서울고등법원-2010-누-33346 (2011.07.07)

사 건

2010누33346 법인세등부과처분취소

원고, 항소인겸피항소인

XX코리아 주식회사

피고, 피항소인겸항소인

○○세무서장 외 1명

제1심 판 결

서울행정법원 2010. 9. 3. 선고 2009구합3545 판결

변 론 종 결

2011. 5. 19.

판 결 선 고

2011. 7. 7.

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고 ○○세무서장이 원고에 대하여 한,

(1) 2005. 10. 14.자 2002년 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,013,224,230원을 초과하는 부분, 2006. 3. 2.자 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원을 초과하는 부분, 2005. 10. 14.자 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 부과처분 중 1,463,751,620원을 초과하는 부분, 2008. 5. 1.자 2005년 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분을,

(2) 2005. 10. 14.자 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원의 부과처분 중 190,535,310원을 초과하는 부분, 2005. 10. 14.자 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 부과처분을,

나. 피고 ○○지방국세청장이 원고에 대하여 한 2005. 10. 14.자 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

다. 원고의 피고 ○○세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 원고와 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 이를 3분하여 그 2는

원고가, 나머지는 피고 ○○세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 ○○지방국세청장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○지방국세청장이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고 ○○세무서장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2000년 사업연도 법인세 2,018,190원, 2001년 사업연도 법인세 9,988,500원, 2002년 사업연도 법인세 1,223,190,190원, 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 각 부과처분, 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원, 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 각 부과처분, 피고 ○○세무서장이 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원, 피고 ○○세무서장이 2008. 5. 1. 원고에 대하여 한 2005년 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지를 각 취소한다(청구취지 및 청구원인 변경신청서의 변경된 청구취지 기재의 처분 부과일 2005. 10. 18. 및 2006. 3. 9.은 각 2005. 10. 14. 및 2006. 3. 2.의 착오로 보인다).

2. 항소취지

원고: 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2000년 사업연도 법인세 2,018,190원, 2001년 사업연도 법인세 9,988,500원, 2002년 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,174,170,400원, 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원, 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원, 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 각 부과처분, 피고 ○○세무서장이 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원, 피고 ○○세무서장이 2008. 5. 1. 한 2005년 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

피고 ○○세무서장: 제1심 판결 중 피고 ○○세무서장 패소부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

(1) 원고는 AAA LP, BBB LP(이하 묶어서 ‘000펀드 Ⅱ’), CCC LP, DDD LP(이하 묶어서 ‘000펀드 III’), EEE LP 및 FFF LP (이하 묶어서 ‘000펀드 IV’, 이하 000펀드 Ⅱ, III, IV를 ‘000펀드’라 통칭한다)가 투자한 유동화전문회사 등(국내법에 따른 유동화전문회사 및 유동화 업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함하고, 주식회사 00타워, 000000매니지먼트 주식회사, 000 00퍼티유동화전문 유한회사를 포함한다, 이하 ‘소외 유동화전문회사’ 또는 ‘SPC'라고 한다)과 사이에 자산관리위탁계약을 체결하였다.

(2) 원고는 위 자산관리위탁계약에 기하여 유동화자산을 관리, 운용, 처분하는 용역(이하 ‘자산관리용역’)을 제공하고 이에 대한 자산관리수수료를 지급받았고, 위 유동화 전문회사의 자산관리 외에 회계와 세무신고 업무 등 부수용역(이하 ‘부수용역’)을 대행하고 이에 대한 부수용역수수료를 지급받았다.

(3) HH LL(이하 ‘H LL’)는 000펀드를 위한 조사 및 자산평가와 자문용역을 제공하는 법인으로서 원고의 모회사이다.

나. 피고들의 부과처분 및 소득금액변동통지

(1) 2000년, 2001년 사업연도 법인세 부과처분

피고 ○○세무서장은 원고와 소외 유동화전문회사가 법인세법상 특수관계에 있다고 보아 법인세법 제25조 제1항 제2호 단서의 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비한도액을 다시 계산하고, 다음 표 기재와 같이 그 한도초과액을 손금 불산입하여, 2005. 10. 14. 원고에게 부과고지세액란 기재와 같이 법인세를 경정하여 부과하였다.

(2) 2002년 사업연도 법인세 부과처분

피고 ○○세무서장은 2005. 10. 14. 원고에게 ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비한도 초과액을 손금불산입하고, ② 000 000 investment Company, Ltd. 한국영업소(이하 0PL), 000 000 0PL Investment Company, Ltd. 한국지점(이하 000 0PL), 주식회사 00타워에 대한 자산관리수수료의 감액을 부인하여 1,231,832,494원을 익금 산입하고, ③ 14개 유동화전문회사에 대한 마진율 조정에 의한 부수용역수수료 1,001,696,791원, 00빌딩, 00타워 건물 관리와 관련한 부수용역 수수료 526,328,455원, 합계 1,528,015,246원의 감액을 부인하여 익금산입하는 등 다음 표 기재와 같이 익금산입액 합계 3,078,417,337원에 대한 법인세 1,223,190,190원을 경정하여 부과하였다.

(3) 2003년 사업연도 법인세 부과처분

피고 ○○세무서장은 2006. 3. 2. 원고에게 ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비한도 초과액을 손금불산입하고, ② 6개 유동화전문회사들로부터 받은 용역수수료 중 일부가 자산관리수수료와 중복이 되었다는 이유로 감액한 1,925,616,893원을 수입금액 누락으로 판정하여 익금으로 산입하는 등 다음 표 기재와 같이 익금산입액 합계 1,968,765,477원에 대한 법인세 725,873,690원을 경정하여 부과하였다 {피고 ○○세무서장은 2005. 10. 14. 2,278,146,760원의 부과처분을 하였고, 2006. 3. 2. 금액 오류로 24,019,280원만큼 증액경정하였다가 2007. 5.경 1,576,292,350원만큼 감액경정함에 따라 2006. 3. 2.자 처분으로서 725,873,690원(2,278,146,760원 + 24,019,280원 - 1,576,292,350원)이 최종 부과세액이다}.

(4) 2004년 사업연도 법인세 부과처분 및 소득금액 변동통지

피고 ○○세무서장은, ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비 한도 초과액을 손금불산입하고, ② 000 자산유동화전문 유한회사(이하 ‘XX’), ▽▽ 자산유동화전문 유한회사(이하 ‘▽▽’), 000 자산유동화전문 유한회사(이하 ‘00리’) 등 3개 유동화전문회사에 대한 자산관리수수료의 감액을 부인하여 1,231,832,494원을 익금 산입하고, ③ 원고가 HH 000에게 00은행과 관련하여 지급받은 부수용역수수료 677,238,500원의 감액을 부인하여 이를 익금산입하는 등 다음 표 기재와 같이 익금산

입액 합계 8,771,469,307원에 대한 법인세 1,693,854,580원을 2005. 10. 14. 원고에게 경정하여 부과하였다.

피고 ○○지방국세청장은 위와 같이 익금산입한 677,238,500원이 H LL에 대한 배당으로 소득처분하여 2005. 10. 14. 원고에 대하여 2004년 귀속소득 677,238,500원의 소득금액변동통지를 하였다.

(5) 2005년 사업연도 법인세 부과처분

피고 ○○세무서장은 ▽▽, XX 등 2개 유동화전문회사에 대한 자산관리수수료의 감액을 부인하고 303,990,818원을 익금 산입하여 2008. 5. 1. 원고에게 법인세 108,334,950원을 경정하여 부과하였다.

(6) 부가가치세 부과처분

피고 ○○세무서장은 2005. 10. 14. 원고가 위 2002년 부수용역수수료 관련하여 매출을 누락하였다고 보아 부가가치세 263,013,840원을, 2004년 00은행 부수용역수수료와 관련하여 매출을 누락하였다고 보아 부가가치세 6,772,380원을 각 경정하여 부과하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 9, 갑 제2호증, 갑 제5호증의 1 내

지 3, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 피고들의 처분 근거

피고들은 이 사건 처분의 근거에 대하여 다음과 같이 주장한다.

(1) 원고는 소외 유동화전문회사와 법인세법 제52조에 따른 특수관계에 있으므로 피고들은 법인세법 제25조 제1항 제2호 단서의 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비 한도액을 조정하였다.

(2) 피고들의 이 사건 각 자산관리수수료, 부수용역수수료 조정(이하 ‘이 사건 각 수수료 조정’이라 한다)에 관한 처분근거는 다음과 같다.

(가) 용역 제공에 대한 손익의 귀속은 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제69조 제1항에 따라 용역의 제공이 완료된 날이 속하는 사업연도에 확정되게 되는데(법인세 법상의 권리확정주의), 용역제공 완료일 이후에 정당한 사유 없이 임의로 용역대가 감액을 소급하여 인정한다면 법인세법의 수익인식기준 및 귀속시기를 무시하고 기업의 필요에 따라 과세소득을 자의적으로 조정하는 부당한 결과를 가져오게 된다.

(나) 또한 위와 같은 수입금액 감액이 필요한 경우 거래 당사자 사이의 자유롭고 합리적인 의사결정에 따라 이루어져야 하는데, 원고의 수입금액 감액은 배당소득공제를 통한 조세회피 목적에 따라 이루어진 것으로 000펀드의 지시에 따른 것이다.

결국 원고는 거래당사자 간의 용역대가 감액에 대한 합리적인 사유 없이 일방적으로 이미 계상된 수입금액을 소급하여 분개하는 방식으로 수입금액을 누락하였고, 이는 용역제공 및 수입수수료가 정당하게 이행되어 완료된 상태에서 정당한 사유 없이 이루어진 부당한 회계처리에 해당한다.

(다) 예비적으로 피고들은 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호의 부당행위계산 부인 규정을 이 사건 처분의 근거로 주장한다.

원고는 000펀드의 자산을 전문적으로 관리하는 회사로서, 소외 유동화전문회사와 사이에 체결한 자산관리계약은 체계적이고 치밀한 검토를 거쳐 마련된 것이므로, 그에 따라 정하여진 소급 분개 이전의 용역대가는 객관적이고 합리적인 근거에 따라 정해진 시가에 해당한다. 따라서 원고는 특수관계가 있는 소외 유동화전문회사와 자산관리계약에 의하여 용역을 제공함에 있어서, 소급 분개하는 방식으로 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당히 감소시킨 것으로 평가될 수 있고, 피고들은 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 이를 부당행위계산으로 부인할 수 있다.

나. 피고들의 처분 근거에 대한 원고의 주장

피고들이 이 사건 처분의 근거로 든 내용은 다음과 같은 잘못이 있다.

(1) 원고는 소외 유동화전문회사와 자산관리위탁계약을 체결하고 그에 따른 용역을 제공하였을 뿐, 소외 유동화전문회사와 법인세법 제52조에 따른 특수관계에 있지 않음에도 불구하고 원고와 소외 유동화전문회사 간 특수관계가 성립함을 전제로 접대비 한도액을 조정함은 위법하다.

(2) 피고들의 이 사건 각 수수료 조정에 관한 처분근거는 다음과 같은 잘못이 있다.

(가) 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제69조 제1항에 따른 권리확정주의는 확정되는 수익금액을 어느 사업연도에 귀속시킬 것인지 귀속시기에 대한 규정일 뿐, 애당초 수수료의 조정을 부인하거나 확정되지도 않은 수익금액을 소득으로 인정할 근거가 될 수 없다. 즉, 권리확정주의는 손익이 언제 귀속되는지에 관한 ‘시기’에 관한 조항으로 ‘손익의 귀속’을 부인하는 근거가 될 수 없는바, 원고에게 귀속되지도 않은 소득에 대하여 권리확정주의를 내세워 법인세를 부과할 수 없다.

(나) 원고의 회계처리 및 재무제표 작성은 회계기준에 부합한다. 회계연도 중 수수료 조정의 경우는 회계연도 중 사건이므로 당연히 당해 재무제표에 반영되어야 하고, 회계연도 후 수수료 조정의 경우에도 재무제표(결산) 확정 이전에 이루어졌으므로, 기업회계기준서 제6호에 따라 당해 재무제표에 반영되어야 한다. 또한, 이 경우에도 회계기준을 존중하도록 규정하고 있는 법인세법 제43조에 따라 세무회계의 소득에도 반영되어야 한다.

(다) 설령 피고들의 주장과 같이 권리확정주의에 관한 법인세법 제40조를 적용하더라도, 위 조항은 “사업연도” 별로 귀속시기를 따지는 규정인데, 법인세 납세의무는 “사업연도 말”에 성립하고, 따라서 원고가 조정한 수수료 조정 중 적어도 당해 사업연도 중에 수수료가 조정된 부분은 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 당연히 반영되어야 한다. 또한 사업연도 후 수수료 조정의 경우 수수료가 정당하게 조정된 이상 실제로 조정이 이루어진 사업연도의 소득에는 반영되어야 한다.

(라) 피고들은 예비적으로 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호의 부당행위계산 부인 규정을 이 사건 처분의 근거로 주장하나, 원고가 소외 유동화전문회사로부터 지급받은 자산관리수수료 및 부수용역수수료가 시가에 미치지 못한다는 점에 관하여 전혀 입증을 하지 못하고 있다.

다. 원고의 이 사건 각 수수료 조정에 관한 구체적 주장

다음 항목별 기재와 같이 소외 유동화전문회사와의 자산관리위탁계약에 따라 원고 자체의 오류 시정이나 000펀드 무한책임사원(General Partner, 이하 ‘GP’) 혹은 다른 투자자 또는 이해관계자들의 요구에 따라 과다 청구된 수수료를 시정하여 확정한 것으로서 원고의 정상적이고 합리적인 사업수행과정에서 일정 부분 불가피하게 조정한 것임에도 불구하고 조세회피 목적에 따라 임의로 감액하였다고 보아 익금산입한 것은 위법하다.

(1) 2002년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정

N00 및 K00 0PL이 자산구성의 변화로 이에 따른 자산관리용역이 감소하여 이에 상응하도록 수수료의 조정을 요구함에 따라 조정한 것이고, 또한 주식회사 00타워가 000000매니지먼트 주식회사(이하 ‘00MC’)와 별도의 자산관리위탁계약이 체결함에 따라 원고가 실제 수행한 자산관리업무가 한정되었고, 이에 따라 주식회사 00타워와 자산관리수수료를 조정하는 수정계약을 체결하게 된 것이다.

이러한 자산관리수수료는 2002년 사업연도 경과 후 결산 확정 전(재무제표 확정전)인 2003. 3. 4. 이루어졌다.

(2) 2002년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정

① 000펀드를 운영하는 GP는 2002년 사업연도 말 주식회사 00타워 등 14개 소외 유동화전문회사에 대한 부수용역수수료를 검토한 결과 그 전반적 수준이 과다하다는 결론을 내리고, 원고에게 마진율을 20%에서 10%로 인하해줄 것을 요구함에 따라 00멕스 방식에 따른 과다한 수수료를 조정한 것이다. 이 부분 부수용역수수료 조정은 2002년 사업연도 경과 후 결산 확정 전(재무제표 확정 전)인 2003. 3. 4. 이루어졌다.

② 00빌딩을 소유한 000 00퍼티유동화전문 유한회사(이하 ‘000 00퍼티’라 한다) 및 00타워 빌딩을 소유한 주식회사 00타워에게 부수용역을 제공하고 부수용역 수수료를 감액한 것은 000펀드(GP) 및 다른 투자자의 요구에 따라 사업상 이유로 00멕스 방식에 따른 과다한 수수료를 조정한 것이다. 특히 00빌딩의 경우 000펀드와 공동으로 50%를 00빌딩에 투자한 000법인 C Inc. 수수료의 적정여부를 검토한 후 조정을 요구함에 따라 이루어진 것이다.

더욱이 이 부분 부수용역수수료 조정은 2002년 사업연도 내인 2002. 4. 30.(00빌딩 관련) 및 2002. 12. 30.(00타워 빌딩 관련)에 조정되었으므로 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 당연히 반영되어야 한다.

(3) 2003년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정

00000코리아0(000 Korea 000 Specialty Company) 등 6개 유동화전문회사와 수행한 용역은 자산관리위탁계약상 자산관리용역에 포함되어 별도로 자산관리수수료가 청구되고 있음에도 부수용역으로 분류하여 00멕스 방식으로 수수료를 산정하여 청구하였는바, 이러한 명백한 오류가 발견되어 이를 조정한 것이다.

더욱이 이 부분 부수용역수수료 조정은 2003년 사업연도 내인 2003. 12. 24.에 조정되었으므로 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 당연히 반영되어야 한다.

(4) 2004년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정 및 소득금액변동통지

원고는 일방적으로 00은행 자산의 관리자가 될 것으로 예상하고 자산관리계약을 체결하기에 앞서 미리 관리할 자산의 현황을 파악하는 등 예비적 업무를 수행하였으나, 000펀드가 00은행의 자산에 대한 관리가 필요하지 않다고 판단하게 됨으로써, 원고의 예비적 업무 수행은 계약상 근거도 없이 수행된 것이 되어 그 수수료를 00은행에 청구할 수 없었다. 더욱이 이 부분 부수용역수수료 조정은 2004년 사업연도 내인 2004. 7. 30.에 조정되었으므로 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 당연

히 반영되어야 한다.

또한, 위와 같이 익금산입이 위법한 이상 피고 ○○지방국세청장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지 역시 위법하다.

(5) 2004년, 2005년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정

▽▽, XX에 대한 자산관리수수료의 조정은 신용카드채권의 저조한 회수실적 등에 의하여 선순위채권자인 국내금융기관들이 2004년 초 인상된 자산관리수수료의 조정을 강력하게 요구하여 조정이 이루어진 것이고, QQQ에 대한 조정은 유동화 자산 일부가 QQQ에 의한 자산취득 당시 이미 제3자에게 매각되기로 미리 약정되었는바, 선매각된 자산에 대한 원고의 수수료 청구가 부당하여 제외된 것이다.

특히 ▽▽, XX에 대한 2005년 사업연도 자산관리수수료 조정은 2005년 사업연도 내인 2005. 3. 11.에 조정되었으므로 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 당연히 반영되어야 한다. 다만, 2004년 사업연도 자산관리수수료 조정은 2004년 사업연도 경과 후 결산 확정 전인 2005. 3. 11. 이루어졌다.

(6) 2002년, 2004년 부가가치세 부과처분

피고가 매출누락이라고 판단한 2002년 부수용역수수료 및 2004년 00은행 관련 부수용역수수료와 관련한 법인세 부과처분(익금산입)은 모두 위법하므로, 그에 따른 부가가치세 부과처분도 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 원고와 소외 유동화전문회사가 특수관계자인지 여부에 대한 판단

가. 인정사실

(1) 000펀드는 자금을 모집하여 전세계에 투자하는 사모펀드(private equity fund)인데, 조직형태는 유한파트너쉽(Limited Partnership)으로서, 펀드 투자자들인 유한책임사원(Limited Partner, 이하 ‘Limited Partner’)들과 펀드를 운영하는 무한책임사원인 GP로 구성되어 있다.

(2) 000 Ⅱ LP, 000 Ⅲ LP 및 000 Ⅳ LP(이하 묶어서 ‘0SP’)는 각 000펀드 Ⅱ, III, IV에 해당하는 펀드들의 GP로서 펀드관리자의 역할을 수행하였다. 000펀드들의 지분 중 1%는 GP인 LSP가, 나머지 99%는 Limited Partner인 미국 및 전세계 투자자들이 보유하였다.

(3) 000펀드들은 GP 및 Limited Partner들의 파트너쉽 계약에 따라 설립, 운영되고, 아일랜드, 버뮤다, 룩셈부르크 등에 특수목적법인을 설립하였다. 000펀드들은 특수목적 법인을 통하여 국내에 ▽▽ 등 유동화전문회사 등을 설립하여 국내 채권, 부동산 등에 투자하였다.

(4) 000펀드 회장이면서 000의 파트너인 존 0000(John 0000)은 개인이 투자하여 000펀드를 위한 용역을 제공하는 법인으로서 H LL를 설립하였고, 한국 내 000펀드를 위한 자산관리, 부수용역을 제공하기 위한 법인으로서 원고를 설립하였는데, H LL가 원고의 발행 주식 전부를 소유하고 있다. 또한, 000는 000, H LL를 통하여 한국 내 000 000코리아유한회사(이하 ‘000K’)를 자회사로 두고 있다.

(5) 0000는 000펀드의 한국 내 투자와 관련하여 투자자산을 물색하고 투자여부를 내부적으로 결정하고, 000펀드자문위원회 및 투자위원회에 투자여부에 대한 자문을 구하여 투자를 결정하며, 원고는 000펀드의 투자결정 및 지시에 의하여 설립된 유동화전문회사 등 SPC와 자산관리계약을 체결하고, 자산관리용역 외 세무·회계 분석 등 부수용역을 제공하고 있으며, 그 외에도 0000를 비롯한 한국 내 000펀드의 모든 자금관리를 총괄 집행하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 판단

(1) 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제87조 제1항에서 임원의 임명권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 자를 특수관계자로 인정하고 있는바, 원고가 소외 유동화전문회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있는 자로서 특수관계자인지 여부에 관하여 본다.

(2) 위 인정사실과 더불어 갑 제6호증, 을 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 소외 유동화전문회사의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 할 것이므로, 원고는 소외 유동화전문 회사와 사이에 특수관계에 있는 자라고 할 것이다.

①000펀드의 기본규정인 파트너쉽 약정에 의하면, 펀드 운영자인 GP는 파트너쉽 운영에 배타적인 권한을 부여받고 있으며, GP의 핵심인물인 Principal과 그 자회사가 파트너십이 투자할 대상과 관련된 투자의향서, 기본원칙 합의, 구체적 합의 및 기타 문서 작성에 참여하도록 되어 있고, 투자자산과 관련하여는 GP의 자회사 또는 핵심인물이 자산취득, 자산의 관리·운영 및 자금조달에 대하여 거래하도록 하고 있다.

② 000펀드의 GP인 0SP는 000K를 직접 지배하면서 000K의 의사를 결정하고 있다. 또한, 비록 존 0000 개인이 형식상 원고의 주식을 소유하고 있으나 존 0000은 000펀드 회장이면서 0SP의 파트너로서 0SP의 의사결정에 따르게 될 것으로 보이는 점에 비추어 보면, 000가 원고에 대하여 직접 영향력을 행사하고 있다고 할 것이다.

③ 000펀드의 한국내 투자는 한국총괄책임자인 스티븐 0(Steven 0)의 책임하에 000펀드 투자위원회에서 이루어졌는바, 000펀드 투자위원회는 존 0000, 엘리스 00(Ellis 00), 스티븐 0 등이 관여하고 있어, 존 0000과 스티븐 0 등이 000K 및 원고에 대한 의사결정을 관여하게 된다.

④ 소외 유동화전문회사의 실질적 지배주는 99%의 지분을 보유하고 있는 000펀드의 Limited Partner이나, Limited Partner는 위 파트너십 약정에 따라 SPC 운영에 관한 모든 권한을 앞서 본 바와 같이 GP에게 위임하고 있는바, 소외 유동화전문회사의 의사 결정은 결국, 000펀드의 GP인 0SP에 의하여 이루어진다. 즉 L00는 HH LL를 통하여 SPC의 사업운용과 관련하여 000펀드자문위원회 회의결과 및 자체결정 등을 통하여 나온 결과를 바탕으로 자회사인 원고에게 SPC 운영을 지시함으로써 SPC 보유자산의 운용․관리․매각과 같이 중요 업무를 수행하게 된다.

⑤ L00는 위 파트너십 약정에 따라 원고 및 0000의 임원을 대표로 하여 소외 유동화전문회사를 설립하였고, 유동화전문회사는 서류상회사(Paper Company)로서 실제 업무를 수행할 직원이 없으므로, GP가 유동화전문회사의 수익을 실현하려면 원고를 이용할 수밖에 없으며, 원고는 GP 및 투자자를 대리하여 모든 업무를 수행하며 이러한 원고의 활동은 그대로 SPC의 사업성과에 반영되게 된다.

⑥ 000는 파트너쉽 약정에 의하여 파트너쉽 및 Limited Partner들에 대하여 최상의 이익을 추구하여야 할 선량한 관리자로서의 주의의무 및 충실의무를 부담하는 점, HH LL 및 원고는 000펀드를 위한 자산관리, 부수용역을 제공하기 위하여 설립된 점 등에 비추어 보면, 0SP의 파트너인 존 000이 형식상 원고를 지배한다고 하더라도 원고의 이익을 위하기보다 000펀드 전체의 이익을 대변할 수밖에 없다.

(3) 따라서 원고가 소외 유동화전문회사와 사이에 특수관계에 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고 ○○세무서장이 원고와 소외 유동화전문회사를 특수관계자로 본 전제 하에 접대비 손금불산입 한도를 정한 것은 적법하다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 피고의 이 사건 각 수수료 조정의 처분 근거에 관한 판단

가. 법인세법상의 권리확정주의

법인세법 제14조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.”고 규정하고, 같은 법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제40조 제2항에 따라 위임을 받은 같은 법 시행령 제69조 제1항은 “법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설․제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고 있다.

“권리확정주의”란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조).

나. 당해 사업연도 내에 조정된 수수료

(1) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 당해 사업연도 내에 조정된 수수료의 내역은 아래 표의 기재와 같다.

(2) 권리확정주의에 관한 법인세법 제40조는 “사업연도” 별로 귀속시기를 따지는 규정인데, 법인세 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호에서 규정하는 바와 같이 “사업연도 말”에 성립하고, 원고가 조정한 수수료 조정 중 적어도 당해 사업연도 중에 수수료가 조정된 부분은 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 반영되는 것이 원칙이다. 따라서 원고가 주장하는 바와 같이 당해 사업연도 중에 수수료 청구에 오류가 있거나, 수수료 조정이 사업상 정당한 것으로 인정되는 경우에는 이를 당해 사업연도의 소득에 반영함이 상당하다.

(3) 사적 자치는 계약 체결의 당사자가 거래 환경 및 거래 관계자의 요구를 반영하여 계약의 내용을 필요에 따라 변경하는 것을 포함하는 바, 최초의 계약의 수정을 통하여 자산관리수수료나 부수용역수수료를 변경하는 것은 원칙적으로 허용되고, 00멕스 방식의 부수용역수수료의 경우 용역대가가 확정적인 것이 아니므로 거래당사자간 합의로 수수료를 확정하는 절차가 필요하다.

특히 소외 유동화전문회사와 원고 사이에 체결된 자산관리위탁계약서에 따른 부수용역에 대한 청구액은 유사한 용역을 제공하는 비계열회사의 청구금액과 같거나 그보다 적어야 한다고 규정하고 있으므로 갑 제9호증 00타워 자산위탁계약서 7조 (b), 갑 제13호증 00000코리아0 자산위탁계약서 6조 (b) , 원고가 통상적인 용역대가보다 과다한 수수료 지급을 청구하였고, 이에 대하여 이의를 제기하였다면 용역대가를 조정할 수 있는 계약상의 근거가 된다.

(4) 조세법률주의의 원칙상 법에 구체적인 근거규정이 없으면 실질과세의 원칙을 들어 소득의 귀속이나 거래의 형식을 재구성할 수 없고 납세의무자가 선택한 소득의 귀속 형식이나 거래의 형식이 가장행위에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 사법상의 형식을 세법상으로도 그대로 인정하여야 한다(대법원 1991. 5. 14. 선고 90누3027 판결 등 참조). 따라서 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제69조 제1항에 따른 권리확정주의는 확정되는 수익금액을 어느 사업연도에 귀속시킬 것인지의 귀속시기에 대한 규정으로 수수료의 조정을 부인할 근거는 될 수 없다.

(5) 피고들은 이 사건 각 수수료는 이미 기업회계기준서 제4호의 수익인식 요건을 충족하였다는 취지로 주장한다. 살피건대, 기업회계기준서 제4호는 경제적 효익의 유입 가능성이 매우 높은 경우에만 수익을 인식하는 경우로서 아래에서 보는 바와 같이 “당해 사업연도” 중에 수수료 조정의 경우 원고가 청구한 수수료에 오류가 있거나, 수수료 조정이 사업상 정당한 것으로 인정되는 경우에는 처음부터 수익인식요건을 충족하지 못한다고 할 것이다.

다. 당해 사업연도 경과 후 결산 확정(재무제표 확정) 전에 조정된 수수료

(1) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 당해 사업연도 경과 후 결산(재무제표) 확정 전에 조정된 수수료의 내역은 아래와 같다.

(2) 살피건대, 특별한 사정이 없는 한 위의 표 기재 수수료는 각 해당 사업연도에 확정되어 귀속되었다고 할 것이고, 가사 원고의 주장과 같이 결산 확정 전에 수수료를 감액하는 합의를 하여 회계장부를 소급하여 분개하여 수수료를 반환하였다고 하더라도, 이는 이미 다음 사업연도에 발생한 사실로서 종전 사업연도에 귀속된다고 볼 수 없다.

원고의 주장과 같이 종전 사업연도에 귀속될 수수료가 원고의 소급 분개로 소급적으로 소멸된다고 본다면, 이미 과세요건이 충족되어 유효하게 성립된 조세법률관계를 당사자의 사후 약정에 의해 자의적으로 변경함으로써 법인세 과세를 면할 수 있는 조세회피를 용인하는 결과가 되어 부당하다. 따라서 원고가 주장하는 소급 분개는 이미 귀속된 법인세 납세의무에 아무런 영향을 미칠 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2004두2332 판결 등 참조).

(3)　이에 대하여 원고는, 법인세법 제43조는 기업회계기준 존중의 원칙을 규정하고 있는데, 원고가 주장하는 이 사건 수수료 조정의 사유는 기업회계기준 제6호의 이른바

‘수정을 요하는 대차대조표일 후 사건’에 해당하므로 원고에 대한 각 해당 사업연도 법인세 부과처분에서 조정된 수수료액을 익금에 산입해서는 안 된다고 주장한다.

살피건대, 법인세법 제43조는 기업회계기준 존중의 원칙을 규정하고 있으나, 이는 법인세법상의 손익귀속에 관한 규정만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에 법인세법상의 손익확정주의에 반하지 않는 한도에서 적용되는 것에 불과하고(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936 등 판결 참조), 법인세법상의 손익귀속에 관한 규정만으로도 손익의 귀속을 정할 수 있는 경우에는 기업회계기준 존중의 원칙을 고려할 필요가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(4) 원고는 또한, 당해 사업연도 경과 후 결산 확정 전에 수수료를 조정한 경우라도 수수료가 정당하게 조정된 이상, 적어도 실제로 조정이 이루어진 사업연도의 소득산정

에는 반영되어야 한다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 것과 같은 사정이 있는 경

우에는 원고는 국세기본법 제45조의2 제2항에 따른 경정청구를 함으로써 구제받을 수

있다고 할 것이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다(대법원 2011. 6. 24. 선고 2008두20871 판결 참조).

라. 부당행위계산부인의 보충적 판단

피고는 예비적으로 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호의 부당행위계산 부인 규정을 이 사건 각 수수료 조정의 근거로 주장하므로, 아래에서는 당해 사업연도 내에 수수료가 조정된 경우에 한하여 예비적으로 부당행위계산부인에 관하여 판단하기로 한다.

6. 이 사건 각 수수료 조정에 대한 구체적 판단

가. 2002년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정

(1) 갑 제28 내지 30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 3. 4. N00, K00 N00, 주식회사 00타워에 대하여 자산수수료율의 인하를 이유로 전표일자를 2002. 12. 31.자로 소급하여 2002년 사업연도 매출액 1,231,832,494원을 소급 분개를 통하여 감액한 사실을 인정할 수 있는바, 이 부분은 2002년 사업연도 경과 후 원고가 2002년 사업연도 매출액을 감액한 것으로, 앞서 본 바와 같은 이유로 원고의 이 부분 자산관리수수료 조정을 인정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 2002년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정

(가) 갑 제9 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2002년 사업연도에 주식회사 00타워 등 14개 SPC에 대하여 용역제공을 완료하고, 00멕스 방식에 따라 그 지급의무가 확정된 날을 기준으로 부수용역수수료를 계상한 다음, 2003. 3. 4. 마진율을 종전 20%에서 10%로 인하하고 소급 분개를 통하여 2002. 12. 31.자로 소급하여 부수용역수수료 1,001,696,791원을 감액한 사실을 인정할 수 있다. 이 부분은 2002년 사업연도 경과 후 원고가 소급 분개를 통하여 2002년 사업연도 매출액을 감액한 것으로, 앞서 본 바와 같은 이유로 원고의 이 부분 부수용역수수료 조정을 인정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 다음으로, 갑 제7, 38, 39, 40호증, 갑 제8호증의 1의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2001. 1.경 00빌딩을 소유하고 있는 000 00퍼티와 2001. 6.경 00타워 빌딩을 소유하고 있는 주식회사 00타워와 각 자산관리계약을 체결하고 계속적으로 부수용역을 제공한 후 00멕스 방식에 따라 부수용역 수수료를 계상한 사실, 원고는 2002년 사업연도 내인 2002. 4. 30. 부수용역수수료 과다계상을 이유로 000 00퍼티에 대한 용역수수료 122,875,453원을 감액한 사실, 원고는 2002년 사업연도 내인 2002. 12. 30. 주식회사 00타워에 대한 용역수수료 403,443,002원을 감액한 사실을 인정할 수 있다.

여기에 갑 제7, 38, 39, 40, 50호증, 갑 제8호증의 1의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ①캐나다 법인 Ca000 Inc.은 00펀드의 00000퍼티와 공동으로 50%를 00빌딩에 투자하고 있고, Ca000 Inc.은 00빌딩 외에 S00빌딩에도 투자하고 있는데, S00빌딩은 00빌딩과 규모, 위치가 유사할 뿐만 아니라 S00빌딩의 투자금액은 약 660억 원, 00빌딩에 대한 투자금액은 약 650억 원으로 유사한 점, ② 부수용역수수료는 회계, 세무 등의 용역에 대한 대가로서 특별한 사정이 없는 한 수수료가 유사하여야 함에도 원고가 00빌딩의 보유자인 000 00퍼티에게 2002. 3.까지 청구한 부수용역수수료는 270,229,068원임에 비하여 S00빌딩의 보유자인 000 00퍼티투 유동화전문 유한회사

에게 같은 기간 청구된 부수용역수수료는 67,580,256원으로 상당한 차이가 있는 점, ③ 이에 Ca000 Inc.는 00빌딩에 대한 해당 금액의 조정을 요구하였고, 원고는 사업연도 중인 2002. 4. 30. 수수료를 조정하였으며, 2002. 4.경 이후에는 감액된 수수료와 유사한 금액을 수수료로 지급받고 있는 점, ④ 원고는 2002년 사업연도 중인 2002. 12. 30. 주식회사 00타워와 사이에 부수용역수수료 과다계상을 이유로 수수료를 감액한 점을 인정할 수 있는바, 사정이 이와 같다면, 원고는 2002년 사업연도 내에 L00 00퍼티에 대한 용역수수료 122,875,453원, 주식회사 00타워에 대한 용역수수료 403,443,002원 합계 526,318,455원에 대하여 부수용역수수료를 감액하는 것으로 조정하였고, 이러한 원고의 수수료 조정은 사업상 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(다) 피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정은 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장하나, 을 제20 내지 22호증, 을 제28호증의 1, 을 제30호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

피고는 또한, 원고는 특수관계가 있는 000 00퍼티, 주식회사 00타워와 부수용역계약에 의하여 용역을 제공함에 있어서, 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 부당행위계산부인으로 부인한다고 주장한다.

살피건대, 부당행위계산부인에 있어서의 시가는 법인세법 시행령 제89조에서 규정하고 있는 바와 같이 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 “특수관계자가 아닌” 불특정다수인과의 계속적인 거래 혹은 제3자간의 거래로서, 객관적인 교환가치를 반영하는 실제거래가격이 있는 경우는 이에 의하고, 그렇지 않으면 감정가격, 상속세및증여세법에 따른 보충적 평가방법의 적용에 따라 피고가 별도의 시가를 주장, 입증하여야 한다. 그런데, 원고가 소외 유동화전문회사 사이에 특수관계가 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고와 소외 유동화전문회사 사이의 종전 거래가격을 시가로 볼 수는 없고, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는바, 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

나. 2003년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정

(1) 갑 제13, 14호증, 을 제15호증의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 12. 24. 0003 0 Ⅳ Investment Company, Ltd., 00000코리아0, 00000코리아0, 00000코리아0, 00000코리아0, 000에프코 00세븐 유동화전문회사 등 6개 유동화전문회사들로부터 받은 부수용역수수료 가운데

일부가 자산관리수수료와 중복이 되었다는 이유로 1,925,616,893원을 수입금액에서 감액한 사실, 위와 같은 수수료 감액은 2003년 사업연도 내에 이루어진 사실을 인정할

수 있다.

(2) 여기에 갑 제13, 14호증, 을 제15호증의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고가 위 6개 유동화전문회사와 사이에 체결된 자산관리위탁계약서에 의하면, 원고는 기본자문료(자산관리수수료)를 지급받는데, 제공하여야 할 자산관리용역에 대하여 자산에 관한 전반적 계획 준비, 자산의 회수전략 수립 및 전략에 따른 회수이익의 추심 등을 포함하고 있고, 재무 및 세무 회계용역을 포함한 특정 추가용역을 부수용역으로 제공할 수 있되, 이러한 용역에 대한 용역제공자의 청구액은 유사한 용역을 제공하는 비계열회사의 청구액과 같거나 그보다 적어야 한다고 규정하고 있는 점, ② 원고는 위 6개 유동화전문회사가 보유한 특정채권 및 리스채권을 평가하고 상환기간을 연장할 것인지 여부를 검토하는 작업(자산매각을 전제로 한 재평가 업무, 리스채권 관련 Restructuring 업무)을 수행하면서 이를 부수용역으로 분류하여 00멕스 방식에 따라 부수용역수수료 1,925,616,893원을 별도로 청구하였는바, 이러한 용역은 위 자산관리계약서상의 ‘자산의 회수전략 수립 및 전략에 따른 회수이익의 추심’에 해당하는 자산관리업무라고 할 것이므로, 00멕스 방식으로 산정되는 부수용역수수료가 별도로 발생할 여지가 없다고 보이는 점, ③ 원고는 2003. 12. 10.경 자산관리수수료와 중복된 부수용역수수료의 반환에 관한 내부 결재 과정을 거쳤고, 해당 사업연도 내인 2003. 12. 24. 수수료의 감액 조정이 있었던 점을 인정할 수 있는바, 사정이 이와 같다면, 원고는 2003년 사업연도 내에 위 6개 유동화전문회사들로부터 받은 부수용역수수료 가운데 일부가 자산관리수수료와 중복이 되었다는 이유로 1,925,616,893원을 수입금액에서 감액하는 것으로 부수용역수수료를 조정하였고, 이러한 원고의 수수료 조정은 수수료 청구에 오류가 있는 경우에 해당되는 경우라고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정은 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장하나, 을 제20 내지 22호증, 을 제28호증의 1, 을 제30호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

피고는 또한, 원고는 특수관계가 있는 위 유동화전문회사들과 부수용역계약에 의하여 용역을 제공함에 있어서, 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 부당행위계산부인으로 부인한다고 주장하므로 살피건대, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는바, 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

다. 2004년 사업연도 법인세 부과처분 중 부수용역수수료 조정 및 소득금액변동통지

(1) 을 제16, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2004. 2.부터 2004. 6.까지 HH LL에게 특수관계법인인 00은행과 관련된 용역을 제공하고 매월 말일을 기준으로 그 용역대가 677,238,500원을 청구하면서 장부상 용역수입수수료와 미수금으로 각각 계상한 사실, 원고는 2004년 사업연도 내인 2004. 7. 30. 00은행 관련 용역수입수수료 677,238,500원을 수입금액을 감액한 사실을 인정할 수 있다.

(2) 여기에 갑 제15호증, 을 제16 내지 18호증의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2004년 당시 신규투자가 없어 업무가 줄게 되자, 000펀드가 2003년 인수한 00은행의 자산관리 관련 업무(부동산 관리 및 채권회수) 참여를 통한 사업 확장을 기대하고, 00은행 보유 자산 현황 검토 등 자산관리용역을 수행한 점, ② 원고가 이와 같이 자산관리용역을 수행한 내용은 00멕스 방식에 따른 수수료로 전산 집계되어 그 대금이 677,238,500원에 이르게 된 점, ③ 원고는 000펀드에 00은행 자산관리 업무를 수행할 것을 요청하였으나, 000펀드는 00은행이 자산관리와 관련된 업무를 수행하는 데 충분한 인력을 보유하고 있다는 이유로 원고의 자산관리업무 수행 요청을 거절한 점, ④ 검찰은 관련 형사사건에서 원고가 당시 00은행의 자산관리자가 아닐 뿐만 아니라

원고에게 실제로 용역수입이 입금된 사실이 없으므로, 원고가 위 677,238,500원의 수

익을 누락하였다고 인정하기에 부족하다는 이유로 2006. 12. 7. 당시 원고의 대표이사

였던 정00에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)의 점에 관하여 혐의없음 처분을 한 점을 인정할 수 있는바, 사정이 이와 같다면, 원고는 2004년 사업연도 내인

2004. 7. 30. 계약상 근거가 없이 수행한 00은행 관련 부수용역수수료 677,238,500원을 조정한 것으로, 이 부분 수수료 조정은 수수료 청구에 오류가 있거나, 사업상 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정은 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장하나, 을 제16, 18호증, 을 제20 내지 22호증, 을 제28호증의 1, 2, 을 제30호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

피고는 또한, 원고는 특수관계가 있는 00은행과 부수용역계약에 의하여 용역을 제공함에 있어서, 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 부당행위계산부인으로 부인한다고 주장하므로 살피건대, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는바, 이를 인정할 만한증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(4) 또한, 위와 같이 2004년 사업연도에 산입된 부수용역수수료 677,238,500원의 익금산입이 위법한 이상, 피고 ○○지방국세청장이 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2004사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지 역시 위법하다.

라. 2004년, 2005년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정

(1) 갑 제16, 17호증의 각 1, 2, 갑 제18 내지 21호증, 갑 제22호증의 1, 2, 갑 제23, 24, 31호증, 갑 제41 내지 43호증, 을 제29호증의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003년부터 2005년까지 XX, ▽▽, QQQ와 자산관리용역계약을 체결하고 이들의 보유자산을 관리하는 역무를 제공하고 그 대가로 위 회사의 보유자산(미회수채권) 장부가액의 일정비율(0.8%∽2.75%)을 자산관리용역수수료로 수령하여 이를 수익으로 계상한 사실, 원고는 2005. 3. 11. 장부에 계상된 2004년 사업연도 자산관리수수료 합계 4,284,308,966원을 소급 분개를 통하여 수입금액에서 감액한 사실, 원고는 2005년 사업연도 내인 2005. 3. 11. ▽▽, XX에 대한 자산관리수수료 합계 303,990,818원을 수입금액에서 감액한 사실을 인정할 수 있다.

(2) 먼저 2004년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정에 관하여 보건대, 이 부분은 2004년 사업연도 경과 후 2005. 3. 11.에 장부에 계상된 2004년 사업연도 자산관리수수료 합계 4,284,308,966원을 소급 분개를 통하여 수입금액에서 감액한 것으로, 앞서 본 바와 같은 이유로 원고의 자산관리수수료 조정을 인정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 다음으로 2005년 사업연도 법인세 부과처분에 관하여 보건대, 갑 제16, 17호증의 각 1, 2, 갑 제18 내지 21호증, 갑 제22호증의 1, 2, 갑 제23, 24, 31호증, 갑 제41내지 43호증, 을 제29호증의 각 기재 및 제1심 증인 현00의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ▽▽와 XX는 유동화자산으로 카드채권을 보유하던 SPC로서 원고로부터 자산관리용역을 제공받는 것 이외에 ○○신용정보 주식회사에게 채권추심 업무를 위탁하고 회수금액에 일정 비율에 상당하는 채권추심수수료를 별도로 지급하고 있었던 점, ② 원고는 2004. 4. 30. 00신용정보주식회사 구로사업부를 인수하여 추심조직을 직접 관리하면서 자산관리수수료를 0.8%에서 2.75%로 인상하면서 2004. 4. 29. 00은행, 00은행 등 선순위채권자에게 인상된 추심수수료는 오직 추심을 위한 조직의 관리와 비용에만 사용되어질 것이고 향후 자산관리수수료로 인한 이익이 발생하는 경우 수수료율을 하향 조정할 것이라고 통보한 점, ③ 이에 ○○은행은 2004. 6. 22. 원고에게 자산관리수수료 인상에는 동의하나 채권추심수수료가 17%를 초과하지 않는 조건으로 인상에 동의한다고 하면서 향후 채권추심수수료 지급시 동 조건의 이행을 고려하여 업무처리하여 줄 것을 요청하였고, ○○은행 역시 2004. 6. 29. 원고에게 보낸 동의요청에 대한 회신에서 자산관리수수료 인상에 대한 동의조건으로 채권추심수수료는 16% 이하를 유지하고, 자산관리수수료는 추심을 위한 조직의 관리와 비용에만 사용하여 줄 것을 요청한 점, ④ 그런데 원고는 자산관리수수료의 인상에도 불구하고, 채권추심조직이 별도로 운영된다는 이유로 채권추심수수료를 18% 이상 별도의 비용으로 청구하였던 점, ⑤ 선순위채권 발행조건에 의하면, ▽▽와 XX가 회수한 금액에서 매달 운영비용 관련 금액 등을 공제한 이후 85%는 선순위채권자들인 ○○은행, ○○은행에게 원금 및 이자로 지급되고, 나머지 15%는 후순위 채권자 및 000펀드에게 귀속되는 점, ⑥ 그런데 ▽▽는 2004년에 306억 원의 영업 손실, 2005년에 56억 원의 영업 손실, XX는 2004년에 196억 원의 영업 손실, 2005년에 29억 원의 영업 손실을 입게 된 점, ⑦ 00은행과 00은행은 이와 같이 ▽▽와 XX 모두 선순위채권의 이자지급은 물론 원금상환까지 불투명해지자 원고에게 인상된 자산관리수수료와 채권추심수수료의 중복 청구 및 자산관리수수료가 저조한 회수 실적으로 계속 높은 수준을 유지하게 된 것에 관하여 항의한 점, ⑧ 원고는 이에 따라 2005년 사업연도 내인 2005. 3. 11. ▽▽, XX에 대한 2005년 사업연도 자산관리수수료 합계 303,990,818원을 수입금액에서 감액한 점을 인정할 수 있는 바, 이러한 사정을 종합하여 보면, 원고의 이 부분 수수료 조정은 ▽▽와 XX가 유동화자산으로 보유하던 카드채권의 선순위채권자들인 00은행과 00은행의 요청에 따라 결정된 것으로 사업상 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(4) 피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정은 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장하나, 을 제20 내지 22호증, 을 제28호증의 1, 을 제30호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

피고는 또한, 원고는 특수관계가 있는 ▽▽, XX와 자산관리계약에 의하여 용역을 제공함에 있어서, 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 부당행위계산부인으로 부인한다고 주장하므로 살피건대, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는바, 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

마. 2002년, 2004년 부가가치세 부과처분

(1) 먼저 2002년 부가가치세 부과처분에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고 ○○세무서장이 2002년 부수용역수수료 관련 매출누락에 대한 부가가치세를 부과한 부분 중 주식회사 00타워에 관한 부수용역으로 403,443,002원의 익금을 산입한 부분이 위법한 이상, 이 부분에 해당하는 부가가치세 부과처분 역시 위법하다(2002년 부수용역수수료 중 00빌딩과 관련한 부수용역수수료의 감액 부인이 위법한 사실은 앞서본 바와 같으나, 을 제10호증의 기재에 의하면 위 부수용역수수료에 관한 부가가치세가 산정되지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 00빌딩과 관련한 부수용역수수료에 관한 2002년 부가가치세액의 변동은 없다).

(2) 다음으로 2004년 부가가치세 부과처분에 관하여 보건대, 피고 ○○세무서장이 2004년 00은행에 대한 부수용역으로 677,238,500원의 익금을 산입한 부분이 위법한

이상, 2004년 부가가치세 부과처분 역시 위법하다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있고, 나머지 주장은 이유 없다.

바. 소결론

그렇다면, 피고 ○○세무서장이 원고에 대하여 부과한, 2002년 사업연도 법인세는 익금산입액 3,078,417,337원에서 00타워 관련 부수용역수수료 403,443,002원, 00빌딩 관련 부수용역수수료 122,875,453원을 제외한 2,552,098,882원(=3,078,417,337원 -

403,443,002원 - 122,875,453원), 2003년 사업연도 법인세는 익금산입액 1,968,765,477원에서 부수용역수수료 1,925,616,893원을 제외한 43,148,584원(= 1,968,765,477원 - 1,925,616,893원), 2004년 사업연도 법인세는 익금산입액 8,771,469,307원에서 부수용역수수료 677,238,500원을 제외한 8,094,230,807원(= 8,771,469,307원 - 677,238,500원)에 한하여 익금으로 산입하여야 하고, 2005년 사업연도 법인세는 익금산입액 303,990,818원이 모두 제외되어 익금에 산입되어서는 안 된다.

그리고 피고 ○○세무서장이 원고에 대하여 부과한, 2002년 2기 부가가치세는 부수용역수수료 관련 매출누락에 대한 부가가치세를 부과한 부분 중 2002년 사업연도 법인세 부과처분에서 주식회사 00타워에 관한 부수용역으로 403,443,002원의 익금을 산입한 부분이 위법한 이상, 이 부분에 해당하는 부가가치세 부과처분 역시 위법하다.

또한, 피고 ○○세무서장이 원고에 대하여 부과한 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 원고에 대하여 한 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지는, 피고 ○○세무서장이 부과한 2004년 사업연도 법인세 부과처분에서 2004년 00은행에 관한 부수용역으로 677,238,500원의 익금을 산입한 부분이 위법한 이상, 이 부분에 해당하는 위 부가가치세 부과처분 및 위 소득금액변동통지 역시 위법하다.

그리고 이 경우 정당한 세액은 별지 2002, 2003, 2004 귀속 법인세 산출내역 중 ‘차감징수할 세액 중 이번사건란 세액’란 기재, 별지 2002년 2기 귀속 부가가치세 산출내역 중 ‘차감고지(환급)세액 중 이번사건란 세액’란 기재와 같다(국고금관리법 제47조 제1항에 따라 각 10원 미만은 버린다).

결국, 피고 ○○세무서장이 원고에 대하여 한, ① 2005. 10. 14.자 2002년 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,013,224,230원을 초과하는 부분, 2006. 3. 2. 자 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원을 초과하는 부분, 2005. 10. 14.자 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 부과처분 중 1,463,751,620원을 초과하는 부분, 2008. 5. 1.자 2005년 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분, ② 2005. 10. 14.자 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원의 부과처분 중 190,535,310원을 초과하는 부분, 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 원고에 대하여 한 2005. 10. 14.자 2004 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지는 모두 위법하여 취소되어야 한다.

7. 결론

그렇다면, 원고의 피고 ○○세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.