조심 2022전1543 (2022.12.05)

OOO서장이 2021.8.2. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세(무신고 및 납부불성실가산세) OOO원의 경정거부처분은 청구법인이 2016년 귀속 양도소득세로 납부한 OOO원을 청구법인의 2016사업연도 법인세 기납부세액으로 하여 납부불성실가산세를 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 소재 임야(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.9.26. 김○○ 외 3인(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도한 후, 이를 사업용 토지로 보아 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 지방자치단체에 등록된 부동산등기용등록번호(344-22-*****)로 2016.10.17. 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지를 법인으로 보는 단체 외의 법인 아닌 단체가 양도하는 비사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2019.12.18. 청구법인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지(이하 “이 건 양도소득세 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.3. 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 2021.2.17. 청구법인은 법인으로 보는 단체에 해당하므로 처분청이 청구법인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다는 이유로 이 건 양도소득세 처분을 취소하는 결정(조심 2020전2405, 2021.2.17.)을 하였다.

라. 처분청은 위 결정에 따라, 2021.3.25. 및 2021.3.30. 청구인이 납부한 양도소득세 OOO원, 경정고지에 따른 세액 OOO원, 환급가산금 OOO원 합계 OOO원을 환급하였다.

마. 청구법인은 2021.4.1. 쟁점토지 양도에 대해 2016사업연도 법인세 기한후신고를 하면서, 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 적용하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 OOO원 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

바. 청구법인은 2021.6.10. 기한후신고 당시 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 잘못 계산하여 신고한 것이라고 주장하며 2016사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.8.2. 법률의 부지에 불과하다는 이유로 거부하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.6. 이의신청을 거쳐, 2021.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 기납부한 양도소득세는 청구법인의 법인세 기납부세액에 해당하므로, 양도소득세와 법인세 차액에 대해서만 가산세 납세의무가 있다 할 것임에도, 처분청은 법인세 전액에 대한 가산세 납세의무가 있는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 이는 위법하다.

(가)

「국세기본법」제51조

제2항에 의하면 과세관청은 국세환급금이 발생한 경우 국세 및 강제징수비에 충당하도록 의무를 부여하고 있는바, 청구법인이 기납부한 양도소득세는 청구법인에게 부과할 법인세에 충당하여야 한다.

1)

「국세기본법」제51조

제2항은 “세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(

「국세징수법」 제9조

에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.”라고 규정하고 있는바, 처분청은 청구법인에게 충당에 동의하는지 확인하여 국세에 충당하였어야 한다. 그러나 처분청은 이러한 충당 과정을 거치지 아니하고 청구법인에게 양도소득세를 환급하였다.

2) 특히

「국세기본법」제13조

제2항은 “제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.”고 규정하고 있는바, 양도소득세를 신고한 청구법인과 법인세 납세의무가 있는 청구법인은 계속성과 동질성이 유지된다고 할 것이다.

3) 청구법인은 양도소득세 신고할 당시 신고 서식은 비록 양도소득세 신고서식을 작성하여 제출하였으나 신고인란에 기재된 신고인이 “OOO”으로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 주민등록번호란에 기재된 “부동산등기용등록번호”와 신고서에 첨부된 “부동산매매계약서”상 매도인란에 OOO 직인이 찍혀있는 등, 누가 보더라도 양도소득세 신고·납부 주체가 청구법인이라는 사실은 알 수 있었다.

4) 따라서, 처분청은 동일한 납세자에 대하여 기존 처분을 취소하고 법인세를 징수한 것이므로, 청구법인에게 발생한 국세환급급을 기납부세액으로 공제한 후 가산세를 산정하여야 한다.

5) 최근 대법원은 이와 유사한 사례(명의대여자와 실질사업자에 대한 종합소득세 과세 사례)에서, 당초 명의대여자에 대한 종합소득세 과세를 취소하고, 실질사업자에 대하여 종합소득세를 과세하면서 (명의대여자 명의의) 기납부된 종합소득세를 기납부세액으로 처리하지 않고 모두 환급한 후, 실질사업자에게 다시 종합소득세를 부과하면서 무신고가산세 부과처분 및 납부불성실가산세 부과처분을 한 사안에서, 가산세 부과처분이 무효라는 취지로 판단(대법원 2019.5.16. 선고 2018두34848 판결 참조)하기도 하였다.

(2) 설령 청구법인이 납부한 양도소득세를 기납부세액으로 볼 수 없다 하더라도, 처분청 또한 2019.12.18. 이 건 양도소득세 처분을 하였고, 그 이후 선행 심판결정이 있기까지 처분청은 양도소득세 부과처분이 정당하다는 입장을 표명하였는바, 청구법인은 법인세를 납부하려고 하여도 납부할 수 없는 상황에 있었다. 통상적으로 처분청의 잘못된 판단으로 처분이 취소되는 경우에는 당초 처분청의 잘못된 판단이 있었던 때부터 다시 새로운 처분이 이루어지기까지 기간 동안은 가산세를 부과하지 않는다. 이 건 역시 세목만 달라졌을 뿐 청구법인이 법인세를 납부하지 못한 것은 처분청이 이 건 양도소득세 처분이 정당하다는 판단을 유지하고 있었던 것으로 인한 것이므로, 위 기간에 대한 가산세는 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 법인세와 양도소득세는 별도의 세목이므로 청구인의 양도소득세 신고를 법인세 신고로 볼 수 없고, 따라서 청구인에게는 법인세 가산세를 감면할 정당한 사유가 없으므로 당초 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 기납부한 양도소득세에 대하여 법인세 기한후신고시 기납부세액으로 충당신청을 하지 않고 환급가산금 OOO원을 포함한 OOO원을 환급받았다.

(나) 그런데 양도소득세와 법인세는 별개의 세목으로 당시 청구법인이 양도소득세를 신고·납부하였다는 사정만으로 법인세 신고·납세의무를 이행한 것으로 볼 수 없어 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 청구인이 법인세와 양도소득세를 혼동한 것은 법률의 부지에 불과하므로, 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 이러한 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011.4.28. 선고 2010두16622 판결 참조).

(나) 또한 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것인바(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 참조), 청구법인의 경우 법령의 부지로 인하여 법인세 신고 대상을 소득세로 잘못 신고한 것에 불과하므로, 가산세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 무신고가산세를 부과한 처분의 당부

② 청구법인은 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세로 이미 세금을 납부하였으므로, 이를 법인세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 감액하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 처분청이 양도소득세를 부과한 이후 청구법인은 법인세를 납부하지 못할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 우리 원은 2021.2.17. 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 양도소득세 처분을 취소하는 결정을 하였다.

＜표1＞ OOO 결정서 내용 중 발췌

○○○

(2) 처분청은 위 결정에 따라 2021.3.25. 및 2021.3.30. 청구법인이 기납부한 양도소득세 및 환급가산금 OOO원 등 합계 OOO원을 환급하였다.

(3) 청구법인이 2021.4.1. 한 2016사업연도 법인세 기한후신고 및 가산세 계산내역은 아래 ＜표2＞, ＜표3＞과 같다.

＜표2＞ 청구법인 법인세 기한후신고 내역

○○○

＜표3＞ 청구법인의 가산세 계산내역

○○○

(4) 처분청이 제시한 국세청 통합전산망 자료에 의하면 청구법인의 법인으로 보는 단체로 사업자 변경된 이력은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인 이력 현황

○○○

(5) 청구법인이 당초 양도소득세를 신고할 당시 제출한 서류에 따르면, 청구법인은 2016.10.17. 아래 ＜그림1＞과 같이 344-22-*****라는 부동산등기용등록번호로 양도소득세를 신고·납부한 사실이 확인되며 양도소득세 신고서의 신고인 란에는 청구법인인 OOO이 기재되어 있고, 아래 ＜그림2＞와 같이 청구법인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서의 매도인 란에도 매도인에 OOO, 대표자 안○○으로 기재되어 있고, OOO 직인과 안○○의 도장이 각각 날인되어 있다.

＜그림1＞ 양도소득세 신고서 내용 중 발췌

○○○

＜그림2＞ 부동산매매계약서 내용 중 발췌

○○○

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 2016.10.17. 2016년 귀속 양도소득세를 신고할 당시 청구법인 명의로 청구법인의 부동산등기용등록번호를 사용하여 양도소득세를 신고하였는바, 처분청은 청구법인이 쟁점토지 양도에 대하여 신고한 것으로 알 수 있었으므로, 비록 양도소득세 신고서식을 작성하여 제출하였다 하더라도 정상적으로 법인세를 신고한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 수익사업을 영위하였으므로

「법인세법」제62조의2

제1항에 따라 법인세 과세표준 신고를 하지 않을 수 있는 경우에 해당하지 아니하는 점, 따라서 청구법인은

「법인세법」제60조

제1항에 따라 법인세 신고의무가 있는 법인에 해당하는 점, 그런데

「법인세법」제60조

제5항에 따르면 법인세 신고를 할 때 신고서에 제1항 제1호(재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서) 및 제2호(세무조정계산서)의 서류를 첨부하지 아니하는 경우 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다고 규정하고 있는데, 청구법인은 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세를 신고할 당시 처분청에 위 서류를 첨부하여 신고한 사실이 없는 점 등에 비추어보면, 청구법인의 양도소득세 신고는 「법인세법」에 따른 신고로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 법인세와 양도소득세는 별개의 세목이므로 청구법인이 양도소득세를 납부하였다 하더라도 이를 법인세 기납부세액으로 보기는 어렵다는 의견이나, 2019.12.31. 법률 제16841호로 신설된

「국세기본법」제51조

제11항은 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(실질귀속자)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다”고 규정하고 있으므로, 예컨대 실질귀속자인 법인의 대표자가 법인 명의로 소득을 얻는 경우와 같이 당초 명의대여자인 법인에 대하여 ‘법인세’가 과세되었다가 이를 취소하고 실질귀속자인 대표자에게 다시 ‘소득세’를 과세하는 경우에도

「국세기본법」제51조

제11항이 적용된다 할 것인바, 위 규정의 취지는 실질적으로 동일한 납세자가 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 세목과 관계없이 기납부세액으로 인정된다는 취지로 이해되는 점, 이 건과 같이 청구법인에 대한 양도소득세가 취소되는 결과 법인세가 과세될 수밖에 없는 경우와 같이 서로 밀접한 관계에 있는 경우에는 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라 할 것인 점(조심 2012서3715, 2013.1.16. 참조) 등에 비추어 보면, 처분청이 양도소득세로 기납부한 OOO원을 법인세 기납부세액으로 볼 수 없다는 전제 하에 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③은 쟁점②가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)

제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(

「법인세법」 제1조

제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」, 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(

「소득세법」 제70조

및 제124조 또는

「법인세법」 제60조

, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가

「소득세법」 제160조

제3항에 따른 복식부기의무자(이하 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항, 제49조 제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 “영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만,

「인지세법」 제8조

제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(

「국세징수법」 제9조

에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항 제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세 및 강제징수비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.

④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항 제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다.

⑪ 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(이하 이 항에서 “실질귀속자”라 한다)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다.

제52조(국세환급가산금) ① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

(3) 국세기본법 시행령

제31조(국세환급금의 충당) ① 세무서장은 법 제51조 제2항 및 제8항에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 다른 국세 또는 강제징수비에 충당한 경우에는 그 뜻을 적은 문서로 해당 납세자에게 통지해야 한다.

② 법 제51조 제2항에 따라 국세환급금을 충당할 경우에는 같은 항 제2호의 체납된 국세 및 강제징수비에 우선 충당해야 한다. 다만, 납세자가 같은 항 제1호의 납부고지에 따라 납부하는 국세에 충당하는 것을 동의하거나 신청한 경우에는 납부고지에 따라 납부하는 국세에 우선 충당해야 한다.

③ 법 제51조 제8항에 따른 국세환급금은 국세환급금이 발생한 세목과 같은 세목이 있는 경우 같은 세목에 우선 충당한다.

④ 법 제51조 제2항 및 제8항에 따라 충당할 국세환급금이 2건 이상인 경우에는 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 충당하여야 한다.

(4) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것)

제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가.

「민법」 제32조

에 따라 설립된 법인

나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서

「민법」 제32조

에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다.

「국세기본법」 제13조

제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하면 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1.

「소득세법」 제94조

제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3.

「소득세법」 제94조

제1항 제2호 및 제4호의 자산