서면-2020-법인-1132 (2020.07.01)

1. 사실관계

○㈜OOOOO(이하 “질의법인”이라 함)은 소프트웨어개발을 주업으로 하는 법인으로20XX년 연구개발을 기반으로 한 제조업 법인(이하 “설립예정 법인”이라 함)을 설립할 준비 중임

○설립예정 법인은 연구소를 운영할 계획이 있으며 연구소의 소장으로 법인대표의 동생이나 동생의 아내, 혹은 연구개발전문가를 채용 검토하고 있음

2. 질의내용

○ 법인의 설립연구소에 연구소장을 채용함에 있어

-(질의1)특수관계 없는 개인을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 둘 중 하나만 제공하는 경우 연구소장의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부

-(질의2)특수관계인인 법인대표의 동생을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 사내이사직만을 제공하는 경우 각각 해당 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부

-(질의3) 질의2의 답변이 법인대표의 동생의 아내(제수)를 연구소장으로 고용할 때에도 동일하게 적용되는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  가. 기업유형에 따른 비율

   1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

   2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

  나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

○조세특례제한법 시행령 [별표 6]

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)

 1. 연구개발

  가. 자체연구개발

  1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

   가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

   나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

   다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

  2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

 ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제7조【상여금 등의 손금불산입】

 ⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

  1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

   가. 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

   나. 제2조제5항제1호의 관계에 있는 법인

   다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

   라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

   마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

  2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조제5항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

○ 국세기본법 시행령 제1조의2【특수관계인의 범위】

 ① 법 제2조제20호가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

  1. 6촌 이내의 혈족

  2. 4촌 이내의 인척

  3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

  4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

4. 관련예규

○ 질의회신 서면-2017-법인-2178, 2017.11.29

   조세특례제한법 제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용 시 같은 법 시행규칙 제7조 제3항 제3호에 따라 해당 법인의 임원이 아닌 총발행주식의 10%를 초과하여 소유한 자와 특수관계인 주주인 임원은 전담부서에 근무하는 직원에서 제외하는 것입니다.

○ 질의회신 서면법규과-1035, 2014.09.29

   일반연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 전담부서 등 연구요원으로서 회사 지분 10%를 초과 소유하는 주주임원의 인건비는 일반연구·인력개발비에 해당하지 아니하는 것임

○ 질의회신 서면인터넷방문상담2팀-613, 2007.04.09

   「조세특례제한법 시행령」별표6의1.기술개발이란 가목 ①과 같은 법 시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서”종사자로서 실질상 전업적으로 연국배라관련 업무에 종사하여야 하는 것이고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 같은법 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것입니다.

○ 질의회신 서면-2016-법령해석소득-2869, 2016.02.26

   개인사업자의 특수관계자인 연구요원은 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상 직원에 범위에 해당하는것임

특수관계 없는 자를 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식의 10%와 임원(사내이사)직 중 어느 하나 또는 둘 모두를 제공하는 경우, 이는 연구인력개발비 세액공제가 가능하나
특수관계 있는 법인대표의 동생을 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식 10%와 임원직을 모두 제공할 시에는 주주인 임원으로서 지배주주등과 특수관계에 있는 자에 해당하여 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다.
또한 법인대표의 동생의 아내도 4촌 이내의 인척으로 특수관계인에 해당하여 법인대표의 동생에 대한 규정이 동일하게 적용됩니다.
다만, 연구·인력개발비세액공제의 공제가능여부는 주식의 보유 여부 및 임원 여부만으로 판단할 수는 없는 것으로, 귀 질의의 경우가 공제 대상에 해당하는지는 전담연구원 여부, 연구소 및 전담부서 등록여부 등을 감안하여 실질내용에 따라 사실판단 할 사항입니다.