서울고등법원-86-구-55 (1990.02.07)

【주 문】

1. 피고가 원고에 대하여 1988. 7. 2.한 법인세(1984사업연도) 금67,503,927원 및 그 방위세 금 7,877,399원의 부과처분중 법인세 금 42,869,348원 및 그 방위세 금 3,654,327원을 초과하는 부분과, 1985. 6. 20. 한 1984년 1기분 부가가치세 금 3,472,910원의 부과처분중 금 1,622,911원을 초과하는 부분 및 1984년 2기분 부가가치세 금 34,756,250원의 부과처분중 금 19,497,264원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 2분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이 유】

1. 원고는 건물신축분양업을 영위하는 주식회사로서 1985. 4. 1. 1984사업연도분(1984. 1. 1.부터 12. 31.까지) 법인세(특별부가세)신고를 함에 있어 별지 1 신고명세표기재와 같이 1984년도에 신축분양한 ㅇㅇ빌딩, ㅇㅇ빌딩, ㅇㅇ빌딩, ㅇㅇ빌딩의 양도가액, 취득가액 및 양도비용을 합산계상하는 외에 이미 1983년도에 분양하여 법인세 신고한 바 있는 ㅇㅇ 빌딩중 1984년도에 거래취소된 부분에 해당하는 양도가액, 취득가액 및 양도비용 등을 각 공제하는 방법으로 양도차익을 계산하여 별지 2 법인세산출표의 원고신고란 기재와 같이 1984년도분 법인세로 금 311,009,991원을 산출하고 여기에서 기납부세액 25,531,573원을 공제하는 한편 면제되었던 양도소득세 추징분금 7,141,071원을 가산한 금 292,619,489원 및 방위세 금 52,276,113원을 납부할 세액으로 계산신고한 사실, 그러나 그후 원고가 위 법인세를 자진납부하지 아니하자 피고는 1985. 4. 3. 별지 2의 1차 결정란기재와 같이 위 산출세액 311,009,991원에 자진신고납부불이행 가산세 금 31,100,999원을 가산하여 총결정세액을 금 342,110,990원으로 산출하고 여기에서 위 기납부세액 25,531,573원을 공제한 차감고지세액으로서 금 316,579,417원의 법인세와 금 64,716,502원의 방위세를 부과하기로 결정고지하고, 이어 1985. 6. 20.에 이르러 원고가 앞서본 위 법인세신고당시에 ㅇㅇ빌딩 및 ㅇㅇ빌딩의 양도비용으로 계상한 별지 3 비용명세표기재의 합계금 134,730,119원중에서 부동산 소개료 금 13,952,301원(12,253,211원+1,699,090원)을 제외한 금 120,777,818원은 양도비용으로 인정할 수 없다하여 이를 부인하여 양도비용을 △4,658,699원(134,730,119원-양도비용부인액 120,777,818원-ㅇㅇ빌딩 양도취소분 양도비용 18,611,000원)으로 다시 산정하여 별지 2의 2차결정란기재와 같이 법인세 금341,204,445원을 산출하고 여기에 가산세 41,339,730원을 합한 총결정세액으로 금382,544,175원을 산정한 다음, 여기에서 기납부세액 25,531,573원과 위 1차결정시 차감고지세액으로 고지한 금316,579,417원을 합한 금 342,110,990원을 차감하는 한편 1차결정시 누락되었던 면제세액추징분 7,141,071원을 가산하여 다시 차감고지세액으로 법인세 금 47,574,256원을 산정하고 이에 따라 그 방위세 74,642,397원 중 기납부액 9,925,895원 및 위 1차결정시 고지한 금 64,716,502원을 합한 금 74,642,397원을 차감한 차감고지세액으로서 방위세 금 7,246,669원을 산정하여 이를 부과고지한 사실, 피고는 다시 1988. 7. 2. 앞서본 바와 같이 원고가 법인세신고 당시 1983년 양도신고한 ㅇㅇ빌딩중 거래취소부분을 1984년도 양도신고분에서 공제하였던 것을 부인하여 원고신고의 양도가액 4,718,962,860원 및 취득가액 3,358,803,777원에 ㅇㅇ빌딩 양도취소분 양도가액 292,239,429원 및 취득가액 230,030,159원을 가산하여 양도가액을 5,011,202,289원, 취득가액을 3,588,833,936원으로 하는 한편 양도비용을 위 2차 결정시에 인정한 ㅇㅇ빌딩 및 ㅇㅇ빌딩의 부동산소개료 금 13,952,301원(즉 △4,658,699원+ㅇㅇ빌딩취소분비용 18,611,000원)으로하여 별지 2의 3차결정란기재와 같이 양도차익 및 과세표준을 금 1,408,416,052원으로 계산하여 여기에 소정의 세율을 적용함으로써 세액 금 352,104,012원을 산출하고 여기에 가산세 합계금 50,120,141원을 가산한 총결정세액을 금 402,224,153원으로 정한 다음 여기에서 위 1차결정시의 산출세액 311,009,991원 및 자진신고미납부가산세 금 28,547,841원을 합한 금 339,557,832원을 차감하는 한편 앞서본 면제된 세액추징분 7,141,071원을 가산한 법인세 금 69,807,392원을 부과결정하기로하여 그중 위 2차결정시의 고지세액인 금 47,574,256원을 다시 차감한 금 22,233,136원을 추가납부고지하기로 하고, 이에 따라 방위세에 있어서도 총결정세액을 82,519,784원으로 결정하여 기납부세액 및 1차결정시 추가고지한 세액을 합한 금 74,642,387원을 차감한 차감징수세액을 금 7,877,397원으로 결정하여 여기에서 다시 2차결정시 추가고지한 금 7,246,609원을 차감한 금 630,728원을 추가고지하기로하여 이를 고지하였다가(그리고 피고는 이와 같이 ㅇㅇ빌딩 양도거래취소분에 대하여 1984년도 법인세신고분에서 공제함을 부인하여 법인세를 증액경정하는 대신 1983년도 법인세신고분에서 이를 공제하여 1983년도 법인세를 감액결정하고 금 15,259,393원을 환급하였다.), 1989. 7. 18.에 이르러 별지 2의 4차결정란기재와 같이 위 3차결정중 미납부가산세의 오류를 정정하여 총결정세액을 금 402,473,846원으로 산출하는 한편 여기에서 공제할 세액을 기납부세액 25,531,573원 및 위 1차결정시에 추가고지한 세액 금 316,579,417원을 합한 금 342,110,990원으로 인상정정하여 이를 공제하는 한편 위에서 본 면제된 세액추징분 7,141,071원을 가산하여 차감징수할 세액을 금 67,503,927원으로 감액결정하기로 하고 위에서 본 2차 결정시의 차감고지세액 47,574,256원을 차감한 추가고지세액을 금 19,929,671원으로 감액하기로하여 이를 원고에게 통지함으로써 이사건 법인세 과세처분이 이루어진 사실, 한편 원고법인은 1985. 4. 1. 빌딩의 분양매출에 따른 1984년도 1기분 부가가치세신고를 함에 있어 별지 4 세액산출표의 원고신고란기재와 같이 매출액을 2,564,390,534원으로하여 매출세액을 256,439,051원을 산출한 다음 여기에서 매입세액 322,485,500원 및 예정신고납부세액 2,056,231원과 확정신고납부세액 △68,111,680원(환급세액)합계 금 256,439,051원을 차감하여 납부할세액은 없는 것으로 신고하였으나, 피고는 1985. 6. 20. 원고가 1983년도에 용역제공하고 매출액으로 신고하였던 ㅇㅇ빌딩시설공사중 금 8,945,456원 상당이 해약되었다면서 그 매출액상당을 1984년도 제1기분 매출액에서 공제하였던 것을 부인하여 이를 매출누락으로 보고 과세표준에 가산하여 과세표준을 2,573,335,990원으로 하는 한편, 원고가 복지후생비로 보고 매입세액에서 공제한 양복구입대금 2,500,000원에 상당한 세액 250,000원 및 원고가 소외 ㅇㅇ산업에 공사하청을 주고 지급한 것으로 신고한 18,500,000원을 가공의 것으로 보고 그에 상당한 매입세액 1,850,000원 합계금 2,100,000원의 매입세액공제를 부인하여, 별지 4의 피고결정란기재와 같이 매출세액 금 257,333,599원을 산출하여 여기에 가산세 478,363원을 가산하고는 매입세액과 예정신고 및 확정신고 납부세액을 공제한 차감고지세액으로서 금 3,472,911원의 부가가치세를 부과고지한 사실, 또한 원고법인은 위 신고당시 별지 5 세액산출표의 원고신고란기재와 같이 1984년도 2기분 부가가치세 신고를 하였으나 피고는 1985. 6. 20. 원고신고분중 위에서 본 ㅇㅇ빌딩 시설공사의 취소로 인한 매출공제분 금 132,816,370원을 매출액에 가산하고, 또한 원고가 분양목적으로 건축한 ㅇㅇ빌라 2세대를 타에 임대한 것을 과세대상인 자가공급으로 보고서 그 가액상당인 금 111,803,104원을 매출누락이라하여 이를 각 과세표준에 가산하여 과세표준을 4,958,822,890원으로 경정하는 한편, 피고가 양말 및 양복구입대금등 복지후생비로 금 13,072,800원을 지출하고, 또한 공사하청을 주고 그 대금을 18,426,200원을 지급하였다면서 이를 매입원가에 포함시켜 그 10퍼센트 상당인 금 3,149,900원의 매입세액공제를 한 것을 부인하여 별지 5의 피고결정란기재와 같이 매출세액을 금 495,882,289원으로 산정하여 여기에서 매입세액 432,274,050원 및 예정신고 및 납부세액 1,452,762원 확정신고납부세액 34,685,452원을 각 공제한 금34,756,257원의 부가가치세를 부과하기로 결정고지함으로써 이 사건 각 부가가치세 과세처분이 이루어진 사실등은 당사자사이에 다툼이 없다.

2. 먼저 피고는 본안전항변으로서 (1) 법인세 부분에 관하여 원고는 이사건 소제기 당시 피고가 한 위 1985. 6. 20.자 법인세 금 47,574,250원의 부과처분(별지 2의 2차결정란)의 취소를 구하였다가 앞서본 바와 같이 피고가 그 소송중인 1988. 7. 2. 세액을 금 69,807,380원으로 증액경정하는 처분(별지 2의 3차 결정란)을 하자 이사건 소의 청구취지를 위 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 변경하였으나, 위 1985. 6. 20.자 과세처분은 위 1988. 7. 2.자 증액경정처분속에 흡수되어 소멸하였고 또한 위 증액경정처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하였으므로 결국 이부분 소는 각하되어야 하고, (2) 또한 위 1984년도 1, 2기분 부가가치세부분에 관하여도, 원고는 전심절차인 심사청구단계에서 구체적인 불복사유를 기재하지 아니한채 심사청구를하여 국세청장으로부터 그 보정요구를 받고도 소정의 기간내에 보정하지 아니하여 심사청구가 각하된 바이므로 이부분 소는 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것이 되어 부적법하므로 각하되어야 한다고 주장하므로 살피건대, (가) 위 법인세부분에 관하여 피고주장과 같이 이사건 변경된 청구의 대상인 위 1988. 7. 2.자 증액경정처분에 관하여 원고가 전심절차를 거치지 아니하였음은 원고도 자인하고 있는바이나 앞서본 바와 같이 위 증액경정처분은 위 1985. 6. 20.자 과세처분과 서로 내용이 관련되어 있다할 것인데 행정소송법 제18조 제3항 제2호 에 의하면 서로 내용이 관련되는 처분중에서 어느 하나가 이미 행정심판의 재결을 거친때에는 행정심판을 거침이 없이 취소소송을 제기할 수 있도록 되어있는바, 원고가 당초 이사건 소를 제기함에 있어 위 1985. 6. 20.자 과세처분의 취소를 구하였고 그 전심절차도 적법히 거쳤음은 피고도 자인하고 있는 바이므로, 법인세에 관한 이사건 소가 부적법하다할 수 없고, (나) 다음 국세기본법 제62조 제1항 , 제63조 제1항 , 제65조 제1항 제1호 , 동시행령 제50조 제1항 제4호 에 의하면 심사청구는 심사청구서에 청구인의 주소 및 성명, 처분이 있음을 안 연월일, 처분내용과 함께 불복의 이유를 기재함으로써 불복의 사유를 갖추어하여야하고, 심사청구를 받은 국세청장은 청구의 내용이나 절차가 법 또는 세법에 적합하지 아니하나 보정할 수 있다고 인정하는 때에는 10일내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있고 청구자가 그 기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 심사청구를 각하하는 결정을 하도록 되어있고, 성립에 다툼이 없는 갑4호증, 갑5호증의 2, 을13호증의 각 기재에 의하면 원고로부터 심사청구를 받은 국세청장은 심사청구서중 이사건 부가가치세 부분에 관하여 구체적인 불복사유의 기재가 없음을 이유로 1985. 7. 9. 같은달 19.까지 이를 보정하도록 요구하였으나 원고가 그 보정요구에 응하지 아니하자 그부분 심사청구를 각하하였고, 원고가 이에 불복심판청구를 하자 국세심판소 역시 같은 이유를 들어 심판청구를 각하한 사실이 인정되고 반증없으나, 한편 성립에 다툼이 없는 을12, 14, 15호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 이사건 심사청구를 함에 있어 이사건 부가가치세 부분에 관하여 피고가 한 이사건 각 처분의 내용을 적시하면서 이는 부당하므로 취소하여 달라는 취지로 기재하였을 뿐 그 구체적인 부당사유가 무엇인지에 관하여는 일일이 열거하지는 아니하였으나, 위 심사청구서를 접수받은 피고가 이에 대한 의견서로써, 이사건 각 부가가치세의 부과처분사유 즉 이사건 소송에서 쟁점이 된 ㅇㅇ 시설공사취소로 인한 매출누락, 접대비 및 가공원가 과다계상, ㅇㅇ빌라의 자가공급분 등에 관하여 구체적으로 적시하여 제출하였던 만큼 국세청장으로서는 이사건 부가가치세의 처분경위 및 원고측의 불복사유를 충분히 미루어알수 있었고, 또한 그 후 위 심사청구에 대하여 각하결정을 받은 원고가 이에 불복하여 심판청구를 함에 있어서는 위 구체적 처분사유를 일일이 열거하면서 그 부당성에 관하여 구체적으로 주장하였던 사실이 인정되는바, 본래 행정소송을 제기하기에 앞서 전심절차를 거치도록 하는 이유가 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정처분청으로 하여금 그 스스로 재고, 시정의 기회를 부여함에 있음에 비추어 이사건의 경우와 같이 과세처분에 대한 심사청구를 함에 있어 불복의 사유를 기재하지 아니한 탓으로 국세청장으로부터 보정요구를 받고도 이를 보정하지 아니하여 각하된 바 있다하더라도 처분청이 심사청구에 대한 의견서로써 그 구체적 처분사유를 기재함으로써 국세청장이 불복사유를 알 수 있었고, 또한 그 후 심판청구를 함에 있어서는 이를 제대로 보정하였다면 그 하자는 치유되는 것으로 봄이 타당하다고 인정되므로, 이사건 소중 부가가치세부분 역시 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 있다고 할 것이니 피고의 위 각하주장은 모두 받아들일 수 없다하겠다.

3. 나아가 본안에 관하여 피고는 이사건 각 과세처분은 위 처분사유 및 관계법령에 따라 적법하게 이루어졌다고 주장함에 대하여, 원고는 (1) 위 법인세부분에 관하여 원고회사는 ㅇㅇ빌딩과 ㅇㅇ빌딩을 신축분양함에 있어 본사에 관리직, 경리직 및 설계직등 건설업의 필수요원들만 고정적으로 고용하고, 그외의 종업원은 공사장단위로 공사착공시부터 완공시까지 기간을 정하여 "기한부"로 채용하여 사업장단위로 관리하였고 각 공사장별로 빌딩의 분양업무담당자를 고용하여 각 공사장단위로 분양하고 그 실적에 따라 상여금을 지급하는 등 공사장단위별 "독립채산제"를 채택시행하여 왔는바, 원고가 양도비용으로 신고한 별지 3기재 각 비용중 피고가 비용으로서 공제할 것을 부인한 금 120,777,818원도 위와같은 독립채산제에 따라 ㅇㅇ빌딩 및 ㅇㅇ빌딩을 신축분양하기 위한 판매비용으로서 이는 법인세법 제59조의2 제3항 제2호 소정의 "토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용"에 해당되므로 양도가액에서 공제되어야 하는데도 피고가 이를 양도비용에 해당하지 아니한다고 보고 그 공제를 부인하였음은 위법하고, 또한 원고가 1982. 1. 19. 소외 마ㅇㅇ로부터 매입한 ㅇㅇ빌딩부지에 대하여 동소외인이 구 조세감면규제법(1986. 12. 26. 법률 제3865로 개정되기 이전의 것) 제63조 제1항 단서에 따라 면제받은 양도소득세 7,141,071원에 대하여, 토지매입자인 원고가 3년내에 건축물을 건축하지 못한 것은 행정청의 건축정책 때문에 건축허가가 늦어진 때문이므로, 피고가 이를 이유로 위 면제된 세액상당을 원고로부터 추징하였음은 위법하므로, 이사건 법인세 및 그 방위세 과세처분중 위 양도비용을 가산하고, 또한 위 추징세액을 빼고 정당하게 계산한 법인세 금 18,090,621원 및 방위세 630,730원을 초과한 부분의 취소를 구하고, (2) 부가가치세부분에 관하여, ① 원고가 1983년도에 ㅇㅇ빌딩의 건축분양과 함께 각 분양자로부터 그 내부시설공사도 함께 위임받아 내부시설공사를 하였으나 그 시설공사계약이 분양계약과 함께 해제됨으로써 매출취소가 생겨 원고가 그 공사상당금으로서 1984년. 제1기에 금 8,945,456원을, 제2기에 132,816,370원을 각 반환하였으므로 이는 각 해당기의 매출가액에서 공제되어야 하는데도 피고가 이를 부인하고 다시 매출가액에 산입하였음은 위법하고, ② ㅇㅇ빌라 4세대는 당초 원고가 분양할 목적으로 건축한 것이나 뜻대로 분양이 되지 아니하여 그중 2세대를 소외 조ㅇㅇ과 안ㅇㅇ에게 분양될 때까지 일시적으로 임대한 것에 불과하므로 이는 부가가치세법 제6조 제2항 소정의 자가공급에 해당되지 아니함에도 피고가 이를 자가공급으로 보고 그 평가액인 금 110,284,857원을 매출가액에 산입한 것은 위법하며, ③ 또한 원고회사는 ㅇㅇ빌딩 및 ㅇㅇ빌딩을 건축함에 있어 실제로 소외 ㅇㅇ산업, ㅇㅇ산업 및 ㅇㅇ산업에 하청공사를 주어 그 공사대금으로 1984년 1기에 금 18,500,000원, 제2기에 금 18,426,200원을 각 지출한 바이므로, 이는 당연히 매입원가에 포함되어야 하는데도 피고가 이를 모두 가공원가로 단정하고 그에 해당되는 매입세액 1984년 1기 해당분 금 1,850,000원 및 제2기 해당분 1,842,620원의 공제를 부인하였음은 위법하므로 이사건 각 부가가치세 부과처분중 위 각 부당하게 산입된 매출세액을 제외하고, 또한 위 부인된 매입세액공제를 추가하여 정당하게 산정된 1984년 1기분 부가세 금 250,000,000원을 초과한 부분과 1984년 제2기분 부가세 금 1,307,280원을 초과한 부분은 각 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(가) 그러므로 먼저 법인세 부분에 관하여 보건대 ① 법인세법 제59조의2 제3항 제2호 는 양도가액에서 공제될 양도비용에 관하여 "토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용"이라고 규정하고 있는바, 이는 토지 등을 양도하기 위한 비용으로서 사회통념상 그 지출이 상당하다고 인정되는 비용을 의미하는 것으로 이에는 매수인이 확정된 이후에 지출되는 계약서 작성 및 공증비용인지대, 소개비등은 물론 매수인의 확정이전에 불특정다수인을 유인하기 위한 광고비용이라도 그 지출이 불가피한 것으로서 상당하다고 인정되는 범위내에서는 위직접 지출하는 비용에 포함된다고 보아야할 것인데, 원고가 제시한 별지 3. 기재의 비용중 피고가 이미 양도비용으로 인정한 부동산 소개료 이외에 광고선전비를 제외한 나머지 항목은 항목자체에 의하더라도 급료 및 상여금 등의 인건비와 사무용품 또는 수도광열비등 소모품대로서 이는 모두 빌딩의 건축업을 영위하는 원고회사의 일반관리비 성격을 가질 뿐 위 빌딩의 "양도를 위하여 직접 지출하는 비용"이라 할 수 없고(오히려 빌딩의 신축취득을 위한 비용이다) 이러한 비용의 성질은 원고회사가 빌딩의 건축공사장별로 별개의 채산 및 회계체계를 가지고 있다하여 달리 볼 근거는 되지 못하므로 이를 양도비용으로 볼 수는 없고, 다만 증인 안ㅇㅇ의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 갑11호증내지 14호증의 각 1, 2, 갑15내지 19호증(각 가지번호포함)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 원고회사는 별지 3 비용명세표의 광고선전비 항목기재와 같이 위 ㅇㅇ빌딩의 양도를 위하여 금 51,268,713원, ㅇㅇ빌딩의 양도를 위하여 금 19,116,343원등 합계금 70,384,516원의 광고선전비를 지출한 사실이 인정되고 반증없으므로 이는 위에서 본 양도비용에 포함시켜 양도가액에서 공제함이 마땅하다 하겠으므로 원고의 이부분 주장은 위 광고선전비 부분을 받아들이는 한도내에서 이유있고, 그 나머지 주장은 이유없는 것이며, ② 또한 위에서 본 구조세감면규제법 제63조 제1항단서, 제2항 , 동법시행령 제51조 제3항 에 의하면 건축물의 건축용지로 실수요자에게 토지를 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 면제하되, 토지를 매입한 자가 매입한 날로부터 3년내에 당해토지에 건축물을 건축하지 아니한 경우에는 위 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 매입자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 추징하도록 되어있는데, 원고 스스로 1982. 1. 27. ㅇㅇ 및 ㅇㅇ빌딩의 부지(ㅇㅇ포구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지)를 소외 마ㅇㅇ로부터 매수하고 1984. 3. 17.에 건축허가를 받아 1986. 6. 16. 준공하였다고 주장하고 있는바, 이에 의하면 원고는 위 토지매입일로부터 3년내에 건축물을 건축하지 못하였으므로 위 마ㅇㅇ가 면제받은 양도소득세 금 7,141,071원을 법인세에 가산하여 추징되어야 마땅하다 하겠고, 원고의 건축이 행정관청의 건축규제 때문에 늦어지는등 원고가 책임질수 없는 사유에 기인되었음을 인정할만한 아무런 자료가 없는데가가 원고 스스로 위 감면세액을 가산하여 법인세신고를 한 바이므로 원고의 이부분 주장도 받아들일 수 없다할 것이다.

따라서 위에서 인정한 광고비상당의 양도비용을 양도가액에서 추가공제하고 다시 1984.사업연도의 정당한 법인세를 산출하여 보면 별지 2의 당원인정란 기재와 같이 총결정세액 377,839,267원에서 기납부세액 25,531,573원 및 1차결정시 고지한 316,579,417원을 합한 342,110,990원을 공제하고, 위에서 본 면제세액추징액 7,141,071원을 가산하면 금 42,869,348원이 되고 방위세는 금 3,654,327원이 되므로 피고가 1988. 7. 2.에 한 금 67,503,927원의 법인세 및 금 7,246,669원의 방위세 처분중 위법인세 금 42,869,348원 및 방위세 금 3,654,327원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야할 것이고, 나머지 부분은 정당하여 유지되어야할 것이다.

(나) 다음 부가가치세 부분에 관하여 보건대 ① 원고회사가 1983년도에 소외 남ㅇㅇ 등의 ㅇㅇ빌딩의 점포분양자들로부터 위임받은 내부시설공사를 하고 그에 따른 용역대가를 받고 세금계산서를 발행하여 매출가액에 포함시켜 1983년도분 부가가치세 신고까지 마쳤다가 1984년도에 이르러 공사불성실 및 하자 등의 이유로 위 시설공사에 관련하여 1984년 1기에 합계금 8,945,456원을, 제2기에 합계 금 132,816,370원을 반환내지는 손해배상을 한 사실은 쌍방 다툼이 없는 바 시설공사와 같은 용역공급은 그 성질상 일단 공급되면 반환받을 수 없는 것이고 그 공사에 하자등이 생긴 경우에는 손해배상 등의 방법으로 해결할 수 있을 뿐이므로, 원고가 이미 1983년도에 용역공급을 마치고 그 대가를 받아 매출신고까지 마친이상, 그 후 1984년도에 그 공사에 하자가 생겨 손해배상등 공사계약에 관련된 책임을 졌다하여 이를 1984년도 매출액에서 공제할 수는 없다할 것이므로 원고의 이부분 주장은 받아들이지 아니하고, ② 부가가치세법 제6조 제2항 및 동시행령 제15조 제1항 제1호 에 의하면 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 자기의 사업을 위하여 직접 사용, 소비하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 되어있고, 한편 성립에 다툼이 없는 을11호증의 5, 6 및 을18호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고회사는 1984. 4.경 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 지상에 ㅇㅇ빌라 4세대를 건축하고 분양하려하였으나 경기침체 및 인기가 없어 분양되지 아니하자 그 중 3호 및 4호를 1984. 8. 21. 및 같은해 9. 19. 소외 조ㅇㅇ 및 안ㅇㅇ에게 "임대기간중 가옥을 매매하여도 이의가 없음"을 명시하여 각 임대한 사실 및 그 후에도 위 각 빌라는 분양되지 못한채 1985. 12. 27. 원고의 채권자인 소외 ㅇㅇ은행에 경락되어 소유권이 넘어간 사실등이 인정되고 반증이 없는바, 이에 의하면 원고가 한 위 임대행위는 분양을 포기하고 한 것이 아니라 분양이 될 때까지 일시적, 잠정적으로 한 것으로 인정되고, 이러한 임대행위는 위 부가가치세법 제6조 제2항 소정의 사업자가 자기사업을 위하여 직접 사용 소비하는 이른바 자가공급에는 해당한다고 볼 수 없다할 것이니, 피고가 위 각 임대행위를 자가공급으로 보고 그 평가액 합계금 110,284,857원을 1984년도 제2기분의 매출가액에 산입한 것은 위법하다하겠고, ③ 또한 성립에 다툼이 없는 갑22, 23, 24호증, 갑25내지 27호증(각 가지번호포함)의 각 기재 및 증인 안ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고회사는 1984년도에 ㅇㅇ빌딩의 일부공사를 소외 ㅇㅇ산업에 공사대금 135,00,000원에 또 그 일부공사를 소외 ㅇㅇ산업에 공사대금 128,000,000원에 각 하도급을 주고, 또한 ㅇㅇ빌딩의 일부공사를 소외 ㅇㅇ산업에 공사대금 50,626,200원에 하도급을 주고, 피고가 지급된 것으로 인정하는 총 276,700,000원이외에 그 각 공사대금으로 1984년도 제1기에 ㅇㅇ산업에 금 18,500,000원을 지급하고 제2기에 ㅇㅇ산업에 금 6,500,000원 및 ㅇㅇ산업에 금 11,926,200원 합계 금 18,426,200원을 더 지급한 사실이 인정되고, 위 인정에 반하는 을10호증의 4는 변론의 전취지에 의하면 원고측이 주장하는 바와같이 세무조사과정에서 세무공무원이 작성한 내용에 사실에 반함에도 편의상 날인한 것으로 보이는데다 위에서 인용한 피고측 장부인 을22내지 27호증의 기재에 비추어 믿지 아니하고 달리 위 인정을 뒤집을 증거가 없는바이므로, 피고가 이부분 공사금지급분을 가공원가로 보고 그 매입세액으로서 1984년 1기분중에서 금 1,850,000원, 제2기분에서 금 1,842,620원의 공제를 부인하였음은 위법하다할 것이다.

따라서 이상에서 본바와 같이 1984년 제1기분 부가가치세에 관하여 위에서 인정한 매입세액 금 1,850,000원을 추가공제하고 정당한 세액을 계산하면 별지 4의 당원인정란 기재와 같이 금 1,622,911원이 되고, 또한 동제2기분 부가가치세에 관하여 위에서 본 바와 같이 피고가 매출가액에 산입한 ㅇㅇ빌라의 자가공급분 110,284,857원을 다시 매출가액에서 제외하는 한편 피고가 공제부인한 위 매입원가 1,842,620원을 추가공제하여 정당한 세액을 계산하면 별지 5의 당원인정란 기재와 같이 금 19,497,264원이 되므로 이사건 각 부가가치세과세처분중 위 각 정당세액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소되어야할 것인즉, 원고의 이부분 주장은 위 인정범위내에서 이유있고, 나머지는 이유없다할 것이다.

4. 그렇다면 이사건 법인세 및 방위세 과세처분중 법인세 금 42,869,348원 및 방위세 금 3,654,327원을 초과한 부분과 이사건 1984년 1기분 부가가치세 부과처분중 금 1,622,911원을 초과한 부분 및 제2기분 부가가치세 부과처분중 금 19,497,264원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 및 민사소송법 제92조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1990. 2. 7.