조심 2011지0332 (2011.10.21)

처분청이 2010.12.10. 청구인에게 한 취득세 84,593,570원, 농어촌특별세 8,459,130원 합계 93,052,700원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분 개요 가. 청구인과 그 특수관계인OOO, 이하 “청구인”이라 한다]들은 OOO 소재하는 OOO(이하 “ 이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 8,018,397주 중 50.97%에 해당하는 4,086,871주를 보유하고 있는 상태에서 2008.11.17. 청구인이 이 건 법인 주식 827주를 추가로 취득하여 청구인의 이 건 법인 지분은 5 0.98%(4,087,698주)로 증가하였으며, 그 후 청구인이 42,768주를 추가로 취득함에 따라 청구인의 지분은 2009.3.4. 현재 4,146,554주로서 이 건 법인 발행주식의 51.71%에 해당된다. 나. 처분청은 2003.5.26. 당시 이 건 법인의 주식 51.95%를 소유하던 청구인이 2003.5.27. 이 건 법인의 주식 400,000주를 제3자에게 양도함에 따라 그 지분율이 46.96%가 되어 과점주주가 아닌 상태가 되었다가 그 날 부터 5년이 경과한 2008.11.17. 다시 과점주주(50.98%)가 되었음에도 그 지분 50.98%에 대하여 과점주주 취득세를 납부하지 아니하였고, 그 후 취득한 0.73%에 대하여도 취득세를 납부하지 아니한 사실을 확인하고, 각각의 취득세 납세의무성립일(2008.11.17. ～ 2009.3.4. 까지 주식을 취득한 날) 현재 이 건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세 대상 물건의 장부가액(2008년 5,773,816,211원 / 2009년 5,653,880,578원)에 청구인의 주식소유비율(2008.11.27. 현재 50.98% / 추가 취득 시 증가 비율 0.73%)을 곱한 금액을 과세표준으로 하고 지방 세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 84,593,570원, 농어촌특별세 8,459,130원 , 합계 93,052,700원(가산세 포함)을 2010.12.10. 청구인에게 부과고지 하였다. 【주식 취득현황 및 세액산출내역】 OOO 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 이 건 법인의「주식등변동상황명세서」에서 청구인과 특수관계가 없는 것으로 기재되었을 뿐 청구인의 여동생 OOO은 이 건 법인의 지분 0.063%를 소유하고 있으므로, 청구인이 소유한 주식 지분에 OOO 등의 지분을 합하면 2007.12.31. 현재 이 건 법인 발행주식의 51.03%가 되므로 청구인들이 과점주주에 해당되지 아니한 날 (2003.5.27.)부터 5년 이내에 다시 과점주주가 된 것이 고 그 지분율도 종전 과점주주 당시의 최고 지분율 52.17%(OOO 등의 지분을 포함한 것이다)을 초과하지 아니하므로 지방세법 시행령(2010.1.1 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제 78조 제3항의 단서 규정에 의하여 과점 주주에 따른 취득세 부과 대상에 해당되지 아니한다. (2) 지방세법 시행령 제78조 제3항이 5년 이내에 다시 과점주주가 된 경우에는 그 증가된 비율에 한하여 취득세를 부과한다고만 규정 하고 있고, 5년이 경과하여 다시 과점주주가 된 경우에는 명시적 규정이 없음에도 5년 이후에 다시 과점주주가 되었다고 하여 그 지분 전체에 대하여 취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당되므로 처분청의 과점주주에 따른 취득세 과세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 지방세법 개정 당시인 2007.12.31. 현재 청구인의 이 건 법인에 대한 소유지분은 50.97%로서 50%를 초과한 상태였으나, 지방세법 부칙 (2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것) 제2조 제1항에서 “제22조 제2 호의 개정규정은 이 법 시행(시행일 : 2008.1.1.) 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용하고, 제22조 제2호의 규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조 제6항을 적용한다”고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 이 건 법인의 과점주주가 다시 된 날은 개정 법령 시행 후 최초로 주식을 취득하여 지분이 50.98%가 된 2008.11.17. 이라 할 것이고, 청구인은 이 건 법인의 과점주주에 해당하지 않은 날인 2003.5.27. 부터 5년이 경과한 2008.11.17. 다시 과점주주가 되었다고 할 것인바, 청구인이 소유하고 있는 이 건 법인의 지분 전부에 대하여 처분청이 취득세를 부과한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 주식등변동상황명세서의 기타(소액주주)란에 포함되어 있는 특수관계인의 지분을 포함하는 경우 과점주주에 해당하지 않은 날부터 5년 이내에 다시 과점주주가 된 것임에도 청구인이 과점주주에 해당하지 않은 날부터 5년이 경과한 후 다시 과점주주가 된 것으로 보아 취득세를 과세한 처분은 부당하다는 청구 주장의 당부 (2) 과점주주였던 청구인들이 주식을 양도하여 과점주주에 해당하지 아니하다가 5년이 경과한 후에 다시 과점주주가 된 경우 청구인들의 전체 지분에 대하여 과점주주 취득세를 부과한 것이 적법한지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 (2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외 한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단 체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정 하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자 (2) 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것) 제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외 한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단 체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정 하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자 (3) 지방세법 부칙(2007.12.31, 법률 제8835호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 법은 2008년 1월 1일부터 시행하고, 부칙 제6조는 2008년 7월 1일부터 시행한다. 제2조【출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례】① 제22조 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. ② 제22조제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법 인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조 제6항을 적용 한다. (2) 지방세법 시행령 (2007.12.1 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제6조【친족 기타 특수관계인의 범위】①법 제22조 제2호에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다. 1. 6촌이내의 부계혈족과 4촌이내의 부계혈족의 처 제78조【과점주주의 취득 등】② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. ③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다. (4) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제118조【주주명부 등의 작성·비치】내국법인(비영리내국법인을 제외한다)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 성명·주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는 법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호) 등 대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 한다. 제 119조【주식등변동상황명세서의 제출】① 사업연도중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (5) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제160조【주주명부 등의 작성·비치】법 제118조에서 “대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부”라 함은 「상법」제352조 의 규정에 의한 주주명부 또는 동법 제566조 의 규정에 의한 사원명부로서 다음 각 호의 구분에 의한 주주 또는 사원의 인적 사항이 기재된 것을 말한다. 1. 개인의 경우에는 성명·주소 및 주민등록번호(재외국민의 경우에는 여권번호 또는 「재외국민등록법」상의 등록번호) 2. 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 경우에는 법인명·본점등의 소재지 및 사업자등록번호(제154조 제3항에 규정하는 고유번호를 포함한다) 3. 법인이 아닌 단체의 경우에는 당해 단체를 대표하는 자의 성명·주소 및 주민등록번호. 다만, 「부가가치세법」에 의하여 고유번호를 부여받은 단체의 경우에는 그 단체명·소재지 및 고유번호 4. 외국인 및 외국단체의 경우에는 「출입국관리법」에 의한 등록외국인기록표 또는 외국단체등록대장에 기재된 성명·단체명·체류지 및 등록번호. 다만, 외국인등록증이 발급되지 아니한 자의 경우에는 여권 또는 신분증에 기재된 성명 및 번호 제161조【주식등변동상황명세서의 제출】⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각 호의 내용을 기재하여야 한다. 1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호 2. 주주 등별 주식 등의 보유현황 3. 사업연도중의 주식 등의 변동사항 ⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주 등·지분비율·보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저 쟁점(1)과 관련된 사실관계를 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가) 처분청이 제출한 이 건 법인의「주식등변동상황명세서」에 의하면, 2002.12.31. 현재 청구인은 이 건 법인 총 발행주식 8,018,397중 51.95%인 4,165,716주를 소유하여 이 건 법인의 과점주주에 해당되고 그 후 청구인 OOO이 400,000주를 매도하여 그 지분율이 46.96%가 됨에 따라 이 건 법인의 과점주주에 해당되지 않게 되었다가 2006.3.20. 청구인 OOO 과 그 배우자 OOO가 이 건 법인의 주식 일부를 취득하여 청구인의 소유 지분은 50.97% (2007.12.31.까지 동일하게 유지)가 되었고, 그 후 청구인 OOO이 2 008.11.17. 이 건 법인의 주식 827주를 취득하여 청구인의 이 건 법인 소유지분은 50.98%가 되었으며, 그 후에도 계속 주식을 취득 하여 2009.3.4. 현재 청구인의 이 건 법인 소유지분은 51.71%가 되었다. <표 1> 이 건 법인의 주식 변동 상황 명세서 요약 OOO 나) 청구인이 이 건 심판 청구 제기 후 제출한 이 건 법인의「주주 명부(한국예탁결제원 작성)」와 청구인 OOO의「제적등본」에 의하면 , 청구인 OOO의 여동생인 OOO 등은 2002.12.31. 현재 이 건 법인의 주식 5,020주(0.063%, OOO 24주, OOO 4,996주)를 소유하고 있는 것으로 되어 있으나, 처분청이 제출한「주식등변동상황명세서」에는 이 건 법인의 대주주인 청구인 OOO과 OOO 등이 지방세법 시행령 제6조에서 특수관계에 해당되는지 여부에 대하여는 나타나고 있지 않다. 다) 한편 이 건 법인의 주주명부에 기초하여 청구인 OOO의 동생인 OOO 등의 소유지분을 포함하면 청구인의 지분은 2002.12.31. 현재 52.01%이며, 청구인 OOO이 2003.5.27. 이 건 법인의 주식 400,000주를 매도함에 따라 청구인과 OOO 등의 소유 지분 합계는 47.03%가 되어 청구인은 이 건 법인의 과점주주에 해당되지 않게 되었다. 그 후 2006.3.20. 청구인 OOO과 그 배우자 OOO가 이 건 법인의 주식 일부를 취득하여 청구인과 OOO 등이 소유한 이 건 법인의 지분은 51.03%(2007.12.31.까지 동일하게 유지)가 되었으며, 이 날은 청 구인이 이 건 법인의 과점주주에 해당하지 아니한 날부터 5년 이내에 해당된다. 그 후 OOO이 2 008.11.17. 이 건 법인의 주식 827주를 취득하여 청 구인의 이 건 법인 소유지분은 51.04%(OOO 등의 지분을 포함한다)가 되었으며 그 후에도 계속 주식을 취득 하여 2009.3.4. 현재 청구인의 이 건 법인 소유지분은 51.78%가 되었다. <표 2> 이 건 법인의 주주 명부상 주주 현황 요약 OOO 라 ) 지방세법 제22조 제2호에서 규정한 “과점주주”는 2007.12.31. 법률 제8835호에 의하여 출자 총액의 100분의 51이상인 자에서 100분의 50을 초과하는 자로 개정되었으며, 같은 법 부칙 제2조 제1항(2007.12.31, 법률 제8835호로 개정된 것, 이하 같다)에는 “제22조 제2호의 규정의 시행으로 인 하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우 에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유 하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조 제6항을 적용한다”라고 규정되어 있다. 마) 처분청은 청구인 OOO이 2008.11.17. 이 건 법인의 주식 827주를 취득하여 청구인들의 소유지분이 50.98%(OOO·OOO의 소유지분을 제외한 것)이 된 것을 지방세법 시행령 제78조 제3항(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정된 것)과 지방세법 부칙(2007.12.31, 법률 제8835호로 개정된 것) 제2조 제1항에서 규정한 종전 과점주주가 과점주주에 해당하지 않은 날(2003.5.27.)부터 5년 이후에 다시 과점주주가 된 것에 해당된다고 보아 2008.11.17. 현재 청구인들이 소유하고 있는 이 건 법인 지분 50.98%와 청구인 OOO이 2009.3.4.까지 취득한 지분 0.73%(위 50.98%를 포함하여 51.71%)에 대하여 산출한 과점주주 취득세 등 93,052,700원을 2010.12.10. 청구인들에게 부과 고지하였다. (2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 가) 지방세법 시행령 제78조 제3항에서 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도 등으로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제118조 에서는 내국법인은 주주의 성명·주소 및 주민등록번호 등 대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제 119조 제1항 및 같은 법 시행령 제161조 제5항은 사업 연도중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인은 주주명부에 명의 개서된 사항을 기준으로 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유 번호 및 주식보유현황 및 변동사항을 기재한 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 나) 지방세법 시행령 제78조 제3항에서 취득세 납세의무를 지는 과점 주 주에 해당되는지 여부는 주주명부나「주식등변동상황명세서」등에 의하면 충분하다고 할 것이나OOO, 법인세법 시행령 제161조 제5항에서「주식등변동상황명세서」는 주주 명부에 명의 개서된 사항을 기준으로 작성되어야 한다고 규정하고 있 음을 볼 때, 이 건과 같이 「주식등변동상황명세서」의 기재내용이 주 주주명부의 기재 사항을 충실히 반영하지 못하여 과점주주의 주식 소유비율이 정확하게 산정되지 않을 경우에는 주주명부를 기초로 하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당하다고 판단된다. 다) 그렇다면, 청구인이 제출한 주주명부 및 제적 등본에서 청구인 OOO 과 OOO 등은 형제·자매로서 지방세법 시행령 제6조 제1항 에서 규정하는 친족 기타 특수관계인에 해당되고, OOO 등은 2002.12.31.부터 현재까지 계속하여 평균 5천주 정도의 이 건 법인 주식을 소유 하고 있음이 확인되고 있으므로 비록 이 건 법인이 관할 세무서장에게 제출한「주식등변동상황명세서」에서 OOO과 OOO 등이 특수관계에 해당되는지 여부가 표시되어 있지 않다고 하더라도 이 건 법인의 과점주주 여부는 청구인과 OOO 등의 실제 주식소유 여부에 따라 판단되어야 할 것이다. 라) 2007.12.31. 현재 청구인과 OOO 등의 이 건 법인 소유 지분은 51.03%가 되며 이는 구 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2호에서 규정한 과점주주에 해당된다고 할 것이고, 청구인과 OOO 등이 이 건 법인의 과점주주가 아닌 날(2003.5.27.)부터 다시 5년 이내에 과점주주가 되었고 그 지분도 종전 과점주주 최고 지분인 52.01%를 초과하지 아니하므로 청구인들이 이 건 법인의 주식을 취득하여 다시 과점주주가 되었다고 하더라도 취득세 납세의무는 성립하지 않는다고 보이는 바, 과점주주 취득세를 부과하는 것은 부당 하다는 청구인들의 주장은 타당한 것으로 판단된다. 마) 이상의 심리 결과 쟁점(1)에 대한 청구인들의 주장이 이유 있으므로 쟁점(2)는 심리의 실익이 없어 이를 생략한다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세 기 본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.