조심 2020지0699 (2021.05.11)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 주식회사 OOO(청구법인의 변경 전 상호, 이하 “청구법인”이라 한다)은 2015.9.1. 주식회사 OOO(이하 “구 OOO”이라 한다)을 합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하였다. 나. 그 후, 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병에 따른 자본금 증자등기(이하 “이 건 등기”라 한다)를 하기 위하여, 그 출자금(자본금) OOO에 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목 2)에서 규정한 세율(1천분의 4)을 곱하여 산출한 등록면허세 OOO(이하 “이 건 등록면허세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다. 다. 청구법인은 2019.11.28. 이 건 등기에 대하여는 구「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다)에서 법인의 합병에 따른 등기에 대하여는 등록면허세를 2014.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “이 건 부칙”이라 한다) 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로 이 건 등기에 대하여는 종전규정을 적용하여 등록면허세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 등록면허세 등에 대한 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.23. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 종전규정에서 법인의 합병으로 양수받은 재산의 등기 및 법인 등기에 대하여는 2014.12.31.까지 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있고, 이 건 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (2) 법인합병에 따른 등록면허세를 면제한다는 규정은 지난 40년간 유지되던 규정으로 청구법인은 향후에도 등록면허세가 계속하여 면제될 것이라고 믿고, 2012.1.27.부터 이 건 합병을 위한 준비 작업을 시작하여 2014.10.29. 이 건 합병계약을 체결하였으며, 이 건 부칙 제14조에서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세’에는 그 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우도 포함하여야 할 것이다. (3) 또한, 조세심판원도 이러한 취지에서 취득세의 과세요건 사실인 건축물 취득의 중요한 원인행위를 ‘건축물의 착공’으로 보고 있는바(조심 2018지867, 2019.6.24. 외 다수), 이 건 등기의 경우에는 ‘합병계약의 체결’을 그 원인행위로 보는 것이 타당하다. (4) 청구법인은 종전규정이 시행 중인 2014.10.29. 이 건 등기의 원인행위라 할 수 있는 이 건 합병계약을 체결한 후, 합병과 관련된 통합작업 등 중요한 행위를 수행하였으므로 이 건 합병에 따른 등록면허세 등은 이 건 부칙 제14조에서 규정하고 있는 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 해당된다 할 것으로, 이 건 등기에 대한 등록면허세는 종전규정인 「지방세특례제한법」제57조 제1항에 따라 전액 면제되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 대법원은 2009.9.10. 선고 2008두9324 판결에서 계속 적용을 전제로 만들어지는 일반 법령 규정과 달리 한시적 세액 감면제도에 대한 납세자의 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적·잠정적·일시적인 것에 불과하다는 취지로 판결하였는바, 청구법인이 이 건 합병에 따른 등기에 대한 등록면허세가 면제될 것이라고 신뢰하였다고 하더라도, 이는 잠정적·일시적인 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없는바, 개정된 감면조항을 특별히 명시한 조항 없이 일반적 경과조치에 대한 부칙만으로 이 건 등기에 대한 등록면허세를 면제할 수는 없다고 할 것이다. (2) 개정된 법령에서 경과조치에 관한 적용은 특별한 경과규정을 두지 않는 경우에 한하여 일반적 경과조치를 적용해야할 것인데, 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31.까지 합병한 금융기관에 대해서만 종전의 감면규정을 적용한다고 규정하고 있고, 여기에서 ‘합병’이란 합병 후의 존속법인 등이 합병등기를 한 때를 말하는 것이므로 2015.9.1. 합병한 청구법인은 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 법인합병에 따른 자본금증자등기에 대해 이 건 부칙 제14조에 따라 종전규정인 구「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항을 적용하여 등록면허세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인과 구 OOO의 이 건 합병 관련 일자별 주요 추진 내용은 아래와 같다. (나) 청구법인과 구 OOO2014.10.29. 체결한 이 건 합병계약서의 주요 내용은 아래와 같다. (다) 청구법인과 구 OOO2015.9.1. 합병하였고, 같은 날 청구법인은 자본금 OOO증자하기 위하여 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목 2)의 세율(1천분의 4)을 적용하여 산출한 이 건 등록면허세 등 OOO신고ㆍ납부하였다. (2) 구「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호에서 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병으로 양수받은 재산의 등기 및 법인등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2014.12.31.까지 면제한다고 규정하였으나 2014.12.31. 법률 제12955호로 「지방세특례제한법」제57조 를 삭제하고, 제57조의2 제2항을 신설하여 금융회사 간의 합병으로 양수받은 재산을 합병한 날부터 3년 이내에 등기하는 경우에만 2015.12.31.까지 등록면허세의 100분의 75를 경감하도록 하였다. 또한, 같은 날 개정한 이 건 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 같은 부칙 제17조에서 이 법 시행 전에 종전의 제57조 제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 2015.12.31.까지 종전의 제57조 제1항에 따른다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 등기를 할 당시 시행중인 「지방세특례제한법」제57조의2 제2항 본문에서 법인의 합병으로 양수받은 재산의 등기에 대해서만 등록면허세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있을 뿐 이 건 등기와 같은 법인등기에 대하여는 별도로 감면 규정을 두고 있지 않은 점, 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데, 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아닌 점, 이 건 부칙 제17조에서 금융기관 등의 합병에 관하여 특별히 경과조치를 규정하고 있으므로 여기에 일반적 경과조치인 이 건 부칙 제14조를 적용할 여지는 없다고 보아야 하는 점, 설령, 청구법인의 주장과 같이 이 건 등기에 대하여 일반적 경과조치를 적용할 수 있다고 하더라도 등록면허세는 등기ㆍ등록 당시의 법률과 현황에 따라 부과하는 세목으로 등기ㆍ등록 자체를 원인행위로 하여 납세의무가 성립하는 것이고, 이 건 등기의 원인행위일은 그 등기일인 2015.9.1.이라 할 것인바 종전규정이 삭제된 후 원인행위가 발생한 이 건 등기에 대하여 종전규정을 적용할 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 구 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조[기업구조조정 등 지원을 위한 감면] ① 다음 각 호에서 정하는 법인의 합병으로 양수(讓受)받은 재산의 취득에 대하여는 취득세를, 양수받은 재산의 등기 및 법인등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 4. 제1호부터 제3호까지와 유사한 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 (2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제57조의2[기업합병·분할 등에 대한 감면] ② 다음 각 호에서 정하는 법인의 합병으로 양수받은 재산의 취득에 대해서는 취득세를 2015년 12월 31일까지 면제하고, 합병한 날부터 3년 이내에 양수받은 재산의 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 75을 경감한다. 4. 제1호부터 제3호까지와 유사한 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병 (3) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제17조[금융기관 등의 합병에 관한 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 제57조 제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 2015년 12월 31일까지 종전의 제57조 제1항에 따른다. (4) 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것) 제28조[법인 합병의 범위 등] ① 법 제57조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을 말한다. 1.「금융산업의 구조개선에 관한 법률」제4조에 따라 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병 (5) 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정된 것) 제28조의2[법인 합병의 범위 등] ② 법 제57조의2 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을 말한다. 1.「금융산업의 구조개선에 관한 법률」제4조에 따라 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병 (6) 지방세법 제27조[과세표준] ④ 채권금액으로 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것의 가액 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다. 제28조[세율] ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 6. 법인 등기 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인 2) 자본증가 또는 출자증가 : 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4