서면-2014-법령해석재산-20541 (2015.04.10)

1. 사실관계

 ○ 거주자 甲은 코스닥상장법인 ☆☆☆㈜(이하 “☆☆☆”)의 대주주였으며, 2012.9.21. ☆☆☆ 주식 379만주를 내국법인인 ★★★스㈜(이하 “★★★”)에 현물출자하고 그 대가로 ★★★ 주식 427만주를 취득하였음

 ○ ★★★는 2012.9.21.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”) 제8조(지주회사의 설립․전환의 신고) 및 같은 법 시행령 제15조에 따라 공정거래법상 지주회사로 전환하였음

 ○ 또한, 甲 등 ☆☆☆의 지배주주는 현물출자일(2012.9.21.)이 속하는 사업연도의 종료일 및 현재까지 현물출자로 취득한 ★★★ 주식을 보유하고 있고, 본 건 현물출자로 ★★★ 자회사가 된 ☆☆☆은 현재까지 사업을 계속 영위하고 있음

    ⇨ ☆☆☆ 주식의 현물출자 거래는 조특법§38의2의 요건을 충족

 ○ 위 현물출자 거래와 관련하여 甲은「소득세법」제105조(양도소득과세표준 예정신고) 및 같은 법 제110조(양도소득과세표준 확정신고)를 하지 않고

  - 2014.7.3.「국세기본법」제45조의3에 따라 기한후 신고를 하였음

2. 질의내용

 ○ 「국세기본법」제45조의3에 따른 기한후신고를 한 경우에도「조세특례제한법」제38조의2에 따라 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 시 양도소득세에 대하여 과세이연을 받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제2조 【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. "과세연도"란 「소득세법」에 따른 과세기간 또는「법인세법」에 따른 사업연도를 말한다.

  3."과세표준 신고"란「소득세법」제70조, 제71조, 제74조 및 제110조에 따른 과세표준 확정신고 및 「법인세법」제60조에 따른 과세표준의 신고를 말한다.

  (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제38조의 2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2010.12.27>

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② (생략)

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다. <개정 2010.12.27>

  1.제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ④ (생략)

 ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. <신설 2010.12.27>

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.12.27>

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 등의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는「법인세법」제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. <개정 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8, 2010.12.30>

 ② ～ ④ (생략)

 ⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다. <신설 2010.6.8, 2010.12.30>

 ⑥ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8>

 ⑦ 제5항에 따라 자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자법인 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2010.6.8>

○ 조세특례제한법 제117조【증권거래세의 면제】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다.

  1. ～13.

 14.「법인세법」제47조의2에 따른 신설법인의 설립, 같은 법 제44조제2항 각 호 또는 제3항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할, 이 법 제37조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 자산의 포괄적 양도, 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환·이전을 위하여 주식을 양도하는 경우

 (이하 생략)

 ④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다. <개정 2010.1.1>

○ 조세특례제한법 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】

 ① (생략)

 ② 「소득세법」 제80조제1항 또는「법인세법」 제66조제1항에 따라 결정을 하는 경우와「국세기본법」제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

  (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제129조【양도소득세의 감면 배제 등】

 ① 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」 제91조제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다. <신설 2010.12.27>

 ② 「소득세법」 제104조제3항에 따른 미등기양도자산에 대해서는 양도소득세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.27>

 ○조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립 되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ○조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것

   2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】

 ⑭법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ○ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(단서 생략)

○ 국세기본법 제45조의3【기한 후 신고】

 ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 기한후과세표준신고서 제출과 동시에 그 세액을 납부하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

 ④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

 ①제94조제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

  1.제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

  2.제94조제1항제3호 각 목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월

 ② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

 ○ 소득세법 제106조 【예정신고납부】

 ① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

 ② 제1항에 따른 납부를 "예정신고납부"라 한다.

 ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

 ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 (제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 ② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

 ③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다

○ 소득세법 제115조【양도소득세에 대한 가산세】(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

 ① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 (이하 "신고불성실가산세액"이라 한다)을 산출세액에 가산한다.<개정 1999.12.28>

 ② (생략)

 ③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.<개정 1999.12.28>

 ④ 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식 또는 출자지분에 대하여 거래내역 등을 기장하지 아니하였거나 누락한 때에는 그 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 "기장불성실가산세"라 한다)을 산출세액에 가산한다. 다만, 산출세액이 없는 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 상당하는 금액을 기장불성실가산세로 한다. <신설 1999.12.28, 2000.12.29>

 ⑤ (생략)

 ○ 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정한다.

 ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

○ 소득세법 제115조【양도소득세에 대한 가산세】(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 것)

법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식 또는 출자지분에 대하여 거래내역 등을 기장(기장)하지 아니하였거나 누락한 때에는 그 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 "기장불성실가산세"라 한다)을 산출세액에 가산한다. 다만, 산출세액이 없는 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 상당하는 금액을 기장불성실가산세로 한다.

 ○ 서면법규과-1061, 2013.9.29.

  「조세특례제한법」 제38조 제1항을 적용받으려는 주주가 「소득세법」 제105조 제1항에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고를 할 때 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 못한 경우, 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 과세연도에 대한 「소득세법」 제110조에 따른 과세표준확정신고를 할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출하여야 하는 것입니다

○ 국심2004서1885, 2004.12.9

  기한후신고는 무신고에 따른 가산세부담을 줄일 수 있는 기회를 부여함으로써 납세자의 편의를 도모하기 위하여 법정신고기한 내에 세무신고를 하지 아니한 자도 세무서장이 납세고지를 하기 전까지 가산세와 함께 본세를 신고납부할 수 있도록 한 제도로서,

  이는 법정신고기한이 경과한 후 추가적으로 신고기회를 준 것에 불과하기 때문에 법정신고기한 내의 신고와 같은 납세의무의 확정력이 없는 것이어서 법정기한 내의 과세표준신고와 동일한 효력을 인정하기는 어렵다.

  다만, 이 건 관련법령의 규정인 조세특례제한법 제117조 제4항에서 “제1항의 증권거래세 면제규정을 적용받고자 하는 자는 세액면제신청을 하여야 한다”고 규정하고 있고,

  세액면제신청의 방법으로 같은 법 시행령 제115조 제3항에서 “과세표준신고서와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있으나, 조세특례제한법 제128조 제2항에서 규정하는 기한후신고를 하는 경우에 있어서의 감면배제대상에 증권거래세 면제조항인 조세특례제한법 제117조가 포함되지 않는 점에 비추어 볼 때,

  조세특례제한법 제117조에서 규정하는 증권거래세 감면대상 주식의 경우에는 기한후신고를 하더라도 그 감면을 배제하지 않은 것으로 해석된다.

○ 국심2005중3473, 2006.6.26

  조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위 기한 내 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나,

  이 건은 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 과세표준확정 신고)내 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 과세표준확정시까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당

○ 재산-519, 2009.10.21

  「조세특례제한법」제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한까지 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 동 규정에 따른 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있음

  ⇨ 기한후 신고시 현물출자 법인전환 이월과세 적용 안됨

     (같은 뜻 : 국심2005중3473, 2006.6.26 ; 재일46014-973, 1999.5.21. ; 재산세과-4183, 2008.12.10. ; 재산세과-1084, 2009.6.2.)

○ 수원지법2010구합16272, 2011.4.28.

  조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 그 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유 없이 이를 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인데(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조),

  법인전환에 따른 양도소득세의 이월과세에 관한 조세특례제한법 제32조 제1, 3항에서는 이월과세의 적용 대상을 “거주자가 사업용 고정재산을 현물출자 하는 등에 의하여 법인으로 전환하는 경우로 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다”고 규정하고 있고,

  이를 구체화한 같은 법 시행령 제29조 제3항에서는 “양도소득세의 이윌과세를 적용받고자 하는 자는 현물 출자를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하여

  ‘과세연도의 과세표준 신고시 이월과세적용신청서의 제출’이 이월과세의 적용 요건으로 규정되어 있는 점, 이월과세는 조세감면과는 달리 납세자가 개인에서 법인으로 변경되므로 부과되어야 할 조세가 타인으로 전가되는 문제가 있어 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점, 조세감면은 당초 납세의무자에게 세부담을 덜어주는 직접적인 조세지원의 형태이고 이월과세는 당초 납세의무자의 세부담을 타인에게 전가하는 간접적인 조세지원의 형태로 양자가 구별되는 점,

  앞에서 본 바와 같이 명문의 규정이 없는 이상 특혜규정이라고 볼 수 있는 법인전환에 대한 양도 소득세의 이월과세규정을 합리적 근거없이 유추·확장해석할 수 없는 점 등에 비추어 보면

  당해 과세연도의 과세표준 신고시까지 이월과세적용신청서를 제출하도록 한 것은 조세감면에서와 같이 납세자의 단순한 협력의무라고 볼 수 없고, 납세자가 양도소득세 직접 부담 또는 이월과세를 선택하도록 한 것이어서 그 신청이 필수적인 요건이라고 봄이 타당함

○ 기획재정부 재산세제과-340, 2004.3.15

  조세특례제한법 제38조의 2 규정을 적용함에 있어서 동법 시행령 제35조의3 제4항의 규정에 의한 현물출자ㆍ자기주식교환명세서의 제출은 과세이연의 필수적 요건은 아님.

 《사실관계》

  본인은 내국 일반법인(이하 “A법인”)의 대주주임. 2002년 7월에 A법인은 회사분할을 통하여 A법인을 존속법인으로 하고, 지주회사(이하 “B법인”)를 신설하였음. 저는 A법인의 구주를 분할비율에 따라 A법인의 신주와 B법인의 신주로 교부 받았음.

  또한, 2002년 10월에 A법인의 주식을 현물출자하여 B법인의 주식으로 교환하였으며, 동 주식현물출자에 따른 양도차익이 발생하였으며, 이는 조세특례제한법 제38조의 2 규정에 따라 양도소득세 과세이연 요건을 충족하고 있음. 그런데, 2003년 5월 양도소득세 과세표준확정신고 및 과세이연 신청시 착오로 일부주식에 대하여 신고를 누락하였음.

  ⇨ 기한후 신고가 아님, 신청서에 일부주식 기재 누락

○ 국세청감사-25, 2013.7.3(부실과세 사례)

  청구인이 기한후신고서와 함께 과세이연신청서를 제출한 시점이 비록 조사청의 세무조사기간 중이기는 하나 청구인의 기한후신고서는 기한 내에 적법하게 제출되었다 할 것이고,「조세특례제한법」제77조의2 제4항 및 동법 시행령 제73조 제6항에서 규정한 ‘과세표준신고와 함께 과세이연신청서를 제출한 경우’로서 과세이연 신청 요건을 충족한 것으로 봄에 무리가 없다고 할 것이므로 확정신고 기한내에 신고를 하지 아니하였다는 이유로 과세이연을 배제한 것은 잘못이 있음

○ 중부청 과세전적부심2012-54, 2012.10.8 (채택)

 ⇨ 위 부실과세 사례와 동일 건

  과세표준신고와 함께 과세이연신청서의 제출을 기속규정으로 이해한다면, 납세자가 과세표준신고와 함께 과세이연신청서를 제출하지 아니한 경우에는 과세이연을 적용받을 수 없는 것이고

  이로 인하여 당초의 과세표준 확정신고를 하지 아니한 납세자의 편의를 도모하여 과세관청이 과세표준과 세액을 결정․통지하기 전까지 납세자 스스로 자신의 과세소득과 세액을 납부하도록 자진신고를 유도하고 가산세의 부담을 덜도록 한 기한 후 신고 본래의 목적을 무시하게 되는 결과를 초래되고

  신고서․신청서․증빙서류 등을 제출한 경우와 비교하여 이를 이행하지 아니하여 감면 등을 배제함으로써 납세자가 받는 불이익이 지나치게 과대하게 되므로

  이러한 점을 두루 감안할 때, 동 법의 “하여야 한다”로 표현된 조항을 반드시 “…신청을 한 경우에 한한다”와 같이 과세이연 등 적용을 위한 필수적 요건으로 해석하여서는 아니될 것이다.(대법원 93누1589, 1993.7.13. ; 국세공무원교육원 발간 2012 조세법총론의 해석도 이와 뜻이 같이함)

  (중략)

  국세기본법 제45조의 3에서 ‘세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전’까지 기한 후 신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있어

  청구인이 기한 후 신고서와 과세이연신청서를 제출한 시점이 비록 조사청의 세무조사기간 중이기는 하나 청구인의 기한 후 신고서는 기한내 적법하게 제출되었다 할 것이고,

  단지 과세관청에서는 제출된 신고내용을 토대로 과세이연을 적용하여 과세표준과 세액을 결정하거나 (후략)

○ 대법원 97누10628, 1997.10.24.

  조세감면규제법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라 할 것이고, 그 면제신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 납세의무자로부터의 소정의 기한 내의 세액면제신청서의 제출이 없더라도 조세감면규제법 제55조 제1항 소정의 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 한다

「조세특례제한법」제38조의 2를 적용받으려는 주주가「소득세법」제105조 제1항에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고 또는「소득세법」제110조에 따른 확정신고를 하지 아니하여,「조세특례제한법 시행령」제35조의 4 제6항에 따른 ‘현물출자 등 과세특례신청서’를「국세기본법」제45조의 3에 의한 기한 후 신고시 제출하는 경우에는「조세특례제한법」제38조의 2에서 정한 과세특례가 적용되는 것임