서면-2019-법인-0284 (2020.07.10)

1. 사실관계

○㈜ㅇㅇㅇㅇ(이하 ‘질의법인’이라 함)은 표면처리약품 제조 및 판매를 목적으로 하여 20XX년 설립된 법인으로 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 보유하고 있지 않음

○질의법인은 정부기관과 협약에 의거 국책연구과제를 수행하고 연구개발비를 지출할 예정임

2. 질의내용

○정부기관과 협약에 의거 정부출연금과 자체 부담금을 재원으로 국책연구과제를 수행할 예정인 바,

○질의법인이 국책연구과제를 수행하면서 사용하는 비용 중 인건비 지출 내역에 대해 정부출연금과 자체부담금, 현물로 지출한 비용이 연구인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

○조세특례제한법 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】

① 내국인이 2021년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

② 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.

1. 연구개발출연금등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우: 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하는 방법

2. 연구개발출연금등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우: 대통령령으로 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법

○조세특례제한법 시행령 제9조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】

① 법 제10조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1.「산업기술혁신 촉진법」

2.「정보통신산업 진흥법」

3.「중소기업기술혁신 촉진법」

4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률

○조세특례제한법 시행규칙 제7조의3【연구개발 관련 출연금 등】

영 제9조의2제1항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1.「소재·부품·장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」

2.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」

3.「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」

○조세특례제한법 시행령 [별표 6]

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동연구개발

1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

나) 국공립연구기관

다) 정부출연연구기관

라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

마) 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관

바) 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관

사) 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업

아) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

차) 「산업디자인진흥법」 제4조제2항 각 호에 해당하는 기관

카) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

다. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

라. 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 것

마. 중소기업이 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받고 지출한 비용

바. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 지출한 비용

2. 인력개발

가. 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원에 한정한다)

1) 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비

2) 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비

3) 「근로자직업능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비

4)「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 중소기업이 지출한 비용

5) 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령으로 정하는 것

나.「근로자직업능력 개발법」 또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

다. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

라. 생산성향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령으로 정하는 비용

마. 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

바. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제3호 및 제4호에 따른 학교 또는 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 직업교육훈련과정 또는 학과 등의 운영비로 지출한 비용

사. 산업수요 맞춤형 고등학교 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등을 체결한 후, 직업교육훈련을 받는 해당 산업수요 맞춤형 고등학교의 재학생에게 해당 훈련기간 중 지급한 훈련수당, 식비, 교재비 또는 실습재료비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)

4. 관련예규

○ 법인세과-797, 2011.10.26.

(질의2-1) 정부출연금과 자체부담금을 사용하여 연구개발과제를 수행하고, 기술개발 성공 시 기술료를 납부하는 조건으로 연구개발 결과물을 연구과제 수행기업이 소유하는 경우, 연구개발과제 수행기업이 실질적으로 부담하는 자체부담금은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

다만, 자체연구개발의 경우 같은 법 시행규칙 제7조에 따른 전담부서에서 지출하는 연구개발비에 한하여 동 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

(질의2-3) 연구개발 과정에서 정부출연금과 자체부담금이 혼합되어 지출되더라도 자체부담금에 상당하는 금액이 세액공제 적용 대상 비용의 지출에 해당하는 경우에는 동 세액공제를 적용하는 것임

다만, 세액공제 대상 비용은 연구과제 이행계약에 따른 정부출연금 집행 조건, 지출 비용의 성격 등 제반 사항을 종합적으로 고려하여 합리적인 방법으로 산출하는 것임

(질의2-4) 연구개발 전담부서에서 근무하는 연구요원에 대한 회사 부담분 고용보험료 등의 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 대상 인건비에 해당하는지 여부에 대해서는 같은 법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어 정의 등】및 우리 청의 기존 해석 사례(서면2팀-62, 2007.01.09)를 참고하시기 바랍니다.

○ 법인세과-411, 2012.06.22.

내국법인이“광역경제권 선도산업 육성사업”에 따른 지원 대상으로 선정되어 정부 출연금을 수령한 경우로서 해당 출연금이 「조세특례제한법」 제10조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제9조의2 제1항, 같은 법 시행규칙 제7조의3에 규정된 법률에 따라 받은 경우에는 익금에 산입하지 아니할 수 있으며 익금불산입된 출연금을 재원으로 「조세특례제한법 시행령」【별표6】에 따른 연구・인력개발비를 지출한 것에 대해서는 같은 법 시행령 제9조제8항에 따라 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 없는 것입니다.(법규과 - 688, 2012. 6. 19.)

○ 서면2팀-694, 2007.04.20.

내국법인이 공동연구개발을 수행함에 따른 비용으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액은 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 규정한 구분 1. 가목에 규정한 자체기술개발비와 나목에 규정한 위탁 및 공동기술개발비 중 내국법인이 실질적으로 부담한 금액으로 하는 것임

○ 법인세과-66, 2011.01.25

「조세특례제한법」 제10조의2 규정에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은, 내국법인이 같은법 적용여부에 불구하고 같은법 시행령(2010.2.18 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제9조제7항의 규정에 따라 연구ㆍ인력개발비 산정 시 제외하는 것입니다.

○ 법인46012-3663, 1998.11.27

내국법인이 연구기관 등과 공동개발을 수행함에 있어 연구ㆍ시험용 시설을 제작하여 연구기관에 현물로 제공하는 경우에도 제작에 직접 소요된 비용에 대하여 기술 및 연구개발비 세액공제됨

연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어, 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용이 있는 경우에는 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나,
국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 등으로부터 연구개발 또는 인력개발을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액은 제외하는 것이고, 그 외 민간부담금 등의 비용이 연구인력개발비 세액공제 적용이 가능한지는 해당 법인의 연구개발 활동, 연구원 전담 여부 등을 감안하여 실질내용에 따라 사실판단할 사항입니다.