서울고법-94-구-19862 (1996.02.22)

【주 문】

1. 피고가 1993. 8. 16. 원고에게 한 1988년 귀속분 종합소득세 금12,500,330원 및 동 방위세 금2,631,020원, 1989년 귀속분 종합소득세 금57,947,420원 및 동 방위세 금11,695,430원, 1990년 귀속분 종합소득세 금69,140,810원 및 동 방위세 금13,828,160원의 각 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】

1. 부과처분의 경위

갑제1호증의 1내지3, 갑제3호증의 3, 갑제5호증의 6내지9, 을제1호증의 1내지3,5, 을제2호증의 1내지5, 을제3호증의 1내지5, 을제5호증의 1내지10, 을제6호증의 1,2, 을제7호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고는 소외 김ㅇㅇ과 동업으로 1988. 10. 25.부터 1990. 7. 20.까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 ㅇㅇ석유라는 상호로 석유류도매업을 경영하고, 소외 이ㅇㅇ과 동업으로 1990. 2. 1.부터 1992. 5.경까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 ㅇㅇ석유라는 상호로 석유류도매업을 경영하였다.

나. 그런데 원고와 위 김ㅇㅇ이 위 김ㅇㅇ 1인의 명의로 1988년도 및 1989년도 귀속분 각 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어서 세무사가 그 기재내용이 정당하다고 확인한 조정계산서를 첨부하여 각 과세표준금액과 세액을 신고하고 그 세액을 자진납부한 데 대하여 피고는 소득세법(1992. 12. 8. 법률 제4520호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항 본문 등에 의하여 위 과세기간 중의 과세표준과 세액을 서면심리로 결정하되 원고가 위 김ㅇㅇ과 동업으로 위 ㅇㅇ석유를 경영하여 온 것을 확인하고 원고에 대하여 1988년 귀속분 총수입금액을 금359,389,762원, 종합소득세 과세표준금액을 금7,974,725원, 종합소득세액을 금945,940원, 방위세액을 금103,190원으로, 1989년 귀속분 총수입금액을 금1,181,258,653원, 종합소득세 과세표준금액을 금24,362,384원, 종합소득세액을 금5,741,940원, 방위세액을 금1,252,780원으로 결정하여 이를 부과고지하였다.

다. 또한 원고는 1990. 1. 1.부터 7. 20.까지의 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 소득에 관하여 1990년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 실지조사결정대상자로서 소득금액으로 금219,006원만을 신고한 데 대하여 피고는 실지조사방법에 의하여 종합소득세 과세표준금액을 금10,796,656원, 종합소득세액을 금1,658,730원, 방위세액을 금332,230원으로 결정하여 이를 부과고지함에 따라 원고가 이를 납부하였고, 한편 같은 해 2. 1.부터 12. 31.까지의 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 소득에 관하여 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어서는 동업자인 위 이ㅇㅇ 1인의 명의로 신고를 하면서 세무사가 그 기재내용이 정당하다고 확인한 조정계산서를 첨부하여 과세표준금액과 세액을 신고하고 그 세액을 자진납부한 데 대하여 피고는 소득세법 제119조 제1항 본문 등에 의하여 위 과세기간 중의 과세표준과 세액을 위 이ㅇㅇ의 신고내용대로 서면심리로 결정하였다.

라. 그 후 원고에 대한 부가가치세 과세관청인 ㅇㅇ세무서장은 원고가 과세자료로 제출한 매입세금계산서는 진정하게 작성된 것으로 인정되나 매출세금계산서는 그 중 약 80퍼센트이상이 허위로 발행된 것으로 인정되고 이를 근거로 기록한 장부와 전표 이외에는 다른 증빙자료가 없다는 이유로 부가가치세법 (1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제21조 제3항, 같은법시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13542호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제4호 라목의 규정에 의하여 매입세금계산서의 합산금액을 매입총액으로 하고 그 매입총액에 1988년도 석유류 개인사업자의 매매총이익률 9.31퍼센트를 곱하는 추계결정방법으로 매출총액을 산정하여 총수입금액을 산출하고 여기에 소득표준율 4퍼센트를 곱하는 방식으로 소득금액을 산출하여 1988년 귀속분의 총수입금액을 금389,683,869원으로, 추계소득금액을 금15,587,354원으로, 1989년 귀속분의 총수입금액을 금1,283,858,153원으로, 추계소득을 금51,354,326원으로 각 기재한 사업장별 수입금액결정상황표를 작성하여 피고에게 통보하고, 이에 따라 피고는 원고가 1988년과 1989년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고시 수입금액에 대한 신고를 누락한 사실이 있다 하여 위 사업장별 수입금액결정상황표에 의거하여 신고누락한 부분과 함께 그 수입금액을 새로이 산정하기로 하여 1988년 귀속분의 경우 위 ㅇㅇ세무서장으로부터 통보받은 총수입금액에서 당초결정시 인정한 수입금액과의 차액 금30,294,107원을 신고누락한 수입으로 보고, 그에 대응하는 필요경비를 인정할 만한 증빙서류가 없다는 이유로 필요경비를 전혀 공제하지 아니한 채 위 금30,294,107원을 신고누락된 소득으로 인정하여 이를 당초의 서면조사결정시 인정한 소득금액 8,274,725원과 합산한 금38,568,832원을 과세대상인 종합소득금액으로 보아 이를 기초로 1988년 귀속분 종합소득세 금12,500,330원 및 동 방위세 금2,631,020원을 추가로 부과고지하고, 1989년 귀속분의 경우 위 ㅇㅇ세무서장으로부터 통보받은 총수입금액에서 당초결정시 인정한 수입금액과의 차액 금102,589,500원을 신고누락한 수입으로 보고, 그에 대응하는 필요경비를 인정할 만한 증빙서류가 없다는 이유로 필요경비를 전혀 인정하지 아니한 채 위 금102,589,500원을 신고누락된 소득으로 인정하여 이를 당초의 서면조사결정시 인정한 소득금액 24,842,384원과 합산한 금127,431,884원을 과세대상인 종합소득금액으로 보아 이를 기초로 1989년 귀속분 종합소득세 금57,947,420원 및 동 방위세 금11,695,430원을 추가로 부과고지하였다.

마. 한편 피고는 원고가 1990년 귀속분 종합소득세 과세표준에 대한 실지조사 당시 위 ㅇㅇ석유의 사업경영으로 인한 수입금액산정을 위한 자료로 제출한 매출세금계산서의 대부분이 허위로 발행된 것으로 확인하고 그러한 세금계산서 외에는 달리 실지조사를 하는 데 필요한 수입 및 경비에 관한 장부와 증빙서류 등이 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당한다는 이유로 소득금액을 추계조사의 방법으로 결정하기로 하여 앞서 본 것과 같이 부가가치세 과세관청인 ㅇㅇ세무서장이 매입총액에 1988년도 석유류 개인사업자의 매매총이익률 9.31퍼센트를 곱하여 추계결정한 총수입금액과 소득표준율 4퍼센트를 곱하여 추계결정한 소득금액을 사업장별 수입금액결정상황표에 의하여 통보받고 그에 기하여 추계소득금액을 금119,386,796원으로 결정하고, 다른 한편 원고가 위 이ㅇㅇ과 동업으로 위 ㅇㅇ석유를 경영하여 온 것을 뒤늦게 확인하고 위 이ㅇㅇ에 대한 서면조사결정내용에 터잡아 원고가 위 이ㅇㅇ과의 동업으로 ㅇㅇ석유를 경영하여 얻은 1990년 귀속분 총수입금액을 금406,776,476원, 소득금액을 금15,377,891원으로 결정하고, 이를 위 ㅇㅇ석유의 경영으로 인하여 얻은 것으로 인정한 추계소득 금119,386,796원과 합산하여 종합소득금액을 금134,764,687원으로 산정한 다음 이를 기초로 1990년 귀속분 종합소득세 금69,140,810원 및 동 방위세 금13,828,160원을 부과고지하면서 기납부세액인 종합소득세 금1,658,030원과 동 방위세 금332,230원은 이를 공제하지 아니하였다.

2. 부과처분의 적법성

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, (1) 1988년도 및 1989년도 귀속분의 경우 그 과세기간 중에 원고의 수입금액에 관하여 이미 세무사를 통하여 서면조사방법에 의한 신고를 하고 이에 대하여 피고가 그 신고내용을 받아들여 서면조사결정에 의한 과세를 하였는바, 이와 같이 일단 서면조사결정에 의하여 과세가 이루어진 이상 당초 수입금액의 일부를 신고누락한 경우이거나 신고내용 자체에 의하여 탈루 또는 오류를 범한 것이 객관적으로 명백한 경우가 아니면 경정결정을 할 수 없다 할 것임에도 불구하고, 피고는 원고가 발행한 매출세금계산서의 80퍼센트 이상이 허위라는 이유로 매입세금계산서에 근거한 원고의 신고매입금액을 기준으로 부가가치세법 제21조에 기하여 추계조사결정의 방법으로 위 과세기간의 총수입금액을 산정하여 원고가 신고한 금액과의 차액을 신고누락한 것으로 보아 과세하였으나 비록 위 매출세금계산서가 사실과 달리 기재되어 발행되었다 하더라도 실제로는 그에 대응하는 매출사실이 있어 원고로서는 신고누락한 수입이 전혀 없으므로 피고가 추계조사결정한 것은 그 요건을 갖추지 못한 것으로서 위법하고 가사 원고가 발행한 매출세금계산서의 상당수가 허위라는 이유로 추계조사결정의 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있다 하더라도 부가가치세 과세표준금액을 바로 소득세법상의 수입금액으로 볼 수는 없어 사업소득에 관한 총수입금액은 소득세법상의 일반원칙에 따라 같은 법 제118조 내지 제120조의 어느 한 가지 방법에 의하여 다시 결정하여야 할 것임에도 피고는 원고 경영의 사업장인 위 ㅇㅇ석유의 관할 세무서장인 소외 ㅇㅇ세무서장이 부가가치세법 제21조 제2항 단서, 같은법시행령 제69조 제1항 제4호 라목에 근거하여 신고매입액에 매매총이익률을 적용하여 산정한 부가가치세 과세표준금액을 종합소득세의 과세기준이 되는 수입금액으로 그대로 인정하여 1988년도 및 1989년도 귀속분 종합소득세 및 방위세를 산정, 부과하였으니 이는 소득세법상 서면조사결정 및 추계조사결정에 관한 규정에 위배되는 위법한 처분이며, (2) 1988년도 및 1989년도 귀속분의 경우 피고는 추계조사결정방법에 의하여 총수입금액을 산정한 다음 원고가 신고한 수입금액과의 차액을 신고누락수입으로 보고 그에 대응하는 필요경비를 인정할 만한 장부와 증빙서류가 없다는 이유를 들어 그 차액 전부를 추가로 과세할 소득금액으로 인정한 다음 원고가 당초 서면조사결정에 의하여 소득금액으로 인정받은 금액과 합산한 금액을 총소득금액으로 보아 세금을 산정하였으나 이는 단일한 과세기간에 있어 총수입금액에 관하여는 추계조사결정에 의하고, 필요경비에 관하여는 서면조사 결정에 의하는 등 과세표준 및 세액결정방법을 혼합하여 과세표준액을 정한 셈이되므로 위법하고, (3) 1990년도 귀속분의 경우 당초 피고가 원고의 실지조사신청에 의하여 제출된 과세자료 등에 근거하여 실지조사한 결과 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 총수입금액을 금2,743,343,384원으로 확정하고 이를 기준으로 과세하였던 것이므로 피고가 추계조사결정의 요건도 갖추지 아니하였음에도 뚜렷한 이유 없이 추계조사 결정에 의하여 위 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 총수입금액을 금2,984,669,924원으로 경정한 것은 위법하고, 가사 추계조사결정방법에 의한 1990년도 귀속분 종합소득세 및 방위세 과세처분이 적법하다 하더라도 원고가 실지조사결정에 의하여 과세된 종합소득세 금1,658,030원 및 동 방위세 금332,230원을 납부하였음에도 이를 공제하지 아니하였으니 그 부분에 상응하는 과세처분은 위법하며, (4) 피고　 1989년도 및 1990년도 귀속분 종합소득금액을 산정하는 과정에서 부가가치세 관할 ㅇㅇ세무서장이 추계조사의 방법으로 신고매입금액에 매매총이익률을 곱하여 산출하여 통보한 금액을 총수입금액으로 인정하였는데 위 ㅇㅇ세무서장은 1989년도 및 1990년도의 부가가치세 과세표준을 추계하면서 국세청장이 각 당해 연도에 정한 석유류 개인사업자 매매총이익률을 적용하지 아니하고 1988년도 귀속분과 마찬가지로 1988년도 매매총이익률인 9.31퍼센트를 적용하였으므로 위 ㅇㅇ세무서장의 부가가치세 과세표준 추계경정방법은 위법하고 따라서 이를 전제로 한 피고의 경정결정 또한 위법하므로 이 사건 각 종합소득세 및 방위세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

소득세법 제118조 제1항은 "정부는 과세표준확정신고에 의한 결정을 하는 경우 이외에도 제184조 또는 제185조의 규정에 의한 장부를 비치 기장한 거주자에 대하여 그 비치 기장된 장부와 증빙서류를 근거로 하여 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 그 비치 기장된 장부에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 조사 결정하여야 한다"고 규정하고, 같은 조 제2항은 "정부는 과세표준확정신고를 하지 아니하였거나 제출된 그 신고서류의 내용이 명백히 부당하다고 인정되는 경우에도 제1항의 비치 기장된 장부와 증빙서류를 근거로 하여 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 그 비치 기장된 장부에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 조사결정하여야 한다"라고 규정하여 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사결정방법에 의하여 산정하는 것을 기본으로 하고 있고, 같은 법 제119조 제1항은 "과세표준확정신고에 있어서 그 신고서에 대통령령이 정하는 바에 의하여 세무사(세무사법 제6조의 규정에 의하여 등록한 세무사인 공인회계사를 포함한다)가 그 기재내용이 정당하다고 확인한 조정계산서를 첨부한 때에는 과세표준과 세액을 그 신고에 의하여 서면심리로 결정하여야 한다. 다만 기재내용이 미비되거나 허위라고 인정되는 경우 기타 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다"고 규정하고 있으며, 같은 법 제120조 제1항은 "정부는 대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유로 인하여 법 제117조 내지 제119조의 규정에 의하여 결정할 수 없는 때에 한하여 과세표준과 세액을 업종별 소득표준율에 의하여 조사결정한다"고 규정하고 이에 따른 같은법시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13802호로 개정되기 전의 것) 제169조 제1항은 "법 제120조 제1항에서 대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유라 함은 다음 각호에서 게기되는 것을 말한다"고 하면서 제1호로 "과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때"를 들고 있으므로, 추계조사방법은 실지조사가 불가능한 경우의 보충적 결정방법이라 할 것이고, 같은 법 제127조는 "제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 경정할 수 없거나 결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 정부는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다"고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 1988년과 1989년 귀속분 종합소득세 등 부과처분의 적법 여부에 대한 판단

(가) 살피건대, 앞서 채택한 증거들과 갑제5호증의 10 내지 12, 을제4호증, 을제10호증의 각 기재(다만, 위 갑제5호증의 10, 11의 각 기재 중 뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론의 전취지를 합쳐 보면, 원고는 정유회사의 일반대리점으로부터 유류를 매입하여 중간도매상 등에게 유류를 판매하거나 대리점에의 출하요청시 자체에 이윤을 붙여 매매하는 방식으로 석유류도소매업을 경영하여 왔는데, 앞서 본 바와 같이 1988. 10. 25.부터 1990. 7. 20.까지 ㅇㅇ석유를 경영한 기간에 대하여 원고와 위 김ㅇㅇ이 위 김ㅇㅇ 1인의 이름으로 신고한 부가가치세 과세표준액의 약 80퍼센트에 달하는 금액에 관하여는 석유류 매입자들이 세금계산서를 발행받기를 꺼린다는 이유로 매입자란을 공란으로 하여 자료중개상에게 넘겨주고 다시 자료중개상으로부터 매입자란이 보충기재된 공급자보관용 매출세금계산서를 교부받아 보관하고 있던 것을 위 ㅇㅇ세무서장에게 제출하였는데 위 ㅇㅇ세무서장은 위 매출세금계산서의 대부분이 허위인 사실을 적발하고 위 ㅇㅇ석유의 장부 및 거래처의 장부 등을 조사하였는바 원고는 실지 매매에 관하여 작성한 장부로 인하여 매입자들에게 피해가 있을 것을 우려하여 장부를 폐기하였고, 그 무렵 위 ㅇㅇ세무서장에게 허위 매출세금계산서에 의하여 기록된 장부 및 전표 일부 이외에는 일체의 증빙이나 장부 등의 기록이 없음을 확인한다는 취지의 확인서(을제4호증)를 작성 제출하였으며 위 ㅇㅇ세무서장은 이에 따라 위 세금계산서 불명가산세를 가산하여 부가가치세액 경정결정을 하였다가 그 후 감사원으로부터 위 허위 매출세금계산서는 매출금액에 대한 증빙이 될 수 없으므로 추계경정하여야 한다는 지적을 받고 매입세금계산서의 합산금액을 매입총액으로 하고 여기에 1988년도 석유류 개인사업자의 업종별 매매총이익률 9.31퍼센트를 곱하는 추계경정결정의 방법에 의하여 부가가치세 과세표준과 세액을 증액경정결정하여 부가가치세를 부과, 고지한 사실을 인정할 수 있고, 이에 배치되는 갑제5호증의 10,11의 각 일부기재는 믿지 아니하며, 달리 반증이 없고, 한편 위 ㅇㅇ세무서장이 위와 같이 추계조사결정한 부가가치세 과세표준금액을 원고의 총수입금액으로 보아 사업장별 수입금액결정상황표를 작성하여 원고의 주소지를 관할하는 피고에게 통보한 사실, 이에 따라 피고가 위 결정상황표에 의하여 통보받은 총수입금액에서 당초 결정시 인정한 총수입금액과의 차액 전부를 신고누락한 소득으로 보고 그 소득금액을 당초 결정시 인정한 소득금액과 합산한 금액을 종합소득금액으로 경정하여 원고에게 주문 기재와 같이 1988년도 및 1989년도 귀속분 각 종합소득세 및 방위세의 부과처분을 한 사실은 앞서 본 것과 같은바, 위 인정사실에 의하면, 피고가 위 ㅇㅇ세무서장으로부터 원고의 수입신고누락에 대한 통보를 받고, 위 ㅇㅇ세무서장이 추계결정방법에 의하여 산출하여 통보한 총수입금액에서 당초 원고가 신고한 총수입금액과의 차액에 대하여 수입금액신고누락이 있은 것으로 보고, 그 신고누락수입금액에 대응하는 필요경비를 인정할 아무런 증빙자료가 없다는 이유로 그 신고누락수입금액과 당초 서면조사결정시 인정한 소득금액과의 합산액을 종합소득금액으로 하여 과세표준을 산정함으로써 결과적으로 단일한 과세기간 중의 단일 사업장의 과세목적물에 대하여 서면조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준을 정한 셈이 되고, 이는 소득세법과 그 시행령의 관계규정에 위배되는 위법한 조치라 할 것이다(대법원 1992. 9. 14. 선고 92누1353 판결 등 참조).

(나) 뿐만 아니라 1977. 8. 20. 대통령령 제8,652호로 소득세법시행령이 개정되면서 제159조 제1항 제4호가 삭제된 이후에는 부가가치세 과세표준액을 바로 소득세법상의 수입금액으로 볼 수 있는 근거가 없으므로 당해 사업연도의 사업소득에 관한 총수입금액은 소득세법상 일반원칙에 따라 같은 법 제118조 내지 제120조의 어느 한 가지 방법에 의하여 결정하여야 할 것인바(대법원 1993. 3. 23. 선고 93누340 판결 등 참조) 이 사건의 경우 피고가 1988년과 1989년 귀속분 총수입금액을 산출함에 있어 소득세법에 규정된 조사결정방법에 따라 새로이 이를 결정함이 없이 원고에 대한 부가가치세 관할 세무서장인 위 ㅇㅇ세무서장이 부가가치세 부과를 위하여 산출한 부가가치세 과세표준액을 통보받아 이를 그대로 총수입금액으로 보고 1988년과 1989년 귀속 종합소득세 등 부과처분을 하였으니 이 점에서도 위 각 부과처분은 위법하다 할 것이다.

(2) 1990년 귀속분 종합소득세 등 부과처분의 적법 여부에 대한 판단

(가) 살피건대, 원고가 1990년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고시 실지조사결정대상자로서 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 소득금액으로 금219,006원만을 신고한데 대하여 피고가 실지조사방법에 의하여 종합소득세를 금1,658,730원, 방위세를 금332,230원으로 각 결정하여 이를 부과고지한 사실, 원고와 위 이ㅇㅇ이 위 ㅇㅇ석유를 동업으로 경영한 데 대하여 위 이ㅇㅇ 1인 명의로 서면심리대상자로서 종합소득세 과세표준확정신고를 하여 피고가 그 과세표준과 세액을 서면심리결정한 사실, 그 후 피고가 원고에 대하여 1990년 귀속분 종합소득세 과세표준에 관한 실지조사를 할 당시 위 ㅇㅇ석유의 사업경영으로 인한 수입금액산정을 위한 증빙자료로 제출한 매출세금계산서의 대부분이 허위로 발행된 것으로 확인하고 실지조사에 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당한다는 이유로 부가가치세 관세관청인 ㅇㅇ세무서장이 통보한 사업장별 수입금액결정상황표에 의한 총수입금액에 소득표준율 4퍼센트를 곱하여 소득금액을 금119,386,796원으로 추계결정하고, 또한 위 이ㅇㅇ에 대한 서면조사결정내용에 터잡아 원고가 위 이ㅇㅇ과의 동업으로 ㅇㅇ석유를 경영하여 얻은 소득금액을 금15,377,891원으로 서면결정하여 위 두 개의 소득금액을 합산한 금134,764,687원을 과세대상인 종합소득금액으로 인정하고 이를 기초로 1990년 귀속분 종합소득세와 방위세를 부과고지한 사실, 한편 위 ㅇㅇ세무서장이 원고가 위 김ㅇㅇ의 이름으로 신고한 부가가치세 과세표준액의 약 80퍼센트에 달하는 금액에 관한 매출세금계산서가 허위인 사실을 적발하고 원고로부터 허위 매출세금계산서에 의하여 기록된 장부 및 전표 일부 이외에는 일체의 증빙이나 장부 등의 기록이 없음을 확인한다는 취지의 확인서(을제4호증)를 제출받은 다음 위 세금계산서 불명가산세를 가산하여 부가가치세액 경정결정을 하였다가 그 후 감사원으로부터 지적을 받고 매입세금계산서의 합산금액을 매입총액으로 하고 여기에 1988년도 석유류 개인사업자의 업종별 매매총이익률 9.31퍼센트를 곱하는 추계결정의 방법에 의하여 부가가치세 과세표준과 세액을 증액경정결정하여 부가가치세를 부과, 고지한 사실, 위 ㅇㅇ세무서장이 위와 같이 추계조사결정한 부가가치세 과세표준금액을 원고의 총수입금액으로 보아 사업장별 수입금액결정상황표를 작성하여 원고의 주소지를 관할하는 피고에게 통보한 사실, 이에 따라 피고가 위 결정상황표에 의하여 통보받은 총수입금액과 당초 결정시 인정한 총수입금액과의 차액 전부를 신고누락한 수입금액으로 보고 총수입금액에 소득표준율 4퍼센트를 곱한 금119,386,796원을 소득금액으로 추계결정하고, 위 소득금액과 서면심리 방법에 의하여 결정한 위 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 소득금액 15,377,891원을 합산한 금액을 종합소득금액으로 인정하여 원고에게 주문 기재와 같이 1990년 귀속분 종합소득세 및 방위세 등의 부과처분을 한 사실 등을 이미 위에서 본 것과 같은바, 위 인정 사실에 의하면, 원고에 대한 부가가치세 과세관청인 위 ㅇㅇ세무서장이 원고로부터 제출받은 증빙자료 중 전체의 80퍼센트에 달하는 매출세금계산서가 허위인 것으로 밝혀지고 달리 과세표준금액과 세액을 산출할 수 있는 증빙자료가 미비하다는 이유로 위 동진석유의 경영으로 인한 총수입금액과 소득금액을 추계결정하고 그 내용을 기재한 사업장별 수입금액결정상황표를 통보하여 옴에 따라 피고가 위 동진석유의 경영으로 인한 원고의 1990년 귀속분 수입금액과 소득금액을 추계조사방법에 의하여 결정한 조치는 일응 추계조사결정의 요건을 갖춘 것으로 적법하다고 할 수 있다.

(나) 그러나, 나아가 그 추계의 방법이 객관성과 합리성을 가지는 적정한 것이었는지에 관하여 보건대, 위 ㅇㅇ세무서장이나 피고가 위 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 원고의 1990년 귀속분 총수입금액을 산정함에 있어 매입세금계산서의 합산금액을 매입총액으로 보고 여기에 1988년도 석유류 개인사업자의 매매총이익률 9.31퍼센트를 곱하여 매출총액을 산출하여 총수입금액으로 하고, 위 총수입금액에 소득표준율 4퍼센트를 곱하여 소득금액을 추계결정하였음은 위에서 본 것과 같고, 갑제6호증, 을제8호증의 각 기재에 변론의 전취지를 합쳐보면, 국세청장이 추계경정세부집행지침에 따라 매년 1회 업종별 매매총이익률을 정하고, 매매총이익률에 의하여 수입금액을 추계함에 있어서는 당해 연도의 업종별 매매총이익률을 적용하되 당해 연도의 매매총이익률이 없는 경우에는 최근 연도의 매매총이익률을 적용하도록 되어 있는데, 1990. 7.에 정한 업종별 매매총이익률을 보면, 전업종에 걸쳐 1986년부터 1988년 사이에 매년 매매총이익률에 변동이 있으며, 원고와 같은 석유류 개인사업자의 경우 그 매매총이익률이 1987년은 9.75퍼센트이고, 1988년은 9.31퍼센트인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 피고가 원고에 대한 1990년 귀속분 과세표준을 결정함에 있어 1990년도분이 아닌 1988년도분의 매매총이익률을 적용하여 수입금액을 추계한 것은 그 합리성이나 객관성이 없어 위법하다 할 것이고 이 사건 변론종결 이후에 피고측이 모사전송의 방법으로 이 법원에 제출한 자료(업종별 매매총이익률)에 의하면 국세청장이 1993. 4.에 석유류 개인사업자의 1990년도 매매총이익률을 11.0퍼센트로 정한 사실을 엿볼 수 있다),뿐만 아니라 앞서 1988년과 1989년 귀속분에 관하여 설시한 바와 같이 피고가 위 ㅇㅇ석유의 경영으로 인한 원고의 1990년 귀속분 총수입금액을 산출함에 있어 소득세법에 규정된 조사결정방법에 따라 새로이 이를 결정함이 없이 원고에 대한 부가가치세 관할무서장인 위 ㅇㅇ세무서장이 부가가치세 부과를 위하여 산출한 부가가치세 과세표준액을 통보받아 이를 그대로 총수입금액으로 보고 1990년 귀속 종합소득세 등 부과처분을 하였으니 이 점에서도 위 부과처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 1988년 내지 1990년 귀속분 종합소득세 및 방위세 부과처분은 모두 위법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.