인천지방법원-2007-구합-5466 (2008.06.05)

주문

1. 피고가 2006. 6. 8. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 44,091,000원의 환급신청거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 3. 2. 000000 주식회사(이하󰡐000000󰡑이라 한다)와 사이에, 위 000000이 00시 00구 00동 000-0 외 2필지에 상에 2층 공장(이하󰡐이 사건 건물󰡑이라 한다)을 2006. 5. 10.까지 신축(이하󰡐이 사건 공사󰡑라고 한다)하는 도급계약(이하󰡐이 사건 도급계약󰡑이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 000000 주식회사(이하󰡐000000󰡑이라 한다)로부터 2006. 3. 2. 작성된 세금계산서(공급가액 20,000,000원)와 위 000000로부터 2006. 3. 31. 작성된 세금계산서(공급가액 530,000,000원, 이하 󰡐이 사건 세금계산서󰡑라고 한다)를 각 교부받아, 2006. 4. 25. 피고에게 제1기분 부가가치세 예정신고를 하고, 위 세금계산서 공급가액 합계 550,000,000원에 대한 부가가치세 55,000,000원의 환급신청을 하였다.

다. 피고는 2006. 6. 8. 원고의 위 환급신청에 대하여, 이 사건 세금계산서의 공급가액 530,000,000원 중 451,000,000원에 대하여는 거래대금을 결제하지 아니하고 공급시기 전에 발행한 세금계산서로 이는 사실과 다른 세금계산서(선발행 세금계산서)에 해당하므로, 원고가 신고한 환급세액 55,000,000원 중 45,100,000원에 대하여는 매입세액을 불공제하고 나머지 9,900,000원에 대하여만 매입세액을 공제하여 환급하기로 하는 결정을 하였다.

라. 원고는 2006. 6. 12. 위 결정을 통지받은 후 이에 불복하여 같은 달 28. 이의신청을 하였고, 이에 대하여 피고는 2006. 9. 1. 제조사하여 환급현지확인 등을 한 후 경정결정하기로 하였으며, 그 결과 2006. 12. 14. 원고에 대하여, 원고가 000000로부터 수취한 세금계산서(공급가액 20,000,000원)에 대하여는 공사도급계약서, 공사포기각서, 및 입금표 등으로 보아 실제 거래한 것으로 판단되어 매입세액 공제결정을 하였고, 000000로부터 2006. 3. 31. 수취한 이 사건 세금계산서(공급가액 530,000,000원) 중 120,000,000원을 제외한 410,000,000원은 실제 공급시기인 사용승인일 2006. 5. 3.에 교부받아야 하므로 이 부분은 미리 발행된 세금계산서에 해당하고 위 사용승인일에 세금계산서를 교부받지 않았다는 이유로 매입세액 불공제결정을 하였다.

마. 원고는 위 이의신청을 거친 후 2007. 3. 12. 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2007. 8. 3. 이 사건 세금계산서의 발행인인 2006. 3. 31.까지 공사대금으로 지급한 사실이 확인되는 120,000,000원(공급가액 109,090,900원, 매입세액 10,909,090원)에 대하여는 정당한 세금계산서로 보고 공제되어야 할 매입세액은 10,909,000원이므로 추가로 1,009,000원(=매입세액 10,909,000원-원처분 당시 공제 매입세액 9,900,000원)을 공제하여야 한다고 결정하였으며, 이에 피고는 위 심판결정에 따라 매입세액 1,009,000원을 추가로 공제하는 경정결정을 하였다(이에 따라 위와 같이 추가된 매입세액 1,009,000원에 의하여 매입세액 불공제의 범위가 44,091,000원으로 감축된 2006. 6. 8.자 처분을 󰡐이 사건 처분󰡑이라 한다).

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고의 주장

실제 용역의 공급시기인 2006. 5. 3.(이 사건 건물의 실제 준공일)과 다른 일자인 2006. 3. 31. 작성된 이 사건 세금계산서의 경우, 2006. 3. 31.까지 지급한 공사대금에 한해서는 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법제8142호로 개정되기 전의 것, 이하󰡐부가가치세법󰡑이라고만 한다) 제9조 제3항 후단 및 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호에 의해 적법한 세금계산서로 매입세액공제가 되는 것과는 달리, 2006. 3. 31. 이후에 지급한 공사대금에 대하여는 용역의 공급시기 이전에 미리 작성된 세금계산서로서 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2의 세금계산서의 필요적 기재사항과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제의 대상이 되지 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 원고의 주장

이 사건 세금계산서가 실제 공급일보다 먼저 작성되어 작성연월일과 실제 공급일이 일치하지 않으나 동일한 과세기간 내에 실제 거래사실이 확인되는 이상 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호의 그 세금계산서의 그 밖의 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당하여 이 사건 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2006. 1. 6. 000000과 이 사건 공사에 대한 도급계약을 체결하였으나, 2006. 3. 2. 000000에 공사대금 20,000,000원을 지급하고 위 000000로부터 세금계산서(공급가액 20,000,000원)를 교부받았으며, 000000은 같은 날 이 사건 공사를 포기하였다.

(2) 원고는 2006. 3. 2. 000000과 사이에 이 사건 공사에 대하여 착공일은 2006. 3. 2. 준공예정일은 2006. 5. 10. 공사대금은 880,000,000원(부가가치세 포함) 및 기성부분에 해당하는 공사대금은 매월 1회 지급받기로 하는 이 사건 도급계약을 체결하였고, 2006. 4. 30. 이 사건 건물 중 내부 사무실 및 인테리어 공사가 취소됨에 따라 위 도급계약의 공사대금을 700,000,000원에 합의하였으며, 이 사건 건물에 대한 전체 공사기간은 2006. 1. 12.부터 같은 해 5. 30.이고, 실제 사용승인을 받은 날은 2006. 5. 3.이다.

(3) 원고는 000000에게 공사대금으로, 2006. 3. 14. 10,000,000원, 같은 달 20. 20,000,000원, 같은 달 22. 40,000,000원, 같은 달 30. 50,000,000원, 같은 해 4. 5. 10,000,000원, 같은 달 11. 300,000,000원, 같은 달 17. 50,000,000원을 지급하는 등 2006. 6. 30.까지 약정된 공사대금 전액을 지급하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1호증의 4, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 부가가치세의 과세처분은 일정한 기간으로 구획된 과세단위에 대하여 행하여지기 때문에 재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 재화나 용역의 공급시기와 동일한 과세기간 내에 작성된 것인 이상 세금계산서로서의 상호검증기능과 부가가치세제의 법리를 해하지 않으면서도 사업자간의 편의를 도모하게 하는 것이고, 이러한 사정은 그 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성되었는지 아니면 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성되었는지 여부에 따라 달라지는 것이 아니라고 할 것이므로, 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성된 세금계산서의 경우 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호에 의하여 적법한 세금계산서로 취급되는 것과 마찬가지로, 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 세금계산서의 경우에도 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호에 규정된 바와 같이「세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우」에는 적법한 세금계산서로 취급함이 상당하고, 이는 공급시기의 의제규정에 불과한 부가가치세법 제9조 제3항과는 별개의 문제라고 할 것이다.

(2) 이 사건에 돌이켜 보건대, 원고와 000000 사이에 이 사건 세금계산서의 기재와 같은 용역의 공급이 실제로 이루어졌을 뿐 아니라, 이 사건 세금계산서가 용역의 공급시기와 동일한 과세기간 내에 작성되었음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 세금계산서 역시 적법한 세금계산서로 취급함이 상당하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

■ 부가가치세법 (2006. 12. 30. 법제8142호로 개정되기 전의 것)

제3조 (과세기간)

① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음과 같다.

제1기 : 1월 1일부터 6월 30일까지

제2기 : 7월 1일부터 12월 31일까지

제9조 (거래시기)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제16조(세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 ˝세금계산서˝라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ˝납부세액˝이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ˝매출세액˝이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ˝매입세액˝이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ˝환급세액˝이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ˝필요적 기재사항˝이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

■ 부가가치세법시행령

제22조(용역의 공급시기)

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제60조(매입세액의 범위)

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우. 끝.