조심 2026전1426 (2026.06.18)

OOO세무서장이 2025.12.1. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1.처분개요

가.청구인은 1989.12.16. 상속으로 취득한 OOO(이하 “OOO”이라 한다) OOO 전 OOO㎡(이하 “쟁점①-1토지”라 한다) 및 OOO 전 OOO㎡(이하 “쟁점①-2토지”라 하고, 쟁점①-1토지와 합하여 이하 “쟁점①토지”라 한다)를 2023.12.20. A및 A의 배우자 B에게 총 OOO원에 양도(매매계약일은 2023.10.16.이다)한 뒤, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 및 제133조에 따라 자경농지에 대한 감면(감면세액 1억원)을 적용하여 2024.1.2. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나.청구인은 1990.8.11. 매매로 취득한 OOO 잡종지 OOO㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2024.2.21. 위 A이 대표이사로 있는 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에게 OOO원에 양도(매매계약일은 쟁점①토지의 매매계약일과 동일한 2023.10.16.이다)한 뒤, 조특법 제69조 및 제133조에 따라 자경농지에 대한 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 2024.4.1. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

다.처분청은 2025.9.11.부터 2025.9.30.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 양도를 2024년에 이루어진 하나의 거래로 보아 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하는 한편, 쟁점토지의 양도에 관한 감면세액을 총 OOO원으로 하여 2025.12.1. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2026.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1) 쟁점①토지의 양도거래와 쟁점②토지의 양도거래는 별도의 거래로 보아야 한다.

(가) 쟁점①토지의 지목은 ‘전’이고 청구인은 이를 상속을 원인으로 취득한 반면, 쟁점②토지의 지목은 ‘잡종지’이고 청구인은 이를 매매를 원인으로 취득하였는바, 쟁점①토지와 쟁점②토지는 취득 시점부터 양도 시점까지 수십 년간 구분등기가 이루어져 있던 개별 토지들이다.

(나) 청구인이 경작의 효율성과 편의성을 이유로 쟁점토지를 함께 사용하였다 하더라도 쟁점①토지와 쟁점②토지는 지목이 다르고 향후 사용할 수 있는 용도도 달라 1평당 양도가격도 다르게 책정(쟁점①토지는 1평당 약 OOO원이고, 쟁점②토지는 1평당 약 OOO원이다)되었다.

(다) 청구인은 A이 쟁점①토지의 경우 주말농장으로 이용할 목적으로 구입하였고 쟁점②토지의 경우 A의 공장 및 사무소로 이용할 목적으로 구입하였다고 확인하였다.

(라) 처분청은 쟁점토지가 물리적 경계 없이 하나의 농지로 사용되고 있었음을 과세처분의 근거로 제시하나, 청구인의 과거 경작 형태보다는 매수자의 취득 경위 및 토지 이용 목적 등의 정황 등을 종합하여 판단하는 것이 타당하다.

(마) 처분청은 A의 대표이사가 A인 사실을 쟁점토지의 양도거래가 사실상 하나의 거래에 해당한다는 의견의 근거로 제시하기도 하나, A과 A는 별도의 주체로서 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매수인이 동일하다고 볼 수 없다.

(바) 처분청은 쟁점①토지의 매매계약서 및 쟁점②토지의 매매계약서 특약사항 중 ‘잔금일에 근저당권을 말소하기로 한다’는 각각의 기재내용에도 불구하고 2023.11.1. 쟁점토지에 설정된 근저당권을 일괄하여 말소하였다는 사실을 이유로 쟁점토지의 양도거래를 사실상 하나의 거래로 보았으나, 청구인은 만 OOO세로 농사를 직접 짓기 연로해진데다 쟁점토지를 담보로 한 부채로 인한 이자비용 부담이 있어 쟁점토지를 매물로 내놓게 된 것인바, 2023.10.30. 쟁점①토지의 중도금을 받아 단지 이자발생을 최소화하기 위하여 곧바로 부채를 정리한 것일 뿐이고, 위 특약사항의 내용은 매매계약서에 통상적으로 기재되는 것으로서 심지어 쟁점토지의 매매계약서에는 금액조차 수정되지도 아니한 채 ‘ㅇㅇ은행, 금 ㅇㅇ원’으로 기재되어 있다.

(사) 처분청이 2023년의 양도거래를 부인하려면 청구인이 합리적 이유 없이 조세포탈을 목적으로 거래를 분리하여 조세회피에 이르렀음을 입증하여야 하나, 처분청은 그러한 입증을 하지 못하고 있다.

(2) 쟁점①토지와 쟁점②토지 양도의 잔금시기를 달리 한 나름의 사정이 존재한다.

(가) 쟁점②토지와 연접한 OOO 토지는 청구인의 사촌인 C가 소유한 토지로서 쟁점②토지의 진입로로 사용되고 있고, A 입장에서는 이를 사용하지 못하게 될 경우 쟁점②토지가 맹지가 되어 건축을 할 수 없는 위험이 있는바, A는 쟁점②토지 매매계약 당시부터 쟁점②토지뿐만 아니라 위 OOO 토지도 2024년 2월경까지 함께 매입하는 것을 목표로 하였으나 매수가 성사되지 아니할 경우를 대비하여 최소한 청구인이 C로부터 OOO 토지 중 OOO㎡에 대한 토지사용승낙서를 받아주기로 하는 조건으로 쟁점②토지의 매매계약에 이르게 된 것이며, 이러한 사정상 A는 C와의 토지 매수 협의를 위한 시간이 필요하여 쟁점②토지 매매계약의 잔금시기를 다소 늦출 수밖에 없었다.

(나) 다음의 항공사진을 보더라도 쟁점②토지는 OOO 토지를 추가로 매수하여야 이용가치가 제대로 확보되는 형태임이 상식적으로 명백한바, 쟁점②토지를 매수하는 입장에서는 맹지가 될 위험성을 피하기 위해 OOO을 함께 매수하고자 노력할 수밖에 없음을 알 수 있다.

OOO

(다) 한편, 법인은 개인과 자금 사정이 동일할 수 없고, 은행 대출 시 실무상 개인에 비하여 대출심사가 더 까다로운 부분도 많기 때문에, 아무리 A이 A의 대표이사라 하더라도 A와 A의 자금 사정이 동일할 수는 없는바, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 잔금시기가 달라진 데에는 이러한 이유도 있는 것이다.

(라) A, B 및 C 또한 위와 같은 사실관계를 인정하는 확인서를 작성하여 제출하였다.

(3) 처분청은 양도소득세 감면에 관한 규정의 법리를 오인하였다.

(가) 연도를 달리 한 분할양도에 대하여 과세관청이 제동을 걸기 시작하면서 전국적으로 유사한 과세처분이 다수 발생하였고, 조세심판원은 아무런 사유 없이 토지를 분할하여 동일인에게 양도하는 등 분할양도거래가 불가분의 관계에 있는 경우 실질과세의 원칙을 적용하여 이를 하나의 거래로 판단하고 있으나, 그렇지 아니한 거래는 각각 별개의 거래로 인정하고 있다(조심 2025중30, 2025.4.3. 외 다수 참조).

(나) 다만, 실무상으로는 그 경계를 명확히 구분하기가 어려운 경우가 상당히 많기 때문에 전국의 농업인들, 세무대리인, 공인중개사 및 심지어 일선 세무서까지 상당한 혼란을 겪어왔고, 이에 이러한 혼란을 막고자 2023.12.31. 조특법(법률 제19936호로 일부개정된 것) 제133조 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)이 신설된 것인바, 이는 ‘토지를 분할(해당 토지의 일부를 양도한 날부터 소급하여 1년 이내에 토지를 분할한 경우를 말한다)하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다’고 규정하고 있고, 부칙에 의하면 그 시행 전에 이루어진 양도에는 적용되지 아니하는 것이므로, 쟁점규정 시행 이후인 2024년에 양도소득이 귀속된 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(다) 위 쟁점규정은 부칙에서 적용시기를 상당히 구체적으로 정하고 있어 이는 예시적 규정으로 볼 수 없고, 처분청과 같이 쟁점규정을 그 부칙과 무관하게 적용할 수 있다고 본다면 명확한 과세기준 제시를 위하여 이루어진 세법개정이 오히려 더욱 큰 혼란을 초래하게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 양도거래는 하나의 거래이다.

(가) 다음의 지적도 등을 보면 알 수 있듯이 청구인은 쟁점토지 취득 이후 필지의 구분 없이 이를 하나의 농지로 사용하고 있었다.

OOO

(나) 청구인은 ‘쟁점토지의 양도거래를 중개한 공인중개사가 본인과 잘 아는 사람이라고 소개하며 A과의 거래를 중개하였고, 당초 A이 대표로 있는 A가 농산물 물류창고를 신축하고자 쟁점토지를 매입할 것이라 하였으나 양도물건 3개 필지 중 2023년에 거래한 쟁점①토지가 농지에 해당하여 이를 법인이 취득할 수 없어 대표자와 그 배우자의 명의로 취득하는 것으로 계약했다’는 주장을 양도소득세 조사 착수 시점부터 일관되게 하였다.

(다) 쟁점①토지는 도로와 연접하지 않은 토지로, A 명의로 취득한 쟁점②토지가 없으면 쟁점①토지만 제3자에게 별도로 양도하는 것은 사실상 불가능하므로, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 양도는 불가분한 관계에 있다.

(라) 청구인은 A등이 쟁점①토지를 주말농장(임차하는 주말농장이 아닌 직접 경작하는 주말농장)으로 활용하고자 매입하였다고 주장하였는데, A등이 쟁점①토지를 단지 주말농장으로 활용하고자 대출을 발생시키면서까지 OOO원에 매입하였다는 것은 그 지출 규모가 사용 목적에 비하여 과다한 것으로 보인다.

(마) 청구인은 양도소득세 조사 당시에는 A의 농산물 물류창고 신축이 쟁점토지 매입의 목적이라 하였으나, 과세전적부심사 과정에서 쟁점①토지는 주말농장, 쟁점②토지는 법인의 공장 및 사무소 신축을 목적으로 매입되었다고 하며 그 주장을 바꾸었는데, 바뀐 청구주장을 인정하더라도 지적도상 토지의 모양 및 면적이나 양도소득세 조사 당시 육안으로 보이는 모습만 고려하더라도 쟁점②토지의 형태상 해당 필지에만 건물을 짓기는 어려워 보인다.

(바) 쟁점①토지의 매수인과 쟁점②토지의 매수인은 각각 개인과 법인으로 다르지만, 법인인 A의 경우 대표자 A의 일가족이 주식 100%를 소유한 가족기업으로 대표자 일가족이 법인의 의사결정을 단독으로 할 수 있다.

(2) 청구인은 잔금시기를 달리 한 합리적 사정이 있다고 주장하나 이 또한 받아들이기 어렵다.

(가) A및 B은 대출 포함 OOO원의 자금을 마련하여 2023년에 쟁점①토지를 매입하였고, A는 2024년에 OOO원으로 쟁점②토지를 매입하였는데, A는 2012년에 개업한 중소기업으로 재무제표상 대출성 장·단기 부채가 없고, 2023년에 고액의 장기차입금을 상환할 정도로 재정 상황이 좋았으며, 현금성자산이 2023년 및 2024년 모두 수억원에서 수십억원 이상에 이를 정도로 유동성 자산이 여유로운 상황이었는바, A가 쟁점②토지의 취득시기를 2023년이 아닌 2024년으로 한 것은 A및 B이 대출까지 발생시켜가며 쟁점①토지를 2023년에 매입한 것과는 상반된 행태로서, A의 자금 사정은 거래 시기를 구분한 것에 대한 합리적 이유가 되기 어렵다.

(나) OOO 도로의 매입 여부가 쟁점②토지 거래에 중대한 영향을 미치는 것이라면, 쟁점②토지 없이는 도로와 연접하지 않아 사용이 어려운 쟁점①토지 매입에도 당연히 위 OOO 도로 매입이 영향을 미쳐야 하는 것이나, 쟁점②토지 거래의 잔금시기만 미룬 것은 납득하기 어렵다.

(다) 위 OOO 도로는 장기간 청구인과 인근 주민들이 별다른 제약 없이 계속 사용해왔던 도로임에도 매수자가 개인에서 법인으로 바뀐다는 이유만으로 OOO 도로의 매입 성사 여부가 거래에 중대한 영향을 미친다고 보기도 어렵다.

(라) 한편 청구주장대로 A가 해당 도로를 굳이 매수하지 아니하더라도 토지사용승락서를 받는 조건으로 쟁점②토지의 매매계약을 한 것이라면, 건축허가 및 도로 사용 등에 관련 영향이 없을 것이므로 달리 잔금시기를 미루어야 할 이유를 찾기 더욱 어렵다.

(3) 쟁점규정은 감면 종합한도의 합리화를 취지로 하여 신설된 것으로서, ‘제1항 제1호를 적용할 때’라고 명확하게 그 전제를 제시하고 있는바, 이는 쟁점규정의 요건이 충족될 경우 1개의 과세기간에 양도가 모두 이루어진 것으로 보아 1억원을 한도로 감면을 한다는 것일 뿐 달리 과세시기를 규정한 것이 아니므로, 청구주장과 같이 쟁점규정을 과세시기와 결부시키는 것은 법문을 지나치게 확대해석하는 것이다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

과세연도를 달리하여 토지를 양도한 거래를 사실상 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1)쟁점토지에 관한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 쟁점토지의 현황은 아래 ＜표1＞ 기재와 같다.

＜표1＞ 쟁점토지의 현황

OOO

(나) 쟁점토지의 필지별 지적도 및 일대 위성사진은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지 지적도 등

OOO

(다) 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 내역은 아래 ＜표3＞ 기재와 같다.

＜표3＞ 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도 내역

OOO

(라) 쟁점①토지의 매매계약서는 아래 ＜표4＞ 기재와 같다.

＜표4＞ 쟁점①토지 매매계약서

OOO

(마) 쟁점②토지의 매매계약서는 아래 ＜표5＞ 기재와 같다.

＜표5＞ 쟁점②토지 매매계약서

OOO

(바) 쟁점토지에 대한 근저당권 설정 및 말소 내역은 아래 ＜표6＞ 기재와 같다.

＜표6＞ 쟁점토지에 대한 근저당권 설정 및 말소 내역

OOO

(2) 이 건 양도소득세 경정 내역은 아래 ＜표7＞ 기재와 같다.

＜표7＞ 이 건 양도소득세 경정 내역

OOO

(3) 기획재정부가 발간한 ‘2023 간추린 개정세법’에 의하면 쟁점규정의 신설 취지 및 적용시기는 아래 ＜표8＞ 기재와 같다.

＜표8＞ 쟁점규정 신설 취지 등(2023 간추린 개정세법, 기획재정부)

OOO

(4) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인이 제출한 쟁점토지 매매거래 관련 대금수령 현황은 아래 ＜표9＞ 기재와 같다.

＜표9＞ 청구인이 제출한 대금수령 현황

OOO

(나) 청구인은 A및 B의 확인서를 아래 ＜표10＞ 기재와 같이 제출하였다.

＜표10＞ 청구인이 제출한 A및 B의 확인서

OOO

(다) 청구인은 OOO 토지 소유자인 C의 확인서를 아래 ＜표11＞ 기재와 같이 제출하였다.

＜표11＞ 청구인이 제출한 C의 확인서

OOO

(5) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구인과의 문답서 내용을 아래 ＜표12＞ 기재와 같이 제출하였다.

＜표12＞ 처분청이 제출한 청구인과의 문답서 내용

(나) 처분청은 A의 재무상태표를 제출한바, 그 주요 내용은 아래 ＜표13＞ 기재와 같다.

＜표13＞ 처분청이 제출한 A의 재무상태표 주요 내용

OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 과세연도를 달리하여 쟁점토지를 양도한 거래가 사실상 하나의 거래에 해당하는 것이라는 의견이나,

납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 하는 것(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결, 같은 뜻임)인바,

결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피 목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 채택한 계약형식을 부인하고 세법상 기간과세의 원칙에 반하는 과세처분을 하는 것은 실질과세의 원칙에 위배되어 부당한 것으로 보이는 점(조심 2023중291, 2023.4.13., 같은 뜻임),

쟁점①토지와 쟁점②토지는 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 하거나 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 2008년경부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것이고, 쟁점①토지의 매수인인 A및 B은 이들과 A의 자금 사정 등으로 인하여 쟁점토지를 나누어 매매한 것으로서 이들의 쟁점①토지 매입 목적과 A의 쟁점②토지 매입 목적이 서로 다르다는 사실을 확인하였으므로, 청구인이 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위하여 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래를 한 것으로 보기 어려운 점,

쟁점①토지와 쟁점②토지의 매매계약서가 별도로 작성되었고, 잔금을 지급받고 소유권이전등기를 완료한 날이 각각 2023.12.20. 및 2024.2.21.로 상이하며, 각각의 양수인 또한 개인과 법인으로서 상이하므로, 쟁점토지의 양도거래가 실질적으로 하나의 계약에 의한 거래에 해당한다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 6. 18.