조심 2023서0752 (2023.08.10)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 종교단체(기독교)로, 2013.3.27. 고유번호증을 부여받고 수익사업을 위해 사업자등록을 한 비영리내국법인이다.

나. 청구법인은 1992.1.13. OOOm2(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여받았으며, 쟁점토지는 2019.6.12. OOO구청에 의해 OOO원에 수용되었다.

다. 쟁점토지 수용에 따라 청구법인의 대표자 AAA은 2019.8.30. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “쟁점납부세액”이라 한다)과 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 예정신고한 후 분할납부하였다.

라. 청구법인은

「법인세법」제62조의2

에 따라 자산양도소득 신고특례를 적용하여 쟁점토지의 양도소득금액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세표준으로 하고, 쟁점납부세액을 기납부세액으로 하여 2020.3.30. 아래 ＜표＞와 같이 법인세 신고를 하였다.

＜표＞ 청구법인 법인세 신고ㆍ납부 개요

(단위 : 원)

마. 처분청은 청구법인이 수익사업을 영위하고 있으므로 자산양도소득 신고특례를 적용할 수 없고, 쟁점납부세액은 AAA이 납부한 것이므로 청구법인의 기납부세액으로 공제할 수 없는 것으로 보아 2022.9.30. 청구법인에게 2019사업연도 법인세(과소신고가산세 포함) OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 수익사업을 하는 비영리내국법인으로 쟁점납부세액은 과오납금에 해당하고(조심 2018중4657, 2019.1.24. 같은 뜻임), 이를 청구법인의 법인세에 충당하면 과세 실익이 없어지므로 쟁점납부세액을 기납부세액으로 인정하는 것이 타당하다.

(2) 자산양도차익을 예정신고하면서 신고서식을 「소득세법」상 양도소득세 과세표준신고 양식에 따라 신고한 것도

「법인세법」제62조의2

에 따라 법인세를 예정신고한 것으로 경정청구가 가능하므로(국세청 심사법인 2011-0067, 2012.3.2., 같은 뜻임), 쟁점납부세액을 기납부세액으로 공제할 수 있다.

(3) 처분청은 쟁점납부세액이 법인세 기납부세액에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인에게 과소신고가산세를 부과하였으나, 이미 AAA이 처분청에 쟁점납부세액을 납부하였으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(4) 처분청의 잘못된 양도소득세 예정신고 안내문에 따라 AAA이 양도소득세를 신고ㆍ납부한바, 이를 단순히 세무신고능력이 부족한 비영리법인의 법령의 부지 또는 착오로 판단하는 것은 가혹하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 수익사업이 있는 비영리법인으로,

「법인세법」제62조의2

규정에 의한 자산양도소득에 대한 신고특례 적용대상이 아니고, 자산양도소득에 대하여 일반 법인과 마찬가지로

「법인세법」제60조

에 따라 과세표준을 신고하여야 한다.

(2) AAA이 2019.6.12. 신고한 양도소득세는

「소득세법」제105조

제1항에 따라 신고ㆍ납부한 양도소득세일 뿐 법인세를 신고ㆍ납부한 것이 아니며, 양도소득세와 법인세는 각각 별개의 세목이므로 AAA이 신고ㆍ납부한 양도소득세를 청구법인 법인세의 기납부세액으로 볼 수 없다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지, 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(4) 청구법인은 임대소득이 있어 매년 법인세 신고를 하고 있으므로, 자산 양도시 법인세로 신고하여야 하는 것을 알 수 있었고, 종전에도 자산양도소득이 발생하면 법인세 자산양도차익으로 신고.납부하고 법인세 정기신고시 기납부세액으로 공제하였으나, 쟁점토지 양도에 대해서만 대표자 개인명의로 양도소득세를 신고ㆍ납부한바, 이는 단순 법령의 부지로 보이고, 청구법인은 2019년 귀속 법인세 신고 시 양도소득세가 잘못 신고하였음을 인지하였고, 이를 바로잡을 기회가 있었음에도 청구법인 임의로 기납부세액으로 공제한 것이므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 판단할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 비영리법인 소유 부동산 양도에 따라 대표자가 신고.납부한 양도소득세를 비영리법인의 법인세 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부

② 과소신고가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는

「소득세법」제105조

부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우

「소득세법」제112조

를 준용한다.

(2) 법인세법 시행령

제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례】⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

(3) 국세기본법

제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,

「교육세법」제9조

에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.3.27. 비영리법인으로 고유번호증(고유번호 OOO)을 발부받고, 수익사업과 관련하여 사업자등록증(사업자등록번호 OOO)을 교부받은바, 사업자등록증 상 대표자는 AAA이고, 업태는 부동산업, 종목은 점포인 것으로 나타난다.

(2) OOO구청장이 청구법인에게 보낸 공문(부동산정보과-6112)에 따르면 OOO확장공사에 따라 쟁점토지가 수용되어 OOO원을 보상받은 것으로 나타나며, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 아래와 같이 양도소득세 예정신고ㆍ납부에 관한 안내문을 보낸 것으로 나타난다.

＜양도소득세 예정신고 안내문＞

(그림 삽입을 위한 여백)

(3) 처분청에 따르면 AAA은 2019.8.30. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고하고, OOO원을 분납한 것으로 나타나고, 처분청은 과세전적부심사 결정에 따라 2022.8.23. AAA이 납부한 세액을 전액 환급한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 대표자 AAA이 납부한 양도소득세액을 청구법인의 법인세 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점납부세액은 AAA이 쟁점토지 수용에 따라 2019년 귀속 양도소득세를 예정신고.납부한 것이어서 청구법인의 2019사업연도 법인세와는 그 납세의무자와 세목이 상이하므로, AAA이 청구법인의 법인세를 신고.납부한 것으로 볼 수 없는 점, 처분청은 과세전적부심사 결정에 따라 2022.8.23. AAA의 쟁점납부세액을 전액 환급한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 양도소득세 예정신고 안내문에 따라 AAA이 양도소득세를 신고.납부하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되어야 한다고 주장하나, 안내문은 납세의무자에게 신고 및 납부의 편의를 제공하기 위하여 제공되는 것에 불과한 점(조심 2009중1240, 2009.12.30., 같은 뜻임), 양도소득세 예정신고 안내문에 기재된 납세의무자는 AAA이 아닌 청구법인인 점, 단순한 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않는 점 등에 비추어 과소신고가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다.

따라서, 처분청이 AAA의 쟁점납부세액을 청구법인의 법인세 기납부세액으로 공제할 수 없는 것으로 보고, 과소신고가산세를 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.