서울행정법원-2007-구합-47138 (2009.11.06)

주 문

1.피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 5,450,731,770원의 부과처분 중 376,197,470원을 초과하는 부분과 2003 사업연도 법인세 157,069,480 원의 부과처분을 각 취소한다.

2.원고의 나머지 청구를 기각한다.

3.소송비용 중 1/20은 원고가, 그 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 5,450,731,770원과 2003 사업연도 법인세 157,069,480원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

원고는 2000. 7. 21. 한국산업은행과 버뮤다국 소재 □□□□ 먼트리미티드(이하 ‘ML-KDB’라 한다)가 각 50%씩 출자 하여 버뮤다국에 설립한 ◇◇◇◇의 내국법인이다.

나. 원고의 부실채권 등의 양수 및 채권형 유동화증권 발행

1) 원고는 2000. 7. 21. 한국산업은행으로부터 액면 9,036억 원 상당의 일반채권 등 을 약 3,406억 원에 매수하여, 같은 날 위 채권 등을 기초자산으로 하여 약 2,921억 원의 미화 상당액의 7년 만기, 연리 18%의 조건의 채권형 유동화증권(ABS)을 발행하였다.

2) 한국산업은행과 ML-KDB는 채권형 유동화증권을 각 50%씩 인수하였고, 한국산 업은행은 2001. 5. 30. 아일랜드법인인 ★★인터네셔날○○리미티드(★★★ International Finance Limited., 이하 ’★★IF'라 한다)에 위 채권형 유동화증권을 매도하였다.

다. 원고의 ★★IF에 대한 이자 지급내역

원고는 ★★IF에 대하여 위 채권형 유동화증권에 대한 이자로 아래와 같은 금액을 지급 하였다.

라. 원고의 □□채권 거래

1) 원고는 2000. 7. 21. 한국산업은행으로부터 주식회사 □□에 대한 액면 155억 원 상당의 부실채권(이하 ‘□□채권’이라 한다)을 약 26억 원에 매수하였다가 2001. 3. 8. 주식회사 ☆☆21 기업구조조정전문회사(이하 ‘☆☆’이라 한다)에 47억 원에 매도하면서 ☆☆으로부터 계약 당일 계약금으로 4억 7,000만 원을 지급받고, 나머지 잔금 42억 3,000만 원은 2001. 3. 29. 지급받기로 약정하고, 같은 날 ☆☆으로부터 계약금을 지급 받았다.

2) 그 후 ☆☆이 2002년 중반에 ★★IF로부터 매수한 부실채권의 이자와 관련하여 법인세 원천징수세 942,859,000원을 추정당하게 되자, 원고는 2002. 12. 31. ☆☆으로 부터 잔금 42억 3,000만 원을 지급받은 다음, 그 즉시 ☆☆에 대하여 원천징수세액 942,859,000원을 되돌려 주었다.

마. ○○지방국세청의 세무조사

1) ○○지방국세청은 2003.2. 4.부터 2003. 6. 13 까지 원고의 2000. 7. 7.부터 2002 12. 31까지의 사업연도에 대하여 법인세 일반조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 실시 한 다음, 수익적 소유자 판정에 따른 이자소득 원천정수 누락분을 추정하였다.

2) 또한, ○○지방국세청은 2005. 7. 7.부터 2005. 10. 31.까지 원고의 2002. 1. 1.부 터 2004. 12. 31.까지의 사업연도에 대하여 법인제세 통합조사(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다)를 실시하였다.

3) ○○지방국세청장은, (1) 2000년에 부실채권 및 리스채권을 기초자산으로 유동화를 실시한 국내의 유동화전문회사중 채권형 유동화증권을 선 ․ 후순위 모두 특수관계가 없는 자에게 공모발행 방식으로 발행한 14개 업체의 채권형 유동화증권 발행 이자율을 비교거래(이하 ‘이 사건 비교거래’라 한다)로 선정하고, 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제5조 제1항 및 같은 법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628 호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호 나목에 의하여 ① 발행시기,② 발행형식(사모와 공모), ③ 발행통화,․ 자산가치 대비 대출비용(LTV), ④ 만기,⑤신용보강 여부 등에 대하여 원고의 채권형 유동화증권 발행 이자율과의 차이를 합리적으로 조정하여, 그 결과 중위값인 13.31%를 정상이자율로 산정한 다음, 원고가 국외특수관계자인 ★★IF에 지급한 채권형 유동화증권에 대한 이자율이 국제조세법 제5조에서 정한 정상이자율보다 높다고 보아, 위 13.31%를 초과하는 부분인 아래 표 기재와 같은 금액을 각 손금불산입하고, (2) 원고가 □□채권의 대금에 관하여 반환한 원천징수세액 상당의 942,859,000원 은 법인세법 시행령 제35조 제1호에 정한 비지정기부금에 해당한다고 보아 이를 손금불산입하여, 2005. 10. 14. 피고에 대하여, 원고의 2002, 2003 사업연도의 법인세가 합계 56억 원 상당에 해당한다는 내용의 세무조사결과를 통보하였다.

바. 피고의 법인세 부과처분

피고는 ○○지방국세청장으로부터 위와 같은 세무조사결과를 통보받고, 2002 사업연 도 법인세 5,450,731,770원과 2003 사업연도 법인세 157,069,480원의 각 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

사. 전심 절차

원고는 2006. 1. 13. 국세심판원에 대하여 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007.

9.21. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 1 내지 4,6 내지 13호증, 을 1, 2호증(이상 가지번호 포함), 변론 전

체의 취지.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

1) 중복 세무조사금지의 원칙 관련

이 사건 각 처분 중 2002 사업연도에 대한 부분은 제1차세무조사와 같은 세목 및 과 세기간에 대하여 한 중복 세무조사인 제2차 세무조사를 바탕으로 한 것으로 위법하다.

2) 정상이자율 산정 부분

가) 원고의 국내법인인 한국산업은행에 대한 채권형 유동화증권 발행은 국내법인 간의 거래이고, 한국산업은행의 ★★IF에 대한 채권형 유동화증권 양도는 국외특수관계가 없는 자 간의 거래이므로, 이 사건 거래에 대하여는 국제조세법이 적용되지 않는다.

나) 구 국제조세법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제5조는 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 과세조정을 하는 경우 국제거래를 비교거래 로 하도록 규정하고 있으므로, 국내거래인 이 사건 비교거래는 정상가격 산정의 기준이 되는 비교거래가 될 수 없다.

다) 설령 이 사건 비교거래가 위 법령에 정한 비교거래가 될 수 있다고 하더라도, 이 사건 비교거래는 원고의 채권형 유동화증권과는 거래영역, 기초자산, 발행방식, 만기, 보증 여부, 발행통화, 발행시기, 선 ․ 후순위 구조 등에서 현저한 차이를 보이므로, 비록 일부 그 차이의 조정이 이루어졌다고 하더라도 정상가격을 산출하기 위한 비교거래로 삼을 수 없고, 그 차이의 조정도 합리적이지 못하다.

3) □□채권의 감액 부분

원고는 ☆☆과 사이에 □□채권의 대금을 정당하게 감액하였으므로, 이는 업무관련성이 인정되므로, 비지정기부금에 해당하지 않는다.

나. 인정 사실

1) ★★★ Fund II, mms.), L.P.(이하 구별 없이 '★★F’라 한다)는 각 미국 델라 웨어주법에 따라 설립된 리미티드 파트너쉽(Limited Partnership)이고, ★★IF는 아일랜드 법률에 의하여 설립된 외국법인이다. 원고, ★★IF, ML-KDB 등은 ★★ 펀드에 의하여 설립되어 ★★ 펀드가 지배력을 갖는 법인들이고, ★★ 펀드는 국내 부실채권의 투자와 관련하여 ★★★ Advisors Korea, LLC(이하 ‘▷▷K’라 한다)와 ■■ Korea, Inc.(이하 '□□'라 한다)를 설립 ․ 운영하였는데, ▷▷K는 ★★ 펀드가 한국에 투자하는 부실채권의 물색 및 투자결정을 주된 사업으로 수행하였고, □□는 ★★ 펀드가 설립한 유동화전문회사의 자산관리 및 수탁업무를 주된 사업으로 수행하였다.

2) ○○지방국세청장은 원고를 포함한 ▷▷K, □□ 등 ★★ 펀드와 관련된 2M 회사에 대한 제1차 세무조사를 통보하면서 조사대상 회사들에게, 모회사 및 국내외 관계 회사의 조직도, 출자흐름도, 재무제표 및 감사보고서, 세무조정계산서 및 결산서, 국외특수관계자와의 거래시 적용한 이전가격 관련 서류(정상가격 산출근거 포함), 자산평가 관련서류, 자산취득 및 매각계약서, 금융감독기관에 제출한 서류(유동화계획등록신청서 ․ 자산양도등록신청서 및 각 관련 서류), 채권형 유동화증권별 발행흐름도 및 발행내역, 자산관리 위탁계약 관련 서류, 원리금 및 배당금 지급 관련 서류, 발행비용 및 액면이자율 산출 근거서류 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 제1차 세무조사 중에는 ★★IP의 장기부채(Loan payable) 관련 대부자(채권자) 명단과 각각의 이자지급 내역(관계회사 및 제 3자 포함), ★★IF의 Operating Income 산출과정을 알 수 있는 구체적언 설명자료(예컨대 자금투자시 수취이자율과 투자금액 명세, 자금차입시 지급이자율과 차입금액 명세) 등의 제출을 요구하였다 원고는 위 서류들을 모두 제출하였고, 이전가격 측면에서 채권형 유동화증권의 이자율이 적정하다는 취지의 구체적인 의견서를 제출하기도 하였다.

3) ○○지방국세청장은 2003. 10. 22.경 원고에게 각 세무조사결과를 통지하였는데, 그 주된 내용은 수익적 소유자 판정에 따른 이자소득 원천징수 누락분을 추정하여 2000사업연도의 법인세(이자소득세)로 881,319,000원 상당의 세액을 예상고지하는 것으로서, 채권형 유동화증권에 대한 각 이자율이 정상가격에 해당되지 않는다는 취지는 기재되어 있지 않았다.

4) ○○지방국세청은 2005. 4. 12. ★★ 펀드 계열 국내 회사들이 위치한 ○○ ○○구 ○○동 737 ○○○○센터 30층에 세무조사공무원들을 보내 ★★ 펀드가 국내 투자를 위하여 설립한 법인들에 대한 대대적인 특별세무조사에 착수하였다 당시 세무조사 대상으로 정식 통보된 법인은 ▷▷K. □□. ▽▽유동화전문 유한회사, ◁◁ 유동화전문 유한회사, △△, 스타프로퍼티매지지먼트 주식회사 등 6개의 유동화전문회사였으나, 실제로는 원고를 포함한 ★★ 펀드 계열의 국내 유동화전문회사들과 관련된 전반적인 장부 및 서류 일체를 제출받거나 영치하였다.

5) 그 후 ○○지방국세청장은 2005. 6. 30. 원고에게도 공식적으로, 각 조사대상세목 ‘법인제세 통합조사’, 조사대상기간 ’2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지’, 조사기간 ’2005. 7.7.부터 2005. 8. 25 까지’(이후 2005. 10. 31.까지로 연장됨)로 정한 세무조사를 사전통지하면서 법인세 신고서 및 회계장부, 유동화자산 인수관련 증빙서류, 유동화계획 등록신청서류, 채권형 유동화증권 발행 관련서류 및 제증빙, 유동화자산 회수 및 양도관련 서류 (각 채권별 회수내역 포함) 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 2005. 7. 7.부터 2005 10. 31.까지 원고의 2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31까지 사이의 각 사업연도에 대하여 법인 제세 범칙조사를 하였다.

6) ○○지방국세청 소속 세무조사공무원은 2005.8.30 하나은행의 대출담당자였던 AA석 팀장을 방문조사하였는데, AA석은 ‘★★ 펀드가 설립한 국내 유동화전문회사 의 대출과 관련된 문제를 □□의 회계팀 김BB 이사와 논의해 오던 중 ★★IF에게 자금을 대출하였고, 당시 ★★IF와 직접 대출조건을 논의하거나 ★★IF의 신용도를 고려한 적이 없으며, 국내 유동화전문회사가 보유한 부실채권의 회수가능성을 개별적으로 확인하여 대출가능 여부를 검토하였다’는 취지로 진술하였다,

7) 한편, 제2차 세무조사 과정에서 □□가 제출한 자료 중에는 □□의 경리팀장 CC문이 2002. 11. 25. 자금관리담당 강DD 등 2명에게 보낸 ‘유동화전문회사의 구체적인 주식 담보제공상황, 그 담보가 알려진 범위, 지급이 완료된 차입금이 있다면 최초 차입약정서를 고쳐서 주식담보가 없었던 것으로 처리할 수 있는지에 관하여 알려주기 바란다’ 는 내용의 이메일과, ‘스타 타워를 제외한 나머지의 경우 전체 국내자금 차입시 주식이 담보로 제공되어 있고 유동화전문회사의 경우에는 유동화계획에 등록되어 있는 것으로 알고 있음’이라는 내용의 강DD의 위 이메일에 대한 답장 이메일의 내용이 포함되어 있다.

8) 피고가 앞서 본 바와 같이 2005. 10. 14. 원고에게 이 사건 각 부과처분을 함에 있어, 비교가능 제3자 가격방법을 선택하여 정상이자율을 산정한 구체적인 내역은 아래 와 같다.

가) 이 사건 비교거래의 선정

원고와 같이 2000 및 2001 사업연도에 부실채권 및 라스채권 등을 기초자산으로 유동 화를 실시한 국내 유동화전문회사의 채권형 유동화증권 발행내역은 아래 표 기재와 같은데, 그 중 ① 피고는 원고와 같은 방식으로 사모발행한 경우는 모두 특수관계자 간의 거래에 해당되어 이를 비교대상으로 선정하지 않았고,② 원고가 채권형 유동화증권을 발행한 2000년에, 특수관계가 없는 자에게 선 ․ 후순위 모두 공모발행 방식으로 채권형 유동화증권을 발행한 업체는 모두 14개 업체였으며, 이에 따라 피고는 위 14개 업체의 채권형 유동화증권 이자율을 이 사건 비교거래로 선정하였다.

나) 정상이자율 산출을 위한 조정

(1) 발행사기의 차이

피고는, 원고가 채권형 유동화증권을 발행한 2000년의 시장금리인 LIBOR(London Inter-Bank Offered Rate, 런던 은행간 거래 금리)의 변동폭이 크지 않고 안정적이었으므로, 발행시기 면에서는 큰 차이가 없을 것이라 판단하여, 발행시기에 따른 차이조정은 하지 않았다

(2) 발행형식(공모와 사모)의 차이

피고는, 사모발행이 공모발행에 비해 대상투자자가 제한적이고, 재판매시장이 존재하 지 않으며, 발행자의 경영상태 등에서 취약한 면이 있으므로, 공모발행의 경우보다 인수에 따른 위험부담이 인수자에게 상대적으로 더 많아 공모발행에 비하여 이자율이 다소 높게 형성된다는 전제하에서, 원고가 채권형 유동화증권을 발행한 시점을 기준으로 한국 증권업협회가 인터넷 홈페이지(www.ksda.or.kr)에 고시한 3년 만기 AAA 등급 일반 회사채의 공모발행 수익률과 사모발행 수익률의 차이(1-1.5%)를 계산하여 이 사건 비교거래의 이자율에 가산하여 그 차이를 조정하였다.

(3) 발행통화 간의 차이

피고는, 원고가 기초자산으로부터 원화로 현금을 회수하여 채권형 유동화증권에 대한 원리금을 외화(USD)로 지급하는 반면, 이 사건 비교거래의 경우 원화로 현금을 회수하여 원리금을 원화로 지급하므로, 원고가 더 환위험에 노출되고, 이러한 환위험을 회피하기 위한 헤지거래를 할 것을 전제로 하여, 이때 발생하게 될 추가적 비용(=이 사건 비교거래 의 만기별 통화스왕거래가격과 국고채 만기수익률과의 차이를 평균한 것)을 이 사건 비교거래의 이자율에 산정 ․ 가산함으로써 그 차이를 조정하였다

(4) LTV(Loan to Value)의 차이

피고는,㉮ 자산가치 대비 대출비율[LTV, 여기에서는 기초자산에 대한 채권형 유동화 증권 발행비율을 의미함]이 높을수록 채권자가 부담하는 내재적인 위험이 더 커지고 채무불이행의 위험이 커지게 되어 이자율이 높게 형성되고,㉯ 원고는 유동화자산 취득가액의 약 85% 정도를 선순위 또는 후순위의 구별 없이 단일순위로 채권형 유동화증권을 발행하여 자금을 조달하였으나, 이 사건 비교거래의 경우에는 선순위 및 후순위로 구별하여 채권형 유동화증권을 발행하였는데, 그 중 선순위의 채권형 유동화중권 발행을 통한 자금조달이 40-80%로 다양하여 직접 비교하기는 곤란하며, ㉰ 원고가 경제적 합리성을 가지고 의사결정을 한다면, LTV에 따라 이자율이 변화한다고 하더라도, 총 채권형 유동화증권 발행금액(조탈금액) 대비 지불해야 할 이자비용이 일정할 것이라는 전제하에서, 선 ․ 후순위 발행비용을 불문하고 채권형 유동화증권 발행으로 수취한 자금을 사용함에 따라 연간 지불해야 하는 비용인 이자의 총금액이 채권형 유동화증권 발행금액 총액에서 차지하는 비용(즉, 가중평균이자율)을 산정하여, 이로써 원고의 채권형 유동화증권 발행과 이 사건 비교거래 사이의 LTV 차이에 따른 이자율의 차이를 조정하였다.

(5) 만기의 차이

피고는, 채권의 만기가 길수록 위험에 노출되는 기간이 길어져 부담하는 이자율이 높 아지므로, 원고가 발행한 채권형 유동화증권과 이 사건 비교거래의 만기를 비교하여 차이가 있는 경우 이를 합리적으로 조정하는 것이 타당하다는 전제하에서, 원고가 발행한 채권형 유동화증권은 약정상 만기가 7년으로 되어 있으나, 세무조사시 제출받은 예상현금흐름 자료 등을 분석한 결과를 토대로 실제 5년을 넘지 않은 것으로 보아 5년 만기를 기준으로 하고, 이 사건 비교거래의 채권형 유동화증권은 만기가 6개월부터 10년까지 다양하므로, 한국증권업협회가 고시하고 있는 발행일자별 무보증회사채(AAA 등급)의 만기에 따른 채권수익률 차이(0.4-1.6%) 만큼을 이 사건 비교거래의 이자율에 가산하여 조정을 하였다.

(6) 신용보장 여부의 차이

피고는, 원고가 사모발행방식으로 발행하여 외부적 신용보강[신용보강기관의 신용제공 을 통하여 채권형 유동화증권 투자자들의 손실위험에 대비하기 위한 조치를 의미함]이 없는 반면, 이 사건 비교거래는 공모방식으로 발행하여 대부분 추가적 수수료 비용을 지불하고 외부적 신용보강을 하였다는 전제하에서, 이 사건 비교거래가 외부신용보강을 위해 업무수탁자에게 추가로 부담하는 수수료 비용(신용공여 수수료는 신용공여자에 따라 다양하지만, 이자율로 환산시 평균 0.01-0.2%에 해당함)을 추가 이자비용으로 보아 이 사건 비교거래의 이자율에 가산하여 조정을 하였다.

다) 정상이자율의 산정

(1) 정상가격 범위 및 정상이자율 산출

피고는 이전가격 과세조정 여부의 판정기준으로 아래 표 기재와 같이 사분위법을 사용 하였고, 원고의 채권형 유동화증권의 이자율에 대한 정상이자율로 중위값인 13.31%를 산정하여 과세조정을 하였다.

(2) 외국계 투자회사가 사모발행한 채권형 유동화증권의 이자율 검토

피고는, 2000년부터 2001년 사이에 외국계 투자회사인 Goldman Sachs, Deutsche Bank, Lehman Brothers, Lend Lease, GE Capital 퉁이 국내에서 부실채권 등을 기초로 자산유동화를 할 때, 원고와 같은 방식으로 사모로 발행한 채권형 유동화증권 이자율은 특수관계자 간에 형성된 것으로 직접 비교거래로 사용할 수는 없지만, 피고가 산출한 정상이자율 13.31%의 적정성 여부를 판단하기 위해, 위와 같은 2000년에 발행한 6개 업체와 2001년에 발행한 117ij 업체의 발행이자율을 가중평균하여 중위값을 검토하였는데, 그 결과 2000년은 13.10%(11.94%-14.16%), 2001년은 10.89%(10.74%-11.32%)로서 피고가 산정한 정상이자율과 비슷한 범위 내에 있었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 6 내지 16, 20, 21, 22, 24 내지 26호증, 을 3 내지 8, 10호증(이상 가지번호 포함), 변론 전체의 취지.

다. 판단

1) 제2차 세무조사가 중복 세무조사금지의 원칙에 위배되는지 여부

가) 중복 세무조사 해당 여부

① 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사 권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류 ․ 장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고{법인세법 제122조, 소득세법 제170조, 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호 등 참조}, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3, 구 국세기본법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복 세무조사금지의 원칙의 입법취지는, 반복적인 세무조사를 허용할 경우 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청이 자의적으로 세무조사를 하게 될 위험이 있어, 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지하고자 함에 있다.

따라서 관련 규정들을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의3 제2항 및 구 국세기본 법 시행령 제63조의2 각호에 규정된 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 중복 세무 조사는 허용되지 않고, 세무조사착수 후에도 중복 세무조사 사실이 확인되는 경우에는 과세관청은 즉시 조사철회 및 조사반 철수 등 필요한 조치를 취하여야 하며(조사사무처리 규정 제13조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부 조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 봄이 상당하다.(조사사무처리규정 제13조 제3항) 다만, 자료상 혐의 자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실 여부 확인, 민원처리 등을 위한 현지출장 ․ 확인이나 탈세제보자료, 과세 자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등의 현지확인은 중복 세무조사금지의원칙에 따라 금지되어야 하는 조사에 해당되지는 않는다(조사사무처리규정 제13조 제1항 단서, 제2조 제2호).

② 이 사건에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 ㉮ ○○지방국세청장은 2003. 2. 4.부터 2003. 6. 13.까지 약 4개월 동안 제1차 세무조사를 하면서 원고를 비롯한 ★★ 펀드와 관련된 회사 전체에 대한 전반적인 자료를 요구하여 이를 모두 제출받고, 특히 ★★IF에 대 하여는 원고가 발행한 채권형 유동화증권에 대한 투자금 등 투자금액명세서 및 수취이자율, 차입금액명세서 및 지급이자율에 대한 자료를 제출받아 채권형 유동화증권의 이자율이 이전가격 측면에서 적정한지 여부에 대하여 심도있게 조사한 것으로 보이는 점, ㉯ 또한 ○○지방국세청장은 2005. 4. 12. ★★ 펀드 계열의 법인들에 대한 대대적인 특별세무조사에 착수하면서 원고를 제외한 몇몇 유동화전문회사 등을 세무조사 대상법인으로 정하여 통보하였으나, 실제로는 위와 같이 조사대상으로 통보한 법인뿐만 아니라 원고를 포함한 ★★ 펀드 계열의 다른 국내 유동화전문회사들과 관련된 장부 및 서류 일체를 제출받아 조사하였고, 그 제출된 자료에는 유동화전문회사들의 채권형 유동화증권의 이자율에 관련된 자료도 포함되었던 것으로 보이는 점,㉰ 제2차 세무조사 당시 세무공무 원들은 원고에 대하여 제1차 세무조사 대상기간인 2000. 7. 7.부터 2002. 12. 31.까지의 사업연도에 대한 조사에서 이미 보관하고 있던 자료를 검토하거나 단순한 사실확인 등 현지확인을 하는 것에 그치지 아니하고, 제1차 세무조사 대상기간에 대하여도 ‘범칙조사’ 란 명목으로 추가로 자료를 제출받아 조사하였던 점 등에 비추어 보면, ○○지방국세청장이 제1차 세무조사와 제2차 세무조사에 착수하게 된 동기 내지는 계기가 다르다고 하더라도, 그 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 2002 사업연도에 대한 제2차 세무조사는 중복 세무조사에 해당한다고 할 것이다.

나) 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 정한 예외적인 허용사유 해당 여부

(1)‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’인지 여부

위 조항에서 말하는 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’라 함은, 이것이 중복하여 세무조사를 할 수 있도록 하는 예외적인 허용사유라서 엄격하게 해석하여야 할 것인 점, 만약 위 조항에서 정한 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’를 ‘같은 사안에 대하여 같은 잘못이 매 사업연도에 반복하여 발생하는 경우’에도 포함된다고 해석한다면, 한 사업연도에 대한 세무조정이 필연적으로 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치지 않음에도 중복하여 세무조사를 허용하게 되어, 과세관청에 의한 자의적인 남용을 방지하고 법적 안정성을 도모하고자 하는 중복 세무조사금지의 원칙이 유명무실하게 될 우려가 있는 점 등을 종합하면,2이상의 사업연도와 관련하여 발생한 잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 필연적으로 다른 사업 연도에 대한 세무조정에 영향을 미쳐 다른 사업연도의 세무조정을 위하여 불가피하게 중복 세무조사가 허용되는 경우를 의미한다고 제한적으로 해석하는 것이 타당하다.

따라서 ○○지방국세청장이 원고에 대하여 각 조사대상기간인 ‘2002. 1. 1.부터 2004.

12. 31.까지에 대한 제2차 세무조사를 하면서 이자율 과다약정 등으로 이자율 산정에 잘못이 있다는 점을 발견하였다고 하더라도, 위와 같은 이자율 산정에 대한 잘못으로 인한 세무조정이 사업연도별로 분리될 수 있는 이상, 제1차 세무조사의 대상기간인 2002 사업 연도 기간에 대하여 중복하여 세무조사를 할 수는 없는 것이므로, 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에 해당하지 않는다.

(2) ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’인지 여부

위 조항에서 말하는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함 은, 중복된 세무조사를 정당화시킬 정도의 조세탈루에 관한 명백한 자료가 중복된 세무조사의 실시 전에 이미 존재하고 있는 경우를 말한다.

이 사건에서, 아래와 같은 사정 등에 비추어 보면, 을 3호증의 1, 2의 각 기재만으로는 제2차 세무조사가 ’조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로, 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에도 해당하지 않는다.

① 피고가 주장하는 CC문과 강DD 사이의 이메일 교환 내용(을 3호증의 1)은 그 내용상 ★★ 펀드가 과소자본을 이용한 조세회피행위를 한 것으로 추정하게 할 만한 부분이 있다고는 할 것이나, 위와 같은 이메일 교환 내용은 조세회피를 하려는 시도에 그치고 이로 인하여 명백하게 조세탈루가 이루어졌다는 자료가 확보된 것은 아니라고 할 것이다.

② 또한, 피고가 주장하는 AA석과의 문답서(을 3호증의 2)는 하나은행의 입장에서 ★★rF에게 자금을 대여하게 된 경위 및 과정, 이자율 등 대여조건에 관한 것에 불과하다.

③ 피고는 위와 같은 자료를 확보하여 제2차 세무조사를 시작한 것이 아니라, 제2차 세무조사를 실행하는 과정에서 위와 같은 자료를 확보하였다.

다) 중복 세무조사금지의 원칙에 위배된 세무조사에 근거한 부과처분의 적법 여부

중복 세무조사금지의 원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시의 침해를 방지하고 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복 세무조사금지의 원칙에 위배된 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다(대법원 2006. 6. 2 선고 2004두12070 판결 등 참조)

라)소결론

따라서 이 사건 각 처분 중 2002 사업연도 법인세 부과처분 중 원고가 정상이자율인 13.31%를 초과하여 ★★rF에 이자를 지급하였다고 보아 2002 사업연도 3.625.637.692원을 손금불산입하여 계산한 부분은 위법하다.

2) 정상이자율 산정의 적법 여부에 관한 판단

가) 국제조세법의 적용 여부

국제조세법 제4조 제l항은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자 의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있는데, 법 제2조 제l항 제1호는 ‘국제거래’를 ‘거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매․임대차, 용역의 제공, 금전의 대부․차용 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래’를 말한다고 규정하고 있다.

이 사건에서, 비록 원고가 채권형 유동화증권을 발행한 것은 ★★IF가 아니라, 국내법인 인 한국산업은행이라 할 것이지만, 위 국제조세법에서 정한 ‘국제거래’는 그 문언상 직접적인 계약관계를 의미하는 ‘계약’이 아닌 좀 더 포괄적인 법률관계를 포함하는 ‘거래’로 규정한 점, 위 법 제2조 제1항 제1호의 정의상 ’기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래’도 포함하고 있는 점, 국제거래는 일반적으로 국내계약과 달리 여러 단계의 계약 관계가 하나의 경제적 이해관계를 해결하기 위하여 형성되어 일률적으로 그 계약 또는 거래 내용을 확정할 수 없어 직접 계약관계를 형성한 당사자 사이의 거래만을 법 적용 대상으로 한다면 특수관계 및 법인격을 이용한 다단계 및 우회 거래를 통하여 국가간의 조세회피를 방지하고자 하는 국제조세법의 입법취지가 몰각될 수 있는 점, 원고와 한국산업은행과의 관계, 원고와 ★★IF와의 관계 및 이자 지급 내역 등을 종합하면, 원고가 ★★IF에 대하여 채권형 유동화증권의 채권자와 채무자의 관계에서 이자를 지급한 거래는 국제조세법이 적용되는 거래에 해당한다고 할 것이다.

나) 이 사건 비교거래 선정의 적법성 여부

(1) 정상가격(정상이자율) 산출방법 및 선택기준

(가) 산출방법

‘정상가격’이라 함은 거주자 ․ 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자 와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하는데{국제조세법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제l항 제10호). 국제조세법 제5조 제1항은 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 ‘가장 합리적인 방법’에 의하여 계산한 가격으로 하되, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다고 규정하면서, 제1호에서 비교가능 제3자 가격방법을, 제2호에서 재판매가격방법을, 제3호에서 원가가산방법을, 제4호에서 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법을 열거하고 있고, 같은 법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조는 위 ‘대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법’이라 함은 다음 각 호에서 정하는 방법을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 이익분할방법을, 제2호에서 거래순이익률방법을, 제3호에서 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 열거하고 있는 한편, 같은 시행령 제5조 제4항은 위 제4조 각 호의 규정에 의한 정상가격 산출방법을 적용하는 경우 같은 조 제3호의 방법은 같은 조 제1호 또는 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 선택기준

정상가격은 ‘가장 합리적인 방법’에 의하여 계산한 가격으로 산출하도록 하고 있는바, 앞서 본 정상가격 산출방법을 선택함에 있어서는, 국제조세법 시행령 제5조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이,㉮ 비교가능성이 높을 것(제1호), ㉯ 사용되는 자료의 확보 ․ 이용 가능성이 높을 것(제2호), ㉰ 비교하기 위하여 설정된 경제여건 ․ 경영환경 등에 대 한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것(제3호), ㉱ 사용되는 자료 또는 설정된 가정 의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 작을 것(제4호)이라는 기준을 감안하여 가 장 합리적인 방법을 선택하여야 하는데, 그 중 비교가능성이 높기 위해서는 비교가능 제 3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우(제1호 가목)가 원칙이겠으나, 중대한 영향을 주는 경우에도 그러한 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우(제1호 나목)라면 비교가능성이 높다고 할 수 있을 것이다.

한편, 비교가능 제3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이를 평가하는 방법으로 국제조 세법 시행령 제5조 제2항은 가격이나 이융에 영향을 마칠 수 있는 사업활동의 가능, 계약 조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등 에 대한 분석을 요구하고 있고, 2006. 8. 24. 신설된 국제조세법 시행령 제6조 제7항은, 국제조세법 기본통칙의 5-0···2의 내용을 반영하여, 정상이자율의 판단시 고려사항으로서 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용 정도를 열거하고 있다.

(다) 이 사건 비교거래가 정당한 비교대상거래인지 여부

아래와 같은 점을 모두 고려하면, 국제조세법 제5조 제1항에 따른 정상가격을 산출함 에 있어서는 특수관계 없는 자 간의 ‘국제거래’뿐만 아니라 ‘국내거래’ 역시 그 비교 대상이 될 수 있다고 해석하여야 한다.

① 국제조세법이 앞서 본 바와 같이 과세조정의 기준이 되는 ‘정상가격’의 개념에 관하여 ‘거주자 ․ 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’(제2조 제10호)으로 정의하고 있을 뿐, 이를 ‘국제거래’로 제한하고 있지 않다.

② 이 사건 처분에 적용된 비교가능 제3자 가격방법에 관하여, 국제조세법 제5조 제1 항 제1호 역시 ‘당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격’을 정상가격으로 규정하고 있을 뿐 명시적으로 비교가능거래를 국제거래만으로 한정하고 있지 않다.

③ 국제조세법 제5조 제2항의 위임에 따라 정상가격의 산출방법을 규정한 국제조세법 시행령 제5조 및 제6조의 규정이 정상가격 산정의 기준이 되는 거래를 ’국제거래’로 명시 적으로 제한하고 있지 아니할 뿐 아니라, 달라 국제조세법 시행령에서 비교가능거래를 국제거래로 국한한 규정을 찾을 수 없다.

④ 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호 및 제3호가 앞서 본 바와 같이 당해 거래와 특수관계 없는 자간의 국제거래 사이의 비교가능성 등을 틀고 있기는 하나, 이는 국제조세법 제5조 제1항이 정한 여러 정상가격 산출방법 중 당해 거래에 적용될 가장 합리적인 산출방법을 선태하기 위한 기준 중 일부로 열거된 것에 불과하고, 비교되는 거래가 국내 거래인 경우에 관한 선택기준이 국제거래에 비하여 불비함을 입법론적으로 지적함은 별론으로 하고, 국제조세법 시행령 제5조 제1항의 규정만으로는 국제거래 가격만을 정상가격으로 보아야 한다는 근거로 삼을 수 없다.

⑤ 국제조세법 제5조 제2항에 따른 같은 법 시행령 제5조 제1항 제1호는 2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 "특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 ‘거래’ 사이에 비교가능성이 높을 것"으로 변경되었는데, 이와 같은 개정이 이루어지게 된 이유에 관하여, 기존에 비교대상거래를 국제거래로 한정하였으나, 비교가능성이 높은 경우에는 국내거래도 비교대상으로 선택할 수 있도록 비교거래의 범위를 확대하여 정상가격 산정의 합리화를 제고하고 납세자의 납세협력비용을 경감시키기 위한 것이라고 밝히고 있으나, 이는 ’국제거래’라고 예시되어 있는 ‘시행령’의 문구를 개정함에 있어 그 이유를 밝힌 것에 불과하고, 이것으로 인하여 국제조세법에 규정된 정상가격 산출방법 중 비교가능 제3자 가격방법이 그 비교가능거래를 ‘국제거래’로 한정하고 있었다고 해석될 수는 없다

⑥ 당해 거래와 비교 가능한 거래로서 국제거래 및 국내거래가 병존하고 그 중 국제거 래가 납세의무자에게 상대적으로 불리한 결과를 가져올 수 있는 경우에 있어서는, 국제 거래만을 정상가격 산정의 기준인 비교대상 거래로 삼아야 한다고 법문과 달리 한정해석 한다면, 이로 인하여 오히려 납세의무자의 이익이 침해될 가능성이 있다.

다) 이 사건 비교거래에 의한 정상이자율 산정의 적법성 여부

아래와 같은 이유에서, 채권형 유동화증권 발행거래와 이 사건 비교거래의 비교되는 상황 간의 차이는 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 줄 뿐만 아니라, 피고가 정상이자율을 산정함에 있어서 한 조정이 이러한 상황차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정이었다고 보기 어렵다.

① 피고는 채권형 유동화증권과 이 사건 비교거래 사이에 발행형식(공모와 사모)의 차 이에 관하여, 한국증권업협회가 고시한 3년 만기 AAA 등급의 일반 회사채의 공모발행 수익률과 사모발행 수익률의 차이를 이용하여 이자율의 차이를 조정하였으나, AAA 등급 의 일반 회사채와 채권형 유동화증권의 신용등급 상의 차이점 및 채권형 유동화증권과 일반 회사채의 성질상의 차이점 등을 고려할 때, 위와 같은 조정 방식이 합리적이라고 보기 어렵다.

② 피고는 이 사건 비교거래의 만가별 통화스왕거래가격과 국고채 만기수익률의 차이 를 토대로 환위험을 회피하기 위한 해지거래를 가정하였을 때의 비용으로 추정하고 있으나, 위와 같은 계산방식의 근거를 제시하지 아니하여, 이를 합리적인 조정으로 단정할 수 없다.

③ 채권의 담보가치비울이 높으면 그만큼 채무불이행의 가능성이 작아지므로 이자율 이 낮아지게 되는바, 여기서 담보의 의미는 인적담보, 물적담보뿐만 아니라 선순위 및 후 순위 발행에 따른 내부 신용보강(후순위 채권자가 상당 부분 투자위험을 흡수하여 상대 적으로 선순위 채권자가 투자위험을 회피하게 되는 것)등도 경제적 의미에서 담보로 보아야 할 것인바, 피고가 제시하는 가중평균이자율을 사용한 조정은 이에 대한 명확한 과정이 없어 단일 순위로 발행된 채권형 유동화증권과 선순위 및 후순위로 발행된 이 사건 비교거래를 충분히 고려하여 합리적인 것이라고 보기 어렵다. 게다가 이 사건 비교거래는 선 ․ 후순위의 단계도 매우 다양하며(8순위까지인 경우도 있다), 순위에 따라 만기에도 차이가 있는데, 이러한 다양한 형태의 신용보강을 가중평균이자율로 단순화하는 것이 합리적이라는 근거를 찾아보기 어렵다.

④ 이 사건 채권형 유동화증권의 만기는 7년인 반면(원고는 5년이라고 주장하지만, 을 10호증의 1, 2의 각 기재만으로 이 사건 채권형 유동화증권의 발행계획서에 기재된 만기 가 형식에 불과하다거나 허위라고 볼 수 없다), 이 사건 비교거래의 만기는 6개월부터 10년까지 다양한바, 만기가 길수록 경제적 상황 변동에 따른 불확실성이 커져 위험프리미엄이 높아지고, 위험프리미엄이 높아지는 정도는 채권의 신용도에 따라 달라지는 것이 일반적이므로, 단순히 발행일자별 무보증회사채(AAA 등급)의 만기에 따른 채권수익률 차이(0.4-1.6%) 만큼을 가산하여 이자율을 조정하는 것이 합리적이라고 보기 어렵다.

⑤ 피고는 이 사건 비교거래의 주체인 14개 업체가 업무수탁자에게 지급하는 수수료 비용만을 이자율로 환산(평균 0.01-0.2%)하여 신용보강에 따른 차이를 조정하였다고 하 지만, 이 사건 비교거래에서의 신용보강은 업무수탁자 외에 기초자산양도인 등이 제공하는 부분도 상당하고, 이러한 외부선용보강이 이자율에 마치는 영향에 대하여 분석된 바 없으며, 위 수수료 비용이 어떠한 계산방법에 의하여 이자율에 조정되 있는지를 알기 어려워, 이를 합리적인 조정으로 볼 수 없다.

라)소결론

따라서 피고의 이 사건 각 처분 중 2003 사업연도 법인세 157,069,480원의 부과처분은 위법하다.

3) □□채권의 대금 감액 부분

법인세법 시행령 제35조 제l항 제l호는 법 제24조 제1항에서 손금에 산입하지 않는 비지정기부금으로 ‘법인이 특수관계자 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액’을 규정하고 있다.

이 사건에서, 아래와 같은 사정을 모두 종합하면, 원고가 ☆☆에게 지급한 원천징수 세액 상당의 금액은 원고가 특수관계 없는 ☆☆에게 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여이라 할 것이므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

① ☆☆이 부담한 원천정수세액은 ☆☆과 ★★IF 사이의 거래로 인하여 발생한 것이 어서, 이는 원고와 ☆☆ 사이의 이 사건 □□채권의 거래와 아무런 관련이 없다.

② 원고는 주식회사 □□이 상장 폐지되자 ☆☆으로부터 □□채권이 과대평가되었다는 것을 이유로 대금지급을 거절하거나 대금 감액을 요구하여 어쩔 수 없이 ☆☆에게 원천징수세액을 지급하였다고 주장하나, 이러한 사정이 원고가 ☆☆에 대하여 원천 징수세액과 동일한 금액을 감액하여 주어야 할 합려적인 이유가 될 수 없다.

③ 원고가 자인하는 바와 같이, 원고는 ☆☆과 사이에 □□채권의 대금을 감액하기 로 하는 계약을 체결하고 감액된 금액만을 지급받은 것이 아니라, ☆☆으로부터 □□ 채권 매매잔금을 모두 지급받은 후에 원천징수세액만큼의 금액을 되돌려 지급하였다.

4) 정당한 세액의 계산

2002 사업연도 법인세 부과처분 중 정상이자율을 초과한다는 이유로 부과한 부분을 제외한 나머지 정당한 세액은 별지 목록 기재와 같이 계산된 376,197,470원이다.(위 3)항 기재와 같이 이 사건 비교거래를 기준으로 정상이자율을 산정한 것이 위법한 이상 손금 불산입된 2000 사업연도 2,815,068,586원, 2001 사업연도 7,195,734,860원 합계 10,010,803,446원은 2002 사업연도 이월결손금에 추가되어야 한다. 따라서 피고가 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 부과처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 한다.