에 대한 책임만을 부담하는 것으로 정할 수 있다. 이 경우 제2항 후단을 준용한다.

④ 제2항의 경우에는 제439조 제3항 및 제527조의5를 준용한다.

제530조의10[분할 또는 분할합병의 효과] 단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서에서 정하는 바에 따라 승계한다.

(6) 건축법

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "건축"이란 건축물을 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축(再築)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다.

(7) 세종특별자치시 시세 감면 조례(2017.4.10. 세종특별자치시조례 제1003호로 개정된 것)

제8조의3(산업단지 등에 대한 추가감면) 법 제78조 제8항에 따른 취득세의 추가 경감률은 100분의 25(법 제78조 제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)로 하며, 2019년 12월 31일까지 해당 추가 경감률을 적용한다.

부칙 제1조[시행일] 이 조례는 공포한 날부터 시행한다.

제2조[감면기한 연장 등에 관한 적용례] 이 조례의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) OOO입주분양계약서(2001.12.27.)에 의하면, 분할 전 법인은 2001.12.27. OOO사업시행자인 OOO과 이 건 토지에 관한 분양계약을 체결한 사실이 확인된다.

(나) 분할 전 법인의 투자설명서(2012.8.14.)를 보면, 분할 전 법인은 2012.10.1. 인적분할을 실시하여, 분할 전 법인이 영위하던 부동산 임대 및 투자사업 부문은 OOO주식회사로, 화장품 및 의약품 제조·판매사업 부문은 청구법인으로 분리되었고, 청구법인은 분할계획에 따라 이 건 토지 및 제약공장, 분양계약상 입주기업의 지위를 비롯하여 화장품·제약 사업 부문에 속하는 일체의 권리·의무와 재산적 가치가 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등 모두 포함)를 이전받은 것으로 나타난다.

(다) 청구법인의 내부기안문(2015.9.8.)에 의하면, 쟁점건축물의 투자 목적은 아래와 같다.

＜기안문 주요 내용＞

(라) 사용승인서(2017.1.19.) 및 일반건축물 대장에 의하면, 청구법인은 이 건 토지 위의 제약공장을 증축(12,088.61㎡, 쟁점건축물)한 사실이 나타난다.

(마) 청구법인의 사업보고서(2017년)를 보면, 아래와 같이 쟁점건축물 취득일이 포함된 2017년 청구법인의 사업보고서상 공장 증설을 통한 생산대응능력 향상과 무균제의 생산능력이 추가된 사실이 확인된다.

＜사업보고서 중 “II. 사업의 내용” 관련 부분 ＞

(바) 청구법인은 쟁점건축물이 기존 공장과 구별되는 점이 무균제 생산설비를 신규로 도입하였다는 것이고, 이는 쟁점건축물 취득 후 무균제의 생산이 지속적으로 이루어져 청구법인의 사업에 사용되고 있다고 주장하면서 사업보고서(2019년)을 제출하였는바, 주요 내용은 아래와 같다.

＜사업보고서 중 “II. 사업의 내용” 관련 부분 ＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가)

「지방세특례제한법」제78조

제4항 및 제8항, 「세종특별자치시 시세 감면 조례」제8조의3은 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 2019.12.31.까지 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」부칙 제25조는 산업단지의 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하고 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 관하여 같은 법 제78조 제4항의 규정에도 불구하고 2017.12.31.까지 종전의 법률에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 처분청은 분할신설법인인 청구법인과 분할 전 법인을 동일한 법인이 아니라는 이유로 청구법인이 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 법 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결한 자에 해당하지 않는다고 보아 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 청구법인과 분할 전 법인을 별개로 보아 「지방세특례제한법」부칙 제25조의 적용을 부인한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 회사 분할의 경우 분할계획서에 정한 바에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 분할로 인하여 신설되거나 존속되는 회사에 포괄승계된다고 보는 것이 타당하다 하겠다(조심 2019지2056, 2019.10.7., 대법원 2013.6.27. 선고 2012두11782 판결 등 다수 같은 뜻임).

2) 청구법인은 「상법」에 규정된 분할절차에 따라 분할 전 법인으로부터 산업단지 시행자와 분양계약을 체결한 계약상의 당사자 지위 뿐만 아니라 OOO내의 토지 분양계약에 관한 권리·의무를 일괄하여 포괄승계한 것으로 볼 수 있고, 그에 관한 계약상의 지위 및 권리·의무가 성질상 이전이 제한되는 것이라고 보기도 어렵다 하겠다.

3) 청구법인은 쟁점건축물을 증축한 이후, 그 곳에 기존 의약품 생산설비를 증설하고 무균제 생산설비를 신규로 도입하는 등 쟁점건축물을 분할 전 법인이 영위하던 의약품제조업 등을 영위하기 위한 공장으로 사용하는 사실이 확인되는바, 청구법인은 당초 산업단지 시행자와 분양계약을 체결한 의약품제조업을 영위하던 분할 전 법인의 포괄승계인의 지위에서 쟁점건축물을 신축하였다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.