조심 2016서3310 (2017.04.13)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2012년 4월경 청구법인에 대한 2009～2011사업연도 법인세통합조사를 한 결과, 청구법인이 누락한 수입금액 합계 OOO원과 가공매출액 합계 OOO에 대하여 법인세와 부가가치세를 경정·고지하고, 실행위자인 박OOO에 대하여 OOO원)을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.25. 이의신청을 거쳐 2013.1.31. 우리 원에 심판청구를 제기하였으나, 2013.5.22. 기각결정되었다. 나. 청구법인은 기 신고한 매출액(2009～2011사업연도) 중 OOO원이 가공매출액이므로 관련된 법인세 및 부가가치세를 취소해야 한다는 취지의 행정소송을 2013.8.19. 서울행정법원에 제기하였고, 처분청은 2015.11.3. 청구법인이 신고한 매출액 중 OOO원)을 실물거래 없는 가공매출액으로 하는 서울행정법원의 조정권고(이하 “쟁점조정권고”라 하고, 그 금액을 “쟁점조정권고금액”이라 한다)에 따라 관련된 법인세와 부가가치세를 경정·환급하였으나, 당초 박OOO에 대한 소득금액변동통지금액은 경정하지 아니하였다. 다. 청구법인은 2016.4.20. 박OOO에 대한 인정상여금액을 감액하여 기납부한 2009년～2011년 귀속 근로소득세(원천징수분)를 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.5.10. 쟁점조정권고에 상여처분을 취소하라는 내용이 없다는 이유로 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 사건 소득금액변동통지는 청구법인이 2009년부터 2011년까지 법인세 및 부가가치세를 신고·납부할 때 매출액을 누락하여 과소신고하였음을 기초로 한 처분이다. 법원은 처분청이 매출누락액이라고 판단한 금액 중 일부가 실제 매출누락액이 아니라고 판단하고, 청구법인에 대한 법인세 및 부가가치세 과세처분 중 쟁점조정권고액에 관한 부분을 취소하라는 취지의 쟁점조정권고를 하였다. 따라서 이 사건 부과처분의 후속처분인 이 사건 소득금액변동통지 중 쟁점조정권고액을 기초로 산정한 상여처분은 그 처분사유가 없으므로 위법하고, 청구법인이 이 사건 소득금액변동통지에 따라 납부한 세액 중 위 위법한 상여처분으로 인한 부분은 환급되어야 한다. (2) 처분청은 소득금액변동통지가 이 사건 세무조사 당시 파악된 중국 보따리상과의 거래관련 매출누락에 관한 것인데, 쟁점조정권고에서 추가로 인정된 가공매출액은 보따리상이 아닌 다른 거래처와 관련된 것이므로 추가로 인정된 가공매출이 있다고 해서 소득처분금액을 감액할 수는 없다고 하나 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 세무조사 당시 적발된 매출누락은 청구법인이 중국 보따리상과 거래를 하면서 세금계산서를 발급하지 못하여 발생한 것이고, 가공매출은 누락된 매출을 신고하기 위하여 다른 거래처에 허위의 세금계산서를 발급하면서 발생한 것인바, 그 발생 경위와 성격상 매출누락과 가공매출은 서로 밀접한 관련이 있다. 또한, 법인세를 신고하면서 일부 매출을 누락하였더라도 그에 상응하는 가공매출을 인식하였다면 가공매출액 상당액은 사외유출이 없으므로, ‘매출누락액에서 가공매출액을 차감한 금액’을 사외유출된 것으로 보아야 한다. 따라서 처분청의 의견처럼 매출누락과 가공매출은 전혀 무관한 별개의 것이 아니다. (나) 처분청이 당초 청구법인에게 소득금액변동통지를 할 때, 매출누락액 전부에 대하여 상여처분을 하지 않고, 그 중 가공매출로 파악된 부분은 사내에 유보된 것으로 처리하였으며, 가공매출액을 제외한 나머지 금액만 사외로 유출된 것이라고 보아 상여처분을 하였다. 청구법인은 행정소송에서 세무조사 당시 파악된 가공매출액과 그 성격이 완전히 동일한 가공매출액이 더 있고, 이를 고려하면 청구법인에 대한 법인세 및 부가가치세의 부과처분 중 일부가 취소되어야 한다는 취지로 주장하였으며 법원이 이를 받아들여 쟁점조정권고를 하였다. 따라서 쟁점조정권고에 따라 추가로 인정된 가공매출액(쟁점조정권고액)만큼 상여처분액도 당연히 감액하여야 한다. (3) 청구법인은 소득금액변동통지의 취소를 구하고 있는 것이 아니라, 소득금액변동통지에 따라 추가로 신고·납부한 원천징수액 중 일부의 환급을 구하는 경정청구를 처분청이 거부하여 그 취소를 구하고 있는 것이므로, 이 사건 행정소송에서 소득금액변동통지의 취소를 구하지 않았다거나, 쟁점조정권고에 소득금액변동통지에 관한 언급이 없다는 점은 이 건 경정청구의 거부처분이 적법하다는 이유가 될 수 없다. (가) 쟁점조정권고에 소득금액변동통지에 관한 언급이 없는 것은 소득금액변동통지가 위 소송에서의 쟁송 대상이 아니었기 때문일 뿐이고, (나) 청구법인이 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하지 않더라도, 경정청구를 통하여 원천징수액의 환급을 구할 권리가 법적으로 보장되므로, 처분청은 이 사건 소득금액변동통지의 취소 여부와 무관하게 경정청구에 합리적인 사유가 있다면 이를 받아들여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 당초 조사시 경정한 매출누락 및 상여처분은 중국 등지의 보따리상 및 OOO 차OOO 외 9개 업체의 국내사업자에게 중기부품을 판매하고 그 대금을 차명계좌를 통하여 수금하고 신고누락한 금액에 대한 것이며, 쟁점조정권고로 확정되어 가공매출로 감된 쟁점조정권고액은 당초 조사시 매출누락으로 경정한 거래에 대한 것이 아니고 청구인이 기 신고한 매출액(신일정밀 외 82개 업체)에 대한 것으로, 그 처분대상이 다르므로 법인세 과세표준이 감액되었다고 하여 소득처분도 필연적으로 취소되어야 하는 것은 아니며, 당초 조사시 부외 매출누락에 대한 인정상여처분 금액 중 가공매출로 감액된 금액만큼 상여처분도 감액되어야 하는지 여부는 추가로 확인되어야 할 사항으로 당초 행정소송 제기 시 소장 청구취지에 소득금액변동통지에 대한 내용이 없고, 또한 쟁점조정권고에도 이에 대한 언급이 없으므로, 당초 조사시 매출누락액에 대해 처분한 상여를 취소할 근거가 없다. 법인의 부외 매출누락금액은 특별한 사정이 없는 한 원가상당액을 포함한 매출금액 전액이고, 이 경우 그 매출액이 사외유출되지 아니하였다는 것에 대한 입증책임은 특별한 사정이 없는 한 이를 주장하는 측에 있다. (2) 후발적 사유에 의한 경정청구는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 경우이거나, 그 이외에 의제자백에 의한 판결이나, 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등과 같이 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고, 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의하여 쉽게 확정될 수 있으며 조세회피의 목적이 없다고 인정되는 경우만을 한정하는 것(서울행정법원 2006.10.11. 선고 2006구합11934 판결, 같은 뜻임)으로, 청구법인이 제기한 행정소송에서 당초 조사에서의 상여처분에 대해 심리하지 않은 이상 소득처분에 대한 불복청구기간이 도과하였으므로 이를 불복하는 것은 부적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점조정권고 혹은 그에 따른 법인세 등의 일부 취소를 후발적인 경정청구사유로 볼 수 있는지 여부 ② (쟁점① 인용시) 가공매출액을 법인의 소득금액에서 제외하면서 관련 상여처분액을 조정하지 아니한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다. 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (3) 국세기본법 제45조의2[경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (4) 국세기본법 시행령 제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우 4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 조사청의 청구법인에 대한 조사내용 및 과세내역은 다음과 같다. (가) 조사청은 청구법인을 차명계좌를 이용한 매출누락 혐의가 있는 업체로 보아 조사대상자로 선정하여 2009～2011사업연도에 대한 법인세 통합조사를 2012.4.5.～2012.6.15. 기간 중 실시하였다. (나) 당시 청구법인의 대표이사 신OOO은 형식상 대표이사에 불과하고 실질적 사주는 박OOO(등기상 감사로 등재되어 있으나 청구법인의 창립자이고 청구법인의 거래 전반을 총괄하며, 조세포탈 및 자료상의 실행위자)였던바, 박OOO는 매출누락분을 자신의 개인계좌 등으로 받아 관리하였고, 사실과 다른 세금계산서 발행분에 대해서는 법인계좌로 거래대금을 받고 부가가치세 제외한 나머지를 개인계좌로 인출하여 반환하는 등의 방법으로 실거래로 위장하였다. (다) 조사청은 아래 ＜표1＞과 같이 매출누락 OOO원과 가공매출 OOO원을 적출하였는바, 1) 매출누락은 중기부품 중국 등지의 보따리상 판매(평택항 등 국내에서 상품 인도)분 OOO원, OOO 차OOO 외 9개 국내사업 판매분 OOO원을 차명계좌를 통해 수금하고, 이를 신고누락한 것이었으며, 가공매출은 부가가치세만 박OOO 개인계좌로 입금받은 OOO장비서울북부대리점 외 24개 업체(OOO원), 거래대금를 법인계좌로 입금받은 후 되돌려주거나 부가가치세만 입금받은 OOO원[OOO 외 15개 업체], 거래사실이 전혀 확인되지 않은 OOO원[OOO 외 7개 업체]이었다. ＜표1＞ 법인세 수입금액 신고 및 조사 적출 내역 2) 매입의 경우 전체(OOO원)의 90%가 중기제조업체인 OOO 주식회사와의 거래로서 부실매입자료는 확인되지 아니하였다. (라) 이러한 조사내용에 근거하여 처분청은 청구법인에게 법인세 2009～2011사업연도 합계 OOO원 및 부가가치세 2009년 제1기～2011년 제2기 합계 OOO원을 각 경정·고지하면서, 매출누락액과 가공매출액의 차액 2009～2011년 귀속분 합계 OOO원을 실질대표자(박OOO)에 대한 상여로 소득처분하여 각 소득금액변동통지를 하였다. (2) 청구법인의 불복경위 및 쟁점조정권고의 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 위 과세처분에 불복하여 2012.9.25. 이의신청을 제기한 결과 청구법인이 주장한 무자료 매입액(OOO원) 및 추가 급여지급액(OOO원)에 대해 재조사 결정되었고, 재조사에 따라 부외 매출원가 2010년 OOO원이 추인되어, 관련 법인세 및 박OOO에 대한 소득금액변동통지액이 각 감액경정되었다. 한편, 청구법인은 중기부품의 중국 수출에 대한 증빙부족 등으로 부득이 자료를 맞추기 위하여 OOO원의 가공매출을 하였다고 주장하였으나 동 주장은 기각되었다. (나) 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.31. 가공매출 OOO원을 추인해 달라는 취지의 심판청구(세부내역은 아래 ＜표2＞ 참조)를 우리 원에 제기하였고, 우리 원은 거래상대방의 확인서 미제출 등 입증 불비를 이유로 기각 결정(조심 2013서847, 2013.5.22.)하였다. ＜표2＞ 당초 심판청구 내용 요약 (다) 이에 청구법인은 행정소송을 제기(서울행정법원 2013구합21083)하였고, 행정소송 계속 중 쟁점조정권고에 따라 처분청은 청구법인이 주장하는 가공매출액 OOO원 중 60%를 추가 인정하여 청구법인에 대한 과세처분 일부를 취소하고, 청구법인은 2016.3.10. 소를 취하하였다. 1) 쟁점조정권고의 조정권고안에는 청구법인에 대한 법인세 및 부가가치세 각 부과처분 중 쟁점조정권고액을 각 과세기간별 매출액에서 제외하여 산정한 세액을 초과하는 부분을 취소하라고 기재되어 있고, 2) 권고이유부분에 의하면 제출된 금융자료, 거래처의 부가가치세 수정신고의 내용 등을 종합하여 볼 때, 쟁점조정권고액은 실물 거래 없는 가공 매출이라고 봄이 타당하므로, 이를 매출액에서 제외하는 것으로 과세표준 및 세액을 산정하여 경정할 것을 권고한다고 기재되어 있다. (라) 한편, 청구법인은 이의신청 등을 거치면서 법인세 및 부가가치세 부과처분에 대하여만 불복하였을 뿐, 소득금액변동통지에 대하여는 다투지 아니하였다. (3) 청구법인은 2016.3.8. 처분청에게 기납부한 근로소득세 원천징수액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.5.10. 이를 거부한 것으로 나타나는바, 청구이유와 기각사유는 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인의 경정청구이유 및 처분청의 거부사유 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 소득금액변동통지의 근거가 된 법인세 부과처분이 쟁점조정권고에 의해 감액경정된 것은 대응하는 소득세의 감액경정을 청구할 수 있는 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하나, 1) 「국세기본법」제45조의2 제2항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하거나 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고.결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액에 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’, 제5호에서 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’를 규정하고 있고, 위 제5호의 위임에 따라 같은 법 시행령 제25조의2 제1호는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’ 등을 그 사유로 규정하고 있고, 위 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호는 당초 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 밖의 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 당초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우에 적용되는 것인바, 쟁점조정권고에 의한 법인세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정·신속한 해결을 위하여 조정안을 권고하고 소송당사자가 이를 받아들여 처분청이 기재된 내용대로 처분을 변경하고 그에 따라 청구법인이 소를 취하함으로써 소송이 종결된 것에 불과하므로 위 조항에서 정한 후발적 경정청구사유에는 해당하지 아니하는 것으로 보인다. 2) 또한, 「국세기본법 시행령」제25조의2 제1호는 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 이에 준하는 처분이 취소된 경우에 적용되는 것인바, 이는 납세의무자의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세의무자를 보호하기 위하여 예외적으로 허용된 후발적 경정청구사유로 보이는 점, 청구법인이 소득금액변동통지 처분에 대한 불복이나 신고.납부한 근로소득세에 대한 경정청구 등을 통하여 근로소득세 납세의무를 다투지 아니한 점 등을 고려할 때 법인세 등 과세처분의 일부 취소는 위 「국세기본법 시행령」제25조의2 제1호에서 규정한 취소에 해당하지 아니하는 것이라 하겠다. 따라서 청구법인에게는 「국세기본법」제45조의2 제2항에서 규정한 후발적 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 기각됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.