서울고등법원-2008-누-19316 (2009.01.20)

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2006. 6. 8. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 44,091,000원의 환급신청거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 3. 2. ○○종합건설 주식회사(이하, ‘○○종합건설’이라 한다)와 사이에, 위 ○○종합건설이 인천 ○○구 ○○동 ○○○-2 외 2필지 상에 2층 공장(이하, ‘이 사건 건물’이라 한다)을 2006. 5. 10.까지 신축(이하, ‘이 사건 공사’라고 한다)하는 도급계약(이하, ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 ○○종합건설 주식회사(이하, ‘○○종합건설’이라 한다)로부터 2006. 3. 2. 작성된 세금계산서(공급가액 20,000,000원)와 위 ○○종합건설로부터 2006. 3. 31. 작성된 세금계산서(공급가액 530,000,000원, 이하, ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 각 교부받아, 2006. 4. 25. 피고에게 제1기분 부가가치세 예정신고를 하고, 위 세금계산서 공급가액 합계 550,000,000원에 대한 부가가치세 55,000,000원의 환급신청을 하였다.

다. 피고는 2006. 6. 8. 원고의 위 환급신청에 대하여, 이 사건 세금계산서의 공급가액 530,000,000원 중 451,000,000원에 대하여는 거래대금을 결제하지 아니하고 공급시기 전에 발행한 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 원고가 신고한 환급세액 55,000,000원 중 45,100,000원에 대하여는 매입세액을 불공제하고 나머지 9,900,000원에 대하여만 매입세액을 공제하여 환급하기로 하는 결정을 하였다.

라. 원고는 2006. 6. 12. 위 결정을 통지받은 후 이에 불복하여 같은 달 28, 이의신청을 하였고, 이에 대하여 피고는 2006. 9. 1. 재조사하여 환급현지확인 등을 한 후 경정결정하기로 하였으며, 그 결과 2006. 12. 14. 원고에 대하여, 원고가 ○○종합건설로부터 받은 세금계산서(공급가액 20,000,000원)에 대하여는 공사도급계약서, 공사포기각서 및 입금표 등으로 보아 실제 거래한 것으로 판단되어 매입세액 공제결정을 하였고, ○○종합건설로부터 2006. 3. 31. 수취한 이 사건 세금계산서(공급가액 530,000,000원) 중 120,000,000원을 제외한 410,000,000원은 실제 공급시기인 사용승인일 2006. 5. 3.에 교부받아야 하므로 이 부분은 미리 발행된 세금계산서에 해당하고 위 사용승인일에 세금계산서를 교부받지 않았다는 이유로 매입세액 불공제결정을 하였다.

마. 원고는 위 이의신청을 거친 후 2007. 3. 12. 심판청구를 제기하엿고, 국세심판원은 2007. 8. 3. 이 사건 세금계산서의 발행일인 2006. 3. 31.까지 공사대금으로 지급한 사실이 확인되는 120,000,000원(공급가액 109,090,900, 매입세액 10,909,090원)에 대하여는 정당한 세금계산서로 보고 공제되어야 할 매입세액은 10,909,000원이므로 추가로 1,009,000원(= 매입세액 10,909,000원 - 원처분 당시 공제 매입세액 9,900,000)을 공제하여야 한다고 결정하였으며, 이에 피고는 위 심판결정에 따라 매입세액 1,009,000원을 추가로 공제하는 경정결정을 하였다(이에 따라 위와 같이 추가로 매입세액 1,009,000원에 의하여 매입세액 불공제의 범위가 44,091,000원으로 감축된 2006. 6. 8.자 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 1 내지 7, 을 제2 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

이 사건 세금계산서가 실제 공급일보다 먼저 작성되어 작성연월일과 실제 공급일이 일치하지 않으나 동일한 과세기간 내에 실제 거래사실이 확인되는 이상 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘법 시행령’이라고만 한다) 제60조 제2항 제2호의 그 세금계산서의 그 밖의 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당하여 이 사건 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당한다.

(2) 피고의 주장

실제 용역의 공급시기인 2006. 5. 3.(이 사건 건물의 실제 준공일)과 다른 일자인 2006. 3. 31. 작성된 이 사건 세금계산서의 경우, 2006. 3. 31.까지 지급한 공사대금에 한해서는 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제9조 제3항 및 법 시행령 제60조 제2항 제3호에 의해 적법한 세금계산서로 매입세액공제가 되는 것과는 달리, 2006. 3. 31. 이후에 지급한 공사대금에 대하여는 용역의 공급시기 이전에 미리 작성된 세금계산서로서 법 제17조 제2항 제1호의2에서 정한 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하여 매입세액공제의 대상이 되지 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

부가가치세법 제3조 (과세기간)

부가가치세법 제9조 (거래시기)

다. 인정사실

(1) 원고는 2006. 1. 6. ○○종합건설과 이 사건 공사에 대한 도급계약을 체결하였으나, 2006. 3. 2, ○○종합건설에 공사대금 20,000,000원을 지급하고 위 ○○종합건설로부터 세금계산서(공급가액 20,000,000원)를 교부받았으며, ○○종합건설은 같은 날 이 사건 공사를 포기하였다.

(2) 원고는 2006. 3. 2. ○○종합건설과 사이에, 이 사건 공사에 대하여 착공일은 2006. 3. 2., 준공예정일은 2006. 5. 10. 공사대금은 880,000,000원(부가가치세 포함) 및 기성부분에 해당하는 공사대금은 매월 1회 지급받기로 하는 이 사건 도급계약을 체결하였고, 2006. 4. 30. 이 사건 건물 중 내부 사무실 및 인테리어 공사가 취소됨에 따라 위 도급계약의 공사대금을 700,000,000원에 합의하였으며, 이 사건 건물에 대한 전체 공사기간은 2006. 1. 12.부터 같은 해 5. 30.이고, 실제 사용승인을 받은 날은 2006. 5. 3.이다.

(3) 원고는 ○○종합건설에게 공사대금으로, 2006. 3. 14. 10,000,000원, 같은 달 20. 20,000,000원, 같은 달 22. 40,000,000원, 같은 달 30. 50,000,000원, 같은 해 4. 5. 10,000,000원, 같은 달 11. 300,000,000원, 같은 달 17. 50,000,000원을 각 지급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1호증의 4, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 법 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 법 제9조에서 규정하는 시기에, 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일(이하, ‘필요적 기재사항’이라고 한다), 기타 대통령령이 정하는 사항(법 시행령 제53조 제1항에 의하면, 공급하는 자의 주소, 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소, 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목, 공급품목, 단가와 수량, 공급연월일, 거래의 종류가 이에 해당한다)을 기재한 계산서를 공급을 받을 자에게 교부하여야 한다고 정하고 있고, 법 제9조 제2항, 제3항은 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때를 용역이 공급되는 시기로 보되, 그 시기가 도래하기 전에 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서 등을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 용역의 공급시기로 본다고 정하고 있다.

(2) 한편, 법 제17조 제2항 제1의2호에 의하면, 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 매입세액을 공제할 수 없지만, 대통령령이 정하는 일정한 경우에는 예외로 한다고 정하고 있는데, 법 시행령 제60조 제2항 제2호, 제3호의 각 규정 내용에 의하면, 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 법 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우(제2호)와 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우(제3호)에는 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 정하고 있다.

(3) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 세금계산서는 아직 공급을 받지 않아 대금이 지급되지 않은 부분까지 공급가액에 포함하여 작성한 것이어서 법 제16조 제1항에서 정한 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액이 사실과 다르게 기재된 경우에 해당된다고 보아야 하고, 위와 같이 용역의 실제 공급시기 이전에 대가의 지급 없이 교부받은 이 사건 세금계산서로 매입세액을 공제받으려면 법 시행령 제60조 제2항 제2호나 3호의 사유가 있어야 하는데, 우선, 이 사건 세금계산서는 용역의 공급시기 이전에 교부받은 것이므로 위 제3호에 해당되지 아니함은 명백하다.

(4) 다른 한편, 이 사건 세금계산서가 법 시행령 제60조 제2항 제2호의 사유가 있는 경우에 해당하려면 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에 해당하여야 하는데, 위와 같이 이 사건 세금계산의 필요적 기재사항이 착오에 의하여 기재된 것이라는 점을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 앞서 든 각 증거에 의하면 원고는 공사대금의 지급 전에 환급을 미리 받으려고 아직 대금을 지급하지 않은 부분까지 공급가액에 포함하여 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실이 인정될 뿐이므로 특별한 사정이 없는 한 위 사유에도 해당되지 않는다.

(5) 이에 대하여 원고는, 재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 재화나 용역의 공급시기와 동일한 과세기간 내에 작성된 것인 이상 세금계산서로서의 상호검증기능과 부가가치세제의 법리를 해하지 않으면서도 사업자 간의 편의를 도모하게 하는 것이고, 이러한 사정은 그 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성되었는지 아니면 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성되었는지 여부에 따라 달라지는 것이 아니라고 할 것이므로, 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성된 세금계산서의 경우 법 시행령 제60조 제2항 제3호에 의하여 적법한 세금계산서로 취급되는 것과 마찬가지로, 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 세금계산서의 경우에도 거래사실이 확인되는 경우에는 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 규정된 바와 같이 적법한 세금계산서로 보아야 한다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행ㆍ교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것일 뿐만 아니라, 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으므로, 실제 공급시기와 시기를 달리하여 작성ㆍ교부된 세금계산서는 법 시행령 제54조에서 정한 사유가 있는 경우 외에는 원칙적으로 매입세액의 공제를 부인하여야 하나, 용역을 공급받고 대금을 지급하였음에도 매출자로부터 바로 세금계산서를 교부받지 못하는 경우가 빈번한 거래현실을 고려하여 법 시행령 제60조 제2항 제3호는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 당해 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 허용하고 있고, 이러한 경우 매입자는 법 제22조 제4항 제1호, 법 시행령 제70조의3 제4항에 의하여 수취지연에 따른 가산세를 부담하도록 정하고 있다.

반면에, 이 사건의 경우와 같이 공급시기 이전에 세금계산서를 교부받은 경우는 사실과 다른 세금계산서이면서도 위와 같이 매입세액을 공제할 근거 규정이 없고 매입자 보호의 필요성도 없을 뿐만 아니라, 공급시기 이전에 교부받은 세금계산서에 대하여도 동일한 과세기간 내에 공급과 대금지급이 이루어진 사실이 확인된다는 사정만으로 매입세액 공제를 허용한다면, 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받은 경우와 달리 매입자에게 대금을 지급하지도 않은 상태에서 미리 세액 환급을 받는 부당한 이익을 누리도록 보장하는 결과가 되는 점 등을 고려하면, 동일한 과세기간 내에 실제 거래사실이 확인되는 경우라고 하더라도 세금계산서 교부시기가 공급시기 이전인 경우와 그 이후인 경우를 동일하게 취급할 수는 없다고 보아야 하므로 위 주장은 이유 없다.

(6) 따라서, 이 사건 세금계산서 중 공급가액 410,000,000원 부분은 사실과 다르게 기재된 부부인어서 매입세액의 공제가 부인되어야 하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.