조심 2021인1169 (2021.10.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.6.5. 개업하여 핸드폰 증착 제조업 등을 영위하는 법인사업자로, 2018.12.5. 대표이사 AAA로부터 아래 ＜표1＞ 내용의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 대표이사 AAA의 기타소득에 대한 원천세 OOO원을 징수ㆍ납부하였고 2018사업연도 법인세 신고 시 결산서 상 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하였다. ＜표1＞ 쟁점특허권의 출원 및 등록 내역 OOO 나. OOO청장은 2020.2.4.부터 2020.2.28.까지 처분청에 대한 종합업무감사를 실시하여, 쟁점특허권이 청구법인 소유임에도 청구법인이 대표이사로부터의 특허권 취득거래를 가장하여 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 쟁점금액을 대표이사 AAA에게 상여처분하도록 감사결과 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2020.6.29. 청구법인에게 2018년 귀속 쟁점금액에 대하여 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “당초처분”이라 한다)를 하였다. 다. 청구법인은 당초처분에 불복하여 2020.9.14. 심판청구를 제기(이하 “당초 심판청구”라 한다)하였으나, 처분청이 2020.10.8. 청구법인에게 과세예고 미통지를 이유로 OOO원의 소득금액변동통지를 하여 당초처분을 취소함에 따라 당초 심판청구는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 2021.4.14. 각하 결정되었다. 라. 처분청은 2020.10.15. 당초처분과 동일한 내용으로 청구법인에게 과세예고통지를 한 후, 2020.11.26. 2018년 귀속 쟁점금액에 대하여 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “이 건 처분”이라 한다)를 하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 2020.9.14. 당초 심판청구를 제기하자 처분청은 당초 심판청구 절차에서 청구주장이 옳다고 인정하여 당초처분을 직권으로 취소하였음에도, 2020.11.26. 당초처분과 동일한 내용으로 청구법인에게 소득자를 대표이사 AAA로 한 쟁점금액의 상여처분을 하였는바 이는 위법한 처분이다. 법원에서도 과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정하여 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 「국세기본법」취지에 비추어 볼 때 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전과 동일한 처분을 하는 것은 허용될 수 없다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두56790 판결, 대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결 등 참조)고 판시하고 있다. 더욱이 당초처분은 과세예고 미통지로 인해 과세전적부심사를 통해 권리구제를 받을 권리를 침해한 중대ㆍ명백한 절차적 하자가 있는 당연 무효인 처분임에도 이를 직권으로 취소하고 당초처분과 동일한 처분을 다시 한 것은 국민의 권리와 이익을 보호하고 법적 안정성을 도모하기 위하여 특정한 행위에 대해서는 행정청이라도 자유롭게 취소, 변경 및 철회할 수 없다는 행정행위의 불가변력이나 신의칙에 반하는 위법한 처분이다. (2) 쟁점특허권은 AAA가 청구법인 설립 전 개인사업자로 영업을 할 때부터 동종업계 종사자들이 생각해 내지 못한 아이디어를 가지고 AAA 개인의 노력에 의하여 개발.출원한 AAA 개인의 특허로 구체적인 입증 없이 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있다고 보아 쟁점특허권 매입거래를 부인하고 대표이사 AAA에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다. (가) 청구법인의 대표이사 AAA는 20년 이상 증착업에 종사하고 있는 자로 청구법인의 대표이사로 취임하기 전 오랜 기간 동안 쌓은 경험과 노하우를 바탕으로 개인적으로 쟁점특허권을 개발하였고, 청구법인이 제출한 AAA 개인의 발명스케치 및 발명노트, 동종업계에 종사하는 BBB, CCC 대표의 사실확인서, 특허가치 감정평가내용 등을 살펴보면 쟁점특허권은 청구법인의 대표이사 AAA 개인의 소유임이 명백하다. 1) 청구법인의 대표이사 AAA는 1996년 직장생활부터 증착업에 입문하여 2001.3월 개인사업자로 OOO를 창업하고 2013.6.5. 청구법인을 설립하여 20년 이상 증착업에 종사하고 있으며, AAA는 쟁점특허권 출원 전부터 증착 및 박막코팅 제조분야의 생산성 향상과 불량률 저하를 위한 아이디어를 가지고 개인적으로 실험 및 발명을 계속하는 등 부단히 노력해 왔고, 청구법인이 제출한 대표이사 AAA 개인의 발명스케치, 발명노트 등를 살펴보면 AAA가 쟁점특허권 개발에 전적으로 기여하였다는 사실을 알 수 있다. 2) AAA는 증착대상물을 지그라는 돔에 붙일 때 발생하는 상중하 편차를 줄이기 위해 청구법인 설립 전 2012년경 돔을 만드는 ㈜AAA BBB 대표로부터 많은 도움을 받은 적도 있고, 고진공 다층막 코팅기를 제작하는 OOO 대표 CCC과도 작업을 공유하며 자문과 조언을 구하는 등 개인적으로 쟁점특허권 개발에 노력한 사실이 있으며, 이러한 과정을 통하여 제품의 생산성 향상과 불량률 저하를 위해 편차를 없애는 박막증착장치를 구체화할 수 있었다. 3) AAA는 박막증착장치와 관련한 아이디어 및 발명내용 등을 특허로 권리화하고자 2018.9.7. OOO 변리사 DDD와 특허 출원 등록에 관한 정식 업무 위임계약을 체결하고, 발명의 내용을 직접 특허사무소와 협의를 통해 구체화하여 2018.11.20. 쟁점특허권을 출원하였으며, 청구법인은 AAA가 출원 중인 쟁점특허권을 청구법인의 기술력 향상과 기업 재무구조 개선을 위해 양도받기로 하고, 2개의 특허사무소로부터 쟁점특허권에 대한 감정평가를 받은 후 2018.12월 감정가액인 OOO원을 양도가격으로 하여 쟁점특허권을 AAA로부터 매입하였는바, 적법한 절차를 거쳐 쟁점특허권을 매입한 거래를 특별한 사정 없이 부인한 것은 부당하다. 4) 쟁점특허권은 실험에 특별한 연구시설이나 개발비가 필요하지 않은 아이디어 발상의 전환에 의한 등록에 불과하여 시제품 제작 및 다양한 실험비용이 크게 필요하지 아니하였고, 박막증착장치를 만들 때 2T 알루미늄판이 필요하지만 그 비용도 매우 소액으로 대표이사 AAA는 개인사업자 때부터 개인의 현금으로 동 재료를 구입하여 실험해 왔으며 청구법인에서 쟁점특허권을 개발하는데 별도로 비용을 들이거나 관여한 부분은 없다. (나) 처분청은 2018년 청구법인에 기업부설연구소가 있었다는 이유로 쟁점특허권이 대표이사가 단독으로 개발한 것이 아닌 연구원들의 연구내용을 대표자 명의로 등록한 것이라고 주장하나, 청구법인의 기업부설연구소는 세액공제 혜택을 받기 위하여 기존 관리직원을 연구원으로 이름만 등록한 것으로 청구법인의 인적.물적 설비를 투여하여 발명활동을 한 사실은 없다. 1) 청구법인의 2018사업연도 경상연구개발비 계정을 보면 기술실험을 위한 지출은 없고 2018.3월부터 직원 2명(EEE, FFF)의 연구원급여만 계상된 사실이 있는데, 동 직원들은 원래 연구직이 아니라 청구법인에서 관리업무를 지속해 온 직원들로 연구개발비 관련 세제혜택을 받기 위하여 2018년에 연구원으로 이름만 등록하였을 뿐 연구개발에 실제 투입된 사실은 없다. 청구법인의 기업부설연구소에는 연구일지나 개발 관련 회의도 없었고 기업부설연구소를 통한 특허출원 내역도 없었으며, 기업부설연구소를 없앤 2019년 상기 직원들의 급여를 다시 일반 급여 계정에서 지급한 내역을 보면 청구주장이 사실임을 알 수 있다. 2) 또한, 상기 직원들을 연구개발 전담부서의 연구원으로 등록하여 청구법인이 세액공제받은 금액은 2018사업연도 OOO원에 불과하였는바, 이러한 사실만으로 쟁점특허권을 청구법인의 기업부설연구소에서 개발한 것으로 보는 것은 부당하다. (다) 쟁점특허권은 AAA가 청구법인 설립 전 개인사업자로 영업을 할 때부터의 경험과 노하우를 바탕으로 순전히 개인의 노력과 비용으로 발명한 것으로 AAA가 대표이사로서 청구법인의 근로자로 청구법인 연구개발에 노하우 등 아이디어를 제공한 것으로는 볼 수 없는바, 이는 회사에 대한 특별한 공로로 상여 등으로 처리할 수 있는 성격이 아니고, 쟁점특허권의 양도행위가 근로소득이 아닌 필요경비가 있는 기타소득 규정을 적용받아 세부담을 줄이기 위한 형식에 불과하고 대표이사라는 직위를 이용하여 이러한 형식을 통해 회사자금을 부당하게 유출한 것이라는 처분청의 주장은 근거 없는 추측에 불과하다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청이 당초 심판청구 과정에서 당초처분을 직권으로 취소한 이유는 과세처분에 앞서 청구법인에게 과세예고통지를 하였어야 함에도 이를 누락하여 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 절차상 하자에 대하여 직권으로 시정한 것이다. 이후 처분청은 절차상 하자를 보완하고 적법한 과세예고통지절차를 거쳐 이 건 처분을 하였으므로, 이는 당초 처분과는 별개의 새로운 처분에 해당하여 위법한 처분에 해당하지 않는다. (2) 아래와 같은 점들을 종합적으로 살펴보면 청구법인의 100% 지분을 소유한 최대주주이자 대표이사인 AAA 개인 명의로 출원된 쟁점특허권의 실질적 소유권은 청구법인에게 있는 것으로 보이므로, 청구법인이 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. (가) AAA는 청구법인의 대표이사이자 100% 지분을 소유한 주주로서 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있고, 청구법인은 연구개발 전담부서를 설립하고 인적.물적 설비를 투여하여 발명활동을 함으로써 쟁점특허권과 관련한 자료와 노하우를 가지고 있었던 것으로 보이며 이를 위해 고액의 연구개발비를 지출한 반면, 대표이사가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부 등을 확인할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하고 있지 못하므로 청구법인이 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 처분은 정당하다. 1) 청구법인은 2018.3.29. 연구전담부서를 설립하는 등 인적.물적 설비를 투여하여 연구개발 활동을 영위하였고, 2018사업연도에 OOO원을 연구개발비로 지출하고 연구인력개발비 세액공제 OOO원을 신고한 것으로 나타나, 청구법인이 쟁점특허권 개발을 주도적으로 수행하였던 것으로 판단된다. 2) 청구법인은 AAA가 동종업계에서 오랜 기간 종사하면서 쟁점특허권과 관련한 아이디어를 가지고 있었고, 쟁점특허권은 특별한 연구시설이나 개발비가 필요하지 않은 아이디어 발상의 전환에 의한 출원특허라 주장하나, 특허권 개발에는 고도의 기술과 시간 및 비용이 발생하는 것으로 단순한 부품 하나를 개발할 때에도 시제품의 제작 등 다양한 실험이 필요한 것임에도, ‘박막증착장치’ 발명과 관련하여 AAA가 지출한 연구비용 등에 대하여는 구체적인 증빙의 제시가 없고, 그 외 청구법인이 증빙으로 제시한 발명스케치, 발명노트 및 사실확인서 내용 등으로 대표이사가 쟁점특허권을 개인적으로 개발하였다고 인정하기는 어렵다. 또한, 대표이사는 법인의 근로자로 법인 연구개발에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자인 근로자 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 함에도, 단순 아이디어 제공 등으로 개발한 쟁점특허권을 대표이사의 명의로 등록하였다가 특수관계자인 청구법인에게 OOO원이라는 고액에 양도한 것은 정상적인 상거래 관행상 인정하기 어렵다. (나) 통상적으로 회사에 대한 대표이사의 기여정도는 급여에 반영되어 대표이사의 급여가 회사내 최고액인 경우가 대부분이고 특별한 공로가 있는 경우 주주총회 등을 통하여 상여나 직무발명보상금 등으로 지급받으면 되는 것으로, 대표이사의 특허권 양도 행위는 근로소득이 아닌 필요경비가 있는 기타소득 규정을 적용받아 세부담을 줄이기 위한 형식에 불과하고 대표이사라는 직위를 이용하여 이러한 형식을 통해 회사자금을 부당하게 유출한 것으로 볼 수 있다. 만약, 대표이사가 아닌 일반직원이 회사에 기여할 수 있는 아이디어를 무형자산으로 창출하여 법인에 양도하고자 한다면 해당 직원은 퇴사까지 감수해야 할 사안으로 이 건 거래와 같이 법인이 고액의 자금을 투자하여 순조롭게 특허권을 매수하지는 않을 것인바, 청구법인이 쟁점특허권을 AAA로부터 매수한 거래는 청구법인을 지배하는 대표이사와의 거래이기 때문에 이루어진 것으로 볼 수 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 절차상 하자가 있는 당초처분을 취소하고 절차적 요건을 갖추어 동일한 내용으로 재처분 할 수 있는지 여부 ② 대표이사 명의로 등록된 쟁점특허권에 대하여 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제81조의15【과세전적부심사】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. 1. 「국세징수법」 제14조 에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 (2) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (4) 특허법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다. 3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다. 가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위 나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다. ② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 제37조【특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등】① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다. ② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다. ③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 처분과 관련하여 처분청이 2020.6.29. 청구법인에게 2018년 귀속 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하였다가 과세예고 미통지를 사유로 당초처분을 취소하고, 2020.10.15. 청구법인에게 과세예고통지를 한 후 2020.11.26. 당초처분과 동일한 내용으로 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 사실관계는 전술한 처분개요 내용과 같다. (2) 국세청 전산망 자료 등에 따르면 청구법인 대표자 AAA는 2001.3.26. 컴퓨터 주변기기 제조업 등을 영위하는 개인사업자 OOO를 개업하였다가 2013.7.1. 폐업하였고, 2013.6.5. 청구법인을 설립하여 현재까지 계속사업중인 것으로 나타난다. (3) 쟁점특허권은 2018.11.20. 출원번호 제OOO호로 출원되어 2020.7.7. 특허 OOO호로 등록된 것으로, 출원인은 ㈜BBB, 발명자는 AAA, 발명의 명칭은 “박막증착장치”으로 나타나고, 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr)를 통해 확인되는 쟁점특허권에 대한 요약 내용은 다음과 같다. (요약) 본 발명은 박막증착장치에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 진공챔버 내에서 피증착물과 증발원 간의 거래 차이에 따라 증착물질의 투과량을 조정하여 피증착물의 박막 두께가 동일하게 형성될 수 있도록 하기 위한 박막증착장치에 관한 것이다. (대표도) OOO (4) 청구법인과 대표이사 AAA와의 쟁점특허권 거래 관련 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점특허권 양도계약서 OOO (나) 쟁점특허권에 대한 감정평가는 OOO, OOO에서 이루어졌고, 감정평가인이 작성한 감정평가표에 의하면 작성일은 2018.12.1., 쟁점특허권의 감정평가액은 각 OOO원, OOO원인 것으로 나타나며 감정평가표상 의뢰인은 청구법인, 쟁점특허권의 소유자는 AAA로 되어 있다. (다) 2018.9.7. AAA는 OOO 변리사 DDD와 특허 출원ㆍ등록과 관련하여 위임계약을 체결하였고, 쟁점특허권 출원 관련 수수료 OOO원은 2018.11.20. AAA가 납부한 것으로 나타난다. (5) 국세청 전산망에서 확인되는 청구법인의 2017∼2020사업연도 법인세 신고내역은 아래와 같다. ＜표2＞ 청구법인 법인세 신고내역 (단위 : 원) OOO 한편, 청구법인은 OOO에서 쟁점특허권을 사업화하여 매출을 올리고 잉여현금흐름을 발생시키고 있다고 주장하며 OOO 소재 OOO의 손익계산서를 제출하였는바, 2019.10.4.∼2020.12.31. 기간 동안 매출액은 OOO원(OOOVD)으로 나타난다. (6) 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 AAA가 오랜 기간 쌓아온 경험과 노하우를 바탕으로 개인적으로 개발하여 등록한 것이라고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제출하였다. (가) AAA 개인이 쟁점특허권을 실험ㆍ연구하는 과정에서 작성하였다는 발명스케치와 발명노트, 특허가치 감정평가서 등을 제출하였다. (나) ㈜AAA 대표 BBB, OOO 대표 CCC 및 퇴직한 직원 FFF의 사실확인서 3부를 제출하였다. OOO (다) 청구법인은 2018사업연도에 일시적으로 세제혜택을 위해 연구개발 전담부서를 등록한 것일 뿐 사실상 연구개발부서는 없었다고 주장하며 청구법인의 경상연구개발비 및 직원급여 계정별 원장을 제출하였는바, 직원 EEE, FFF 2인의 급여가 2017.1월∼2018.2월에는 일반급여 계정에 계상되었으나, 2018.3월∼2018.12월 기간 동안에는 연구원급여로 경상연구개발비(OOO원)에 계상하고 동 금액에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 받은 것으로 나타나며, 2019년 이후에는 다시 일반급여 계정으로 계상된 것으로 나타난다. (7) 처분청은 청구법인은 연구개발 전담부서를 설립하고 인적ㆍ물적 설비를 투여하여 연구개발 활동을 수행한 반면, 대표이사 AAA가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부는 확인되지 않아 쟁점특허권을 청구법인에게 고액에 양도한 거래는 인정하기 어렵다고 주장하며 청구법인의 2018사업연도 연구인력개발비 발생명세 및 세액공제내역을 제출하였다. ＜표3＞ 2018사업연도 연구인력개발비 발생명세 및 세액공제내역 (단위 : 백만원) OOO * 2018사업연도 세액공제 전 법인세 산출세액은 OOO원으로 청구법인은 2018사업연도에 OOO원을 공제받고 나머지 OOO원은 이월되었다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 과세처분에 대한 불복이 진행중에 과세관청이 그 과세처분의 절차상 하자를 발견한 경우에는 동 과세처분을 취소하고 절차상 하자를 보완하여 다시 동일한 내용의 과세처분을 할 수 있는 것인바(대법원 1986.10.14. 선고 85누910 판결, 조심 2019서3433, 2020.5.14. 등 참조), 처분청에서 당초처분에 대한 심판청구 과정에서 당초처분을 과세예고통지를 생략한 하자가 있는 처분으로 판단하여 이를 직권으로 취소한 후 부과제척기간 내에 적법하게 과세예고 통지를 거쳐 다시 이 건 처분을 하였으므로 이 건 재처분을 한 것에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 개인의 아이디어와 노력으로 만들어진 개인 소유의 재산으로 청구법인은 정당한 대가를 지급하고 이를 취득한 것이므로 처분청에서 쟁점특허권 취득행위를 부인한 것은 부당하다는 주장이나, 쟁점특허권은 청구법인의 주된 사업과 관련된 것으로서 청구법인은 기업 내 부설연구소를 운영하며 연구개발 활동을 영위한 것으로 신고하였고, 관련 연구개발비에 대하여 해당 사업연도 손금처리 및 연구ㆍ인력개발비 세액공제도 받은 것으로 나타나 쟁점특허권 개발에 청구법인의 인력, 자금 및 기술력 등이 반영된 것으로 보이는 점, 쟁점특허권에 대표이사 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나 대표이사가 이를 넘어 쟁점특허권 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 제출한 AAA 개인의 발명스케치, 발명노트 및 직원 등이 작성한 사실확인서 등을 근거로 대표이사 개인이 쟁점특허권을 개발한 것으로 인정하기에는 부족해 보이며, 그 밖에 연구개발을 위한 비용 지출내역 등 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점, 청구법인은 기술력 향상 및 기업 재무구조 개선 등을 위해 2018.12.5. 쟁점특허권을 대표이사 AAA로부터 OOO원에 매입하였다고 주장하나, 청구법인의 법인세 신고서상 2017.2018사업연도 수입금액이 OOO원에 이르렀다가 쟁점특허권 매입거래 이후 오히려 수입금액이 크게 감소한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.