대법원-2007-두-21877 (2010.08.19)

사 건 2007두21877 법인세등부과처분취소

원고, 상고인 겸 피상고인

AA건설 주식회사

피고, 피상고인 겸 상고인

BB세무서장

원 심 판 결 서울고등법원 2007. 9. 11. 선고 2006누6972 판결

판 결 선 고 2010. 8. 19.

주 문

주위적 청구에 관한 원심판결의 원고 패소부분 중 1994 사업연도 법인세(가산세 포함) 및 농어촌특별세 부과처분과 1996 사업연도 법인세 납부불성실가산세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

원고의 나머지 상고 및 피고의 상고를 각 기각한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 원고의 상고이유 제1점에 관하여

원심은 그 채용증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 차입금이 건설자금과 무관하다거나 건설자금으로 사용되었는지 여부가 분명하지 아니하다는 이유로 납세자가 당초 신고한 것과 달리 그 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 경우에는 납세자가 당해 차입금이 건설자금과 무관하다거나 건설자금으로 사용되었는지 여부가 분명하지 아니하다는 점을 입증하여야 한다고 전제한 후, 원고가 1993, 1994 사업연도에 손금불산입한 건설자금 관련 지급이자(이하 ‘건설자금이자’라고 한다)는 원고의 고정자산인 임대아파트의 건설에 사용되었는지 여부가 불분명한 차입금의 이자로서 손금불산입의 대상에서 제외되어야 한다고 볼 만한 증거가 부족하고, 오히려 그 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 임대아파트 건설을 주된 업무로 하는 회사로서 건설 예정인 임대아파트 단지별로 구분하여 국민주택기금으로부터 대출을 받았고 그에 따라 실제로 임대아파트를 각 건설한 점, 국민주택기금의 대출금은 그 용도와 대출한도의 설정방법, 대출금의 지급방식 등이 엄격히 제한되어 있어 그 대출금의 대부분이 본래 용도인 원고의 임대아파트 건설에 사용되었을 것으로 보이는 점, 건설자금이자 계산의 근거가 된 건설자금의 대부분이 국민주택기금의 대출금이었던 점 등에 비추어, 원고가 1993, 1994 사업연도 법인세 과세표준을 신고함에 있어 손금불산입한 건설자금이자를 고정자산인 임대아파트의 건설에 사용하지 아니하였거나 사용하였는지 여부가 불분명한 차입금에 대한 지급이자로 보기 어렵다고 판단하였다.

관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 건설자금이자의 계산에 관한 법리오해나 채증법칙 위반 등의 잘못이 없다.

2. 원고의 상고이유 제2점에 관하여

원심은, 원고가 1993, 1994 사업연도의 건설자금이자 과다계상분을 수정하기 위하여 1995 사업연도의 소득금액을 계산하면서 2,552,012,237원을 전기손익수정손실로 손금산입하고 같은 금액을 건물의 감가상각충당금에서 차감하여 전기손익수정이익으로 익금산입하였으나 익금산입한 전기손익수정이익은 법인세법상 익금항목이 아닌 고정자산의 임의평가차익에 해당하므로 익금산입되어서는 아니 된다는 원고의 주장에 대하여, 원고가 2,552,012,237원을 전기손익수정이익으로 익금산입하였으나 그와 동시에 같은 금액을 전기손익수정손실로 손금산입함으로써 1995 사업연도의 소득금액에 아무런 영향을 미치지 아니하였고, 원고의 주장대로 위 전기손익수정이익을 익금에 산입하지 아니한다면 같은 금액의 전기손익수정손실도 손금에 산입하지 아니하여야 하므로 결국 당해 사업연도 법인세액의 계산에는 아무런 변동이 없다는 이유로 위 주장을 배척하였다.

법인세법상 익금과 손금의 귀속시기는 권리의무확정주의에 의하는 것이 원칙이어서 종전 사업연도의 익금이나 손금의 오류를 수정하기 위하여 계상하는 전기손익수정손익의 귀속시기는 전기손익수정손익을 계상한 당해 사업연도가 아니라 그 익금이나 손금이 확정된 날이 속하는 종전 사업연도라고 보아야 하므로(대법원 2004. 9. 23. 선고 2003두6870 판결 참조), 원고의 주장대로 1995 사업연도에 와서 1993, 1994 사업연도의 건설자금이자를 과다하게 계상한 사실이 드러나 그 오류를 정정하기 위하여 전기손익수정손익으로 처리한다고 하더라도 이를 1995 사업연도의 소득금액에 반영할 수는 없다. 따라서 1995 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 위 전기손익수정손실은 손금에 산입하면서 위 전기손익수정이익을 익금에 산입하지 않으면 위 전기손익수정손실을 1995 사업연도의 소득금액에 반영하는 결과가 되어 부당하므로 원고의 주장은 그 자체로서 이유 없다 할 것인바, 원심판결은 그 이유 설시에 다소 미흡한 점이 있으나 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 고정자산의 평가차익에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

3. 원고의 상고이유 제3점에 관하여

원심은 그 채용증거를 종합하여, 원고가 특수관계자인 학교법인 AA학원(이하 ‘AA학원’이라고 한다)에 대한 2,678,742,000원의 공사대금채권을 회수하지 아니하자, 피고가 2004. 1. 10. 위와 같은 공사대금채권의 회수지연은 법인세법상 부당행위계산에 해당한다는 이유로 1996 사업연도 소득금액을 산정함에 있어 그에 대한 인정이자 458,435,637원을 익금산입한 사실을 인정한 다음, 원고가 위 인정이자 상당액을 포기함으로써 AA학원에 기부한 것으로 보아야 하므로 이는 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제2항 제2호의 규정에 의하여 사립학교에 대한 기부금으로서 전액 손금산입되어야 한다는 원고의 주장에 대하여, AA학원의 본관, 강의동, 학생회관, 기숙사 및 광장 등에 대한 공사대금 상당의 출연금에 관한 출연증서가 원고 명의가 아니라 심SS 명의로 작성ㆍ제출된 점 등을 고려할 때 위 인정이자 상당액은 원고가 사업과 직접 관련 없이 무상으로 지출한 재산적 증여가액인 기부금으로 볼 수 없다는 이유로 이를 배척하였다.

그런데 법인세법상 부당행위계산부인에 따른 인정이자 익금산입 제도는 법인과 특수관계자와의 거래가 경제적 합리성을 무시하여 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위하여 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하는 것에 불과하므로, 원고가 AA학원에 대하여 실제로 위 인정이자 상당의 채권을 보유하고 있었던 것은 아니어서 위 채권을 포기하였다는 원고의 주장은 그 자체로서 이유 없다 할 것임에도, 원심이 원고가 위 채권을 보유하고 있었음을 전제로 이를 포기한 것이 사업과 직접 관련 없이 기부금을 출연한 것으로 볼 수 없다고 판시한 부분은 부적절하나, 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 기부금에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

4. 원고의 상고이유 제4점 및 피고의 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항은 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서 개별적․구체적인 행위 유형을 규정하고, 그 제9호에서는 '기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때'라고 하여 개괄적인 행위 유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 출자자 등에게 이익 분여가 인정되는 경우를 의미한다(대법원 2005. 4. 29. 선고 2003두15249 판결 참조).

따라서 법인이 특수관계자에 대한 채권의 회수를 지연하고 그 채권에 대한 소멸시효 중단을 위한 별다른 조치를 취하지 아니함으로써 소멸시효가 완성된 경우는 실질적으로 그 채권을 포기하여 특수관계자에게 그 채권가액 상당의 이익을 분여한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 인정할 수 있으므로 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있다.

한편 특수관계자에 대한 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 무상의 금전대부에 준하는 것으로서 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제9호에 해당하여 그에 대한 인정이자를 익금산입할 수 있지만, 이를 위해서는 당해 법인이 채권을 보유하고 있음이 전제되어야 하므로, 만약 법인이 그 채권에 대한 소멸시효 중단을 위한 별다른 조치를 취하지 아니함으로써 소멸시효가 완성된 경우에는 더 이상 그 채권의 보유를 전제로 하는 인정이자 익금산입은 계속할 수 없다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두16561 판결 참조).

나. 원심은 그 채용증거를 종합하여, 원고는 1987년부터 1992년까지 동안에 특수관계자인 KK수전 주식회사(이하 ‘KK수전’이라 한다)에게 〇〇 소수력발전소 건설공사 등의 공사용역을 제공한 후 공사대금 중 997,837,000원만 회수하고 나머지 1,138,804,000원의 공사미수금 또는 어음금 채권은 1996. 12. 31.까지 회수하지 않고 남겨 두었는데 그 중 94,501,929원의 공사대금채권은 1990년경에, 179,674,797원의 어음금채권은 1992년경에 각 변제기가 도래한 사실을 인정한 다음, 94,501,929원의 공사대금채권은 1993년 말경에, 179,674,797원의 어음금채권은 1995년 말경에 각 그 소멸시효가 완성됨에도 원고가 위 채권을 추심하거나 그 소멸시효 중단을 위한 아무런 조치를 취하지 아니함으로써 위 채권을 포기하였다고 봄이 상당하며, 이러한 부작위는 경제적 합리성이 없이 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제9호 소정의 특수관계자에게 이익을 분여한 경우에 해당하므로 그 소멸시효 완성으로 인한 대손금은 손금산입할 수 없다고 판단하고, 반면에 위 채권에 대한 소멸시효가 완성된 이후인 1996 사업연도에는 그 소득금액을 계산함에 있어서 위 채권의 보유를 전제로 하는 인정이자 익금산입을 계속할 수는 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 원고와 피고의 각 상고이유에서 주장하는 바와 같은 부당행위계산부인에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

5. 원고의 상고이유 제5점에 관하여

원심은, 원고가 1996 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어 1995. 1. 1. 이전에 취득한 완성주택에 대한 감가상각비 한도초과액 391,495,556원을 손금불산입하였으나 1995. 1. 1. 이전에 취득한 임대아파트에 대하여 계상할 수 있었던 감가상각비를 감가상각비의 한도액에 합산하면 오히려 1,896,497,781원의 한도미달액이 있을 뿐 한도초과액이 발생하지 아니하므로 위 391,495,556원은 손금산입되어야 한다는 원고의 주장에 대하여, 감가상각비의 손금산입은 결산조정사항이므로 당해 법인이 손금으로 계상하지 않거나 한도액에 미달하게 계상하였다고 하더라도 세무조정에 의하여 그 부족액을 추가로 손금산입할 수 없다는 이유에서 이를 배척하였다.

그런데 원심이 적법하게 채용한 증거에 의하면, 원고가 1996 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어 위 391,495,556원을 감가상각비 한도초과액으로 손금불산입하였지만, 동시에 같은 금액을 전기손익수정손실로 손금산입한 사실을 알 수 있고, 피고가 이를 그대로 수용함으로써 결과적으로 1996 사업연도의 소득금액에 아무런 영향을 미치지 아니하였으므로, 위 감가상각비 한도초과액의 손금불산입으로 인하여 1996 사업연도 소득금액이 과다하게 산정되었다는 원고 주장은 이유 없다 할 것인바, 원심판결은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나, 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 감가상각비한도액에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

6. 원고의 상고이유 제6점에 관하여

구 조세감면규제법 제61조 제2항 제2호는 내국인이 사립학교법에 의한 사립학교 등에 시설비․교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금에 관하여는 당해 과세연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있다.

원심은, 원고가 1994 사업연도 법인세를 신고․납부함에 있어 AA학원에 대한 기부금 중 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항에 의한 지정기부금의 한도초과액으로 손금불산입한 31,837,134원은 사립학교에 대한 기부금으로서 구 조세감면규제법 제61조 제2항 제2호에 의하여 전액 손금산입되는 기부금에 해당한다는 원고의 주장에 대하여, 위 기부금이 당초 신고한 것과 달리 구 조세감면규제법 제61조 제2항 제2호에 의하여 전액 손금산입되어야 한다는 점을 인정할 아무런 증거가 없다는 이유로 이를 배척하였다.

그러나 원심이 적법하게 채택한 증거(갑 제4호증의 4 등)에 의하면, 원고는 피고에게 1994 사업연도 법인세를 신고․납부함에 있어 AA학원에 대한 기부금으로 4회에 걸쳐 합계 170,788,000원을 지급하였다고 하면서 기부금 명세서상에 이를 지정기부금으로 분류하여 지급일자별 지급금액과 그 용도를 자세하게 기재하였고, 피고도 그 후 원고에 대한 세무조사를 통하여 1994 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분을 함에 있어 위 금액과 그 밖의 지정기부금 11,450,000원을 합한 182,238,000원 중 법인세법상 지정기부금 한도액인 150,400,866원을 손금으로 인정한 사실을 알 수 있다.

이러한 사실관계에 의하면, 원고가 사립학교인 AA학원에 위 기부금을 지급한 사실 자체는 다툼이 없는 것으로 볼 여지가 많고, 구 조세감면규제법 제61조 제2항 제2호는 사립학교 등에 대한 기부금 중 손금산입하는 기부금의 범위를 폭넓게 규정하고 있으므로, 위 기부금은 위 규정에 의한 기부금에 해당할 개연성이 높다고 할 수 있음에도, 원심은 아무런 이유도 설시하지 아니하고 갑 제4호증의 4를 도외시한 채 원고의 주장을 인정할 아무런 증거가 없다는 이유로 이를 배척하였으니, 이러한 원심판결에는 채증법칙을 위반하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

7. 원고의 상고이유 제7점에 관하여

구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제1항은 “세무서장은 납세의무자가 국세 등으로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있는 때에는 즉시 그 오납액․초과납부액을 국세환급금으로 결정하여야 한다”고 규정하고, 국세환급금의 다른 국세 등에 대한 충당에 관하여는 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제31조 등에서 그 요건과 절차, 방법 등에 관하여 따로 규정하고 있으므로, 과오납부한 금액이 있더라도 적법한 충당행위가 없는 한 과세관청이 다른 국세를 징수함에 있어 위 금액을 징수할 세액에서 당연히 차감하여야 하는 것은 아니다(대법원 1999. 10. 22. 선고 98두5194 판결 등 참조).

원심은, 원고가 1993 사업연도의 신축주택 양도차익에 관하여 특별부가세로 38,153,373원을 신고․납부하였으나 법인세법상 신축주택 양도차익은 특별부가세의 과세대상이 아니고 피고도 1993 사업연도의 법인세 과세표준에 대하여 증액경정을 하면서 특별부가세를 부과하지 아니하였으므로, 그 오납액은 1993 사업연도의 법인세에 대한 기납부세액에 해당함에도 피고가 1993 사업연도의 법인세 징수처분을 함에 있어 그 오납액을 공제하지 아니한 것은 잘못이라는 주장에 대하여, 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세 부과처분과 토지 등의 양도에 따른 특별부가세 부과처분은 별개의 과세처분으로서 당초처분과 증액경정처분에 관한 법리가 적용되지 아니하므로 원고가 신고한 대로 특별부가세의 과세표준과 세액이 확정되었을 뿐이라는 등의 이유로 이를 배척하였다.

앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 특별부가세 38,153,373원을 오납하였다 하더라도 이를 1993 사업연도의 법인세액에 충당하는 행위가 별도로 있었다고 볼 자료가 없는 이상 그 오납액을 1993 사업연도의 법인세 징수세액에서 당연히 차감할 수는 없다 할 것이므로, 원심판결은 그 이유 설시에 미흡한 점은 있으나 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 징수처분에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

8. 원고의 상고이유 제8점, 제11점에 관하여

원심은, ① 피고가 1993 사업연도 법인세에 관하여 1997. 6. 1. 제3차 증액경정결정을 함에 있어 제2차 증액경정결정시의 가산세 15,736,558원을 누락하였음에도 이와 달리 위 가산세액을 합산하여 징수처분하였으므로 이 부분 징수처분은 취소되어야 한다는 주장에 대하여, 과세관청에서 징수처분을 하기 전에 작성하는 ‘법인세 과세표준금액 및 세액경정 결의서’에 잘못이 있다고 하더라도 대외적인 구속력이 없고, 납세의무자에 대한 조세법상 의무는 대외적으로 고지되는 납세고지서에 의하여 발생하므로 누락된 가산세가 납세고지서에 추가되었다 하여 하자가 있다고 볼 수 없다는 등의 이유로 이를 배척하고, ② 1994 사업연도 농어촌특별세의 징수처분과 1995 사업연도 농어촌특별세의 부과처분은 그 전제가 되는 각 농어촌특별세 경정결정서에 관할 세무서장의 결재가 없었으므로 각 무효라는 원고의 주장에 대하여, 과세관청의 내부적 절차에 하자가 있다고 하더라도 이러한 사유만으로 위 징수처분과 부과처분이 당연 무효라고 볼 수 없다는 이유로 배척하였다.

관계법령과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 채증법칙 위반이나 징수처분에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

9. 원고의 상고이유 제9점에 관하여

원심은, 피고가 1997. 6. 1. 원고에 대하여 한 1993 사업연도 법인세 징수처분 중 오납 특별부가세 38,135,373원을 기납부세액으로 공제하지 아니한 부분과 제2차 증액경정결정 시 누락한 가산세 15,736,558원을 합산하여 징수하였다는 부분에 대한 무효확인을 구하는 예비적 청구에 대하여, 원고가 주위적으로 동일한 징수처분의 취소를 청구하고 있고, 예비적 청구에서 그 무효확인을 구하는 사유는 위 주위적 청구에서 판단하게 되므로 별도로 그 무효확인을 구하는 것은 소의 이익이 없어 부적법하다는 이유로 이를 각하하였다.

그러나 원고가 예비적 청구에서 주장하는 사유와 주위적 청구에서 주장하는 사유가 동일하다고 하더라도 예비적 청구는 위 징수처분의 무효확인을 구하는 것으로서 위 징수처분의 취소를 구하는 주위적 청구와는 그 청구취지와 요건 등을 달리 하므로 예비적 청구가 소의 이익이 없다고 할 수 없다. 따라서 원고의 예비적 청구를 각하한 원심판결은 부당하나, 앞서 주위적 청구에 관하여 상고이유 제7점과 제8점에서 살펴본 바와 같이 예비적 청구는 그 주장 사유가 이유 없어 기각될 것임이 분명하고 이에 대하여는 원고만이 상고하여 불이익변경금지의 원칙상 상고인인 원고에게 불이익하게 예비적 청구를 기각하는 판결을 할 수 없으므로, 이 부분 원심판결을 파기하는 대신 원고의 이 부분 상고를 기각하기로 한다.

10. 원고의 상고이유 제10점에 관하여

가. 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정된 국세기본법에서 신설된 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 관한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

원심은, 그 채용증거를 종합하여, 원고가 국세심판원에 피고의 2002. 3. 25.자 1996 사업연도 법인세 부과처분(제4차 경정처분)의 취소를 구하는 심판청구를 제기한 사실, 그에 대하여 국세심판원은 2003. 9. 5. 원고의 공사대금채권은 AA학원에 대한 것으로 보아야 하므로 심SS에 대한 것으로 보아 익금산입하여 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다는 취지의 결정을 하였고, 그에 따라 피고는 2003. 9. 18. 심SS에 대한 인정이자 익금산입액을 취소하여 법인세를 감액경정(제5차 경정처분)하고, 2004. 1. 10. 다시 같은 금액을 AA학원에 대한 인정이자로 익금산입하여 법인세를 증액경정(제6차 경정처분)한 사실 등을 인정한 다음, 구 국세기본법 제26조의2 제2항은 “결정이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다”고 규정하고 있으므로 제6차 경정처분은 제척기간이 도과하지 아니하였고, 따라서 제4차 경정처분은 그 후에 이루어진 제6차 경정처분에 흡수되어 취소의 대상이 되지 아니한다는 이유로, 제4차 경정처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 그 취소대상이 존재하지 아니하여 부적법하다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 관계법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 이 부분 원심의 판단은 정당하다.

나. 그런데 원심은 제6차 경정처분의 납부불성실가산세는 144,189,241원의 범위 내에서 정당하다고 판단하였으나, 이 부분 원심판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

구 국세기본법 제26조의2 제2항의 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니므로(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조), 위 규정의 적용을 받는 제6차 경정처분은 국세심판원의 결정이 있기 전의 제4차 경정처분보다 그 세액을 증가시킬 수는 없다.

그런데 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 제4차 경정처분의 납부불성실가산세액은 137,299,120원이고, 제6차 경정처분의 납부불성실가산세액은 166,813,275원인 점을 알 수 있고, 납부불성실가산세 부과처분은 독립된 처분이므로, 위 법리에 의하면 제6차 경정처분의 납부불성실가산세액은 위 137,299,120원을 초과할 수 없다고 할 것임에도, 원심은 137,299,120원을 초과하는 144,189,241원의 범위 내에서 정당하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

11. 결론

그러므로 주위적 청구에 관한 원심판결의 원고 패소부분 중 1994 사업연도 법인세(가산세 포함) 및 그에 따른 농어촌특별세 부과처분과 1996 사업연도 법인세 납부불성실가산세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리․판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하고, 원고의 나머지 상고 및 피고의 상고를 각 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.