서울행정법원-2011-구합-30120 (2012.06.29)

사 건

2011구합30120 법인세부과처분및소득금액변동통지취소청구

원 고

현AA

피 고

삼성세무서장

변 론 종 결

2012. 5. 22.

판 결 선 고

2012. 6. 29.

주 문

1. 이 사건 소 중 피고의 원고에 대한 2010.11.16.자 2006년 상여소득 000원의 소득금액변동통지(소득자통지용) 취소청구，피고의 소외 BB무역 주식회사에 대한 2010.9.7.자 2006년 상여소득 000원의 소득금액변동통지(법인통지용) 취소청구를 각 각하한다.

2. 피고가 2010.11.9. 원고에게 한 소외 BB무역 주식회사의 2006 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가，나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

주문 제2항 및 ① 주위적으로，피고가 2010. 11. 16. 원고에게 한 2006년 상여소득 000원의 소득금액변동통지(소득자통지용) 취소한다. ② 예비적으로，피고가 2010.9. 7. 소외 BB무역 주식회사에게 한 2006년 상여소득 000원의 소득 금액변동통지(법인통지용)를 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 BB무역 주식회사(이하 1소외 법인')의 주식 25，188주(지분율 100%，이하 ‘이 사건 주식’)를 보유한 자로서 2006.6.7. 이 사건 주식을 이CC에게 000원(이하 '쟁점 금액')에 양도하기로 하는 계약(이하 '이 사건 주식양도계약’)을 체결하여 같은 날 계약금 000원을，2006.8.1. 잔금 000원을 각 지급받고 이 사건 주식을 모두 이CC에게 이전하였다.

나. 원고는 이 사건 주식 양도에 따라 2006.9.11. 증권거래세 000원을，2006.10.30. 양도소득세 000원을 신고하였고，납부기한 내에 완납하였다.

다. 피고는 소외 법인의 유일한 자산인 서울 중구 충무로 1가 000 외 3필지 토지 164.6㎡와 그 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산')이 이 사건 주식의 잔금지급일인 2006.8.1. 소외 법인으로부터 이CC에게 이전되었다는 사정에 기초하여 이 사건 주식양도계약은 가장행위에 불과하고，소외 법인이 이CC에게 이 사건 부동산을 000원에 양도한 것으로 판단하고，위 양도가액 000원을 소외 법인의 2006 사업연도 익금에 산입하여 2010. 9. 1. 소외 법인에게 2006 사업 연도 법인세 000원을 부과하였다.

라. 피고는 소외 법인이 위 법인세를 납부하지 아니하자 2006.12.31. 현재 원고가 위 법인의 발행주식 100%를 소유한 과점주주로 보아 국세기본법(2006.12.30.법률 제8139호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 따라 원고를 이 사건 법인세의 2차 납세의무자로 지정하여 2010.11.9. 이 사건 법인세 000원을 납부하라는 통지를 하였다(이하 위 납부통지를 이 사건 부과처분1이라 한다).

마. 한편，피고는 익금으로 산입된 쟁점 금액 000원이 소외 법인의 대표자였던 원고에게 귀속된 것으로 보아 소득세법 시행령(2008.2.29.대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제192조 제1항 본문에 따라 2010.9.7. 소외 법인에게 원고를 소득자로 한 2006년 상여소득 000원의 소득금액변동통지(법인용)를 하였고，2010.11.16. 원고 개인에게 000원의 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다(이하 위 소득금액변동통지를 통틀어 1이 사건 각 소득금액변동통지’라 한다).

바. 원고는 2010.12.6. 이 사건 부과처분과 이 사건 각 소득금액변통통지에 대하여 감사원에 심사청구를 제기하였으나，감사원은 2011.7.7. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실，갑 제3(가지번호 포함，이하 같다)，4，7，8，23，26，27，32호증의 각 기재，변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 소득금액변동통지에 대한 취소청구의 적법 여부 가. 피고의 본안 전 항변 피고는，이 부분 청구 중 원고 개인에 대한 소득금액변동통지는 처분성이 인정되지 아니하고，소외 법인에 대한 소득금액변동통지는 원고가 그 취소를 구할 원고적격이 인정되지 아니하므로，모두 부적법하다고 본안 전 항변을 한다.

나. 판단

1) 원고 개인에 대한 소득금액변동통지의 처분성 인정 여부

과세관청의 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서，항고소송의 대상이 되는 조세행정처분」으로 보는 것이 상당하다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2022두1878 전원합의체 판결 참조). 그러나 ① 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서에 따라 과세관청이 그 소득의 귀속자에게 그 소득금액이 변동되었다는 통지를 하였더라도，이와는 상관없이 당초 과세관청의 소득처분이 있게 되면 소득세법(2006.12.30.법률 제8144호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 ’법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액1 에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고，당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로(소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호)， 그 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법 제 21조 제1항 제1호에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립하는 것 이고，그 소득의 귀속자에 대하여 소득세법 시행령 192조 제1항 단서에서 통지의무를 규정한 것은 법인의 소재지가 불분명하거나 국세정수법에 의한 결손사유가 발생하는 등으로 법인에 의한 원천징수세 납부를 기대할 수 없는 경우 그 소득의 귀속자에게 이를 미리 고지하여 종합소득세 추가신고 및 자진납부를 유도하는 안내절차의 성격을 가지고 있는 점，② 비록 소득세법 시행령 제134조 제1항에 의하면 종합소득 과세표준 확정신고기한 경과 후에 소득처분에 의하여 변동이 생긴 소득금액에 대한 세액의 추가 납부불이행에 대한 제재로서 부과되는 납부불성실가산세는 그 법정 추가 납부기한이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음 달 말일의 다음 날부터 기산할 수 있으나，위 규정은 원고의 종합소득세 납세의무의 성립과는 관계가 없고， 다만 원천납세의무의 확정신고기한이 경과한 이후에 소득금액변동통지가 이루어져 원천납세의무자가 사전에 위 소득금액변동통지 결과를 예상할 수 없었던 경우에도 이미 경과된 기간에 대한 납부불성실 가산세를 부과하는 것이 가혹하다는 정책적 고려에 따른 것이지，소득의 귀속자에 대한 소득금액변동통지의 성격에 어떤한 영향을 미친다고 볼 수 없는 점 등을 고려할 때， 사외유출된 소득금액의 귀속자에 대한 소득금액변동통지 자체만으로는 소득금액 귀속자의 종합소득세 납세의무의 존부나 범위에 어떠한 영향을 미친다고 할 수 없다 할 것이다. 나아가 납세자가 그 법정 추가 납부기한 내에 스스로 추가 신고，납부한 경우에는 종합소득세에 관하여 관할 과세관청에 대하여 경정청구 또는 경정거부처분에 대한 취소를 별도로 구할 수 있고，납세자가 그 법정 추가 납부기한 내에 종합소득세에 대한 추가 신고，납부를 하지 아니하여 과세관청에서 종합소득세 부과처분을 하는 경우에도 납세자가 그 부과처분에 대하여 직접 취소를 구할 수 있는 것을 고려하여 보면，관할 과세관청이 소득금액의 귀속자에 대하여 한 소득금액변동통지는 납세자의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행정처분이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 청구취지 중 원고에 대한 2010.11.16.자 2006년 상여소득 000억원의 소득금액변동통지(주위적 청구)의 취소청구는 부적법하고，이를 지적하는 피고 의 본안 전 항변은 이유 있다.

2) 소외 법인에 대한 소득금액변동통지의 취소를 구할 원고적격 인정 여부

행정소송법 제12조는 취소소송의 원고 적격에 관하여 처분 등의 취소를 구할 법률상의 이익이 있는 자로 규정하고 있고，국세기본법 제55조는 심사청구 및 심판청구의 청구인적격에 관하여 제1항에서 위법 또는 부당한 처분을 받음으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자로，제2항 제1호에서 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 받게 될 이해관계인으로서 제2차 납세의무자를 그 예로 들고 있다. 먼저 국세기본법 제55조 제2항 제1호는 법인에 대한 법인세 과세처분에 대하여 제2차 납세의무자를 이해관계인으로 인정하고 있는 것일 뿐，법인에 대한 원천징수의무를 성립 및 확정시키는 소득금 액변동통지에 적용될만한 조항이 아니므로，위 규정에 의하여 원고적격이 인정된다고 보기는 어렵다. 또한 소외 법인에 대한 소득금액변동통지는 법인의 원천세 납세의무를 성립 · 확정시키는 것에 불과하여 이로 인하여 원천납세의무의 존부나 범위에 별다른 영향을 미치지 아니하므로， 원천납세의무자인 원고가 그 취소를 구할 수 있는 법률상 의 이해관계가 있다고 보기는 어렵다. 따라서 원고에게 소외 법인에 대한 소득금액변 동통지의 취소를 구할 수 있는 원고적격이 인정되지 아니하므로，이 부분 청구 또한 부적법하다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 원고는 소외 법인의 주주로서 이 사건 주식양도계약을 체결하였을 뿐， 소외 법인의 대표이사 자격으로 이CC에게 이 사건 부동산을 매도한 사실이 없다.

2) 이 사건 부동산은 소외 법인의 유일한 재산으로서 그 영업용 재산의 처분으로 말미암아 회사 영업의 전부 또는 일부를 양도하는 것과 같은 결과를 가져오는 경우이므로，상법 제374조 제1항 제1호에 의하여 주주총회의 특별결의가 필요하다고 할 것이 나，소외 법인이 이 사건 부동산을 이CC에게 매도함에 있어서 주주총회의 특별결의 를 받지 아니하여 그 매매가 무효인 이상，이 사건 부동산은 2006. 12. 31. 현재 여전 히 소외 법인의 소유이고，소외 법인에게 매매대금으로 인한 수입이 익금으로 확정되 었다고 볼 수 없다.

3) 국세기본법 제39조에 의하면，과점주주로서 제2차 납세의무자가 되려면 당해 국세의 납세의무 성립일 현재 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상의 주식을 보유한 과점주주이어야 하고，그 주주권을 실질적으로 행사하는 자여야 하는데，이 사 건 법인세의 납세의무성립일인 2006. 12. 31.을 기준으로 원고는 소외 법인의 주식을 전혀 소유하고 있지 않았고，주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하거나 법인의 경영 을 사실상 지배하는 자에 해당하지도 않으므로，원고는 제2차 납세의무자의 지정요건 을 충족하지 않는다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 소외 법인은 1964. 11.부터 1965. 6. 사이에 이 사건 부동산을 취득하여 무역업 등을 영위하여 오다가，1980년대 말부터 이 사건 부동산을 사실상 유일한 자산으로 보

유하면서 임대업을 영위하였다.

2) 원고는 2006. 6. 7. 이CC에게 이 사건 주식을 000원에 양도하기로 하는 주식 양도가계약서를 작성하였고，당일 이CC로부터 계약금 000원을 수령하였다. 원고는 같은 날 이CC에게 ‘소외 법인의 주식 25，188주의 양도，양수계약’의 계약금으로 000원을 영수한다는 내용의 영수증을 이CC에게 교부하고(갑 제11호증)，이CC로부터 수령한 000원의 자기앞수표에 매도계약금， June 7. 2006"이라는 기재를 한 후，동 수표금액을 원고 통장에 입금하였다(갑 제12 호증).

3) 원고는 2006. 6. 12.6) 이CC와 함께 아래와 같이 주식의 양도 · 양수계약서(갑 제 8호증)를 정식으로 작성하였고(당시 소외 법인의 이사 윤GG，이CC의 동생 이HH도 입회하였음) 이CC에게 종전에 교부하였던 2006. 6. 7.자 주식양도가계약서(갑 제7호 증의 2)를 이CC로부터 회수하였다(갑 제9호증).

4) 이CC와 그 동생 이HH은 2006년 7월경 원고 측 윤GG에게 2006.10.10.까지 지급하기로 한 잔금 OO억 원을 2006.8.1. 조기에 지급하겠으니 부동산 매도용 법인인감증명서，법인인감 등 관련 서류 일체를 미리 제공해달라’고 요청하였으나，윤GG는 잔금이 입금되는 것을 확인하여야 위 서류를 제공할 수 있다는 입장을 고수 하였다. 윤GG는 이CC로터 잔금을 지급하겠다는 연락을 받은 후 이CC에게 교부하기 위하여 2006. 7. 31. 부동산 매도용 법인인감증명서를 발급받았다.

5) 원고 측은 자문변호사 김OO，윤OO가， 이CC 측은 동생 이HH， 중개인 김II이 입회한 가운데，이 사건 주식양도계약에 따른 잔금 OO억원이 원고 개인 통장에 입금된 것을 확인한 직후인 2006. 8.1. 오후 1시경 소외 법인의 사무실에서 부동산 매도용 법인인감증명서，법인인감도장 등을 이CC에게 교부하였고，2006. 8. 2. 대표이사 업무인계인수서(갑 제15호증)，소외 법인의 예금잔액 조정표(갑 제16호증) 등의 서류를 이CC 측에 인계해주었다.

6) 이CC는 2006. 8. 1. 소유권이전등기신청 당시 소외 법인이 자신에게 이 사건 부 동산을 OOO원)에 매도하는 것을 내용으로 하는 2006.7.10.자 부동산매매계약서(갑 제19호증，이하 이 사건 부동산매매계약서’)，매도인 소외 법인의 대표이사 원고가 이 사건 부동산의 소유권이전등기신청을 이CC에게 위임하는 것을 내용i로 하는 위임장(갑 제20호증，이하 ’이 사건 위임장')을 제출하여 같은 날 이 사건 부동산 에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기(이하 ’이 사건 소유권이전등기')를 마치는 동시에， OO억원을 대출해준 주식회사 OOOO저축은행에 채권최고액 000원의 근저당권설정등기를 경료하여 주었다.

7) 원고는 2006. 8. 1. 소외 법인 발행 주식 100%를 이CC에게 양도함과 동시에 원고 측 임원들(조OO， 윤GG)과 함께 BB무역의 대표이사를 사임하였고， 같은 날이CC가 대표이사로，이CC 측 사람들(임LL，곽OO， 김OO， 이HH)이 BB무역의 임원으로 취임하였다.

8) 소외 법인의 신임 감사 임LL은 2006.8.28. 상법 제394조 제1항의 규정에 따라 소외 법인의 대표자로서 이CC를 상대로 이 사건 소유권이전등기의 원인이 된 2006.7.10.자 매매계약은 소외 법인의 중요 자산의 처분임에도 불구하고 주주총회의 특별 결의 등을 거치지 아니한 부적법한 계약이고，이 사건 쟁점부동산의 공시지가(000원)에도 현저히 미치지 못하는 매매가액(000원)으로 거래한 불공정한 법률행위에 해당하여 무효라는 이유로 이 사건 소유권이전등기 말소등기청구소송(서울서부 지방법원 2006가합8375)을 제기하였고(갑 제21호증)，이후 소외 법인과 이CC 사이 에 2006. 10. 25. '이CC는 소외 법인에게 이 사건 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행한다‘은 내용의 재판상 화해(이하 1이 사건 화해')가 성립하였다(갑 제22호증). 그러나 소외 법인은 이 사건 화해에도 불구하고 이CC에 대한 소유권이전등기를 환원 하지 아니하였다.

9) 소외 법인은 2007 내지 2009 사업연도 법인세 신고시 이 사건 부동산을 법인이 보유하고 있는 자산으로 하여 이 사건 부동산의 임대사업과 관련한 수입과 비용을 익금과 손금으로 계상하였다.

10) 이CC는 2009.10.1. 개인 자격으로 이 사건 부동산을 조JJ에게 000원에 양도하고，이CC 외 3인은 2010. 12 10. 이 사건 주식을 000원에 곽KK에게 양도하였는데， 이CC는 이 사건 부동산의 취득가액은 000원，이 사건 주식의 취득가액은 000원으로 관할 세무서에 양도소득세 신고를 하였다.

11) 이CC는 2010.7. 피고에게 아래와 같은 요지의 의견서(을 제1호증)를 제출한 바있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 5，7 내지 9，11 내지 25호증，32호증의 각 기재，증인 윤GG의 증언，변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 부과처분에서 익금산입의 정당성 여부 가) 이 사건 과세의 논리구조와 쟁점

이 사건과 관련된 거래로서 ① 원고 개인이 2006. 6. 12. 이CC에게 이 사건 주식을 OOO억원에 양도하였다는 이 사건 주식양도계약(이하 ’①번 거래’)，② 원고가 소외 법인의 대표자로서 2006.7.10. 법인 소유의 이 사건 부동산을 이CC에게 000원에 매도하였다는 이 사건 부동산매매계약(이하 '②번 거래')이 존재하고，피고는 위 ②번 거래에서 거래대금이 000원으로 결정된 부분과，②번 거래에서 계약당사자 '소외 법인과 이CC'， 계약목적물 '이 사건 부동산'，계약일자 '2006. 7. 10.’로 정하여진 부분이 이 사건 거래의 실질적 내용이라고 보아，③ 소외 법인이 2006.7.10. 이CC 에게 이 사건 부동산을 000원에 매도하였고(이하 '③번 거래’)，위 매매대금이 소외 법인의 대표이사인 원고에게 귀속된 것으로 과세대상 거래를 재구성한 것으로 보인다. 이와 같은 과세논리가 정당화되기 위하여는 단순히 ②번 거래가 유효하다는 점을 넘어서)，①번과 ②번 거래 모두 부분적인 가장행위로서 민법 제108조에 의한 통정허위표시에 해당하여 효력이 없고，③번 거래만이 원고와 이CC가 진정으로 의욕하였던 은닉행위로서 법률효과가 발생한다고 보거나，①번 거래와 ②번 거래 모두 납세자가 경제인의 합리적인 거래형식에 의하지 않고，우회행위，다단계행위 기타 비정상적인 거래형식을 취함으로써 통상적인 행위형식에 의한 것과 같은 경제적 목적을 달성하면서도 조세의 부담을 부당히 감소시키는 행위인 ’조세회피행위'로 보아 실질과세원칙 에 관한 국세기본법 제14조 제2항13)에 따라 ①번 거래와 ②번 거래를 모두 부인하고 이를 경제적으로 관찰하여 ③번 거래를 과세표준으로 볼 수 있어야 한다. 그리고 이와 같은 사정은 과세요건사실이므로， 피고가 이를 입증하여야 한다.

나) ③번 거래로 재구성 인정 여부

위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음은 사정들을 종합하여 보면，①번 거래가 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 보고，③번 거래를 유효한 거래로 취급하여 이를 과세표준으로 삼을 수는 없다. 따라서 원고의 나머지 주장(이 사건 부동산매매가 무효라는 주장)에 대하여 더 나아가 판단할 필요 없이，쟁점 금액을 소외 법인의 익금으로 산입한 이 사건 부과처분은 부당하다.

(1) 이 사건 주식양도계약 관련

원고가 2006.6.7. 이 사건 주식양도가계약서를 작성하면서 계약금 000원을 개인적으로 수령하고， 같은 날 위 '주식양도계약의 계약금'으로 000원을 영수하였다는 영수증을 이CC에게 교부하였으며 2006.8.1. 이 사건 주식 양도대금을 원고 개인 명의의 계좌로 모두 지급받은 후，이CC에게 이 사건 주식을 모두 이전하고，자신과 측근 임원들이 모두 사임함으로써 경영권까지 이CC 측에게 이전하였음은 앞서 본 바와 같다. 위와 같이 원고와 이CC가 이 사건 주식양도계약에 수반된 모든 법률적 의무를 그대로 이행하였다는 사정에 비추어，피고가 주장하는 바와 같은 사정들，즉 ① 이 사건 주식매매계약이 부동산 중개업소를 통하여 이루어진 점 ② 원고가 부동산 매도용 법인인감증명서를 발급하여 이CC에게 교부하여 준 점，③ 원고가 계약금으로 수령한 자기앞수표에 매도계약금， June 7. 2006'라고 기재한 점 등의 제반 사정만으로는 이 사건 주식양도계약이 통정허위표시에 해당한다고 단정할 수 없고， 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 또한，원고가 이 사건 주식 양도에 따라 증권거래세 000원，양도소득세 000원，합계 000원을 신고 · 납부하였고，이 사건 ③번 거래로 인하여 소외 법인이 부담하게 되는 법인세 본세액이 000원인 점에 비추어 보면，원고가 자신의 조세부담을 감소시키기 위하여 우회적으로 ①번 거래와 ②번 거래의 외형을 작출하였다고 보기도 어렵고，달리 다른 조세회피목적이 있는지에 관하여 피고의 입증이 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 주식양도계약이 조세회피행위에 해당한다고 볼수도 없다.

(2) ②번 거래의 진정성에 관하여 의심스러운 사정들

피고의 주장과 같이 이 사건 거래를 ③번 거래로 재구성하기 위해서는 원고가 소외 법인의 대표자로서 2006.7.10. 이 사건 부동산을 이CC에게 양도하기로 합의하였다는 ②번 거래(다만，매매대금 부분만 제외)의 진정성이 담보되어야 한다. 그러나，① 이CC는 원고로부터 2006.8.1. 자신의 명의로 이 사건 소유권이전등기를 넘겨받은 이후에도 2009.10.1. 제3자에게 처분할 때까지 이 사건 부동산을 소외 법인의 자산으로 남겨둔 채，부동산임대사업에 따른 수입과 비용을 소외 법인의 익금과 손금으로 계상하여 온 점，② 원고와 증인 윤GG는 일관하여 이 사건 부동산매매계약서 및 소유권이전등기신청에 필요한 위입장(갑 제20호증)의 작성에 관여한 바 없고，위 문서들은 위조된 것이라고 주장하고 있는 반면14)，이CC의 의견서(을 제1호증)에 의하더라도，원고나 윤GG가 이 사건 부동산매매계약서의 작성에 직접 관여하였다는 언급이 없는 점，③ 피고의 주장처럼 원고가 소외 법인의 부동산매도용 인감증명을 이CC 에게 교부한다는 사정을 인지하고 있었다고 가정하더라도， 이는 이CC가 이 사건 주식양도계약에 따른 잔금을 마련하기 위한 대출절차에 협조한 것으로 보일 뿐， 이를 들어 원고가 이 사건 부동산매매계약서의 당사자와 매매일자， 매매대금까지 이CC가 임의로 결정하여 매매계약서를 작성하는 행위까지 백지위임하였다고 보는 것은 상식에 반하는 점，④ 원고 측은 이CC 측의 요구에 의하여 이 사건 잔금 지급일 하루 전인 2006.7.31.에야 소외 법인의 부동산매도용 인감증명서를 발급받았는데(갑 제14호증)，이 사건 부동산 매매계약서는 작성일자가 그 이전인 2006.7.10.자로 되어 있는 점，⑤ 이CC가 원고로부터 이 사건 주식을 양수한 직후 신임 감사 임LL이 이CC를 상대로 소유권이전등기 말소청구소송을 제기하였고，이에 대하여 이CC의 등기말소의무를 인정하는 재판상 화해가 성립되었음에도 소외 법인이 소유권이전등기를 환원하지 아니하는 이례적인 사건이 있었는바，이는 이CC가 소외 법인으로부터 이 사건 부동산을 저가로 이전받은 사실이 과세관청에 의하여 적발될 경우，이 사건 부동산의 시가 000원과 매매가액 약 000원의 차액에 대하여 부당행위로 계산부인됨에 따라 위 금액이 소외 법인의 익금에 산업되는 동시에 이CC에 대한 상여소득으로 처분될 위험이 있으므로，이CC가 이에 대비하여 이 사건 부동산매매계약서에 의한 거래를 무효로 주장하기 위한 근거를 만들기 위하여 위와 같은 외형을 작출하였을 가능성이 있는 점 등에 비추어，②번 거래의 진정성 여부에 대하여도 합리적인 의심을 배제하기 어렵다.

2) 원고가 제2차 납세의무자에 해당하는지 여부

국세기본법 제39조 제1항 제2호에 의하면，당해 법인세의 납세의무 성립일을 기준으로 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자(가.목) 혹은 법인의 경영을 사실상 지배하는 자(나.목)에 대하 여 제2차 납세의무를 부담하게 하고 있다. 이 사건 법인세의 납세의무가 성립한 2006. 12. 31.을 기준으로 할 때(국세기본법 제21조 제1항 제1호 참조)， 원고는 이 사건 주식 전체를 이CC에게 양도하였고，2006.12.31.기준 주식변동상황명세서에도 원고의 지 분이 전혀 존재하지 아니하므로，원고는 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당 할 여지가 없다. 또한 원고는 이 사건 주식양도에 따른 잔금을 지급받은 2006.8.1. 이후 소외 법인의 경영권을 이CC 측에 이전하였으므로，법인의 경영을 사실상 지배 하는 자로서 제2차 납세의무자에 해당할 여지도 없다. 한편 피고는，원고가 이 사건 부동산의 매매를 이 사건 주식양도계약으로 가장하였으므로，법인세법(2007.12.31.법률 제8831호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제69 조，법인세법 시행령(2008.2.22.대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제108조 제1항 제3호에 의하여，조세포탈행위인 이 사건 부동산 양도가 있었던 2006.8.1.에 수시부과사유가 발생하여 이 사건 법인세납세의무가 성립하므로，원고에 대한 제2차 납세의무자 지정요건이 충족된다고 주장한다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식 양도계약을 조세회피행위나 가장행위로 볼 수 없을 뿐만 아니라，위 법인세 법령의 취지는 과세기간 중 조세포탈행위 등 과세일실이 우려되는 사유가 발생하면 그 사유가 확인되어 수시부과결정을 한 때에 예외적으로 납세의무를 앞당겨 성립시키겠다는 것일 뿐이므로，피고가 2006 사업연도 중 수시부과결정을 하지도 아니한 이상，위 규정이 과세기간이 도과하여 납세의무가 성립 · 확정된 이후 소급하여 납세의무성립일을 달리 결정하는 근거가 될 수는 없으므로， 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 소결론

이와 같이 쟁점 금액은 익금산입 대상이 아닐 뿐만 아니라，원고가 제2차 납세의무자에 해당할 여지도 없으므로， 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 결론

따라서，이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지에 관한 청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고，이 사건 부과처분에 대한 청구 부분은 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여，주문과 같이 판결한다.