조심 2016광1337 (2016.12.16)

OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 자동차부품을 생산하여 자동차 제조사에 공급하는 법인으로 OOO 기업부설연구소를 설치하여 현재까지 운영하며 매년 기업부설연구소 전담요원의 인건비 등에 대하여 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받고 있다.

나. OOO지방국세청장은 2013.1.1. 법률 제11611호로 「소득세법」이 일부개정되면서 「국민연금법」에 따른 사용자부담금이 비과세 근로ㆍ퇴직소득 규정에서 삭제되었으므로 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 적용시 기업부설연구소 전담요원의 국민연금보험료 사용자부담금은 공제대상 인건비에서 제외되는 것으로 보고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 청구법인이 2014사업연도 법인세 신고시 공제대상에 포함한 기업부설연구소 전담요원의 국민연금보험료 사용자부담금 OOO을 공제대상 인건비의 범위에서 제외하여 OOO 2014사업연도 법인세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하고(「조세특례제한법」집행기준 9-8-1), 국세청에서

「소득세법」 제12조

제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득은 연구요원의 인건비에 해당한다고 회신하였으므로(법인세과-1956, 2008.8.11. 등) 국민연금을 포함한 4대 공적보험의 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되어야 한다.

(2) 국민연금보험료 사용자부담금은 「국민연금법」의 규정에 따라 납부하는 공과금으로

「법인세법」 제21조

에 따라 해당 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입되며, 근로의 제공과 관련하여 해당 근로자에게 지급하는 급여액에 비례하여 납입하는 것으로 해당 연도에 지급의무가 확정되어 연구ㆍ인력개발에 직접 투입된 금액에 해당하므로 당연히 인건비에 해당된다.

(3) 2013.1.1. 「소득세법」 개정으로 국민연금보험료 사용자부담금이 근로자의 소득세 비과세 대상에서 제외되었을 뿐 해당 부담금의 소득 구분이 달라진 것이 아니고, 부담금을 납부하는 사용자의 입장에서는 근로자가 근로를 제공함에 따라 지출해야 하는 비용임에 변함이 없으므로 계속하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 포함되어야 한다.

(4) 처분청은 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에서 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에서

「소득세법」 제22조

에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액을 제외하고 있으므로 국민연금보험료 사용자부담금을 인건비의 범위에서 제외하여야 한다는 의견이나, 국민연금보험료 사용자부담금은

「국민연금법」 제77조

에서 규정하는 일정한 조건에 부합할 경우에 한하여 일시금으로 수령 가능하고 일반적ㆍ정상적인 경우에는 연금 형태로 수령하며, 연금소득에 대해서는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에서 제외하도록 하는 규정이 없으므로 처분청의 의견은 부당하다.

(5) 「조세특례제한법」상 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 하고 있는 바, 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여와 해당 급여에 부가하여 지출되는 4대보험(건강보험료, 국민연금, 고용보험, 산재보험)의 사용자부담금은 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되고, 퇴직금과 같이 근로계약이 종료되는 시점에 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 볼 수 없어 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에서 제외되는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에서 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비를 규정하면서,

「소득세법」 제22조

에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및

「법인세법」 제33조

에 따른 퇴직급여충당금을 제외하고 있다.

(2)

「소득세법」 제20조의3

에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받는 공적연금소득은 연금소득으로, 같은 법 제22조에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금은 퇴직소득으로 규정하여, 근로자가 국민연금보험료 사용자부담금을 기초로 하여 수령하는 소득은 근로자의 선택에 따라 연금 형태로 수령하면 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득으로 과세된다.

(3) 기획재정부는 2013.1.1. 「소득세법」을 일부개정하여 근로ㆍ퇴직소득의 비과세 규정을 정비하면서, 「국민연금법」, 「공무원연금법」 등에 따라 사용자가 부담하는 연금 성격의 보험료는 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 근로소득의 비과세 규정에서 제외하였다. 즉, 국민연금보험료의 사용자부담금에 대한 비용은 현재 시점에 발생되지만, 근로자에게는 퇴직시 또는 연금 수령시에 지급되기 때문에 사용자가 보험료를 부담하는 것에 대하여 근로소득으로 과세될 여지가 없기 때문이다.

(4) 따라서, 국민연금보험료 사용자부담금은 납입 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없고 퇴직(연금)소득에 해당하므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

기업부설연구소의 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (후단 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. (단서 생략)

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

(이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」 제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2.

「문화산업진흥 기본법」 제17조의3

에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (각 호 생략)

(4) 소득세법

제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료

※ 소득세법 (2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전)

제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」, 「국민연금법」, 「공무원연금법」, 「사립학교교직원 연금법」, 「군인연금법」, 「근로자퇴직급여 보장법」, 「과학기술인공제회법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가·지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금

제22조(퇴직소득) ① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 따르면, 청구법인은 기업부설연구소 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금 OOO을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위에 포함하여 2014사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였고, OOO지방국세청장은 해당 사용자부담금이

「소득세법」 제12조

제3호 너목의 비과세소득에 해당되지 않고 납입당시 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없으므로 공제대상에서 제외하여야 하는 것으로 보았다.

(2) 국세청은 유권해석에서

「조세특례제한법」 제10조

에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 「국민건강보험법」에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등

「소득세법」 제12조

제3호 너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것으로 일관되게 해석하여 왔다(법인세과-1956, 2008.8.11., 서면법규과-752, 2014.7.17., 법인-2106, 2016.5.3. 등).

(3) 「소득세법」(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제12조 제3호 너목에서 근로소득과 퇴직소득 중 「국민연금법」에 따라 사용자가 부담하는 부담금에 대해서는 소득세를 과세하지 않도록 규정하고 있었으나, 2013.1.1. 법률 제11611호로 「소득세법」을 일부개정하면서 국민연금보험료 사용자부담금을 포함한 연금 성격의 사용자부담금은 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 비과세소득에서 제외하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

「조세특례제한법」 제10조

의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당한 점,

2013.1.1. 「소득세법」 개정은 근로소득에 대한 ‘비과세’ 규정을 정비한 것으로, 국민연금보험료 사용자부담금 수혜자인 근로자의 입장에서 사용자가 사용자부담금을 납입(적립)하는 시점에 소득세 비과세 대상이던 것이 과세제외 대상으로 변경된 것일 뿐 이를 부담하는 사용자의 입장에서 달라지는 사항은 없는 점,

「조세특례제한법 시행령」 별표 6에서 전담부서 등에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비를 세액공제 대상 비용으로 규정하면서

「소득세법」 제22조

에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 인건비의 범위에서 제외하고 있으나, 국민연금보험료 사용자부담금에 대하여는 수혜자인 근로자가 추후에 이를 수령할 때에 소득세가 과세되는 것으로, 근로자의 선택에 따라 이를 연금으로 수령하면 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득으로 구분되어 과세되므로 반드시 퇴직소득으로 과세되는 것으로 볼 수 없고, 이러한 과세체계는 2013.1.1. 「소득세법」 개정 전후에 달라지는 사항이 없는 점 등에 비추어,

처분청이 청구법인의 기업부설연구소 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금을 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 인건비의 범위에서 제외하여 2014사업연도 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.