서면-2017-법인-2178 (2017.11.29)

1. 사실관계

○ 질의법인은 제조업을 영위하는 중소기업으로서 기업부설연구소를 운영하고 있음

○ 한편, 연구개발만 전담하여 근무하는 인원 중 1명이 질의법인의 주주(지분율 12%, 임원아님)의 배우자로서 질의법인의 임원이면서 주주(지분율 8%)임

- 이에 따라 상기 연구원이 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 전담요원에서 제외되는「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제3항 제3호의 ‘제2호에 해당하는 자(당해 법인의 대주주등)와 특수관계인’에 해당되는지를 질의함

2. 질의내용

 ○임원이 아닌 주주(총발행주식의 10%를 초과하여 소유)의 배우자이면서 출자임원인 연구원이 ｢조세특례제한법｣ 제10조의 연구·인력개발비 세액공제적용 시 같은 법 시행규칙 제7조 제3항에 따른 전담부서에서 근무하는 직원에서 제외되는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제9조【연구・인력개발준비금의 손금산입】

 ① (생략)

 ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구・인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

  1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구・인력개발에 필요한비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 연구・인력개발비 라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

  2. (이하 생략)

○조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

  ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

  가. 중소기업의 경우: 100분의 30

  나. 중소기업에 해당하지 아니하는 경우: 다음의 계산식에 따른 비율(100분의 30을 한도로 한다)100분의 20 + (해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 대통령령으로 정하는 일정배수)

   2. 삭제 <2016.12.20>

   3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

   가.〜나. (각목 생략)

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

 ① 법 제9조제2항제1호에서 대통령령으로 정하는 비용 이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

○ 조세특례제한법 시행령【별표6】

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】[2009.4.7. 시행규칙 제70호로 개정된 것]

 ③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 ｢소득세법 시행령｣ 제98조제1항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제87조제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】[2009.4.7. 시행규칙 제70호로 개정되기 전의 것]

 ③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】<2009.2.4 삭제 전>

 ⑧ 법 제15조제1항·제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다. <개정 2000.12.29, 2003.12.30, 2005.2.19, 2007.2.28, 2008.2.22>

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서「법인세법 시행령」제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」제98조제1항 또는「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우「법인세법 시행령」제87조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 동호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며,「법인세법 시행령」제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

4. 관련사례

○ 조특, 재조예46070-202, 2000.5.31.

 [제 목]

 연구전담요원으로 등재안된 주주임원인 기업부설연구소소장의 인건비가 기술 및 인력개발비 세액공제 대상여부

 [요 지]

 연구전담요원으로 등재되지 아니한 ‘주주임원’인 기업부설연구소소장의 인건비는 연구업무 전담부서 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사하는 경우이나 주주인 연구요원 등에 해당하는 경우에는 세액공제 대상이 아님

 [회 신]

 조세특례제한법시행령 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①과 동법시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 동법시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것임

｢조세특례제한법｣ 제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 적용 시 같은 법 시행규칙 제7조 제3항 제3호에 따라 해당 법인의 임원이 아닌 총발행주식의 10%를 초과하여 소유한 자와 특수관계인 주주인 임원은 전담부서에 근무하는 직원에서 제외하는 것입니다.