서울행정법원-2006-구합-34753 (2008.02.20)

1. 피고가 2005.12.19 원고에 대하여 한 2001년도 종합소득세 1,420,484,880원의 부과처분 중 1,114,537,653원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2005.12.19 원고에 대하여 한 2001년도 종합소득세 1,420,484,880원의 부과처분 중 95,110원을 초과하는 부분 및 2002년도 종합소득세 845,118,730원의 부과처분 중 43,589,050원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가, 원고는 1997.11.8 경 원고 외 1인을 건축주로 하여 □□시장에서 □□시 □□ 구 □□동 1488-39 외 3필지 상에 제 1,2종 근린생활시설, 업무시설 및 공동주택(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 건축허가신청을 하였고, 1997.12.8 ○○○과 공동으로 □□시 □□구 □□동 1488-39에서 □□□□□(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다.)이라 는 상호로 건물신축판매업 사업자등록을 하였으며, 2000. 9 경 □□시장으로부터 이 사건 건물에 관한 건축허가변경허가를 받아 2000. 11경 이 사건 건물을 완공한 후 원고와 ○○○의 공동 명의(공유자 지분 각 2분의 1)로 위 건물에 관하여 소유권보존등기를 경료하였다.

나. ◇◇지방국세청은 2005. 4.경부터 같은 해 7.경까지 사이에 이사건 사업장에 대한 세무조사를 실시한 결과, ① 이 사건 사업장이 원고로부터 9,050,000,000원에 취득한 것으로 장부상 계상한 □□시 □□구 □□동 1488-39,40 및 44의 3필지 대지 2,992,2㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 취득원가 중 이 사건 토지의 개별공시지가인 4,159,755,000원을 초과한 4,890,245,000원(2000년 귀속 3,975,769,185원, 2001년 귀속 704,195,280원, 2002년 귀속 210,280,535원)을 과다계상한 것으로 보아 그 가액 부분의 필요경비를 부인하고, ②이 사건 사업장이 2000.12.28 원고에게, 이 사건 건물의 미분양 상가 중 103호에 관한 ○○○ 지분을 분양예정가액(시가)인 2,829,439,000원 보다 적은 20억원에 이전한 것으로 신고한 것은 부당하게 저가로 양도한 것으로 간주하여 그에 대한 시가를 재계산하여 그 차액인 829,439,000원을 적출하였으며, ③이 사건 사업장이 원고에게, 이 사건 건물의 미분양 2층 상가 중 202호 등 16개의 상가에 관한 ○○○ 지분을 분양예정가액(시가)인 4,284,701,000원보다 저가인 2,868,000,00원에 소유권을 이전한 것은 부당하게 저가로 양도한 것으로 보아 그에 대한 시가를 재계산하여 그 차액인 1,427,459,649원을 적출한 다음, 위 필요경비 부인액 및 적출금액을 원고와 ○○○의 동업지분(50:50)에 따라 각각의 소득금액으로 피고에게 통보하였다.

다. 위 통보에 따라 피고는 2005.12.19. 원고에게 2000년 귀속 종합소득세 640,320원, 2001년 귀속 종합소득세 1,420,484,880원, 2002년 귀속 종합소득세 845,118,730원을 경정고지 하였다.(이하에서 위 각 종합소득세 부과처분 중 원고가 그 취소를 구하는, 2001년도 종합소득세 1,420,484,880원의 부과처분 중 95,110원을 초과하는 부분 및, 2002년도 종합소득세 845,118,730원의 부과처분 중 43,589,050원을 초과하는 부분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다.)

라. 원고가 2006.3.3 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2006.6

26. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1 내지 갑2호증의 2, 갑4호증의 1 내지 3, 갑7호증의 1내지 갑8호증의 2, 갑12호증의 1,2, 을1호증의 1 내지 4, 을8호증, 을9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 원고는 이 사건 토지를 ○○○에게 매각하였고, 비록 매매대금의 지급을 담보하기 위하여 강○○와 공동사업을 수행하는 형식을 취하였지만 실제로 이 사건 건물의 분양사업은 ○○○에 의하여 단독으로 수행된 것일 뿐 원고가 ○○○과 공동사업을 수행한 적이 없다. 따라서 원고가 이 사건 토지의 매매대금에 대한 변제 또는 대물변제로서 ○○○으로부터 현금 및 상가 등을 지급받은 것을 공동사업에 따른 소득으로 보고 종합소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다.

(나) 가사 외형대로 원고와 ○○○이 공동사업을 영위한 것이라 하더라도 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

1) 공동사업자 간 합의로 현물 출자한 토지 가액인 9,050,000,000원을 시가로 보아 필요경비로 인정하여야 할 것임에도 피고가 아무런 근거 없이 이 사건 토지의 개별공시지가를 그 취득가액으로 인정함으로써 그 실제 취득가액과 개별공시지가 간의 차액을 필요경비로 인정하지 않는 것은 위법하다.

2) 이 사건 사업장은 원고와의 구분되는 독립된 거주자이기 때문에 원고는 공동사업자간 합의에 의하여 이 사건 사업장으로부터 공동사업에 따른 이익으로서 이 사건 건물 중 미분양 상가를 분배받은 것일 뿐, 원고가 스스로 생산한 재화를 스스로 소비한 것이 아님에도 위 상가 부분의 분양예정가액과 분배가액과의 차액을 수입금액 누락으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과한 것은 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) 원고가 이 사건 사업장의 사업자등록을 ○○○과 공동으로 신청하면서 원고를 사실상 대표자로 하는 ‘원고 외 1명’으로 사업자등록을 하였고, 건축허가 또한 원고와 ○○○이 공동으로 신청하였으며, 원고가 1962.경부터 현재까지 건물신축판매업을 영위해 왔고, 그 영업행태 또한 이 사건 사업장과 같이 초기분양 후 잔여부동산으로 부동산 임대업을 영위해 왔으며, 이 사건 건물에 관한 소유권 보존등기가 원고와 ○○○ 공동명의로 이루어졌고, 원고가 3년 □□ 이 사건 사업장의 수입금액을 본인 소득에 합산 신고하여 종합소득세를 환급받거나 납부한 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 ○○○에게 이 사건 토지를 매도한 것이 아니라 ○○○과 함께 공동사업을 한 것이다.

(나) 원고는 ○○○과 공동사업을 영위함에 있어서,

1) 원고와 △△△△△△ 주식회사 사이에 체결된 사업이행약정서 상의 9,050,000,000원은 원고가 공동사업장에 출자한 이 사건 토지의 시가를 반영한 가액을 의미하는 것이 아니라, 사업 이행을 원만히 하기 위하여 공동사업장의 원고 지분인 50%를 원고에게 보장하고, 공동사업장의 사업 수행 및 완료시에 원고에게 원고 지분 몫을 정산하여 반환하기 위한 가액으로서, 공동사업장에 대한 이 사건 토지의 출가가액이라고 할 수 없고, 실제 거래가액을 확인 할 수 없으므로 시가가 불분명한 경우 상속세 및 증여세법 제61조에 의하여 이 사건 토지의 취득가액은 개별공시지가인 4,159,755,000원으로 보아야 한다.

2) ○○○이 원고에게 이 사건 건물의 상가 103호 및 상가 202호 등 16개에 관한 ○○○의 지분을 이전한 것은, 재고자산의 자가소비에 해당하므로, 피고가 소득세법 제25조 및 제43조의 규정에 따라 지분을 이전한 상가의 가액에 상당하는 시가로 재계산하여 2000년 귀속 829,439,000원 및 2001년 귀속 1,427,459,649원을 수입금액에 산입한 것은 정당하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) ○○○은 1997,6.10. 경 원고 소유의 이 사건 토지와 접해 있으면서 지하철 4호선 인덕원역과 접해 있는 □□시 □□구 □□동 1488-29, 30,31 등 3필지 407,6㎡를 취득한 후, 원고에게 각자의 토지를 공동으로 출자하여 그 지상에 주상복합건물을 신축․분양하여 그 차익을 50:50으로 배분하기로 하는 공동사업을 할 것을 제안하였다.

(2) 이에 원고는 1997.11. 경 당시 ○○○이 대표이사로 있던 △△△△△△ 주식회사(이하 ‘△△△△△△’이라 한다)와의 사이에 다음과 같은 내용의 사업이행약정을 체결하였다.

(가) 본건 사업을 이행함에 있어 원고는 그 소유의 이 사건 토지를 제공하고, △△△△△△은 이 사건 토지와 연대보증인 ○○○ 소유의 위 토지 위에 지하 5층, 지상 15층의 주상복합건물을 원고 및 ○○○ 명의로 신축․분양감을 원칙으로 하여 상호 대등한 입장에서 협력하여 각자의 의무를 신의에 따라 성실히 사업을 완료시킨다.

(나) 원고는 △△△△△△의 분양 및 공사에 대하여 △△△△△△에게 요구할 수 있고, 수시로 직접 확인 검사할 수 있디, 원고는 분양, 임대에 지장이 없도록 각 토지 상의 담보물건 및 용익물건에 대하여는 사전에 합당한 조치를 취하여 공사 후 매매, 담보권 설정 등 본건 사업 수행에 방해가 되는 행위를 하지 않으며, 사업의 수행, 심의 및 허가에 필요한 제반 서류를 적시에 제공한다. △△△△△△은 사업을 진행함에 있어 신축공사 및 분양, 관리 등의 주체가 되어 진행하고, 사업의 달성을 위한 모든 결정을 할 수 있어 선량한 관리자의 주의로써 하며, 원고의 요구가 있을 시 이를 열람, 확인할 수 있도록하고, 본건 사업으로 인하여 발생하는 민, 형사상의 모든 책임은 창적종합건설의 책임으로 한다.

(다) 본건 사업을 진행함에 있어 발생하는 모든 제세공과금은 △△△△△△의 책임 하에 신고 및 납부를 한다. 단, 소유권 이전시 발생하는 양도소득세는 제외한다.

(라) △△△△△△은 본건 사업을 수행 및 완료시 다음 각 항에 의거 원고에게 정산하여 지급함을 원칙으로 한다.

① 본건 사업의 원고의 권리지분은 다음과 같이 한다.

- 토지대금의 총액 : 대지면적 (약 905.14평)×평당 10,000,000원 = 9,050,000,000원

- 대금의 지급조건 : 현금 4,060,000,000원 및 상가시설 은행점포｛4,990,000,000원(부가세 포함)｝(당초 현금 3,178,108,520원 및 상가시설 5,871,891,480원으로 정하였다가 상가시설의 가액 중 15%를 공제하는 것으로 조정하고, 그 차액인 881,891,480원을 현금 지급액에 가산하여 현금 지급액이 4,060,000,000원으로 인상 조정하여 이와 같이 정정하였다.)

- 대금의 지급방법 : 1차 지급은 분양계약금 입금액 중 설계비용(14억원) 공제 후 10억원 우선 지불, 2차 지급은 토목공사 완료시점에 10억원 지급, 3차 지급은 지하층 완료시 잔액 지불, 대물지급은 건물(상가시설) 분양계약서로 대체하되, 대물지급분에 대하여는 금융권 점포로 임대계약을 체결하여 보증금이 원고에게 지불되도록 △△△△△△이 처리한다.

② 본건 사업의 △△△△△△의 권리지분은 다음과 같이 한다.

원고의 권리지분을 제외한 본건 사업으로 발생하는 모든 자산 및 부채는 △△△△△△의 지분으로 한다.

(마) 원고는 본건 사업 이행계약 후 토지대금 정산시까지 업무를 원활히 하기 위하여 △△△△△△에게 업무를 위임하며, 이로 인하여 발생하는 모든 행위는 △△△△△△의 책임으로 한다. 원고와 △△△△△△은 토지대금의 정산이 완결됨과 동시에 본건 사업 이행계약이 종결된 것으로 하며, 원고는 사업에 필요한 모든 재산(토지, 건축주 명의 등)에 대하여 △△△△△△ 또는 △△△△△△이 지정하는 사업자(개인 또는 법인)에게 즉시 소유권 이전을 한다.

(3) 원고는 또한 1997.11.경 ○○○과의 사이에 각각 소유하고 있는 대지 상에 건축물을 공동으로 신축하여 분양판매함에 있어 분쟁 없이 원만하게 신축 판매할 목적으로 다음과 같은 내용의 공동사업약정을 체결하였다.

(가) 지분율의 표시(지번 및 면적, 지가의 표시)

지번

면적(㎡)

소유자 및 공시지가(원)

원고

%

○○○

%

□□시 □□구 □□동 1488-29

407.6

843,732,000

100

□□시 □□구 □□동 1488-39

1,093.3

1,596,510,000

100

□□시 □□구 □□동 1488-40

902,3

1,218,105,000

100

□□시 □□구 □□동 1488-44

996.4

1,345,140,000

100

계

3,399.8

4,159,755,000

83.14

843,732,000

16,86

(나) 건축비 및 제반 비용은 사업수입금액에서 공동충당하는 것을 원칙으로 하여 지출하며 일시적으로 원고 또는 ○○○이 각각 지출할 시는 수입금액에서 차후에 정산하는 것으로 한다.

(다) 원고와 ○○○의 공동사업수익금의 분배는 50:50 비율로 사업 종료시 분배하여 정산하는 것을 원칙으로 하며, 정하여지지 않은 별도의 추가 발생상황은 긴밀히 상호협의하여 결정한다.

(4) 원고는 1997.11.8. 경 원고 외 1인을 건축주로 하여 이 사건 건물의 건축허가 신청을 하였고, 1997.12.8. ○○○과 공동으로 이 사건 사업장에 관한 사업자등록을 하였으며, 1998.3. △△△△△△과의 사이에 이 사건 토지에 관하여 다음과 같은 내용의 부동산매매계약서를 작성하였다.

(가) 원고는 1997.11. 그 소유의 본건 목적물을 대금 9,050,000,000원(평당 약 1,000만원)에 △△△△△△에게 소유권 이저하기로 약속하고, △△△△△△은 원고에게 위 대금을 지불할 것을 약속한다. 대금의 지급방법은 계약금 10억원, 1차 지금은 지하층 완료시에 20억원, 2차 지급은 골조공사 완료시에 20억원, 잔금은 건물준공 전에 정산한다.

(나) 원고는 매매계약 체결 후 △△△△△△이 본건 목적물 상에 주상복합건물 신축하는 것을 허락한다. 단, 원고는 매매대금을 확보하기 위하여 원고의 명의로 건축허가를 받기로 한다.

(다) 원고가 매매대금의 확보를 위하여 원고의 명의로 건축허가를 받았음에도 불구하고 △△△△△△이 신축공사에 관한 설계사무소 및 시공자 선정, 분양 및 임대업무, 사업을 원활이 하기 위한 토지 및 건물의 세제상 정리작업 등의 업무의 주체가 된다. △△△△△△은 본건 사업의 원활한 진행과 보장을 위하여 부동산신탁회사에 원고의 명의로 분양형 토지신탁계약을 체결하여 분양대금 등의 관리를 부동산신탁회사에서 할 수 있도록 조치하여야 한다. 부동산신탁회사의 토지신탁계약에 대한 모든 권리는 토지대금 정산시까지 원고에게 있으며, 토지대금 정산과 동시에 모든 권리는 △△△△△△에 귀속된다. 건물신축공사 및 분양에 대한 민, 형사사의 모든 책임을 △△△△△△의 책임으로 한다.

(5) 원고는 이 사건 건물에 관한 건축허가를 받아 당시 ○○○이 대표이사로 있던 창덕이앤씨 주식회사(△△△△△△이 상호 변경됨)를 시공사로 선정하여 이 사건 건물의 신축공사에 착공하여 2000. 11.경 이 사건 건물을 완공한 후 원고와 ○○○ 명의로 위 건물에 관하여 소유권보존등기를 경료하였다.

(6) 원고는 2002.3.경 이 사건 건물의 시공사인 창덕이앤씨 주식회사 주택은행에 대한 채무 3,070,000,000원 및 조흥은행에 대한 채무 4,072,000,000원을 대위변제하였다.

(7) 이 사건 사업장의 1997년 장부에는 원고가 출자한 이 사건 토지의 가액이 2,018,105,300원으로, ○○○이 출자한 그 소유 토지의 가액이 2,401,846,800원으로 각 계상되었으나, 2000년 장부에는 이 사건 토지의 가액에 7,031,894,700원이 증액되어 계상되었다.

(8) 원고는 ○○○으로부터 1999.1.11에 565,874,095원, 2000.12.19.에 8억원, 2000.12.30에 1억원, 2001.1.9에 590,000,000원, 2001.1.20에 3억원 등 합계 2,355,874,095원의 현금을 지급받았다.

(9) 한평, 당초 사업이행약정 상에는 원고가 출자한 토지에 대한 지급조건으로 4,990,000,000원 상당의 상가시설 은행점포를 받기로 약정하였으나, 이 사건 건물의 신축․분양 과정에서 상가시설(은행점포)이 당초의 예정 분양조건(414.96평)과는 다른 분양조건(228.59평)으로 변경되자 원고는 ○○○으로부터 은행점포의 가액을 20억원으로 정하여 소유권을 이전받기로 약정한 후 이 사건 건물이 완공되자 상가 103호로된 은행점포에 관한 ○○○의 지분을 이전받았다.

(10) 원고는 그 외에도 강호기으로부터 이 사건 건물의 미분양 2층 상가 중 202호 등 16개의 상가에 관한 ○○○ 지분을 분양예정가액(시가)인 4,284,701,000원보다 저가인 2,868,000,000원에 양도받았다.

(11) 원고는 이 사건 사업장 이외에도 서울 서대문구 남가좌동 105-1, □□시 □□구 □□동 1505-25 및 같은 동 856-3에서 건물을 신축․분양한 후 나머지 일정 부분을 부동산 임대업으로 영위하는 형태로 건물신축판매업을 영위하였고, 2000년 내지 2002년 귀속 종합소득세 신고시에 이 사건 사업장에서의 소득을 원고의 다른 소득에 합산하여 신고하여 환급받거나 납부하였다.

[인정근거] 갑3호증, 갑6호증, 갑10호증의 1 내지 갑12호증의 2, 갑15호증의 1 내지31, 을2호증의 1 내지 8, 을4호증의 1 내지 을7호증, 을9호증 내지 을15호증의 2의 각 기재, 증인 길용등의 일부 증언(다만, 뒤에서 믿지 아니하는 부분 제외), 변론 전체의 취지

[배척증거] 갑13호증, 을3호증의 각 기재, 증인 길용등의 일부 증언

라. 판단

(1) 매매인지 공동사업인지 여부

살피건데, 위에서 본 바와 같은 사정, 즉 원고가 ○○○의 공동사업 제안에 응하여 ○○○이 대표이사로 있던 청덕종합건설과의 사이에서 각자의 토지를 출자하여 그 지상에 주상복합건물을 신축․분양함에 있어 각자의 권리지분을 구체적으로 명시하는 내용의 사업이행약정을 하는 한편, ○○○과의 사이에서 이 사건 건물의 신축․분양사업의 종료시에 공동사업수입금을 50:50으로 분배하여 정산하기로 하고, 정하여지지 않은 별도의 추가 발생상황은 긴밀히 상호 협의하여 결정하기로 하는 내용의 공동사업약정을 체결한 점, 이 사건 사업이행약정상 이 사건 건물의 신축․분양사업은 △△△△△△이 주체가 되어 진행하지만, 원고 역시 분양 및 공사의 진행에 대하여 수시로 확인, 검사 및 일정한 사항의 요구 등을 할 수 있어서 이 사건 사업의 운영에 있어 전혀 관여할 여지가 없었다고 보기 힘든 점, 건축비 및 제반 비용은 사업수입금액에서 공동충당하였고, 일시적으로 원고 또는 ○○○이 각각 지출할 시는 수입금액에서 차후에 정산하는 것으로 하였으며, 실제로 원고가 시공사인 창덕이엔씨의 금융기관에 대한 채무 7,142,000,000원을 대위변제하기도 하였던 점, 원고가 이 사건 사업장 이외에도 여러 곳에서 건물신축판매업을 영위하였으므로 이 사건과 같은 형태의 건물 신축․분양사업에 관하여 풍무한 경력을 가지고 있었음에도 이 사건 토지를 강호기에게 단지 매도한 것에 그쳤다고 보기는 어려운 점, 원고가 2000년 내지 2002년 귀속 종합소득세 신고시에 이 사건 사업장에서 소득을 원고의 다른 소득에 합산하여 신고하여 환급받거나 납부하였던 점, 원고가 1998.3.경 △△△△△△과의 사이에서 이 사건 토지에 관한 매매계약서를 작성하긴 하였으나, 이미 이 사건 사업이행약정, 공동사업약정 및 이 사건, 건물에 대한 건축허가신청을 한 이후에 작성된 것으로서 계약 당사자 사이에 단순한 매매계약의 체결의사가 있었다고 쉽게 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 ○○○(또는 △△△△△△)과 함께 각자 소유의 토지 및 비용을 출자하여 사건 사업장의 건물 신축․분양사업에 관하여 공동의 이해관계를 갖고 이 사건 건물의 신축․분양사업의 운영에 일정 부분 관여하면서 그 출자에 대한 대가와 수익의 일정 부분을 분배 또는 정상받았다고 할 것이어서 원고는 이 사건 건물의 신축․분양사업의 공동사업자에 해당한다고 할 것이다.

(2) 이 사건 토지의 취득가액을 개별공시지가로 보는 것이 타당한지 여부

(가) 사업이행약정서 상의 9,050,000,000원이 취득가액인지 여부

건물의 신축․분양사업을 공동으로 경영할 것을 약정하고 대지를 출자한 경우 그 공동사업의 소득에 대한 필요경비로서 위 대지의 가액을 산정함에 있어서는 소득세법 제39조 제2항 소정의 자산의 매입가액과 그 부대비용에 준하여 공동사업체가 사업을 위하여 위 대지를 취득할 당시, 즉 위 공동사업에 출자할 당시의 가액을 기준으로 계산하여야 할 것이다.(대법원 1990.2.23 선고 89누 7238 판결 참조)

이 사건에 돌아와 보건데, 위에서 본 바와 같이 원고가 출자한 이 사건 토지의 가액이 이 사건 사업장의 1997년 장부에 9,050,000,000원이 아닌 2,018,105,300원으로, ○○○이 출자한 그 소유 토지의 가액은 ○○○이 그 직전에 실제로 구입한 가액인 2,401,846,800원으로 각 계상되었던 점, 이 사건 사업이행약정상 이 시건 토지대금을 평당 1,000만원으로 보아 그 총액을 9,050,000,000원으로 정하면서 이를 원고의 권리지분으로 정하였고, 원고의 권리지분을 제외한 이 사건 사업으로 발생하는 모든 자산 및 부채는 △△△△△△의 권리지분으로 한 것으로 미루어 9,050,000,000원은 이 사건 토지의 출자가액 또는 취득가액이라기 보다는 이 사건 사업의 완료 후에 원고가 이사건 토지를 출자한 것에 대한 대가 또는 수익으로 적어도 9,050,000,000원을 지급받기로 한 약정으로 보는 것이 당사자의 의사에 부합한다고 보이는 점, 이 사건 공동사업약정에서 ‘지분율의 표시(지번 및 면적, 지가의 표시)’라는 제목으로 이 사건 토지와 ○○○ 소유의 토지의 면적 및 개별공시지가를 각 기재하였을 뿐, 9,050,000,000원이라고 기재하지 않았던 점 등을 종합하여 볼 때, 사업이행약정서 상의 9,050,000,000원은 원고가 공동사업장에 출자한 이 사건 토지의 시가를 반영한 가액을 의미하는 것이 아니라, 사업이행을 원만히 하기 위하여 이 사건 사업장의 원고 지분인 50%를 원고에게 보장하고 공동사업장의 사업 수행 및 완료시에 원고에게 원고 지분 몫을 정산하여 반환하기 위한 가액이라고 보아야 할 것이지, 공동사업장에 대한 이 사건 토지의 출자가액이라고 할 수 없다.

(나) 출자 당시의 가액 확정 방법

소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2항은 ‘거주자가 매입․제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가격이나 제작 원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호는 ‘타인으로부터 매입한 자산 및 자기가 행한 건설 등에 의하여 취득한 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 그 외의 자산은 당해 자산의 취득 당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 본다’고 규정하고 있으며, 소득세법 시행규칙(2005.3.19. 재정경제부령 제424호로 개정되기 전의 것) 제48조는 ‘소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호에서 재정경제부령이 정하는 시가란 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2한은 ’시가가 불분명한 경우 우선 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 보고, 이러한 감정평가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 금액을 시가로 보도록 하고 있으며, 상속세 및 증여세법(2005.1.14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 제1호는 토지의 경우 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가에 의하여 평가하도록 규정하고 있다.

이 사건에 돌아와 보건대, 위에서 본 바와 같이 사업이행약정서 상의 9,050,000,000원은 이 사건 토지의 취득가액으로 볼 수 없는바, 이 사건에 있어서는 달리 그 취득가액을 알 수 있는 자료가 없어 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 사업장의 원고로부터 이 사건 토지를 취득한 1997.11.경을 기준으로 하여 우선 감정평가법인의 감정평가액이 있으면 그 감정평가액에 의하고, 감정평가액이 없으면 개별공시지가에 의하며 이 사건 토지의 취득가액을 산정하여야 할 것이다. 그런데 1997. 11. 무렵 이사건 토지의 시가를 감정한 감정평가법인의 감정평가액이 있다는 자료가 없으므로 1997.11. 무렵의 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지의 취득가액을 계산하여야 할 것인바, 개별공시지가는 매년 1.1.을 기준으로 공시되고 있으므로 1997.1.1 개별공시지가(갑5호증의 1 내지 3)에 따라 이 사건 토지의 취득가액을 계산하면 4,159,755,000원이 됨이 계산상 명백하다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 4,159,755,000원으로 보고 9,050,000,000원과의 차액을 필요경비로 인정하지 않은 것은 정당하다.

(3) 원고가 취득한 상가 부분이 재고자산의 자가소비에 해당되는지 여부

(가)소득세법 제25조 제2항의 재고자산을 가사용으로 소비하거나 이를 종업원 또는 타인에게 지급한 경우 이를 소비 또는 지급한 때의 가액에 상당하는 금액을 그날이 속하는 연도의 사업소득금액 등의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있는

이유는, 거주자가 사업과는 관계없이 개인적인 목적으로 재고자산을 소비하거나 지급한 경우 경제적으로는 그 거주자가 재고자산의 가액 상당의 사업소득을 취한 것과 동일하기 때문에 그 가액 상당의 금액을 수입금액으로 보아 과세하기 위한 것이라고 할 것이므로, 위 조항이 적용되기 위해서는 당해 자산이 사업용 재고자산이어야 할 뿐만 아니라 그 자산이 원래의 사업용도와 달리 사업자의 개인적 용도로 소비되어야 할 것이다. 그러므로 건물의 신축․분양을 사업목적으로 한 공동사업자의 1인이 그 소유 대지를 다른 공동사업자에게 제공한 대가로 그 신축한 건물의 특정 부분에 대한 소유권을 이전받기로 한 약정에 따라 소유권을 취득한 경우에 그 특정부분은 당초부터 공동사업의 목적인 분양판매의 대상에서 제외된 것으로서 판매 목적으로 보유한 재고자산에 속하지 않는다고 보아야 할 것이다.(대법원 2005.12.22 선고 2004두534 판결참조)

(나) 먼저, 이 사건 상가 103호(은행점포) 부분의 소유권 이전에 관하여 보건데, 위에서 본 바와 같이 이 사건 은행점포 부분은 이 사건 사업이행약정 당시부터 원고가 이 사건 토지의 출자에 대한 대가로서 현금과 함께 정산받기로 한 것이어서 당초부터 공동사업의 목적인 분양대상에서 제외되었다고 할 것이므로 이는 이 사건 사업장의 분양용 재고자산에 해당한다고 볼 수 없다. 그러므로 이사건 부과처분 중 이사건 상가 103호(은행점포) 부분의 소유권 이전을 재고자산의 자가소비로 보아 종합소득세를 부과한 부분은 위법하다.

다음으로 202호 등 16개 상가 부분의 소유건 이전에 관하여 보건대, 이는 은행점포(상가 103호)와는 달리 당초 사업이행약정 시에 원고에게 이 사건 토지의 출자 대가로 지급하기로 약정된 것으로 볼 수 없으므로 이는 공동사업의 목적인 분양대상에 해당된다 할 것이다. 따라서 202호 등 16개 상가 부분에 대한 원고와 ○○○의 공동 지분을 원고 1인의 단독 소유로 한 것은 그 실질에 있어서 공동사업자들이 분양 목적으로 신축한 건물의 일부를 자신들이 직접 사용하는 것과 다르지 아니하므로 소득세법 제25조 제2항에 따라 그 때의 가액에 상당하는 금액을 그 날이 속하는 연도의 총수입금액에 산입하여야 할 것이다. 그러므로 이 사건 부과처분 중 상가 202호 등 16개 상가 부분의 소유권 이전을 재고자산의 자가소비로 보아 종합소득세를 부과한 부분은 적법하다.

(4) 정당한 세액의 계산

그러므로 ① 이 사건 토지의 취득원가 중 9,050,000,000원과 개별공시지가인 4,159,755,000원과의 차액인 4,890,245,000원(2000년 귀속 3,975,769,185원, 2001년 귀속 704,195,280원, 2002년 귀속 210,280,535원)을 과다 계산한 것으로 보아 이 사건 사업장의 필요경비를 부인하고, ② 이 사건 건물 중 상가 103호에 관한 분양예정가액(시가)과 원고에의 이전가액인 20억원과의 차액을 총수입금액에 산입하지 아니하며, ③상가 202호 등 16개의 상가에 관한 분양예정가액(시가) 4,284,701,000원과 원고에의 이전가액인 2,868,000,000원의 차액 1,427,459,649원을 이 사건 사업장의 총수입금액으로 산입한 다음 위 각 금액을 이사건 사업장에 대한 원고의 지분인 1/2로 계산하여 가산세액과 이월결손액을 정정한 다음 정당한 세액을 계산하면 다음 표와 같다.

2001년도 종합소득세의 정당한 세액

구분

피고가 부과한 세액(원)

정당한 세액(원)

증감액(원)

수입금액

5,700,655,742

5,700,655,742

0

종합소득금액

2,061,034,602

1,646,315,102

-414,719,500

소득공제

5,100,000

5,100,000

0

과세표준

2,055,934,602

1,641,215,102

-414,719,500

세율

0.4

0.4

0

산출세액

799,373,840

633,486,040

-165,887,800

세액공제

600,000

600,000

0

결정세액

798,773,840

632,886,040

-165,887,800

가산세액

646,370,417

506,310,990

-140,059,427

총결정세액

1,445,144,257

1,139,197,030

-305,947,227

기납부세액

24,659,377

24,659,377

0

고지할 세액

1,420,484,880

1,114,537,653

-305,947,227

※ 가산세액의 계산

신고불성실 가산세 116,490,234원 = {633,486,040원 ×(1,646,315,102원 -40,000,000원)/1,646,315,102원- 원천징수세액 35,643,259원}×0.2

납부불성실 가산세 389,444,801원 = (632,886,040원 -24,378,537원)×0.0005×1,280일

보고불성실 가산세 95,115원

신고시 280,840원

합계 506,310,990원 = 116,490,234원 + 389,444,801원 + 95,115원 + 280,840원

※ 이월결손금의 액수 및 공제내역

구 분

1999년

2000년

2001년

기말(원)

공제(원)

잔액(원)

공제(원)

잔액(원)

이 사건 부과처부에서의 이월결손금 액수 및 공제

1,195,351,160

1,067,373,844

(1,067,373,844)

127,977,316

127,977,316

(2,189,011,918)

0

정당한 이월결손금 액수 및 공제

1,195,351,160

652,654,344

(652,654,344)

542,696,816

542,696,816

(2,189,011,918)

0

(5) 소결론

따라서 이 사건 부과처분에서 2001년도 종합소득세 1,420,848,880원의 부과처분 중 정당한 세액인 1,114,537,653원을 초과하는 부분은 위법이고 나머지 부분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.