서면-2023-원천-0239 (2023.09.11)

1. 사실관계

 ○질의인은 ’2x.xx.xx일에 퇴직하였으며, 퇴직소득세 원천징수와 관련된 근무이력은 아래와 같음

2. 질의내용

 ○질의인이 최종 퇴사하며 퇴직금을 지급받을 때 정규직 전환 당시 이미 지급받은 퇴직소득과 세액정산을 하고자 하는데,

  -정규직 전환 당시 퇴직소득세액을 계산할 때 근속연수 기산일을 최초입사일이 아닌 퇴직급여충당금을 적립하기 시작한 시점(’0x.x.xx.)으로 하여 퇴직소득세액 정산 시 세액이 과다하게 계산되고 있음

 ○질의인은 최종 퇴사하며 세액정산할 때 근속연수 기산일을 최초 입사일(’9x.x.x.)로 할 수 있는 것인지

3. 관련법령

○소득세법 제148조【퇴직소득에 대한 세액정산 등】

 ①퇴직자가 퇴직소득을 지급받을 때 이미 지급받은 다음 각 호의 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출하는 경우 원천징수의무자는 퇴직자에게 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 정산한 소득세를 원천징수하여야 한다.

  1.해당 과세기간에 이미 지급받은 퇴직소득

  2.대통령령으로 정하는 근로계약에서 이미 지급받은 퇴직소득

 ②2012년 12월 31일 이전에 퇴직하여 지급받은 퇴직소득을 퇴직연금계좌에 이체 또는 입금하여 퇴직일에 퇴직소득이 발생하지 아니한 경우 제146조의2에도 불구하고 해당 퇴직일에 해당 퇴직소득이 발생하였다고 보아 해당 퇴직소득을 제1항제2호의 이미 지급받은 퇴직소득으로 보고 제1항을 적용할 수 있다.

 ③퇴직소득세액의 정산 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제203조【퇴직소득세액의 정산】

 ①법 제148조제1항에 따라 정산하는 퇴직소득세는 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 퇴직소득세액을 계산한 후 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액을 뺀 금액으로 한다.

 ②제1항에 따라 퇴직소득세를 정산하는 경우의 근속연수는 이미 지급된 퇴직소득에 대한 근속연수와 지급할 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 중복되는 기간의 월수를 뺀 월수에 따라 계산한다.

 ③법 제148조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 근로계약"이란 근로제공을 위하여 사용자와 체결하는 계약으로서 사용자가 같은 하나의 계약(제43조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 체결하는 계약을 포함한다)을 말한다.

○소득세법 시행령 제43조【퇴직판정의 특례】

 ①법 제22조제1항제2호를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생했으나 퇴직급여를 실제로 받지 않은 경우는 퇴직으로 보지 않을 수 있다.

  1.종업원이 임원이 된 경우

  2.합병ㆍ분할 등 조직변경, 사업양도, 직ㆍ간접으로 출자관계에 있는 법인으로의 전출 또는 동일한 사업자가 경영하는 다른 사업장으로의 전출이 이루어진 경우

  3.법인의 상근임원이 비상근임원이 된 경우

  4.비정규직 근로자(「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 또는 단시간근로자를 말한다)가 정규직 근로자(「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자로서 비정규직 근로자가 아닌 근로자를 말한다)로 전환된 경우

○소득세법 시행령 제105조【근속연수】

 ①법 제48조제1항 및 법 제55조제2항을 적용할 때 근속연수는 근로를 제공하기 시작한 날 또는 퇴직소득중간지급일의 다음 날부터 퇴직한 날까지로 한다. 다만, 퇴직급여를 산정할 때 근로기간에 포함되지 아니한 기간은 근속연수에서 제외한다.

 ②법 제48조제1항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 연수"란 다음 각 호에 따른 연수를 말한다. 이 경우 납입연수 또는 재직기간이 1년 미만인 경우에는 1년으로 본다.

  1.「국민연금법」에 의하여 지급받는 일시금의 경우에는 연금보험료 총납입월수를 12로 나누어 계산한 납입연수

  2.「공무원연금법」ㆍ「군인연금법」ㆍ「사립학교교직원연금법」 또는 「별정우체국법」에 의하여 지급받는 일시금의 경우에는 각 해당 법률의 퇴직급여산정에 적용되는 재직기간

  3.법 제22조제1항제1호의 퇴직소득 중「공무원연금법」ㆍ「군인연금법」ㆍ「사립학교교직원연금법」또는「별정우체국법」에 따른 일시금 및 법 제22조제1항제2호의 퇴직소득을 함께 지급받는 경우에는 각 해당 법률의 퇴직급여산정에 적용되는 재직기간과 실제 재직기간중 긴 기간

  4.제2호 및 제3호에도 불구하고 제40조제2항에 따라 일시금을 반납하고 재직기간, 복무기간 또는 가입기간을 합산한 후 지급받는 일시금의 경우에는 재임용일 또는 재가입일 이후의 재직기간

 ③제42조의2제4항제3호에 따른 퇴직공제금의 근속연수는 「건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률」 제14조제4항에 따라 계산된 공제부금의 납부월수를 12로 나누어 계산한 납입연수로 한다.

○소득세법 제55조【세율】(쟁점 시점 당시)

 ①거주자의 종합소득에 대한 소득세는 당해연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.(기본세율표 생략)

 ②거주자의 퇴직소득에 대한 소득세는 당해년도의 퇴직소득과세표준을 근속년수로 나눈 금액에 제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액에 근속년수를 곱한 금액(이하 "퇴직소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

○소득세법 제48조【퇴직소득공제】(쟁점 시점 당시)

 ①퇴직소득이 있는 거주자에 대하여는 당해년도의 퇴직급여액(갑종퇴직급여의 경우 명예퇴직수당과 단체퇴직보험금을 포함한다. 이하 같다)에서 다음 각호의 금액을 순차로 공제한다.

  2.근속연수(1년 미만의 기간이 있는 때에는 이를 1년으로 보며, 제22조제1항제1호 라목 및 마목의 경우에는 대통령령이 정하는 방법에 따라 계산한 연수를 말한다. 이하 같다)에 따라 정한 다음의 금액

<근속년수> <공제액>

5년 이하 30만원×근속년수

5년 초과 10년 이하 150만원＋50만원×(근속년수－5년)

10년 초과 20년 이하 400만원＋80만원×(근속년수－10년)

20년 초과 1천200만원＋120만원×(근속년수－20년)

○국세기본법 제26조【납부의무의 소멸】

  국세 또는 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다.

 2.제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때

○국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】

 ①국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.(…중략…)

○ 국세기본법 집행기준 26의2-0-1【납세의무의 소멸사유】

  국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없고 법 제26조의2에 따른 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 경정도 할 수 없다.(…중략…)

○ 사전-2021-법규소득-1818(’22.3.22.)

  퇴직자가 퇴직소득을 지급받을 때 「소득세법 시행령」제43조제1항제4호에 해당하는 사유로 체결하는 계약에서 이미 지급받은 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 ’16.2.17. 이후 원천징수의무자에게 제출하는 경우, 원천징수의무자는 「소득세법」제148조 제1항에 따라 퇴직자에게 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 정산한 소득세를 원천징수하여야 하는 것이며, 이러한 경우 근속연수는 같은 법 시행령 제203조제2항에 따라 이미 지급된 퇴직소득에 대한 근속연수와 지급할 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 중복되는 기간의 월수를 뺀 월수에 따라 계산하는 것입니다.

｢소득세법｣ 제148조 제1항에 따라 퇴직소득에 대한 세액정산을 하는 경우 근속연수는 동법 시행령 제203조 제2항에 따라 이미 지급된 퇴직소득에 대한 근속연수와 지급할 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 중복되는 기간의 월수를 뺀 월수에 따라 계산하는 것입니다.
퇴직소득세액 계산 시 근속연수를 변경할 경우 ｢소득세법｣ 제48조에 따른 공제금액과 제55조 제2항에 따른 세액계산 결과가 달라질 수 있는 것으로
이미 지급된 퇴직소득에 대한 국세부과 제척기간이 경과한 경우 그 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 경정도 할 수 없는 것이므로 그 근속연수도 경정할 수 없는 것입니다.