대구지방법원-2013-구합-11460 (2015.07.14)

사 건

2013구합11460 법인세등부과처분취소

원 고

0000 인더스트리얼 0000 0000

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2015. 6. 16.

판 결 선 고

2015. 7. 14.

주 문

1. 피고가 2009. 11. 2. 원고에 대하여 한,

가. 2004년도 귀속분 법인세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세

OOO원 부분과,

나. 2004년도 10월분 증권거래세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세

OOO원 부분을,

각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2009. 11. 2. 원고에 대하여 한 2004년도 귀속분 법인세 OOO원(가산세

포함) 및 증권거래세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 독일법에 따라 설립된 외국법인으로, 같은 독일 법인인 SAA(이하 ‘피합병법인’이라 한다)의 지분 100%를 보유하고 있었다.

나. 원고는 2004. 8. 17. 피합병법인과 아래와 같이 합병계약을 체결하고, 2004. 8.

31. 피합병법인을 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였다. 이에 따라 피합병법

인이 보유하던 내국법인인 SAA 주식회사 발행의 주식 50,000주(발행주식 의 50%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)가 원고에게 이전되었는데, 원고는 이와 관련하여 피합병법인 또는 피합병법인의 주주에 대하여 신주를 발행하거나 현금을 지급하는 등 현실적인 대가를 지급하지 않았다.

○ 당사자들 : 흡수합병회사 원고, 피흡수회사법인 피합병법인

○ 자산이전 및 합병일자 : 피합병법인은 구조조정법(Corporation Reorganisation Act) 46

조 이하와 연관된 구조조정법 2조 이하에 의거하는 청산 부채를 제외한 전 자산을 모든

권한과 의무를 포함하여 원고에 합병 방식으로 이전한다. (이하 생략)

○ 합병대가의 지급 : 원고는 피합병법인의 100% 주주이므로, 양사의 합병은 구조조정법

54조 1항 1에 의거하여 원고의 자본금의 증가 없이 진행된다(무증자 합병). (이하 생략)

다. 피고는 2009. 11. 2. 원고에게, “이 사건 주식의 이전은 내국법인이 발행하는 주식의 양도에 해당한다”는 이유로, 구 법인세법(2004. 12. 31. 법률 제7317호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제92조 제2항 제3호, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조, 구 국제조세조정에 관한 법률(2010.1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세법’이라 한다) 제5조에 따라 이 사건 합병일로부터 4월 내인 2004. 12. 20. 및 2004. 12. 27. 스AA 주식회사의 주주 강AA가 소유주식 5,867주를 주식회사 삼AA와 주식회사 삼BB에 양도한 가격(주당 107,666원 및 107,429원)의 평균가액인 1주당 107,550원을

정상가격으로 보아 양도가액 5,377,500,000원(= 107,550원 × 50,000주)을 산정한 후, 피합병법인의 2004년도 귀속분 법인세 OOO원(원천징수불이행가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.

라. 피고는 같은 날 원고에게, 같은 이유로, 구 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 가목에 따라 다.항과 같이 양도가액 OOO원을 산정한 후, 2004년도 10월분 증권거래세 OOO원(납부불이행 가산세 2,688,750원 포함)을 결정·고지(이하 법인세 부과처분 및 증권거래세 부과

처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 1. 21. 심판청구를 제기하였으나, 2013. 9. 4. 조세심

판원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,

이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주식의 양도 해당성

다음과 같은 이유로 이 사건 주식의 이전은 주식의 양도에 해당하지 아니하므로,

이 사건 처분은 위법하다.

가) 외국법인 간의 흡수합병에 있어서 소멸된 피합병법인이 소유한 내국법인의

주식이 존속하는 합병법인에게로 이전되는 것은 합병의 효과에 의한 포괄승계로서, 주

식의 양도와는 그 법적 성질 및 효과 등을 달리하는 것이고, 법인세법상 이를 주식 기

타 유가증권의 양도로 보아 그 소득에 대하여 법인세를 부과할 수 있도록 하는 명시적

인 규정이 없다. 그럼에도 불구하고 이를 법인세법 제93조 제10호의 주식의 양도로 보

아 과세하는 것은 조세법률주의 원칙에 위반된다.

나) 이 사건 합병은 합병법인인 원고가 피합병법인의 주식 100%를 보유하여 피

합병법인의 주주에게 합병신주 내지 합병교부금 등의 합병대가가 교부되지 않는 ‘무증

자합병’인바, 실질적으로 주식의 양도소득이 발생하지 아니하였다.

다) 현행 법인세법 제44조 제3항에서는 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액

을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는 양도손익이 없다고 규정하여, 무증

자합병시 자회사 보유주식의 이전에 관하여는 과세하지 않고 있는바, 그럼에도 외국법

인 간 합병이라는 이유만으로 자회사 보유주식의 이전에 관하여 과세하는 것은 ‘대한

민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위

한 협정(이하 ’한·독 조세조약’이라 한다)‘ 제24조의 ‘무차별 원칙’에 반한다.

2) 소급과세금지원칙 위반

이 사건 납세의무 성립일인 2004. 8. 31. 당시 국세청 예규에 의하면, 외국법인

간 합병으로 인한 내국법인 주식의 양도는 법인세 및 증권거래세 과세대상이 아니었음

에도 불구하고, 피고는 이 사건 납세의무 성립일 이후의 새로운 해석 또는 변경된 예

규에 따라 이 사건 처분을 하였는바, 이는 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의

해석에 반하여 이루어진 것으로서 소급과세금지원칙에 반하여 위법하다.

3) 이 사건 주식의 가액산정

구 국제조세법 제5조 제1항 제1호는 ‘비교가능 제3자 가격방법’에 관하여, ‘거주

자와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관

계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’이라고 규정하고

있는데, 피고가 이 사건에서 비교가능 제3자 가격으로 제시한 정상가격은 비특수관계

자 간의 거래가격이 아니라 특수관계자 간의 거래가격이므로 구 법인세법 제92조 제2

항 제3호의 정상가격이 될 수 없다. 따라서 잘못 산정된 정상가격을 기초로 한 이 사

건 처분은 위법하다.

4) 가산세 관련 위법

아래와 같은 점들을 고려하면 적어도 법인세 및 증권거래세에 대한 가산세 부과

처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 피고는 법인세 및 증권거래세에 가산세를 부과하면서 가산세의 종류별 세액과

산출근거 등을 전혀 명시하지 않았으므로, 가산세 부과에 절차적 하자가 있다.

2) 원고는 외국법인 간의 합병으로 인한 내국법인 주식의 이전과 관련하여, 종전

의 비과세 관행을 믿고 납세의무를 이행하지 않은 것이므로, 원고에게 법인세 및 증권

거래세를 납부하지 않은 것에 대한 정당한 사유가 존재하여 가산세를 부과할 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 주식의 양도 해당성에 관하여

가) 외국법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서도 그 준거할 법령 등에 관

하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없는 한 국내의 법령과 회계기준에 따라야 하

는데(대법원 2000. 2. 22. 선고 97누3903 판결 참조), 구 법인세법 제93조 제10호 가목은 외국법인이 ‘내국법인 발행주식의 양도’로 인하여 얻은 소득을 국내원천소득으로 규정하고 있으므로, 외국법인 간의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식을 합병법인에게 이전하는 것이 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당하는지 여부는 국내 법인세법의 해석상 합병에 따른 주식의 이전을 계기로 당해 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다. 그런데 구 법인세법 제80조 제1항은 “내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액’으로 한다.”고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따라 ‘합병대가의 총합계액’의 계산에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제122조 제1항은 ‘법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가 의 총합계액’(제1호)과 ‘법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액’(제2호) 등을 합한 금액을 ‘합병대가의 총합계액’으로 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제16조 제1항 제5호, 제2항, 동 시행령 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병대가로 취득하는 재산이 주식인 경우에는 취득 당시의 시가에 의하되, 다만 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 액면가액에 의하도록 규정하고 있는데, 구 법인세법 제44조 제1항은 제1호에서 ‘합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인 간의 합병일 것’을, 제2호에서 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 그 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것’을 각 규정하고 있다.

이처럼 내국법인의 경우 구 법인세법 제80조 제1항, 제4항, 동 시행령 제122조

제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현

되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으

로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법

인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산

출되지 않도록 하여 합병법인이 당해 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이

연하는 정책적 특례를 제공하고 있는 점, 이에 비하여 외국법인의 경우에는 구 법인세

법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는

소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐, 외국법인 간 합병에 따른 주식 등의 이전에

대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니한 점, 외국법인 간 합병에

따른 국내 자산의 이전을 내국법인 간 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익

이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하면, 합병

으로 인한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’

에 해당한다고 보아야 한다.

그리고 구 증권거래세법 제1조 본문, 제2조 제3항의 문언 내용 및 취지, 2001.

12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제117조 제1항 제14호가 ‘법인세법

제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병을 위하여 주식을 양도하는 경우’를 증권거래

세의 면제 대상으로 새로이 규정한 점 등에 비추어 볼 때, 합병으로 인한 주식의 이전

이 위 규정에서 말하는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다고 볼 이유도 없다(대법원

2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 법리에 다음과 같은 사정을 보태어 보면,

외국법인 간의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행

주식을 합병법인에게 이전하는 것은, 구 법인세법 제93조 제10호 가목 및 증권거래세

법 제2조 제3항에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다 할 것이다.

① 한·독 조세조약 제24조 제1항은 ‘일방체약국의 국민은 특히 거주와 관련하여

동일한 상황에 있는 타방체약국의 국민이 부담하거나 부담할 수 있는 조세 또는 이와

관련된 요건과 다르거나 더욱 과중한 조세 또는 이와 관련된 요건을 동 타방국에서 부

담하지 아니한다. 이 규정은 제1조의 규정에 불구하고 일방 또는 양 체약국의 거주자

가 아닌 인에게도 적용한다.’는 이른바 무차별원칙을 규정하고 있는바, 이러한 무차별

원칙은 일방 체약국의 국민이 타방 체약국에서 타방 체약국의 국민과 동일한 상황에

있거나 동일한 활동을 수행하는 경우에는 국적이 다르다는 이유만으로 세제상의 차별

적인 불이익을 받지 않도록 해야 한다는 것이다(대법원 2012. 4. 26 선고 2010두15179 판결 등 참조).

그러므로 보건대, 법인세법은 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 피합병법인에 대하여는 청산소득금액에 대한 법인세를 부과하고 있고, 합병법인에 대하여는 합병차익에 대한 법인세를 과세하고 있다. 이는 그동안 피합병법인에게 축적된 미실현 이익에 대한 과세의 성격을 갖는다. 또한 피합병법인 주주에게 이익이 발생한 경우에는 이를 배당으로 간주하여 과세하고 있는바, 이는 보유주식 처분의 이익실현이 있는 것이 아니고, 합병시 발생하는 효과가 일반적으로 피합병회사의 이익잉여금을 자본으로 전입하는 주식배당과 비슷하므로 의제배당으로 과세하는 것이다. 그러므로 합병에 의한 주식의 이전을 주식의 양도로 보아 과세하더라도, 자산이전에 따른 미실현이익에 과세한다는 점에서 차이가 없다. 그리고 소득금액 계산방식에 관하여, 양도가액에서 취득가액을 공제한 차액으로 계산하느냐, 법인이 보유한 모든 자산의 양도가액에서 자기자본의 총액을 공제한 차액으로 계산하느냐에 차이가 있을 뿐 양도소득과 청산소득간에 근본적인 차이가 없다. 따라서 내국법인 간 합병에 청산소득 등에 관한 과세를 인정한 이상, 외국법인 간 합병에 따른 국내 자산의 이전을 자산의 양도로 보아 외국법인에 대하여 과세하였다고 하여, ‘무차별 원칙’에 반한다고 볼 수 없다.

② 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제44조는 “피합병법인이 합병

으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다.”고 규정하였고,

신구조문은 아래와 같다.

2009. 12. 31. 개정 전

2009. 12. 31. 개정 후

제44조 (합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의

가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ①내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로

부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액

에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다)

제80조 삭제

개정 전 법인세법 제80조 제1항은 ‘피합병법인’에 대하여 합병법인으로부터 받

은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 자기자본 총액을 공제한 금액을 ‘청산소득’으로 과세하고, ‘합병법인’에 대하여 제44조 제1항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에는 합병평가차익 산정시 합병기일이 속하는 사업연도 소득금액 계산에서 손금에 산입할 수 있도록 규정하였다. 반면, 개정된 법인세법은 청산소득금액 규정(제80조)을 삭제하면서, “피합병법인이 합병으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 ‘사업연도의 소득금액’을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.”고 규정하였다. 상법상 합병의 성격과별개로 개정 전 법인세법은 청산소득 및 합병평가차익을 과세함으로서 현물출자설의 입장에 있다고 보면서도, 합병법인으로 하여금 피합병법인의 장부가액을 이어받는 것을 허용하여 ‘인격합일설’의 성격도 있다고 평가된 반면, 개정법은 자산을 양도하는 것으로 규정하여 ‘현물출자설’의 입장이라고 평가되고 있다. 그러나 이와 같이 개정 전 법인세법이 합병에 관하여 인격합일설의 입장을 취하였다고 평가된 것은 ‘합병법인’이 피합병법인의 장부가액을 이어받는다는 점 때문이며, ‘피합병법인’에 대한 과세에 있어서 합병대가에서 자본(자기자본 총액 내지 순자산장부가액)을 공제한 금액을 과세대상으로 한

다는 점에서는 차이가 없다. 그러므로 합병의 성격을 개정된 법인세법에 의하여 비로소 피합병법인의 자산양도로 보게 된 것이 아니고, 피합병법인이 합병으로 얻은 소득을 사업소득과 별개로 구분하여 과세하던 것을 사업연도 소득 과세방식으로 변경한 것에 불과하므로, 이 사건 주식의 이전이 개정된 법인세법 시행 이전이라 하여 달리 볼 이유가 없다.

③ 한편, 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같

다) 제88조 제1항 본문은 양도소득에 있어 ‘양도’의 개념을 ‘자산에 대한 등기 또는 등

록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로

사실상 이전되는 것’으로 규정하였는데, 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자를 원인으로

하여 자산이 이전된 경우에 한하여 이를 양도소득에 있어 ‘양도’로 본다는 취지는 아니므로, 그 외의 사유로 인한 것이라 할지라도 자산이 사실상 유상으로 이전된 때에는

양도소득세의 과세원인인 양도가 이루어졌다고 보아야 한다(대법원 2010. 12. 9. 선고

2010두15452 판결 참조). 결국, 법인세법상 양도의 개념을 소득세법의 그것과 같이 본다고 하더라도, 이 사건 주식이 유상계약인 합병계약에 의하여 사실상 이전된 이상 자산의 양도로 볼 수 있는 것은 마찬가지이다.

2) 합병대가 없는 합병에 관하여

피합병법인의 지분 100%를 보유한 원고가 이 사건 합병 당시 피합병법인에게 현

실적인 합병대가를 지급하지 아니하였음은 앞서 본 바와 같다.

그런데 ① 합병으로 인한 자산의 이전을 양도로 보는 것은 미실현 이익에 대한

과세에 목적이 있으므로, 현실적인 합병대가의 수수를 전제로 한다고 볼 수 없는 점,

② 피합병법인의 주식 100%를 보유한 경우를 과세에서 제외할 경우, 우선 피합병법인

주식을 취득한 후 합병하는 등 탈법이 발생할 우려가 있고, 주식을 100% 보유하지 아

니한 합병과 과세형평에 반하는 점, ③ 이러한 탈법을 방지하고 과세상의 적정을 기하

기 위하여 구 법인세법 제80조 제2항에서는 내국법인의 합병이 적격합병에 해당하지

아니하고, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자

(이하 ‘포합주식’이라 한다)가 있는 경우 합병대가에 포합주식의 취득가액을 가산하도

록 하였던 점, ④ 이러한 내국법인에 대한 법인세법의 규정 취지에 비추어 외국법인의

경우에도 포합주식의 취득시에 이미 대가가 지급된 것으로 평가할 수 있어, 합병 당시

현실적인 합병대가의 지급이 없었다 하더라도 유상성이 부정된다고 보기 어려운 점,

⑤ 한편, 원천징수 법인세의 성립시기인 ‘소득금액을 지급하는 때’가 반드시 실제로 소

득금액을 지급한 때를 의미하는 것은 아니고, 이자소득 및 배당소득에 관한 구 소득세

법 제131조 제1, 2항, 근로소득에 관한 구 소득세법 제135조 제1항 내지 3항의 경우와 같이 실제로 지급하지 않았지만 지급한 것으로 보아 원천징수하는 경우도 있을 수 있으므로, 이 사건 합병의 경우에도 합병대가의 지급과 대가관계에 있는 피합병법인의

자산 이전시점인 ‘주식을 이전받은 때’를 원천징수 법인세의 성립시기로 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 주식의 이전이 무상거래라거나 현실적인 소득금액의 지급이없다고 볼 수 없으므로, 피합병법인의 법인세 납세의무가 성립된다.

3) 소급과세금지원칙 위반 여부에 관하여

국세기본법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 과세관청에 의한 과세처

분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하

여 행하여졌다는 사정만으로는 적용될 수 없고, 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정

의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하고 나아가 이에 대한

과세처분의 결과 납세자에게 조세부담 등의 경제적 불이익이 발생할 경우에 한하여 적

용될 수 있는 것이다(대법원 1995. 7. 28. 선고 94누3629 판결 등 참조).

살피건대, 원고가 참고자료로 제출한 이 사건 처분 이전의 국세청의 각 질의회신

들은 원고의 질의에 대한 답변이 아닐 뿐만 아니라, 특정 민원인의 질의에 대한 답변

에 불과하여 위 각 회신들이 당연히 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 보기

어렵고, 가사 외국법인 간 합병으로 인한 내국법인 주식의 양도는 법인세 및 증권거래

세 과세대상이 아니라는 국세청의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고

하더라도, 원고가 이러한 해석을 신뢰한 나머지 이 사건 합병에 이르렀다고는 보기 어

려우므로(단지 원고가 이러한 해석을 신뢰한 나머지 이 사건 주식에 관한 법인세 및

증권거래세 신고를 누락하였음이 인정될 뿐이다), 각 질의회신 내용에 반하여 한 이 사건 처분이 국세기본법 제18조 제3항에서 정한 소급과세금지 원칙에 위배되었다는 원고의 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 주식의 가액산정에 관하여

구 법인세법 제92조 제2항 제3호, 구 법인세법 시행령 제131조 제1항은, ‘국내사

업장이 없는 외국법인의 내국법인 발행주식 양도로 인한 국내원천소득’이 국내사업장

이 없는 외국법인과 외국법인과 대통령령이 정하는 특수관계가 있는 외국법인(비거주

자를 포함한다)간의 거래이면서, 그 거래가격이 ‘구 국제조세법 제5조 및 동 시행령 제

4조가 정한 방법을 준용하여 계산한 가액(이하 ’정상가격‘이라 한다)’보다 낮은 경우,

정상가격을 당해 수입금액으로 하는 것을 원칙으로 하되, 이를 산출할 수 없는 경우에

한하여 구 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제6호를 준용하여 평가한 가액을 정상

가격으로 하도록 규정하고 있다. 한편, 구 국제조세법 제5조에 의하면, 정상가격은 비

교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법 중에 가장 합리적인 방법에 의

하여 계산한 가격으로 정하되, 이러한 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한

하여 동조 제4호에 따라 ‘대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법’에 의하여 계산한 가격으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 국제조세법 시행령(2006. 8. 24.대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조에 의하면, ‘대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법’이라 함은 이익분할방법, 거래순이익률방법, 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 합병은 특수관계에 있는 외국법인 간의 합병

이면서, 현실적인 합병대가가 전혀 지급되지 아니한 경우에 해당하므로, 이 사건 주식

의 양도가액은 정상가격을 기준으로 정해져야 할 것이다. 그런데 피고는 정상가격의

산정방법으로 비교가능 제3자 가격방법을 선택하면서, 스AA 주식회사의

주주 강AA와 주식회사 삼AA 및 주식회사 삼BB 사이의 거래가격을 비교가능 제3자 가격으로 판단하였는바, 강AA와 위 각 회사가 서로 특수관계에 있는 사

실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 국제조세법 제5조 제1항 제1호에 의하면 비교가능

제3자 가격은 ‘거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거

래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격’이어야 하므로, 피고가 강AA와 각 회사 사이의 거래가격을 비교가능 제3자 가격으로 보아 이를 기초로 정상가격을 산정한 것은 잘못이다.

그러나 이 사건의 경우, 비교가능 제3자 가격방법 외의 재판매가격방법, 원가가

산방법으로 정상가격을 도출하기 어려워 ‘대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인

정되는 방법’으로 정상가격을 산정함이 상당한데, 구 국제조세법 시행령 제4조 제1호

및 제2호 소정의 이익분할방법 및 거래순이익률방법은 모두 비특수관계자 간의 거래를

전제로 하고 있으므로, 결국 동조 제3호의 ‘기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’에 따라 정상가격이 결정되어야 한다.

따라서, 앞서 본 강AA와 각 회사 사이의 거래가격을 정상가격으로 인정하는 것이 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적인 것인지 여부에 관하여 보건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, ① 이 사건 주식은 비상장주식으로서 비교 가능한 거래 사례가 많지 않을 것으로 보이는 점, ② 특수관계자에게 비상장주식을 양도할 때는 부당행위계산부인 규정에 따른 과세처분을 받지 않기 위하여, 상속세 및 증여세법 및 그 시행령 관련 규정에 따라 평가한 시가에 근접한 가격으로 거래하는 경우가 일반적인 점, ③ 을 제2호증의 1의 기재에 의하면, 이 사건 주식을 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제63조 및 동 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18627호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조를 준용하여 평가하면 1주당 가액이 106,909원으로서, 강AA와 각 회사 사이의 실제 거래가격인 107,550원과 유사한 점 등에 비추어 보면, 피고가 강AA

와 각 회사 사이의 거래가격을 정상가격으로 결정한 것은 거래의 실질 및 관행에 비추

어 합리적이라고 인정된다 할 것이다(만약 위 거래가격이 거래의 실질 및 관행에 비추

어 합리적이라고 인정되지 않는다고 볼 경우, 구 법인세법 시행령 제131조 제3항에 의

하여 구 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제6호의 규정을 준용하여 평가한 가액을

정상가격으로 정하여야 할 것인데, 을 제2호증의 2의 기재에 의하면, 이 사건 주식을

구 소득세법 제99조 제1항 제5호 및 동 시행령 제165조를 준용하여 평가한 1주당 가

액은 113,420원으로서, 앞서 본 강신우와 각 회사 사이의 실제 거래가격인 107,550원

을 초과하여 오히려 원고에게 불리한 결과가 초래되게 된다).

따라서, 강AA와 각 회사 사이의 실제 거래가격을 정상가격으로 인정하여, 이를 기초로 원고에 대한 과세액을 결정한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

5) 가산세 부과의 위법성에 관하여

하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에

본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러

종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산

출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의

내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그

종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는

그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 원고에게 교부한 납세고지서에 법인세 및 증권거래세에 관한 각 가산세는 총합계액만 기재되어 있을 뿐, 구체적인

가산세의 내역과 산출근거를 적시하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로,

이 사건 처분 중 각 가산세 부분의 납세고지는 관계법령에서 요구하는 기재사항을 누

락한 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정이 없다.

따라서, 원고의 법인세 및 증권거래세 미납부에 정당한 사유가 있는지 여부에 관

하여 나아가 살필 것 없이, 이 사건 처분 중 각 가산세 처분은 위법하여 취소되어야

할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

6) 소결론

따라서, 이 사건 처분 중 법인세에 대한 가산세 OOO원 부분과, 증권거래세에 대한 가산세 OOO원 부분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고,

나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.