서울고등법원-2015-누-53222 (2016.05.04)

사 건

2015누53222 법인세부과처분취소

원고, 항소인

재단법인 ○○○○○

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심 판 결

서울행정법원 2015. 7. 17. 선고 2015구합54360 판결

변 론 종 결

2016. 3. 30.

판 결 선 고

2016. 5. 4.

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2013. 9. 2. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 411,569,598원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분(제2면 제5행부터

제4면 제3행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문

에 의하여 이를 그대로 인용한다(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심 판결의 그것

과 같다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분(제4면 제6행

부터 제7면 제12행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420

조 본문에 의하여 이를 인용한다.

나. 관계법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분(제13면부터

제19면까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의

하여 이를 인용한다.

다. 인정사실

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 일부 내용을 고치는 외에

는 제1심 판결의 해당 부분(제5면 제3행부터 제6면 아래에서부터 제6행까지) 기재와

같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결 제6면 아래에서부터 제6, 7행의 ‘[인정근거]’ 부분을 다음과 같이 고친

다.

『6) 원고는 2009. 11.경 주식회사 지OO(이하 ‘지OO’이라 함)에게 이 사건 주식을

순자산가치로 산정한 가액인 25억 원 정도에 인수할 것을 제안하였고, 지OO은 이에

대한 검토를 위해 OO대학병원에 AA약품이 계속하여 의약품을 공급할 수 있는지 여

부를 문의하였다. 이에 OO대학병원은 ‘AA약품의 OO대학병원에 대한 의약품 납품

계약은 600억 원의 거래보증금을 예치하는 조건으로 1년씩 계약기간을 연장할 수 있

다.’고 답변하였다. 지OO은 600억의 현금 조달의 어려움과 AA약품의 납품계약이 언

제까지 유지될지 알 수 없는 점을 고려하여 이 사건 주식의 인수를 포기하였다.

7) 원고는 2010. 4.경 주식회사 BBBB(이하 ‘BBBB’이라 함)에게 이 사건 주

식을 순자산가치로 산정한 가액에 인수할 것을 제안하였고, BBBB은 이에 대한 검

토를 위해 OO대학병원에 AA약품의 납품 계약의 유지 여부를 문의하였다. 이에 O

O대학병원은 600억 원의 거래보증금을 요구하였고, BBBB이 부산OO대학병원을

제외하고 400억 원의 거래보증금을 지급하는 조건을 제시하자 이를 수락하였다. 이에

따라 BBBB은 원고와 이 사건 주식을 인수하기로 구두 합의하고 OO대학병원에 거

래보증금 400억 원의 10%인 40억 원을 계약금 명목으로 입금하여 AA약품의 운영을

시작하였으나, 2개월 후 내부 의견에 따라 AA약품 인수를 포기하여 OO대학병원에

지급한 40억 원을 돌려받고 계약관계를 청산하였다.

8) 김GG 등은 OO대학병원과 AA약품의 OO대학병원에 대한 의약품 납품 계

약 연장에 관한 협상을 하였고, OO대학병원이 거래보증금 400억 원(부산OO대학병

원 제외)에 1년 단위 계약 갱신을 조건으로 제시하자, 거래보증금으로 200억 원을 지

급하고, 나머지 200억 원의 거래보증금을 지급하지 않는 대신 물품대금의 지급기한을

기존의 9개월에서 14개월로 변경하기로 최종 합의하였다. 이에 따라 김GG 등은

2010. 7. 19. 이 사건 주식을 취득하여 AA약품을 인수하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6. 7, 12 내지 16, 20, 25호증, 을 제4 내지 6호증의

각 기재, 변론 전체의 취지』

라. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 법인세법 제24조 제1항은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 대통령령이

정하는 기부금(지정기부금) 외의 기부금(비지정기부금)은 당해 사업연도의 소득금액계

산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제35조

는 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 시행령 제36조의 규정에 의한 지정기부

금과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다고 규정하면서 제2호에서 ‘법인

이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮

은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적

으로 증여한 것으로 인정되는 금액(이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을

가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다)’을 규정하고 있다.

나) 정상가액의 기준이 되는 ‘시가’의 의미를 보건대, 구 법인세법 제52조 제2항

은 ‘건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용

되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 시가로 규정하고 있는바, 이는 일반적이고 정

상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 말한다(대법원 1994. 12. 22. 선고 93

누22333판결 등 참조). 따라서 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 관한 객관

적인 교환가치를 적정하게 반영한 매매실례가 있으면 그 가격을 시가로 보아야 하고,

그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의

객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로

볼 수 있다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두11181 판결 참조).

한편 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호는 시가가 불분명한 경우 구 상속

세 및 증여세법(2010. 12. 27. 법률 제10411호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’

이라 한다) 제38조 내지 제39조의2, 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가

액을 적용하여 계산하도록 규정하면서, 같은 항 제1호에서 주식등에 대하여는 감정평

가법인이 감정한 가액에 따를 수 없도록 제외하고 있는바, 그 취지는 비상장주식에 대

한 감정평가방법을 달리함에 따라 다양한 감정가액이 산출됨으로써 조세공평의 원칙에

반하는 결과가 초래되는 것을 방지하기 위하여 그 평가방법을 상증세법 및 같은 법 시

행령이 정하는 보충적 평가방법으로 통일하고자 하는 데 있는 점, 비상장주식의 경우

일반적으로 불특정 다수인 사이에 거래가 이루어지지 아니하므로 감정평가에 의하여

구 법인세법 제52조 제2항의 시가를 도출하기도 어려운 점 등을 고려하면, 비상장주식

에 대한 감정가액은 특별한 사정이 없는 한 구 법인세법 제52조 제2항의 시가에 해당

한다고 할 수 없다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두1849 판결 참조).

결국, 비상장주식의 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2

항 제2호에 따라 구 상증세법(2010. 12. 27. 법률 제10411호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제63조 제1항 제1호 (다)목 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법

에 의하여 시가를 산정하면 될 것이다.

다) 만일 법인이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하였더라도 정당한 사

유가 존재한다면 그 차액을 비지정기부금으로 볼 수 없는데, 거래당사자들이 그 거래

가격을 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 정상적인 가격으로 믿을 만한 합리적인 사

유가 있었던 경우는 물론, 그와 같은 사유는 없더라도 그 거래가격으로 재산을 양도하

는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 볼 수 없는 객관적인 사유가

있었던 경우에는 구 법인세법 시행령 제35조 제2호에서 말하는 ‘정당한 사유’가 있다고

봄이 타당하다(대법원 2013. 8. 23. 선고 2013두5081 판결 취지 참조).

라) 과세처분의 위법을 이유로 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성

과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 특수관계가 없는

자 사이의 거래에 있어서 법인세법 시행령 제35조 제2호에서 정한 ‘정당한 사유’가 없

다는 점에 대한 증명책임도 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2011. 12. 22. 선고

2011두22075 판결 등 참조).

2) 첫 번째 주장에 관하여

위 관련규정 및 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 본 인정사실에

변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건

양도가액(1주당 58,054.5원)은 이 사건 주식 양도 당시 위 주식의 객관적인 교환가치를

적정하게 반영하고 있다고 보기 어렵고, 달리 이에 관한 매매실례를 찾아볼 수도 없으

므로 그 밖에 다른 방법으로 이 사건 주식의 시가를 산정하기도 어렵다고 봄이 타당하

다. 따라서 이 사건 양도가액을 시가로 인정하지 않고 보충적 평가방법을 적용한 것이

위법하다는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 비록 김GG가 원고의 임직원이 아니어서 이 사건 주식의 양도가액을 결정

하는데 직접 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있지는 아니하였더라도, 앞서 본 백CC,

백DD의 지위, 원고의 설립 및 이사회 운영 경위, 원고가 1인 주주였던 AA약품의 의

약품 매출 구조 등에 비추어 원고와 학교법인 OO학원은 실질적으로 이해관계가 동일

하였던 것으로 보이는데, 학교법인 OO학원의 경리이사로서 장기간 재직한 김GG가

이 사건 이사회에서 이 사건 주식의 양도 목적 및 경위와 그 가액 결정 과정 등에 대

하여 담당자로서 자세히 설명하였던 점, 김BB의 처 김EE는 이 사건 주식 양수 이

전에 이미 AA약품의 주주로서 원고에게 AA약품 주식 16,500주를 기부했던 점, 이

러한 김GG, 김QQ가 원고로부터 이 사건 주식의 75%를 양수한 거래당사자였던 점

등에 비추어 보면, 원고와 김GG, 김QQ 사이의 이 사건 주식 양도가 서로의 이해관

계가 일치하지 않고 대등한 지위에 놓여 있는 불특정다수인 사이의 통상적인 거래라고

보기 어렵다.

② 이 사건 주식의 양도가액은 2개 회계법인 감정평가액의 산술평균인

54,036.5원에 준하여 54,085.5원으로 결정된 것인데, 각 감정평가액은 순손익가치를 배

제하고 순자산가치만을 주식수로 나누어 주당 가치를 산정한 것이다. 그런데 AA약품

의 OO대학병원에 대한 의약품 납품 계약이 연장되지 않을 가능성이 존재한다고 하더

라도, 이 사건 주식의 양도 당시 AA약품이 OO대학병원에 대한 영업을 영위하고 있

었던 이상 순손익가치를 완전히 배제한 순자산가치만으로는 AA약품 주식의 객관적

가치를 반영한다고 볼 수 없다.

③ 원고는 이 사건 주식을 지OO이나 BBBB에게 순자산가치만을 산정한 가

액에 매도하려고 하였으나 지OO은 이를 거절하였고 BBBB은 이 사건 주식의 인수

를 결정하고 2개월가량 AA약품을 운영하기는 하였으나 그 후 주식인수계약을 해지하

였으므로 위와 같은 사례가 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 매매실례라고 보기

는 어렵다. 설령 위와 같은 거래의 협상을 매매실례로 볼 수 있다고 하더라도 이 사건

주식의 양도는 AA약품의 지분 전체를 양도하는 것으로서 경영권의 양도를 포함하는

것이고, 회사의 발행주식을 경영권과 함께 양도하는 경우 그 거래가격은 주식만을 양

도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없으므로(대법원

1982. 2. 23. 선고 80누543 판결, 대법원 2003. 6. 13. 선고 2001두9394 판결 등 참조),

원고와 지OO 또는 BBBB 사이의 이 사건 주식에 관한 협상가액이 객관적인 교환

가치를 반영하고 있다고 볼 수도 없다.

3) 두 번째 주장에 관하여

위에서 본 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제5, 10호증(각 가지번호 포함)의 각

기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면 이 사건 주식

을 이 사건 양도가액에 양도하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고

볼 수 없는 객관적인 사유가 있었다고 보이고, 달리 구 법인세법 시행령 제35조 제2호

에서 말하는 ‘정당한 사유’가 없음을 인정할만한 사정을 찾을 수 없으므로 이와 다른

전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

① 약사법이 2011. 6. 7. 법률 제10788호로 개정되면서 ‘의약품 도매상은 다음

각 호의 어느 하나에 해당하는 특수한 관계에 있는 의료기관이나 약국에 직접 또는 다

른 의약품 도매상을 통하여 의약품을 판매하여서는 아니 된다’는 제47조 제4항이 신설

되었는데(이하 위 신설조항을 ‘이 사건 규정’이라 한다), 위 규정에 따르면 AA약품은

매출의 약 90%를 차지하는 OO대학병원에 의약품을 납품할 수 없게 될 예정이었다.

비록 이 사건 규정이 이 사건 주식 양도가 이루어진 2010. 7. 19.보다 약 1년 후에 신

설되었고, 그로부터 다시 약 1년 뒤인 2012. 6. 8. 시행되기는 하였으나, 이 사건 규정

의 개정 논의 이전인 2008. 8. 8.경에도 FFF이 AA약품을 병원직영도매업체로 분류

하여 복지부에 실태조사를 거쳐 허가취소 등 적정한 조치를 권고한 점, 2010년경부터

대형 병원들이 의약품 납품업체를 변경해온 점 등에 비추어 보면 이 사건 주식의 양도

당시 원고가 이 사건 규정의 신설을 예상하였다고 봄이 상당하고, 이에 따라 원고가

당시 긴급히 현금을 확보해야 할 만큼 자금 사정이 어렵지 않았다고 하더라도 이 사건

주식을 조속히 양도할 필요성이 있었던 것으로 보인다.

② 원고는 AA약품의 OO대학병원에 대한 의약품 납품 영업권을 양도할 수 없

는 사정을 고려하여 이 사건 주식을 순자산가치만을 반영한 가액에 매도하려고 한 것

으로 보인다. 그럼에도 불구하고 지OO과 BBBB은 OO대학병원의 의약품 납품 계

약 연장 조건(400억 원 이상의 거래보증금 및 1년 단위 계약 연장)을 이유로 이 사건

주식의 인수를 포기하였으므로 원고가 AA약품의 OO대학병원에 대한 계속적인 의약

품 납품을 보장하지 않는 한, 이 사건 주식이 순자산가치만을 반영한 가액보다 고액으

로 양도되기는 어려웠을 것으로 보인다.

③ 이러한 상황에서 원고가 2개의 회계법인에 AA약품의 영업권이 양도되지 않

는다는 전제하에 이 사건 주식의 객관적인 순자산가치를 평가하여 줄 것을 의뢰하였고

그 감정평가 결과에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 산정하였는데, 각 감정평가결과

에 따르면 AA약품의 순자산가치는 각 30억과 33.8억으로 평가되었다. 즉 이 사건 양

도가액은 원고가 지OO이나 BBBB에게 제시하였던 이 사건 주식의 양도가액인 25

억보다 높은 금액이다.

④ 이 사건 주식의 양도는 원고의 2010. 3. 22.자 이사회결의에 따른 것인데, 이

사건 이사회에서 김GG는 원고의 이사들에게 이 사건 주식 양도의 목적 및 양도가액

산정방법과 감독청에 대한 허가 신청에 관하여 상세하게 설명한 것으로 보이고, 이에

원고의 이사들은 이러한 내용을 고려하여 이 사건 주식의 매각을 결의하였다고 봄이

상당하다. 따라서 이와 같은 원고의 이사회 결의가 이 사건 주식 양도에 관한 일반적

이고 정상적인 거래의 직접적 징표에 해당한다고 볼 수는 없더라도 이를 신뢰하고 계

약을 체결한 경우 이를 두고 합리적인 경제인의 관점에서 정당한 이유가 없다고 보기

는 어렵다.

이에 대하여 피고는 이 사건 이사회에서는 김GG의 설명 이외에는 이 사건 주

식의 적정 양도가액을 산정하기 위한 논의가 전혀 이루어지지 않았으므로 이 사건 주

식 양도에 대한 이사회 결의는 일반적이고 정상적인 거래의 징표로 볼 수 없다고 주장

한다. 갑 제7호증의 기재에 의하면 이 사건 이사회 의사록에 이 사건 주식의 적정 양

도가액 산정 논의에 관한 내용이 기재되어 있지 않은 사실은 인정되나, 일반적으로 이

사회 의사록은 회의의 주요 취지만을 간략하게 정리하는 것이 보통이므로 이사회 의사

록에 논의 내용이 기재되어 있지 않은 사정만으로는 실제로 그러한 논의가 없었다고

인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

⑤ 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따르면 공익법인의 기본재산 처분에

대한 허가는 ‘공익법인의 공익성을 유지하며 건전한 활동을 할 수 있는 범위 내’(위 법

제1조)에서 이루어지는 것인바, 원고가 위와 같은 감정평가서를 제출하여 서울특별시

교육감으로부터 이 사건 주식의 양도에 관한 기본재산 처분 허가를 받았으므로, 서울

특별시교육감도 이 사건 주식 양도가액의 적정성을 인정한 것으로 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을

달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을

취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.