대전지방법원-2015-구합-556 (2015.09.03)

사 건

대전지방법원-2015-구합-556(2015.09.03)

원 고

DD화장품 주식회사

피 고

대전세무서장

변 론 종 결

2015.08.20.

판 결 선 고

2015.09.03.

주 문

1. 피고가 원고에게 한 별지1 목록기재 ‘처분일’ 및 ‘처분세액’란의 각 법인세 및 부가

가치세 부과처분의 같은 목록기재 ‘경정처분액’ 부분 중 별지2 목록기재 ‘정당한 세

액’란의 각 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/20은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 별지1 ‘처분일’ 및 ‘처분세액’란 기재의 각 법인세 및 부가가치세

부과처분(합계 4,187,440,160원) 중, ‘심판청구 재조사 관련 감액된 세액’란 기재의 각

감액경정된 금액을 초과하는 금액에 대한 부과처분을 취소한다.1)

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 한방샴푸 제조·판매업 등을 하는 회사이고(이하 ’원고 회사‘라고 한다), 이

병수는 원고 회사의 대표이사이자 원고 회사 주식의 100%를 가지고 있는 사람으로서,

이AA와 원고 회사는 상호간에 법인세법 소정의 특수관계에 있다.

나. 그런데 원고 회사는 2005. 1. 3.부터 2012. 6. 20.까지 7회에 걸쳐 이AA와 사이

에, 원고 회사가 이AA 소유의 특허권을 이용하여 제품을 생산·판매하고 이AA에게

일정한 특허사용료를 지급하기로 하는 내용의 각 특허권 개발 및 사용료 계약(이하 통

틀어 ‘이 사건 각 계약’이라 한다)을 체결한 후, 그에 따라 2005.부터 2012.까지 이AA

에게 특허권 사용료를 지급하였는데, 그 중 2008.부터 2012.까지 지급된 특허권 사용료

는 합계 8,994,026,101원(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)이다.

다. 한편 피고는 2013. 8. 20.부터 같은 해 9. 24.까지 원고 회사에 대하여 세무조사

를 실시한 후, 이AA의 특허가 원고 회사의 제품에 실시되지 않았다고 보아 이 사

건 사용료를 업무무관비용으로 손금불산입하고, 접대성 경비를 복리후생비로 잘못

계상한 등의 오류가 있다고 보아 이를 손금불산입 등으로 처리하여, 별지1 목록기재

중 ‘처분일’ 및 ‘처분세액’란과 같은 내용의 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(이하 위

처분을 모두 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

라. 이에 원고 회사는 2014. 4. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 같

은 해 9. 23. ‘이 사건 처분은 이 사건 사용료의 적정범위를 재조사하여 이를 초과하는

부분에 대하여만 업무와 무관한 비용으로 보아 손금불산입하는 것으로 하여 그 과세표

준 및 세액을 경정한다.’라는 내용의 결정을 하였다.

마. 위 결정에 따라 피고는, “원고 회사가 이AA의 특허 중 ‘한약재를 이용한 발모

제 조성물(특허 제 10-08000000호)’이라는 명칭의 발명에 대한 특허(이하 ‘이 사건 특

허’라고 한다)를 실시하였지만, 이AA가 원고 회사의 임원으로서 이 사건 특허를 직무

발명하였으므로, 원고 회사와 이AA는 이 사건 특허권을 공유하고 있다”는 것을 이유

로, 이 사건 사용료 중 50%를 손금불산입 및 매입세액 불공제한 후 별지1 목록기재

중 ‘경정처분액’과 같은 내용의 경정처분(이하 ‘이 사건 경정처분’이라고 한다)을 하였

다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 14, 갑 제2, 3, 4호증, 갑 제5호증의

1, 2, 갑 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 요지

1) 원고 회사

가) 이 사건 처분의 사유는 이AA의 특허가 원고 회사의 제품에 실시되지 않았

다는 것이고, 이 사건 경정처분의 사유는 이 사건 특허가 원고 회사의 제품에 실시되

었다는 것을 전제로 하고 있어서 양자는 그 기본적 사실관계가 다른데, 이는 허용되지

않는 처분사유의 추가·변경에 해당하므로, 이 사건 경정처분의 사유로서 이 사건 처분

을 그대로 유지시킬 수 없다.

나) 이AA는 이 사건 특허를 직무발명한 것이 아니고 원고 회사의 설립 이전에

이를 개인적으로 발명한 것인바, 이 사건 특허권은 이AA 개인의 소유에 속하고, 이에

대해 특허권 사용료를 지급하는 것에 관하여 업무무관비용이나 부당행위계산부인 규정

을 적용할 수는 없으므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

이AA의 특허 중 이 사건 특허만이 원고 회사의 제품에 사용되었고, 이 사건 특

허는 성질상 개인이 발명하기 어려운 것으로 보이며, 이 사건 각 계약이 처음 체결된

시점과 이 사건 특허의 출원 시점은 원고 회사의 설립 이후이므로, 이 사건 특허권은

그 등록명의만 이AA 앞으로 되어 있을 뿐이지 그 실질적인 소유권자는 원고 회사이

다. 설령 이 사건 특허권이 원고 회사의 단독 소유가 아니라고 하더라도 그 발명에 대

한 원고 회사의 기여도를 고려하여 볼 때, 이 사건 특허권은 원고 회사와 이AA의 공

동소유이므로, 이 사건 사용료는 과다 산정된 것으로 볼 수 있고, 그렇게 과다 산정된

부분만큼을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지3의 기재와 같다.

다. 인정사실

원고 회사와 재배 계약 하청 계약자 김CC와는 원고 회사가 요구한 원자재의 재배 물품(이하 ‘제품’

이라 한다)의 재배위탁 등에 관해 다음과 같이 계약한다.

제2조 [재배 장소와 품목]

1. 김CC은 원고 회사와 협의한 제품의 재배장소(주소 : 경기도 GG군 H면 J리 000-00번지 외)

와 상호간에 협의한 재배면적인 90,000평에서 제품을 경작한다.

제4조 [대금의 지급]

계약금은 일금 95,000,000원은 계약 체결 시에 지급하고, 잔금의 지급은 제품의 인도 시에 정산한

다.(약초 구입 시 현 시세에 따라 지급 할 수 있다)

제6조 [계약 기간]

계약일로부터 2007년 3월 18일까지로 한다.

1) 이AA는 1998. 5. 1.부터 DD화장품 등의 상호로 인체세정제, 화장품의 소매

제조업에 종사하여 왔는데, 1999. 12.경부터는 인삼·당귀·들국화 등을 달여서 만든 추

출물을 첨가한 한방샴푸를 판매하기 시작했고, 2001. 6. 18.에는 ‘탈모방지 및 발모조성

물을 함유하는 샴푸’라는 명칭의 발명에 대한 특허를 출원하였으며, 2003. 12. 2.에는

한방샴푸 등을 판매하는 원고 회사를 설립하기에 이르렀다. 위 특허권은 2005. 1. 4.

등록되었는데, 이는 쑥과 인삼 등으로 구성된 한약재 추출액이 10~40%의 중량을 차지

하는 추출물이 첨가되어 탈모방지 및 발모조성의 효과가 있는 한방샴푸에 관한 특허

(이하 ‘이 사건 선행특허’라고 한다)이다. 그리고 이AA는 이 사건 선행특허와 특허 외

에도 원고 회사의 제품과 관련된 분야의 특허 3개를 출원하였다.

2) 원고 회사는 2004. 1. 22.부터 같은 해 3. 22.까지 3회에 걸쳐 ◇◇약업사로부

터 구절초 12,190근을 합계 21,942,000원에 매입하였고, 같은 해 3. 18.에는 ‘노란 들국

화 작목 반장’이라는 상호의 업체를 운영하는 김영옥과 사이에 들국화의 일종인 구절

초 재배에 관한 재배위탁계약을 체결하였는데, 그 주요한 내용은 다음과 같다.

제2조 (관련 계약 및 용어의 정의)2)

1. “특허권”이라 함은 이AA가 개발하여 소유하고 있는 기술로 특허청장으로부터 받은 기술로 구

체적인 것은 아래와 같다.

2. “계약제품”이라 함은 이AA가 개발하였거나 개발진행중인 것을 포함하며 원고 회사가 생산한

모든 제품을 의미한다.

제3조(판매권)

1. 이AA는 “계약제품”을 생산하여 판매할 수 있는 권한을 원고 회사에게 허여한다.

2. 원고 회사는 상기의 판매권의 허여대가로서 제4조에3) 정한 특허사용료를 이AA에게 지급한다.

3) 그 후 이AA는 2004. 7. 27. 자신을 발명인으로 하여 이 사건 특허를 출원하였

고, 이 사건 특허권은 2008. 1. 31. 등록되었으며, 이 사건 특허권과 관련하여 이AA가

특허청장에게 제출한 명세서의 주요 내용은 별지4의 기재와 같다.

4) 한편, 이 사건 각 계약에 공통적으로 포함되어 있는 내용 중 주요한 부분은 다

음과 같다.

그리고 이 사건 각 계약이 7회에 걸쳐 체결됨에 따라 그 계약기간 및 사용료 지급률이

변동되어 왔는데, 그 내용은 다음과 같다.

5) 이AA는 2005. 7. 1. 산업재산권 임대업에 관하여 사업자등록을 마치고, 성남

세무서장에게 이 사건 각 계약에 따라 2005.부터 2007.까지 원고 회사로부터 받은 특

허권 사용료에 관하여 종합소득세를 신고하였다. 그런데 이AA와 성남세무서장과 사

이에 위 특허권 사용료가 소득세법상 사업소득에 해당하는지에 관하여 다툼이 있었고,

이AA가 그에 관하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2010. 10. 6.

위 사업자등록을 근거로 하여 위 특허권 사용료는 소득세법상 사업소득에 해당한다는

취지의 결정을 하였다.

6) 그 사이 원고 회사는 2006.경 5명의 직원이 근무하는 제품개발실을 운영하였고,

2008. 6. 11.에는 기업부설연구소를 설립하기에 이르렀다.

7) 원고 회사는 2008. 3. 26. ‘탈모 방지 및 모발 생장 촉진 효과를 갖는 피부외용

조성물’이라는 명칭의 발명에 관한 특허를 출원하여 2010. 8. 25. 그에 관한 등록이 되

었는데, 위 특허의 출원인은 주식회사 FFF랜드이고, 발명자는 원고 회사나 이AA가

아닌 김기호 외 5명이며, 위 특허의 명세서 중 주요한 내용은 별지5의 기재와 같다.

8) 원고 회사의 영업이익은 2008.부터 2010.까지 흑자상태였고, 2011.에는 적자상

태였다가, 2012.에 다시 흑자상태로 전환되었다.

9) 그런데 TTTT 특허법률사무소는, “원고 회사의 제품 중 일부 제품에 포함된

추출물 속에 들어 있는 한약재 추출액의 중량은 9.5%~21%이고 이 사건 선행특허의 청

구범위는 ‘한약재 추출액의 중량 10~40%’인데, 0.5%의 차이는 일반적인 공정상의 오차

범위 또는 제조오차로 볼 수 있고 이로 인하여 작용효과가 달라진다고 볼 수 없다.”는

등의 이유로 ‘원고 회사의 제품 중 일부 제품에는 이 사건 선행특허가 실시되었다.’는

내용의 특허권 실시여부 의견서를 작성하였고, 이와 반대로 KKK 국제특허법률사무소는

2014. 4. 1. ‘원고 회사의 제품 중 일부 제품에는 이 사건 선행특허가 실시되지는 않았

지만, 이 사건 특허는 실시되었다.’는 내용의 특허권 실시여부 의견서를 작성하였다.

10) 한편 원고 회사의 중앙연구소는 이 사건 소송 과정에서 구절초 20,000근은 댕

기머리샴푸(500ml 기준) 약 970,000개를 생산할 수 있는 제조량이라는 내용의 구절초

사용량 확인서를 작성하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 6호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1, 2, 3,

갑 제13호증의 1, 갑 제19, 21, 22, 28호증, 을 제4호증의 1, 을 제5호증의 1 내지 7,

을 제6호증, 을 제7호증의 2, 을 제12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 경정처분에서의 사유 변경이 허용되지 않는 처분사유의 변경에 해당하

는지

과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과

세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또

는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유

지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료

만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할

수 있는 것은 아니다. 즉 과세관청이 당초 처분사유로 양도 건물의 주택용도 이외 부

분의 면적이 주택용도 부분의 면적보다 크다는 사유를 내세워 양도소득세가 비과세되

는 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제5조 제6호

(자)목 소정의 '1세대 1주택'의 요건을 갖추지 못하였다고 주장하다가 소송중 양도인이

위 건물의 양도 당시 다른 주택 1채를 더 소유하고 있어 위 요건을 갖추지 못하였다고

주장하는 것은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내의 것이고, 과세관청이 이월결손금이

없음을 전제로 한 당초의 처분사유를 이월결손금이 없지 아니하나 당해 사업연도에 산

입할 익금이 있음을 전제로 한 처분사유로 변경할 수 있는 것이다(대법원 2002. 10. 1

1. 선고 2001두1994 판결, 대법원 2014. 5. 16. 선고 2013두21076 판결 등).

처분의 동일성에 관한 위와 같은 법리에 입각하여 이 사건 경정처분에서의 사유

변경이 ‘처분의 동일성’의 범위 내에서 이루어진 것인지에 대하여 보건대, 앞서 든 증

거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 처분과 이 사건 경정처분의 과세요건 사실

은 ‘이 사건 특허권이 이AA 명의로 등록되어 있지만, 그 실질은 원고 회사의 단독소

유라는 사실 또는 원고 회사와 이AA의 공동소유이고 원고 회사의 지분비율이 최소 5

0%에 이른다는 사실’이라고 할 것인데, 이는 모두 원고 회사의 법인세, 부가가치세 산

정에 있어서 이 사건 사용료가 손금불산입 내지 매입세액 불공제의 대상인지와 연결되

는 사유라고 할 것이므로, 이 사건 경정처분에서의 사유 변경은 ‘처분의 동일성’의 범

위 내에서 이루어진 것이라고 봄이 상당하여, 이 사건 경정처분에서의 사유 변경이 허

용되지 않는 처분사유의 변경에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고 회사의 이 부분

에 관한 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 특허권이 원고 회사의 단독소유 또는 원고 회사와 이AA의 공동소유

인지

납세의무자는 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도

여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없

는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 실질과세의 원칙에 의하여 당

사자의 거래행위의 효력을 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 부인할 수 있

으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 한다

(대법원 1999. 11. 9. 선고 98두14082 판결, 대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결,

대법원 2009. 5. 14. 선고 2008두14067 판결 등). 또한 법인과 특수관계자 사이의 거래

가 법인세법상 부당행위계산부인 사유에 해당한다는 사실의 입증책임은 과세관청에 있

고, 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이

밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사

정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이

라고 단정할 수는 없게 된다(대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결, 대법원 200

7. 2. 22. 선고 2006두13909 판결 등).

위 법리에 비추어 보건대, 이 사건의 경우 이AA와 원고 회사가 상호간에 법인

세법 소정의 특수관계에 있는 사실, 원고 회사가 설립된 이후에 이 사건 특허가 출원

된 사실, 이 사건 각 계약 중 2005. 1. 3.자 계약, 2006. 6. 23.자 계약 및 2007. 12. 2

4.자 계약이 체결될 당시 이 사건 특허권이 등록되지 않은 사실은 앞에서 본 바와 같

으나, 위 사실만으로는 이 사건 특허권이 원고 회사의 단독소유 또는 원고 회사와 이

병수의 공동소유에 해당하여, 이 사건 사용료의 지급이 ‘원고 회사의 업무와 직접 관련

이 없는 지출’ 내지 ‘원고 회사와 특수관계에 있는 이AA와의 거래로 인하여 원고 회

사의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것’에 해당한다고 보기에 부족

하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 앞에서 본 인정사실, 앞서 든 증거 및 변

론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정을 종합하여 보면, 이AA는 원고 회사

의 설립 이전에 이 사건 특허를 개인적으로 발명하였다고 봄이 상당하다.

가) 이AA의 사업경력상, 이AA는 원고 회사 설립 이전부터 들국화 등의 한

약재를 첨가한 탈모방지효과가 있는 한방샴푸의 개발기술을 보유하고 있었고, 이에 관

한 상당한 지식과 노하우 등을 가지고 있었던 것으로 보인다.

나) 이 사건 특허의 발명범위 내에 ‘일정한 범위 내에서 각종 첨가물의 종류

및 양을 추가 변경하여 추출액을 만들어 내는 것, 추출액의 농도를 필요에 따라 조정

하는 것’이 포함되어 있는 점으로 미루어 볼 때, 이 사건 특허는 그에 선행하는 이AA

의 다른 특허와 무관하게 발명된 것이 아니라, 이 사건 선행특허 등의 출원과 그와 관

련된 한방샴푸의 판매 등의 연장선상에서 이AA의 기존발명이 보완된 것이라고 보는

것이 자연스럽다.

다) 피고는 물 800kg에 인삼, 구절초 등의 한약재 30~70kg을 넣는 작업 등은

그 속성상 법인의 기여도 없이는 이루어지기 어렵다고 주장하나, 이 사건 특허의 명세

서에도 ‘상기와 같이 이루어지는 본 발명에 따른 한약재를 이용한 발모제 조성물에 의

하면, 한약재를 달일 수 있는 설비만 있으면 되므로, 간단한 설비로 제조하는 것이 가

능하고, 저원가로 제조하는 것이 가능하다’라는 내용이 기재되어 있을뿐더러, 앞에서

본 것처럼 이AA가 기존의 특허발명 및 그에 관한 판매 등의 시행착오를 거쳐서 이

사건 특허를 발명하였다고 봄이 합리적인 이상, 각종 한약재 등의 종류와 양의 조절 ·

한약재 첨가 후 가열시간의 조절 · 그렇게 얻어진 추출물의 성인 10명에 대한 임상실

험 등은 작은 규모의 관련설비만 갖추어져 있다면 법인이 아닌 개인 사업등록자로서도

얼마든지 할 수 있는 종류의 작업이라고 보인다.

라) 반면 원고 회사의 명의로 등록된 ‘탈모 방지 및 모발 생장 촉진 효과를 갖

는 피부외용조성물’이라는 명칭의 발명에 관한 특허권의 경우, 이 사건 특허권과는 달

리 그 출원인과 발명인의 구성이 다양하고, 그 발명과정에 농도의 차이가 나는 알콜

내지 메탄올의 혼합 · 가열 온도의 조절 · 초산에틸 등의 화학물질이 첨가된 추출방법

· 실험동물에 대한 계량화된 실험의 실시 등의 공정이 추가된 점으로 보아, 이 사건 특

허의 발명과정과는 질적으로 차이가 있다고 판단된다.

마) 이 사건 특허의 명세서에 의하면, 그 발명과정에서 성인 10명에게 4개월

간 각종 실시예를 사용하도록 하는 임상실험이 이루어졌음을 알 수 있다. 그런데 원고

회사가 2004. 1. 22.부터 같은 해 3. 22.까지 구절초 12,190근을 구입한 점, 같은 해 3.

18.에는 계약기간을 2007. 3. 18.까지로 하는 구절초 재배계약을 체결한 점 등을 고려

하면, 원고 회사는 늦어도 2004. 3. 18.에는 구절초를 이 사건 특허의 실험용도가 아닌

한방샴푸의 대량생산용으로 구입하였다고 보이고, 그렇다면 이 사건 특허의 핵심인 추

출액의 각종 실시예를 완성하여 그 실시예를 가지고 관련 임상실험을 완료한 후 비로

소 그에 관한 대량생산을 착수하는 것이 사회통념상 자연스러운 순서라는 전제 하에,

이 사건 특허의 임상실험 결과는 2004. 3. 18.에는 이미 도출된 상태였다고 봄이 상당

하다. 따라서 2004. 3. 18.에 이 사건 특허의 임상실험 결과가 도출된 상태에 있으려면

늦어도 그로부터 4개월 전인 2003. 11. 18.에는 이 사건 특허의 핵심인 추출액의 각종

실시예가 완성된 상태에 있어야 하는데, 원고 회사가 그 이후인 2003. 12. 2.에 비로소

설립되었음은 앞에서 본 바와 같아서, 원고 회사가 위 추출액 실시예의 완성 등에 기

여하였다고 볼 수는 없다.

바) 이 사건 각 계약에 따른 사용료 지급률은 2008. 12. 22.자 계약부터 하락

하였는바, 원고 회사의 기업부설연구소 설립일이 2008. 6. 11.인 점을 감안하면, 이는

원고 회사 제품의 다양화 등과 맞물려 이AA의 특허권이 원고 회사의 제품에 기여하

는 정도가 낮아지는 반면 원고 회사 자체의 연구결과가 원고 회사의 제품에 기여하는

정도가 점차 높아지는 것을 반영하는 것이라고 해석된다.

사) 피고는 이 사건 각 계약이 처음 체결된 시점과 이 사건 특허의 출원 시점

을 문제 삼고 있으나, 반드시 이미 등록된 특허권만이 특허권 사용료 지급계약의 대상

이 된다고 볼 수 없는데다가, 이를 뒷받침하듯 이 사건 각 계약 제2조 제2호에는 ‘계약

제품이라 함은 이AA가 개발하였거나 개발진행중인 것을 포함하며’라는 내용이 기재

되어 있고, 이 사건 선행특허와 특허는 이 사건 각 계약이 체결된 당시 이미 출원된

상태였으며, 이AA가 원고 회사 제품의 분야와 관련하여 출원한 특허는 여러 개였으

므로, 이 사건 선행특허와 특허 등이 원고 회사의 제품에 실시될 것이라고 판단한 이

병수로서는 위 각 특허의 등록 등을 예상하여 이AA의 특허 전부를 포괄적으로 혹은

각 특허의 등록을 조건으로 하여 원고 회사와 이 사건 각 계약을 체결하였다고 보인

다. 그런데 이 사건 특허가 2008. 1. 31.에 등록되었고, 이 사건 처분의 과세기간이 20

08.부터 2012.까지임은 앞에서 본 것과 같으므로, 유효한 이 사건 각 계약에 따른 이

사건 사용료의 지급을 근거 없는 것이라고 평가할 수 없다. 그리고 21세기 특허법률사

무소가 ‘이 사건 선행특허가 원고 회사 제품의 일부에 실시되었다.’는 취지의 특허권

실시여부 의견서를 작성한 것을 보면, 이AA의 위와 같은 예상 내지 판단은 상당한

이유가 있는 것이라고 보인다.

아) 이AA는 2005.부터 2007.까지 이 사건 각 계약에 따라 원고 회사로부터

받은 특허권 사용료에 관하여 소득세를 납부하였던 것으로 보이므로, 특별히 이 사건

각 계약의 체결에 있어서 조세회피의도 등은 보이지 않는다. 이와 관련하여 이AA는

원고 회사와 이 사건 각 계약을 체결함으로 인하여 원고 회사의 영업이익이 적자였던

2011.에도 이 사건 사용료 중 일부를 받을 수 있었으므로, 그러한 점은 이 사건 각 계

약을 체결하게 되는 합리적인 경제적 유인으로 작용하였다고 보인다.

마. 소결

그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 사용료의 손금불산입, 매입세액 불공제에 관한

부분은, 원고 회사와 이AA가 이 사건 특허권을 사실상 1/2씩 공유하고 있음을 전제

로 하고 있으므로, 위법하다 할 것인바, 이에 따라 원고 회사의 법인세 및 부가가치세

의 정당한 세액을 계산하면, 별지2 목록기재 ‘정당한 세액내역’란과 같이 된다. 따라서

이 사건 처분의 별지1 목록기재 ‘경정처분액’ 부분 중 별지2 목록기재 ‘정당한 세액’란

의 각 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

한편 원고 회사는 이 사건 처분의 별지1 목록기재 ‘경정처분액’ 부분 전체의 취소

를 구하고 있으나, 위 부분 중에서 이 사건 사용료와 관련된 부분은 별지2 목록기재

‘정당한 세액’란에 이미 반영이 되었고, 이 사건 사용료 외의 위법사유에 대한 원고 회

사의 주장·입증이 없으므로, 위 인정범위를 초과하는 부분에 대한 원고 회사의 청구는

이유 없다.

(또한 피고는 이 사건 변론종결일 이후에, 원고 회사가 이 사건 특허권을 포함하여

이AA의 개인사업장의 권리·의무를 포괄적으로 양수받았으므로 이 사건 특허권은 원

고 회사의 명의로 등록되었어야 한다는 취지로 주장하나, 피고가 제출하는 증거만으로

위와 같은 내용의 포괄양수도 계약이 존재한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 설령 그와

같은 계약이 존재한다고 하더라도, 앞에서 본 것처럼 원고 회사의 설립일인 2013. 12.

2.에는 이 사건 특허가 출원조차 되지 않은 상태였으므로, 당시 이 사건 특허권이 계약

의 대상이 될 정도의 재산권으로 성립하였다고 볼 수 없고, 이 사건 특허권은 이AA

개인의 소유이지 이AA의 사업장의 소유는 아니므로, 결국 위와 같은 포괄양수도 계

약의 대상에 이 사건 특허권이 포함되어 있었다고 할 수 없다. 따라서 이 부분에 관한

피고의 주장 역시 이유 없다).

3. 결론

그렇다면 원고 회사의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지

청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.