국심 2004광0589 (2004.11.23)

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시

조세특례제한법 제10조

에서 규정하고 있는 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호를 적용하여 산출한 세액으로 신고하였으나,

자체감사 결과 1996사업연도부터 2000년사업연도까지 법인세 신고한 각 사업연도의 기술·인력개발비 세액공제대상 지출액이

잘못되었음을 발견하고 2003.3.28. 경정청구기한이 경과되지 아니

한

2000사업연도의 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호

에 의하여 산출한 2,093,720,694원으로 하여 달라는 경정청구를 하였다.

처분청은 조사결과 1998사업연도부터

2000사업연도까지의 기

술·인력개발비는 청구법인

이 경정청구한 금액으로 하고, 1996사업연도 및 1997사업연도는 법인세 국세부과제척기간이 도과되었음을 이유로 당초 신고한 금액으로 하여

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호(청구법인이 경정청구시 적용하여 달라는 기준임)를 적용하여 공제세액 1,697,190,024원을 산출하여 2000사업연도 법

인세 799,540,530원을 감액경정하였으나, OOO지방국세청장이 이

의신청결정시 1996사업연도 및 1997사업연도의 기술·인력개발비도 청구법인이 경정청구한 금액으로 하여 공제세액을 산출하여야 한다고 결정하자 다시 공제세액을 청구법인이 주장하는 2,093,720,694원으로 하여 감액경정하였다.

한편, OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 1999사업연도의 기술·인력개발비 세액공제에 대한 기획분석을 실시하면서 처분청에 접수된 위 경정청구 관련서류를 인계받아 1996사업연도부터 1999사업연도까지 각 사업연도의 기술 및 인력개발비 발생액이 당초 신고액보다 줄어든 사실을 확인하고, 청구법인이 법인세 신고시 선택한 방법인

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호를 적용하여 공제세액을 산출하여 1999년사업연도 법인세 195,144,470원을 고지하도록 2003.5.29. 처분청에 자료통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2003.6.12. 청구법

인에게 이 건 1999사업연도 법인세 195,144,470원을 경정고지하였

다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.8.26. 이의신청을 거쳐

2004.1.26.

심판청구를 제기하였는 바, 청구법인이 적용하여 달라고 주장하

는

세액공제 방법 및 처분청이 결정한 세액공제 방법은 아래와 같

다.

OOO

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 2000사업연도 법인세 경정청구에 대한 처분청의 현지확인시 1996~2000 각 사업연도별 기술·인력개발비의 금액 증감사항이 확인되었는 바, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

처분청은 1999사업연도의 기술·인력개발비 세액공제액을 산출하면서 청구법인이 주장하는 기술·인력개발비의 증감금액에 대하여는 사실을 인정하면서도 세액공제 방법에 있어서는 1999사업연도는 법인세 경정청구기간이 경과하였음을 이유로 당초 청구법인이 신고하였던 세액공제방법인

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호를 적용하여야 하며, 청구법인의 1999사업연도 기술·인력개발비가 당초 신고한 17,327,095,490원이 아니라 청구법인이 경정청구시 주장하는 14,861,593,593원이 정당하다 하여 이 건 1999사업연도 법인세 195,144,470원을 경정고지하였다.

그러나

조세특례제한법 제10조

의 입법취지는 기술·인력개발비의 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하는데 있고, 동조 제3항에서 규정하고 있는 세액공제 신청은 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 세액공제는 요건이 충족되면 당연히 공제되어야 한다.

따라서 과세관청이 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어서 납세의무자가

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호에 의한 공제방법을 선택하여 법인세 신고를 하였다고 하더라도

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호에 의한 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호에 의하여야 하는 것(대법원 2000두3115, 002.1.22. 참조)인 바, 청구법인의 1999사업연도 법인세는 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호를 적용하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 1999사업연도 법인세 신고시 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호에 의한 신고방법을 선택하여 신고하였고, 그 후 당초 신고방법을 변경한 어떠한 청구도 없었으며, 단지 2000사업연도 기술·인력개발비에 대한 공제세액과 관련하여 법인세 경정청구를 하면서 신고방법을 당초

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호에서

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호로 변경하였을 뿐이다.

처분청의 이 건 1999사업연도 법인세에 대한 경정결정은 청구법인이 한 2000사업연도 법인세 경정청구 과정에서 1999사업연도에 지출된 기술·인력개발비가 감소되었음을 확인하고 이를 근거로 정당한 공제세액을 산출하여 당초 청구법인이 법인세 신고한 공제세액에서 차감하여 경정결정한 것이다.

따라서

조세특례제한법 제10조

는

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호 공제방법과

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호 공제방법을 규정하면서 그 중 하나의 방법을 납세의무자가 선택하여 세액공제를 받을 수 있도록 하고 있는 바, 청구법인이 당초 법인세 신고시 세액공제방법을 선택한 후 경정청구를 하지 아니하여 과세관청에서 임의로 청구법인이 선택하지 아니한 방법으로 세액공제를 할 수는 없는 것인 바, 청구법인이 당초 신고한

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호에 의하여 공제세액을 산출하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)

조세특례제한법 제10조

에서 규정하고 있는 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어서 납세자가 법인세 신고시 제1항 제2호에서 규정하고 있는 세액공제방법을 선택했더라도 경정결정시 납세자에게 유리한 경우에는 제1호에서 규정하고 있는 세액공제방법을 적용할 수 있는지 여부

(2)

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호에 따라 기술·인력개발비에 대한 공제세액을 산정함에 있어서 법인세를 납부한 금액을 기준으로 할 것인지 아니면 추가로 확인되는 금액을 인정하여 산정할 것인지 여부

나. 관련법령

조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제10조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 제조업광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 기술·인력개발비라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.

1. 당해 과세연도에 지출한 기술인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 지출한 기술인력개발비에 다음 각목의 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

가. 중소기업이 지출한 기술인력개발비(다른 중소기업에 지출한 기술인력개발비를 포함한다)의 경우에는 100분의 15

나. 중소기업외의 자가 지출한 기술인력개발비의 경우에는 100분의 5. 다만, 중소기업에 지출한 기술인력개발비의 경우에는 100분의 10으로 한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 지출한 기술인력개발비의 연평균지출액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

조세특례제한법시행령(2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 연평균지출액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간

지출한 기술 및 인력개발비의 합계액 × 당해 과세연도의 월수

────────────────── ─────────

4 12

⑤ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 기술 및 인력개발비지출에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

청구법인이 2000사업연도 법인세 경정청구시 제출한 “기술·인력개발비 지출 및 공제방법별 공제세액 내역”과 같이 1995~2000 각 사업연도의 기술·인력개발비 지출금액이 증감된 사실,

청구법인의 타이어사업부가 2003.6.30. OOO에 매각되자 별도의 신설법인(OOO주식회사)을 설립하기에 앞서 자체감사를 실시한 결과 법인세 신고한 기술·인력개발비 세액공제 대상 지출경비에 있어 증감사유가 발생한 사실,

청구법인이 2000사업연도 법인세 경정청구를 할 당시에 OOO지방국세청에서 청구법인의 1998~1999사업연도의 기술·인력개발비세액공제에 대한 기획분석을 실시하면서 청구법인이 법인세 신고한 각 사업연도의 기술·인력개발비에 증감이 발생하였음을 확인한 사실 등, 사실관계에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 (1)을 본다.

(가) 처분청이 1999사업연도 세액공제를

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호 방법(당초 청구법인이 법인세 신고시 선택한 공제방법)으로 한 이유는

조세특례제한법 제10조

에서 제1항 제2호와 제1항 제1호 중 하나를 납세의무자가 선택하여 신고하도록 명시하고 있고, 납세의무자에게는 본인이 신고한 것에 대하여 경정청구 제도를 통하여 시정할 수 있는 기회가 부여되어 있는 바,

신고세목인 법인세에 있어서 과세관청은 납세의무자가 신고한 과세표준이나 납부세액 등에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 경정을 통하여 올바르게 시정하는 것이지 이 건과 같이 납세의무자가 법령에 따라 적법하게 선택하여 신고한 방식까지 임의로 변경할 수는 없다는 것이다.

(나) 이에 대하여 청구법인은 1999사업연도 법인세는 처분청이 직권으로 경정한 것이기 때문에 경정청구 기간의 경과를 거부사유로 하는 것은 적절하지 아니하고,

조세특례제한법 제10조

제3항의 세액공제 신청은 납세의무자에게 협력의무를 부과한 것에 불과하며,

법 제10조의 규정이 “다음 각호의 방법 중 하나를

선택하여 세액공제를 받을 수 있다”고 규정하고 있는 바, 강제선

택

규정들이 “~ 방법 중 하나를 선택하여 납부 또는 신고하여야 한

다”라고 표현하는 것과는 달리 표현하고 있는 등의 이유를 들어 기술·인력개발비의 세액공제 방법이 명백하게 잘못된 경우에는 처분청이 부과처분시 이를 직권시정하여야 한다고 주장하고 있다.

(다) 판단

조세특례제한법 제10조

제3항의 세액공제신청은 그

규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류

를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점,

한편, 같은법시행규칙(1999.9.30. 총리령 제106호로 개정된 것) 별지 3호 서식에 의하면 당해 연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 모두를 기재한 다음 당해 연도에 공제받을 세액을 기재하도록 되어 있어서 과세관청으로서는 위 제1항 제1호 및 제2호의 각 공제방법에 의한 공제세액 모두를 바로 알 수 있는 점,

조세특례제한법 제10조

의 입법취지가 기술·인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있는 점 등을 종합

하여 볼 때,

조세특례제한법 제10조

제1항에서 규정하고 있는 공제세액의 산출방법은 공제받을 산출세액에 있어서 납세의무자에게 유리한 세액이 산출되는 방법이 적용되어야 할 것이다.

따라서 납세의무자가

같은법 제10조

제1항 제2호에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도

과세관청이 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함

에 있어서, 제1호에 의한 공제방법이 납세의무자에게 유리하다면 이에 따라 산출된 공제세액을 적용하여야 할 것(대법원 2000두3115, 2002.1.22.도 같은 뜻임)인 바, 청구법인이 1999사업연도 법인세 신고시 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호를 선택하여 산출하였더라도 제1호에 의하여 공제세액을 산출하는 것이 청구법인에게 유리하다면 이를 적용하는 것이 타당하다고

판단된

다.

(3) 쟁점 (2)를 본다.

(가) 기술·인력개발비에 대한 세액공제에 있어서 청구법인이 당초 법인세 신고한 공제세액과 산출방법 및 처분청이 경정결정한 공제세액과 산출방법등을 비교하면 별첨 “기술·인력개발비 지출 및 공제방법별 공제세액 내역 비교”와 같은 바,

청구법인은 당초 1999사업연도 법인세 신고시

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호로 산출한 세액(566,816천원)보다 제2호로 산출한 세액(866,354천원)이 크자 이를 당해연도에 공제받을 세액으로 신청하여 공제받았는데,

처분청은 청구법인이 2000사업연도 법인세 경정청구

시

제출한 자료에 의하여 1999사업연도의 기술·인력개발비 지출액

이 당초 법인세 신고한 금액(17,327,095천원)보다 적은 14,861,593천원임이 확인된다 하여 당초 청구법인이 법인세 신고시 선택한

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호의 방법으로 재계산한 743,079천원을 공제세액으로 하였으며,

이에 대하여 청구법인은 위 2000사업연도 경정청구시 제출한 자료등에 의하여 확인되는 기술·인력개발비를 근거로

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호로 산출한 세액 860,963천원을 공제함이 타당하다고 주장하고 있다.

(나) 위에서 본 바와 같이 청구법인이 1999사업연도 법인세 신고시 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호를 선택하여 산출하였더라도 제1호에 의하여 공제세액을 산출하는 것이 청구법인에게 유리하다면 이를 적용하여야 할 것이다.

그런데

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호로 이 건 1999사업연도의 공제세액을 산출하기 위하여는 1995사업연도부터 1998사업연도까지의 4년간 기술·인력개발비의 연평균지출액을 계산하여야 하는 바, 처분청의 이 건 과세시 위 4년간의 지출액에 있어서 증감사유가 있음이 확인되면 동 금액을 근거로 연평균지출액을 산출함이 일응 타당하다고 할 것이나,

이러할 경우 청구법인의 1999사업연도의 기술·인력개발비공제세액은 당초 청구법인이 법인세 신고한 금액이 아닌 처분청이 확인한 변경금액으로 산출하면서도 동 변경금액에 의하여 경정되어야 할 1995사업연도부터 1997사업연도까지 각 사업연도의 법인세는 부과제척기간의 도과로 경정할 수 없게 되므로 부과제척기간의 도과된 사업연도의 기술·인력개발비 지출액은 법인세 신고후 확인되는 변경금액이 아니라 당초 법인세 신고한 지출액이 법인세 부과제척기간의 도과로 확정되었다 할 것이어서 이를 근거로 하여 공제세액을 산출함이 타당하다고 하겠다.

(다) 따라서 1999사업연도의 기술·인력개발비에 대한 공제세액을

조세특례제한법 제10조

제1항 제1호로 산출함에 있어서 국세부과제척기간이 도과된 1995사업연도부터 1997사업연도까지는 당초 법인세 신고한 내용대로 기술·인력개발비 지출액을 확정하고, 국세부과제척기간이 도과되지 아니한 1998사업연도는 확인되는 변경금액으로 하는 경우, 공제세액이 481,990천원이 되어 처분청이

조세특례제한법 제10조

제1항 제2호로 산출한 공제세액 743,079천원보다 적게 되므로 결국 청구법인의 주장은 이유가 없게 되고 따라서 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO