조심 2009중3559 (2010.12.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 OOO 대지 1029㎡, 건물 1558.69㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 OOO 외 26건의 기계장치(이하 “쟁점기계장치”라 한다)를 2001.10.9. 임의경매를 통해 891,000,000원에 일괄 경락취득하여 2001.10.20. 쟁점기계장치를 30,100,000원에 분리매각한 후, 2007.7.10. 쟁점부동산을 1,770,000,000원에 양도하고 양도가액을 1,770,000,000원으로, 취득가액을 쟁점부동산의 경락취득가액(총 경락취득가액을 각 개별자산별 감정가액으로 안분한 쟁점부동산에 해당하는 가액)에 쟁점기계장치의 매각손실 310,917,155원[쟁점기계장치의 취득가액 341,017,155원(총 경락취득가액을 각 개별자산별 감정가액으로 안분한 쟁점기계장치에 해당하는 가액)에서 분리매각하여 수령한 30,100,000원을 차감한 금액, 이하 “쟁점매각손실금액”이라 한다]을 포함한 836,964,198원으로 하여 양도소득세를 신고하였다. 나. 처분청은 쟁점부동산의 양도소득세 계산시 쟁점매각손실금액은 양도가액에서 공제할 취득가액에 해당하지 않는 것으로 보아 2009.8.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 125,736,430원을 경정.고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점기계장치는 당초 소유자였던 OOO주식회사가 부도.폐업한 후 경매과정을 거치면서 관리부재로 관리상태가 좋지 않았고, 당시 저항기 제조업이 사양산업으로 분류되어 쟁점기계장치는 높은 가격에 매각이 불가능하였으며, 2001.10.9. 쟁점부동산을 취득한 후 청구인의 사업인 금형제조업을 위한 건물증축공사가 2001.10.23.부터 시작됨에 따라 동 공사기간에 맞추기 위해 부득이하게 2001.10.20. 저항기 생산라인과 세라믹 생산라인을 철거하면서 저항기 생산라인은 2001.10.20. OOO주식회사에게 25,000,000원에, 세라믹 생산라인은 주식회사 OOO에게 5,100,000원에 매각하고, 기타 잔여시설물은 폐기처리하는 방식으로 일괄매각하였던 것으로, 쟁점부동산에 첨가취득한 쟁점기계장치의 매각과 관련된 쟁점매각손실금액은 「소득세법」제97조 제1항 제2호에 의거 쟁점부동산에 대한 자본적 지출로 쟁점부동산의 취득가액을 구성하는 것임에도 양도소득세 계산시 양도가액에서 공제할 취득가액에 해당하지 않는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 임의경매로 취득한 쟁점기계장치인 OOO 외 26건의 경매를 위한 감정평가가액은 665,874,000원이고, 쟁점기계장치를 매각한 후 OOO주식회사와 주식회사 OOO에 교부한 세금계산서의 공급가액은 30,100,000원으로 차이가 클 뿐만 아니라 매각한 기계장치의 품목과 수량이 불분명한바, 토지 및 건물과 쟁점기계장치를 일괄경락취득하였으나 각 자산별 취득가액이 구분되지 아니하는 경우에는 경락가액에 경매를 위하여 감정평가한 총 감정가액에서 각 자산별 감정평가액이 차지하는 비율을 곱하여 각 자산별 취득가액을 산정하는 것으로, 이 중 양도소득세 과세대상자산이 아닌 쟁점기계장치의 매각손실금액은 양도가액에서 공제할 취득가액에 해당하지 않는 것이므로 쟁점매각손실금액을 쟁점부동산의 취득가액에서 제외하여 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 기계장치의 매각손실금액을 부동산의 자본적 지출로 인정할 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다. 1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액 2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목，제7항 또는 제114조 제7항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 ⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ⑥ 제4항에 규정하는 연수는 등기부상의 소유기간에 의한다. ⑦ 제1항 제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 양도한 거주자가 당해 자산의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 당해 자산에 대한 전소유자의 양도가액이 제114조의 규정에 의하여 경정되는 경우에는 그러하지 아니하다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000.12.29. 법률 제6292호로 개정된 것) 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제114조 ⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제176조의2【추계결정 및 경정】 ② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액” 이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. 2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ───────────────────── 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가) 제67조 【즉시상각의 의제】② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다. 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치 4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조 【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다. 1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다) 2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다. ② (생 략) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 ⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세 2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 재정경제부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조 에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인에게 쟁점부동산을 양도한 OOO 주식회사는 쟁점기계장치 중 저항기 생산라인을 설치하여 정밀급 저항기 및 전화부품 등 통신기기 관련 부품을 제조 및 판매하는 법인으로, 세라믹생산라인의 시설물을 설치하여 세라믹단자 등을 생산.판매하다가 부도가 발생하였고, 1998.11.5. OOO의 화의개시와 1998.11.20. 화의인가 및 2001.2.15. 경매개시결정에 따라 경매절차가 진행되어 2001.10.9. 임의경매에 의하여 쟁점부동산과 이에 부속된 쟁점기계장치가 청구인에게 891,000,000원에 매각되었으며, 청구인은 취득 후 11일만인 2001.10.20. 쟁점기계장치를 쟁점부동산과 분리하여 조양전자주식회사 등에게 30,100,000원(감정가액 665,874천원, 경락취득가액을 기준으로 안분한 가액 341,017,155원)에 매각한 후 2003.9.4. 취득당시 1558.69㎡이던 건물면적을 1,752.69㎡로 증축하여 금형제조사업을 영위하다가 2007.7.10. 쟁점부동산을 1,770,000,000원에 양도한 것으로 나타난다. (2) 청구인은 쟁점기계장치의 쟁점매각손실금액(310,917,155원으로 경락취득가액을 기준으로 안분한 가액 341,017,155원에서 실지매각금액 30,100,000원을 차감한 금액)을 경매개시결정 당시 감정한 자산별 감정가액(토지 668,850,000원, 건물 402,256,800원)을 기준으로 토지분 193,645,960원, 건물분 117,271,195원으로 안분하여 토지와 건물에 대한 자본적 지출로 회계처리한 후, 2007.7.10. 쟁점부동산을 양도하고 양도가액은 실지거래가액인 1,770,000,000원으로, 취득가액은 취득당시 존재하던 경매를 위한 감정가액(총 감정가액 1,739,776,800원 중 토지 668,850,000원, 건물 402,256,800원, 기타건물 2,796,000원)을 기준으로 일괄취득가액(891,000,000원)을 자산별로 안분한 549,982,845원(토지 342,541,267원, 건물 206,009,650원, 기타건물 1,431,928원)에 쟁점매각손실금액을 각 토지와 건물에 대한 자본적 지출로 한 후 양도시점까지 설정된 감가상각충당금 등을 가감한 836,964,198원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인되고 있으나, 처분청은 동일인이 「공장저당법」에 의하여 공동저당된 부동산과 기계장치를 일괄경매로 취득한 후에 양도하는 경우 당해 부동산에 대한 양도소득세 계산시 양도가액에서 공제할 필요경비에는 일괄구입한 기계장치의 매각손실은 포함하지 않은 것으로 해석하고(OOO 2002.8.29., 참조), 아래〈표〉와 같이 쟁점매각손실금액을 쟁점부동산의 취득가액에서 제외하여 과세한 것으로 나타난다. OOO (3) 청구인은 1996.9.10. OOO이라는 상호로 주형 및 금형, 플라스틱일반성형제품의 제조업으로 사업자등록을 하여 다른 사업장에서 사업을 영위하다가 2001.10.9. 임의경매를 통하여 쟁점부동산과 이에 부속된 쟁점기계장치를 경매취득한 후, OOO 주식회사가 사용하던 쟁점기계장치를 2001.10.20. 쟁점부동산에서 분리하여 매각하고, 2001.10.23.부터 2001.12.10.까지 쟁점부동산의 증축공사(공사비 150,000,000원) 및 생산라인(금형 등)공사를 완료하여 2007.7.10.까지 쟁점부동산에서 금형제조사업을 계속한 것으로 나타난다. (4) OOO에서 경매개시결정일 직후인 2001.2.15. 이후 쟁점부동산에 설치되어 있던 쟁점기계장치의 평가내역을 보면, 저항기 생산용 기계장치는 1992년～1997년 사이에 제작된 것으로 244,574천원으로 감정하였고, 세라믹 생산용 기계장치는 1997년도에 제작된 것으로 96,443천원으로 감정한 것으로 나타나고 있고, 청구인이 경매를 통해 쟁점기계장치를 2001.10.9. 취득하여 2001.10.20. 쟁점기계장치 중 저항기 생산라인을 특수관계가 없는 OOO주식회사에게 25,000,000원에, 세라믹 생산라인을 주식회사 OOO에게 5,100,000원에 매각하고 잔여시설물은 폐기처리한 사실이 청구인이 제출한 매출세금계산서(2001.10.20. 저항기 등 기계부품 공급가액 25,000천원 등) 등에 나타나고 있다. (5) 청구인은 소득세법 기본통칙 33-19(고정자산에 대한 자본적 지출의 예시) 제11호에서 「소득세법 시행령」제67조 제2항에 규정하는 자본적 지출에는 토지, 건물만을 사용할 목적으로 첨가 취득한 기계장치 등을 처분함에 따라 발생한 손실은 토지, 건물의 취득가액에 의하여 안분계산한 금액을 각각 당해 자산에 대한 자본적 지출로 하는 것으로 규정하고 있는 점을 들어 쟁점기계장치 매각손실을 쟁점부동산의 자본적 지출로 보아 쟁점부동산의 취득가액에 포함되어야 한다고 주장한다. (6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점기계장치와 함께 일괄 경락취득한 쟁점부동산을 5년 8개월이 경과한 후 매각하였는바, 쟁점부동산과 함께 일괄 경락취득한 직후 쟁점기계장치를 매각하여 발생한 매각손실을 오랜 기간이 지난 시점에서 쟁점부동산의 자본적 지출로 보기에는 무리가 있어 보이는 점, 경매 당시 쟁점기계장치의 감정평가액이 전체 감정평가액의 38% 이상 차지하는 고가인 점을 고려하여 볼 때, 청구인이 쟁점기계장치를 철거한 후 쟁점부동산만을 이용하려는 목적으로 쟁점기계장치를 쟁점부동산과 일괄취득하였다고 보기는 어려운 점, 쟁점기계장치와 쟁점부동산을 일괄취득한 후 쟁점기계장치를 청구인이 사업적 판단에 의하여 임의적으로 철거완료한 후 쟁점부동산을 양도한 것이므로 양도소득세 과세대상이 아닌 쟁점기계장치의 취득가액과 그에 따른 쟁점기계장치매각손실은 쟁점부동산의 양도소득에 영향을 미칠 수 없는 것이라는 점 등으로 볼 때, 쟁점기계장치의 매각손실금액이 쟁점부동산에 대한 자본적 지출에 해당하여 쟁점부동산의 취득가액을 구성하는 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.