부산지방법원-2009-구합-4310 (2010.06.04)

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한, 2008. 3. 11 자 2002년 귀속 법인세 244,366,900원 중 158,494,554원을 초과하는 부분, 2008. 9. 4 자 2003년 귀속 법인세 495,729,980원 중 333,937,345원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 법인세 89,927,340원 중 65,401,707원을 초과하는 부분, 2005년 귀속 법인세 10,919,710원 중 8,628,778원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2.원고의 나머지 청구를 기각한다.

3.소송비용 중 2/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 원고에 대하여 한, 2008. 3. 11.자 2002년 귀속 법인세 244,366,900원의 부과처분 및 2008. 9. 4.자 2003년 귀속 법인세 495,729,980원의, 2004년 귀속 법인세 89.927.340원의, 2005년 귀속 법인세 10,919,710원의 각 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1962.9.11.부터 분뇨 오니(스러지) 및 축산폐수 등의 폐기물을 육상에서 수집․운송하여 해양에 배출 처리하는 사업을 주된 사업으로 하는 법인이다.

나. 원고는 2002 내지 2005 사업연도 법인세를 신고하면서,① 원고의 주된 사업 업 종인 폐기물 처리업을 각 구 조세특례제한법(2005. 8. 4. 법률 제7678호, 2005. 7. 13. 법률 제7601호, 2005. 1. 5. 법률 제7332호, 2002. 12. 30. 제6852호, 2002. 4. 20. 법률 제6689호로 각 개정되기 전의 것, 이하 위 각 법률을 통틀어 ’구 조세특례제한법’이라고만 한다) 제7조 소정의 중소기업에 대한 특별세액감면 대상 업종으로 보아 중소기업 특별세액 감면을 적용하고,② 각 구 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7220호, 2003. 12. 31. 법률 제7030호, 2001. 11. 21. 법률 제6519호로 개정되기 전의 것) 제26조에서 정한 임시투자세액 공제를 적용하여 2001 사업연도 중 대한7호와 대성호 등 2척의 선박(이하 ‘이 사건 각 선박’이라 한다)을 취득하기 위하여 투자한 금액에 대한 임시투자세액 공제를 신청한 결과 2001 사업연도 법인세에서 공제되고, 구 조세특례제한법 제132조에서 정한 최저한세 때문에, 이월된 임시투자세액 공제액을 각 공제하였다.

다. 피고는 원고에게, 원고의 주된 사업(업종)을 구 오수 ․ 분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률[2006. 9. 27. 법률 제8014호로 폐지되기 전의 것, 이하 ’오수 등 처리법’ 이라 한다] 제35조에서 규정한 분뇨 등 관련영업으로 보아 이는 조세특례제한법 제7 조 소정의 중소기업 특별세액감면 대상 업종에 해당하지 않고, 선박은 임시투자세액 공제 대상 자산이 아니라는 이유로, 각 중소기업 특별세액 감면 및 임시투자세액 공제 적용을 배제하여 2002년도 내지 2005년도 귀속 법인세를 각 증액 경정한 후 각 기납 부 세액을 공제한 나머지 세액으로, 2008. 3. 11.에는 2002년 귀속 법인세 244,366,900원을 고지하고(이하 ‘1차 처분’이라 한다), 2008. 9. 4 에는 2003년 귀속 법인세 495,729,980원, 2004년 귀속 법인세 89,972,340원, 2005년 귀속 법인세 10,919,710원을 각 고지하였다(이하 2차 처분’이라 하고, 1차 처분과 통틀어 ’이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 2008. 6. 9. 1차 처분에 불복하여 ○○지방국세청장에 이의신청을 하였으 나 2008. 7. 9. 위 이의신청이 기각되었고, 2008. 9. 4. 2차 처분이 이루어지자 1, 2차 처분에 불복하여 2008. 10. 9. 국세심판원에 심판을 청구하였으나, 2009. 6. 5. 위 심판 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1, 2,

을 제3호증의 1 내지 3, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 폐기물 관리법에 의한 폐기물 수집 ․ 운반업 허가를 받고 폐기물 처리업을 하여 왔는바, 이는 구 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 특별세액 감면 대상 업종 및 제26조 소정의 임시투자세액 공제 대상 업종에 해당하고, 나아가 이 사건 각 선박은 원고의 사업용 자산이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법한다.

2) 가사 구 조세특례제한법 제7조가 원고의 업종을 조세 감면 대상에서 제외하고 있다 하더라도, 이 사건 각 처분은 피고가 종전 세무조사 후 한 처분에 대한 ○○지방국세청장의 결정에 반하는 것이므로, 행정심판법 제37조 제1항 및 국세기본법 제80조 소정의 재결의 기속력에 위배된다.

3) 또한 2002년 내지 2004년 귀속 과세부분에 대하여는, 종전 세무조사 당시 중소 기업특별세액 감면 및 임시투자세액 공제와 관련하여 이미 심층조사가 이루어진바 있어, 그와 같은 세목 및 같은 과세기간 동안 중복하여 세무조사를 실시하여 한 1,2차 처분은 국세기본법 제81조의4 제2항의 중복조사금지 원칙에 위배된다.

4) 구 조세특례제한법 제7조 및 제26조, 조세특례제한법 시행령 제23조는 합리적인 이유 없이 조세 감면 및 공제 대상이 되는 다른 업종들과 사실상 동일한 업종에 해당하는 원고의 업종을 조세 감면 대상에서 제외하고 있으므로 조세평등주의에 반하고, 또한 위 조항의 개정연혁 등에 비추어 볼 때 원고의 업종이 조세 감면 및 공제 대상 해당되는지 여부가 불명확하므로 과세요건 명확성을 규정한 조세법률주의에도 위배되어 무효다.

5) 또한 원고는 1997. 10. 14. 주무관청인 환경부장관으로부터 해양오염방지법에 따라 폐기물을 적당히 처리하는 경우 폐기물관리법상 폐기물 최종처리로 인정할 수 있다는 회신을 받았고, 피고 역시 그 동안 원고가 영위하는 폐기물 등 해양배출 처리업을 조세특례제한법 소정의 중소기업 특별세액 감면 대상인 폐기물 처리업으로 보고 원고의 중소기업 특별세액 감면신청을 그대로 인정하여 법인세 등 과세처분을 해왔으므로 신뢰보호원칙 및 국세기본법 제15조 소정의 신의성실원칙 내지 국세기본법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지(비과세관행)의 원칙에도 위배된다.

6) 그렇지 않더라도 원고가 영위한 사업 중 폐기물관리법상 폐기물 처리업에 따른 매출액인 2002년도 2,973,957,997원, 2003년도 2,943,652,475원, 2004년도 3,102,193, 347원, 2005년도 7,572,815,073원은 중소기업 특별세액 감면의 대상이 되어야 한다.

7) 임시투자제액 공제액 배제에 관하여는, 2001년도 임시투자세액 공제에서 비롯된 것이고, 이미 2001년 귀속 법인세에 대하여 국세기본법 제26조의2 소정의 부과 제척기간 5년이 만료되었으므로, 이미 공제금액이 확정되어 이를 더 이상 배제할 수 없다.

8) 또한 적어도 이 사건 각 처분 중 증액된 가산세 부분은, 종전 법률에 따른 감면 및 공제 규정이 관련법의 개정으로 배제되었다고 하더라도 원고가 이를 알기 어렵다는 점, 피고 역시 원고의 업종을 공제 및 감면 대상에 해당함을 전제로 과세처분을 하여온 점 등에 비추어 볼 때, 국세기본법 제48조 제1항에서 정한, 납세자 의무불이행에 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당하므로, 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 1990. 3. 30. 해양오염방지법에 의한 폐기물 배출해역 지정을 인 ․ 허가 받고, 1997. 6. 27. 폐기물관리법에 의한 폐기물 처리업 중 수집 ․ 운반업허가를, 2001. 3. 22. 오수 등 처리법에 의한 분뇨 등 관련영업 중 분뇨수집 ․ 운반업허가를 각 득하였으며, 2000. 5. 4. 해양오염방지법에 의한 폐기물 해양배출업 등록을 하였고, 2001. 6. 8. 및 2001. 3. 14. 이 사건 각 선박의 소유권을 취득하였다.

2) 피고는 2006. 2. 9 원고에게, 조사대상 법인세 등 관련세목 통합조사, 조사대상 기간 2003.1.1.부터 2004.12.31.까지, 조사기간 2006.2.9.부터 2006.2.28.까지, 조사사유 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의로 한 세무조사를 실시할 것을 통지하고, 기타 계정 중 공제감면내용에 대한 조사 결과 중소기업특별 세액 감면을 위한 소득구분 계산시 자동차제조 ․ 정비부분에서 결손이 발생하자 폐기물 처리업 소득에 대해서만 감면대상으로 계산하였다는 이유로, 2002 내지 2004년도 합계 82,281,000원이 중소기업 특별세액으로 과다 감면되었다고 판단하였다.

3) 이에 피고는 원고에게, 2006. 3. 28. 세무조사 결과를 통지하고, 2006. 7. 3. 각 과다 계상된 중소기업 특별세액 감면액의 적용을 배제하여 2002년 내지 2004년 귀속 법인세를 부과하였다(이하 ’세무조사 후 부과처분’이라 한다).

4) 원고는 세무조사 후 부과처분에 불복하여 2006. 10. 2. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, ○○지방국세청장은 2006. 10. 27. 감면대상 소득액을 증액하는 내 용의 경정결정을 하였다(이하 ’이 사건 결정’이라 한다).

5) 한편 피고는 2008년 4월경 국세청장에게 원고가 영위하는 분뇨 등 관련 영업이 중소기업 특별세액 감면 및 임시투자세액 공제 대상 업종에 해당하는지에 대하여 자문 을 구한 결과 2008. 5. 27. 국세청장으로부터 조세 감면 및 공제 대상에 해당하지 않는 다는 회신을 받았고 이를 토대로 이 사건 각 처분을 하게 되었다.

6) 이 사건 각 처분 중 각 증액된 가산세액은 별지 세액계산표 기재와 같다.

[인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제7호증 갑 제8호증의 1, 2, 을 제3, 6호증의 각 1 내지 3, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재

라. 판단

1) 먼저, 원고의 업종이 조세특례제한법 제7조 및 제26조 소정의 감면 및 공제 대상에 해당하는지에 대하여 본다.

살피건대, 앞서 인정한 사실들 및 관련 법령을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 오수 등 처리법 소정의 분뇨 수집 ․ 운반업 허가를 받아 분뇨 및 축산폐수 등 폐기물을 육상에서 수집 ․ 운송하여 해양에 배출 ․ 처리하는 사업을 영위하여 온 점,② 당시 조세특례제한법 제7조는 중소기업 특별세액 감면 대상 업종을 폐기물관리법, 수질환경보전법, 건설폐기물의 재활용 촉진에 관한 법률에 의한 폐기물 내지 폐수 처리업 등으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 제26조, 시행령 제23조는 임시투자세액 공제 대상 업종을 폐기물 처리업, 폐수 처리업으로 규정하고 있으며, 이후 2005. 12. 31. 이후 법령 개정을 통해 감면 및 공제 대상으로 오수 등 처리법 소정의 분뇨 등 관련 영업을 추가한 점,③ 폐기물관리법 1999. 2. 8. 법률 5865호로 개정되어 오수 ․ 분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의한 오수 ․ 분뇨 및 축산폐수에 대하여는 폐기물관리법을 적용하지 아니 하는 점,④ 폐기물관리법 제26조 제4항 제3호는 폐기물 최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업을 폐기물 최종처리업으로 규정하고 있으며, 구 오수 등 처리법 제35조 제4항 제1, 2항에 의하면 분뇨 또는 축산폐수의 수집 ․ 운반 뿐 아니라 최종적 처리업까지도 오수 등 처리법 소정의 분뇨 등 관련 영업에 해당하는 것으로 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 원고의 업종은 오수 등 처리법 소정의 분뇨 등 관련 영업에 해당하고, 조세특례제한법 제7조 및 제26조, 조세특례제한법 시행령 제23조는 이를 조세 감면 및 공제 대상으로 규정하고 있지 않은 사실이 인정된다.

따라서 원고의 업종이 위 감면 및 공제 대상에 해당함을 전제로 한 원고의 위 1)항 주장은, 이 사건 각 선박의 사업용 자산 해당 여부에 대하여는 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

2) 다음으로, 이 사건 각 처분이 이 사건 결정의 기속력에 반하는지에 대하여 본다.

살피건대, 국세기본법은 심사청구나 이의신청에 관하여는 그 결정의 효력에 대하여 아무런 규정을 두지 않고, 제80조 제1항에서 ’제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정은 관계행정청을 기속한다’는 규정만을 두고 있는바, 이와 같이 심사청구에 관한 결정에 대하여는 그 효력 규정을 두지 않은 채 심판청구에 관한 조항에서 심사청구에 관한 결정을 준용하면서 그 결정의 효력규정을 둔 점에 비추어 보면, 독립적 심판기관에 해당하는 심판청구에 관한 결정에 대해서만 관계행정청을 기속하는 효력을 부여한 것이고, 당해 세무서장이나 소관 지방국세청장의 이의신청에 관한 결정 또는 국세청장의 심사청구에 관한 결정에 관하여는 기속력을 부여하지 않은 것이라고 할 것이므로(국세기본법이 심사청구에 관한 결정 또는 이의신청에 관한 결정에 대해서도 이와 같은 효력을 부여하려고 하였으면, 심사청구에 관한 결정에 관하여 그에 관한 규정을 두고 이의신청에 관한 결정 및 심판청구에 관한 결정에 관련된 조문에서 이를 준용하는 형태를 취했을 것으로 보인다) 원고의 이의신청에 대한 결정인 ○○지방국세청장의 이 사건 결정은 관계행정청을 기속하는 효력이 없는 것이어서 피고에 대한 기속력이 있다고 할 수 없다.

가사 이 사건 결정에 관계행정청을 기속하는 효력이 인정된다 하더라도, 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다 할 것인데, 앞서 든 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 결정 당시 판단의 대상이 된 위법사유는 원고의 중소기업 특별세액 감면을 위한 소득 구분 계산 등에 관한 것이었고, 원고의 업종이 위 감면 대상 업종에 해당하는지에 관한 것은 판단된 바 없으므로, 원고의 업종을 위 감면 대상 업종에서 제외되는 것으로 판단하여 한 1, 2차 처분이 이 사건 결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다.

따라서 어느 모로 보나 원고의 위 2)항 주장은 이유 없다.

3) 또한, 이 사건 각 처분이 중복조사금지의 원칙에 반하는지에 대하여 본다.

살피건대, 국세기본법상 세무공무원에 의한 세무조사가 실시되는 경우에는 국세기본법 제81조의5 내지 9 소정의 세무조사를 위한 사전통지와 연기신청, 세무조사 기간의 최소화, 세무조사 대상자 선정 및 세무조사시 조력을 받을 권리, 세무조사 결과통지 등의 세무조사에 관한 원칙 및 제반 절차의 수행이 요구되는바, 1, 2차 처분 당시에는 종전 세무 조사 때와 같은 세무조사 사전통지나 결과통지, 세무조사 기간의 확정 및 그 실시경과 등 세무조사 절차가 진행되었다고 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 처분 당시 세무조사가 실시되었음을 전제로 한 원고의 위 3)항 주장 역시 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4) 조세특레제한법 제7조, 제26조 및 조세특례제한법 시행령 제23조가 조세평등주의 및 조세법률주의에 위배되는지에 대하여 본다.

살피건대, 위 조항들에서 조세 감면 또는 공제 대상으로 규정하고 있는 폐기물 관리법 등 소정의 업종과 그와 별개로 오수 등 처리법의 규율을 받는 분뇨 등 관련 업종이 사실상 동일한 업종에 해당한다는 점에 대하여는 이를 인정할 아무런 증거가 없을 뿐 아니라, 오히려 앞서 인정한 각 사실들 및 관련 법령을 종합하면, 폐기물관리법은 폐기물의 발생 억제 및 적정한 처리로 환경보전 등에 이바지하는 것을 목적으로 하고, 같은 법 제2조 제1호에서 ’폐기물’을 쓰레기, 연소재, 폐유 등 사람의 생활이나 사업 활동에 필요하지 아니하게 된 물질이라고 규정하고, 같은 법 제3조에서 오수 등 처리법 소정의 오수 ․ 분뇨 및 축산폐수에 대하여는 그 법 적용을 배제하고 있으며, 오수 등 처리법은 오수 등을 적정하게 처리하여 수질오염을 감소시켜 국민보건 등에 이바지함을 목적으로 하고, 같은 법 제2조에 각 오수, 분뇨, 축산폐수 등에 관한 구체적인 정의 규정을 두고 있는 등 위 각 법률은 그 목적, 규율 대상 등을 달리하고 있는 점이 인정되어, 원고의 업종인 분뇨 등 관련 영업은 위 각 조항 소정의 조세 감면 또는 공제 대상 업종들과 성질이 다른 업종으로 봄이 상당하므로 위 각 조항이 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다.

또한, 위 1)항에서 살펴본 바와 같이 구 조세특례제한법 제7조 및 제26조, 시행령 제23조, 구 폐기물관리법을 종합하면, 원고의 업종에 대하여 위 각 조항의 적용을 배제하는 취지임을 알 수 있으므로, 법규상 그 조세 감면 및 공제 대상 해당 여부가 불명확하다고도 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 4)항도 역시 이유 없다.

5) 다음으로, 신뢰보호원칙 및 비과세관행 원칙 위배 여부에 대하여 본다.

살피건대, 원고가 환경부장관으로부터 해양오염방지법에 따라 폐기물을 적당히 처리하는 경우 폐기물관리법상 폐기물 최종처리로 인정할 수 있다는 회신을 받았다거나, 피고가 그 동안 원고가 영업하는 업종을 구 조세특례제한법 및 동 시행령 소정의 조세 감면 또는 공제 대상 업종으로 보고 조세부과 처분을 하여 왔다는 등의 원고 주장 사정만으로는, 피고의 비과세관행이 일반적으로 원고에게 받아들여졌다거나 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명이 확정적으로 이루어졌다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 원고의 위 5)항 주장 역시 이유 없다.

6) 또한, 원고가 영위한 사업 중 폐기물관리법상 폐기물 처리업에 해당하는 사업이 있었다거나, 그 매출액이 원고 주장 금액과 같다는 점에 대하여는, 갑 제13호증의 1 내지 7의 각 기재만으로는 인정하기 어렵고, 위에서 등 증거들에 의하면, 이 사건 처분에 관련된 사업소득은 분뇨 등 관련 영업에서 발생한 사실이 인정된다.

따라서 원고의 위 6)항 주장도 이유 없다.

7) 또, 이월된 임시투자세액 공제액은 당초 임시투자세액 공제신청을 한 사업연도 법인세 부과처분이 확정된 이상 다툴 수 없다는 주장에 대하여 본다.

살피건대, 이 사건 각 처분의 과세대상은 2002년 내지 2005년 귀속 사업소득으로서 2008. 3. 11.(2002년 귀속 사업소득) 내지 2008. 9. 4.(2003년 내지 2005년 귀속) 법인세 부과처분이 이루어진 이 사건에서 부과 제척기간이 완성되지 아니하였음이 역수상 명백하고, 2001년 임시투자세액 공제 요건이 발생하여 원고가 그 임시투자세액 일부를 공제하여 법인세를 신고하였고 피고가 이에 대하여 즉시 이의를 제기하지 아니 하였으며, 원고가 그 뒤 최저한세의 적용에 따라 세액공제가 이월되었다고 주장하며 2002년 내지 2004년 귀속 법인세를 신고하면서 임시투자세액 공제를 하였고 피고가 이에 대하여 즉시 이의를 제기하지 아니 하였더라도, 피고가 부과제척기간이 완성된 2001년 귀속 사업소득에 대한 법인세에서 공제된 부분을 배제하여 법인세를 부과하는 것이야 허용되지 않겠지만, 위 1)에서 본 바와 같이 임시투자세액 공제가 구 조세특례 제한법에 근거가 없는 이상 2002년 내지 2004년 귀속 사업소득에 대하여 임시투자세 액 공제를 배제하고 법인세를 부과하는 것까지 부과 제척기간 완성을 이유로 허용되지 아니한다고 볼 수는 없다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 취지 참조).

원고 주장처럼, 2001년 임시투자세액 공제가 받아들여지고 2001년 귀속 법인세에서 전액 공제되었을 경우 부과 제척기간 완성으로 2001년 귀속 사업소득에 대하여 법인세를 부과할 수 없다고 하더라도, 달리 볼 것은 아니다.

따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

8) 마지막으로 가산세 부과 부분에 대하여 본다.

살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법의 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008.12.11. 선고 2006두 17840 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고95누14602 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

앞서 든 각 사실에 관련 법령을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 조세특례제한법에는 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업에 대하여는 시종일관 조세감면 업종으로 규정되어 있었던 점,② 분뇨 등 관련 영업이 폐기물관리법에 의하여 규율되다가 폐기물관리법이 1991. 2. 8. 개정되면서 폐기물처리법의 규율 대상에서 제외되고 1991. 3. 8 법률 4364호로 제정된 오수 등 처리법의 적용을 받게 됨으로써 해석의 혼란이 생기게 된 점,③ 원고는 위 폐기물관리법 개정 전과 마찬가지로 자신의 업종이 계속 중소기업특별세액 감면 및 임시투자세액 공제 대상 업종에 해당하는 것으로 보고 감면 및 공제를 신청하였던 점, 이에 대하여 피고 역시 원고의 업종을 감면 및 공제 대상 업종으로 판단하여 상당 기간 법인세 부과처분을 하면서 세액을 감면하여 왔던 점,④ 특히 원고의 이의신청에 따른 ○○지방국세청의 결정에서도 원고의 업종이 조세특례제한법상 감면대상 업종임을 전제로 과다 감면 여부만 문제 삼았던 점, ⑤2002 내지 2005 사업연도에서 구 조세특례제한법상 분뇨 등 관련 영업을 조세 감면 및 공제 대상으로 규정되지 않았던 것은 폐기물처리법의 개정을 간과한 입법의 미비가 아니었을까 하는 의심이 들고, 이와 같은 사정이 반영된 탓인지 2006년 이후에는 조세특례 제한법 및 그 시행령의 개정으로 분뇨 등 관련 영업이 조세 감면 및 공제 대상 업종으로 다시 추가되었던 점,⑥ 피고 역시 1차 처분 후 국세청장에게 문의하여 국세청장으로부터 원고의 업종이 위 감면 및 공제 대상 업종이 아니라는 회신을 받고 나서야 명확하게 감면 및 공제 업종 비해당 사실을 알게 되었던 점을 종합하여 볼 때, 이는 단순히 사실관계의 오인이나 법률상의 부지․오해를 넘어 해석의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었고, 그 때문에 원고도 납세의무를 알지 못한 것이라고 볼 수 있으므로, 원고에게는 그 감면 및 공제 세액에 대한 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 결정에 따른 경정처분과 비교하여 증액된 가산세액에 해당하는 부분은 위법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

9) 그렇다면, 원고에 대한 이 사건 각 처분의 정당한 세액은, 이 사건 각 처분 세액에서 증액된 가산세액을 뺀 금액으로 각 별지 세액계산표 기재와 같다.

3. 결 론

따라서 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.