조심2010서1568 (2010.10.07)

OOO세무서장이 2010.2.12. 청구법인에게 한 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세 818,076,837원 환급관련 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.12.16. 당시 대주주이었던 OOO 등과 함께 원활한 사업구조조정 등을 위해 채권금융기관 협의회(주채권은행 우리은행)와 경영정상화계획 이행약정을 체결하면서 자구계획의 일환으로 OOO 소유의 부동산을 매각하기로 하고,

2005.5.20. OOO으로부터 OOO(7필지는 공동 소유지분) 4,873,983㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여(취득가액은 감정평가액에 부대비용을 합한 9,573,077,209원)받아, 2005.10.13. 주식회사 OOO와 매매계약을 체결하였다가 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기(채권자 주식회사 제일은행)가 2007.8.2. 말소되자 2007.9.3. 잔금을 수령하고 소유권 이전등기를 하였다.

나. 청구법인은 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도(이하 “2007사업연도”라 한다)에 쟁점토지 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 「법인세법」제55조의2를 적용하여 토지등 양도소득에 대한 법인세 818,076,837원을 신고·납부하였다가, 2009.12.21. 기납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2010.2.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점토지를 무상 취득한 후 경영정상화 약정에 따라 차입금을 변제하기 위해 지체없이 매각을 추진하였고, 쟁점토지에 근저당권자를 주식회사 OOO으로 하여 설정된 근저당권설정등기에 대한말소등기가 청구법인의 귀책없이 지체되어 2007.9.3.에야 매각이 완료되었는 바, 이와 같이 매각이 지연된 것은 소유권에 관한 소송이 계속되었기 때문이고 쟁점토지 취득 및 매각에 부동산 투기목적이 없으므로 쟁점토지는 부득이한 사유에 해당하여 비사업용토지로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

근저당권 말소등기에 관한 사항은 소유권 이외의 권리에 대한 소송이므로 관련 소송이 토지의 처분에 영향을 주었다는 이유만으로 비사업용토지가 아닌 것으로 보기 어렵고, 그 밖에 부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 경우에 해당하지 아니한다. 또한, 쟁점토지 양도당시에는 부실징후기업이 채권단과의 경영정상화계획이행을 위한 약정에 따라 양도하는 토지를 비사업용토지에서 제외한다는 명시적 규정이 없었고, 2009.3.30.「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항제1호로 신설되었는 바, 당해 규정은 창설적 규정이어서 2007.9.3. 매각된 쟁점토지에 소급적으로 적용될 수 없으므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

경영정상화계획 이행약정에 따라 대주주로부터 증여받아 매각한 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2005.12.31.,법률 제7838호로 개정된 것)

제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

②제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

가.·나. (생 략)

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

부칙 제1조【시행일】이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

(2) 법인세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19255호로 개정된 것)

제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의6【임야의 범위 등】① 법 제55조의2 제2항 제2호 가목에서 “공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다.

제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 재정경제부령이 정하는 기간

(3)법인세법 시행규칙(2006.3.14. 재정경제부령 제497호로 개정된 것)

제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(괄호 생략)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

(4)법인세법 시행규칙(2009.3.30. 기획재정부령 제66호로 개정된 것)

제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】③ 영 제92조의11 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 경영정상화이행약정서 사본, 쟁점토지 등기부등본 및 매매계약서 등 심리자료에 의하면, 청구법인의 쟁점토지 취득 및 매각경위는 다음과 같이 확인된다.

(가) 청구법인의 대주주 OOO은 쟁점토지를 1959.12.8. 취득하여 보유하여 오다가 1994.9.16. 청구법인(당시 명칭은 OOO주식회사이다)의 채무담보를 위해 쟁점토지에 채권최고액 미화 오백만불, 근저당권자 주식회사 제일은행으로 근저당권설정등기를 해 주었다.

(나) 청구법인은 2002.12.16. 채권금융기관 협의회와 경영정상화계획 이행약정을 체결하면서 OOO 소유의 부동산을 매각하기로 하였고, 2004.5.11.에는 경영정상화계획 이행약정을 다시 맺어 상장유지 및 M&A를 위해 출자전환을 실시하고 쟁점토지를 2004년 12월까지 매각하기로 하였으며, 2004.9.8. 주식회사 OOO에 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기를 2004.9.15.까지 말소등기할 것을 요청(2000.9.29. 주식회사 OOO과의 여신거래가 종료되어 근저당권설정등기된 피담보채권이 확정채무로 전환되었을 뿐만 아니라, 주식회사 OOO이 당해 피담보채권을 정리금융공사에 매각하여 말소등기를 이행하여야 한다는 취지)하는 서면을 내용증명우편에 의하여 발송하였다.

(다) 청구법인은 2005.5.20. 쟁점토지를 OOO으로부터 증여받아 소유권이전등기를 마치고, 2005.10.13. 주식회사 OOO와 쟁점토지 매매계약을 체결(총120억원을 매매대금으로 하여 계약체결일 및 2005.11.14. 계약금 12억원 및 중도금 58억원을 수령하되, 쟁점토지 근저당권설정등기와 관련하여 중도금 지급일에 소유권이전청구권가등기를설정하고, 잔금 50억원은 근저당권설정등기가 말소된 후 2개월 내에 수령하기로 하였다)한 다음, 2007.8.2. 근저당권설정등기가 말소되자 2007.9.3. 매매잔금을 수령하고 소유권이전등기(등기원인은 2005.10.13. 매매)를 하였다.

(라)한편, OOO은 2005.6.3. 주식회사 OOO을 상대로 쟁점토지근저당권설정등기 말소등기 청구소송을 제기하였고, 2006.1.10. 서울중앙지방법원 제14민사부는 말소등기를 이행하라는 원고승소 판결을 하였으나(사건번호 2005가합49114) 주식회사 제일은행은 항소하였으며,

2007.4.16 서울고등법원 제1민사부는 조정에 갈음하는 결정에 의하여재차 근저당권말소등기를 이행하도록 하였고(사건번호 2006나17609), 2007.7.3. 주식회사 OOO이 조정결정에 대한 이의신청을 취하하여 2007.8.2. 쟁점토지 근저당권설정등기가 말소등기되었다.

(2)살피건대,비사업용토지를 양도한 경우에 그 양도소득에 대하여 법인세를 납부하도록 한 취지는 토지를 생산적 용도로 사용하지 아니하고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 것인 바(조심 2009서3770, 2009.12.21. 참고),

청구법인은 「기업구조조정촉진법」에서 정하는 채권금융기관과의 경영정상화계획 이행약정에 따라 매각대금을 차입금변제 등 구조조정 목적에 사용하기 위하여 쟁점토지를 대주주로부터 무상으로 증여받아 취득한 것으로서 취득, 보유 및 양도경위에 비추어 부동산 투기목적이 없는 것으로 보이며,

청구법인이 쟁점토지를 증여받아 지체없이 매각절차를 진행하였고, 주식회사 OOO의 근저당권설정등기 말소등기 거부로 다소 매각이 지연되었으나 청구법인에게 매각지연에 관한 귀책이 있었다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 「법인세법」 제55조의2 제3항, 같은 법시행령 제92조의11 제1항 제3호의 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 소정의 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는토지로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 처분청의 경정청구거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

또한, 처분청은2009.3.30. 신설된「법인세법 시행규칙」제46조의2 제3항제1호는 창설적 규정이어서 2007.9.3. 매각된 쟁점토지에 소급적으로 적용할 수 없다는 의견이나, 당해 규정은부실징후기업이 채권금융기관협의회와의 경영정상화계획 이행을 위한 약정에 따라 양도하는 토지의 경우 2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정하여 비사업용토지로 보지 아니하도록부득이한 사유를 제한적으로 보완한 규정으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.