서울행정법원-2016-구합-75425 (2017.03.30)

사 건

부가가치세등부과처분 취소

원 고

AAA

피 고

BBB세무서장 외 1

변 론 종 결

2017.03.09

판 결 선 고

2017.03.30

주 문

1. 피고 BBB세무서장이 2015. 12. 8. 원고에 대하여 한 다음의 각 처분을 취소한다.

가. 2009년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 00,000,000원의 부과처분

나. 2009년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 000,000,000원의 부과처분

다. 2010년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 000,000,000원의 부과처분

라. 2010년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 000,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분

마. 2011년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 00,000,000원의 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분

2. 피고 bbb세무서장이 2015. 12. 10. 원고에 대하여 한 다음의 각 처분을 취소한다.

가. 2009년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 00,000,000원의 부과처분

나. 2009년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 00,000,000원의 부과처분

다. 2010년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 00,000,000원의 부과처분

라. 2010년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 0,000,000원의 부과처분 중 0,000,000원을 초과하는 부분

마. 2011년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 0,000,000원의 부과처분 중 00,000

원을 초과하는 부분

3. 원고의 피고들에 대한 각 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 원고와 피고 BBB세무서장 사이에 생긴 부분의 1/2은 원고가, 나머지는 고 BBB세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 bbb세무서장 사이에 생긴 부분의

1/4은 원고가, 나머지는 피고 bbb세무서장이 각 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고에 대하여 한 별지 1 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 강남구 ****길 ○에서 ‘xxx,xxx 닭’이라는 상호의 치킨 프랜차이즈 사업 등을 영위하고 있는 회사이고, ‘ZZZ’는 부산 북구 **동 에서 ‘@@@@@@닭‘이라는 상호의 치킨 프랜차이즈 사업 등을 영위하고 있는 개인 사업체이다.

나. 서울지방국세청장은 2015. 6. 5.부터 2015. 11. 17.까지 원고에 대한 법인세제 통

합세무조사를 실시한 후 ZZZ가 2009. 5.경부터 2011. 2.경까지 계육가공업체인 @@식품 주식회사(이하 편의상 법인 명칭에서 ‘주식회사’를 생략하기로 한다), @@식품,@@유통, @@식품 등으로부터 약 000,000,000원의 계육을 매입하여 원고에게000,000,000원에 이를 납품한 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)에 대하여, 외형은 원 고가 ZZZ로부터 가공계육을 매입한 형식을 갖추고 있으나 실질은 원고가 ZZZ가 아닌 계육가공업체들로부터 가공계육을 직접 매입한 것으로서 원고가 ZZZ 로부터 수취한 매입세금계산서(이하 통칭하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 취지의 조사 결과를 피고들에게 통보하였다.

다. 피고들은 이에 근거하여 ① 부가가치세에 대하여는 매입세액 불공제를 하고 부당과소신고가산세 등의 가산세를 부과하며, ② 법인세에 대하여는 원고와 ZZZ 사이의 매입금액 0,000,000,000원과 ZZZ와 계육가공업체 사이의 매입금액 0,000,000,000 원의 차액인000,000,000원을 가공매입금액으로 보아 손금불산입하고 부당과소신고가산세 등의 가산세를 부과하기로 하여 원고에 대하여 (별지 1) 부과처분 내역 기재와 같이 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지의 각 법인세 총 000,000,000원 및 2009년 1기분부터 2011년 1기분까지의 각 부가가치세 총 0,000,000,000원 합계 0,000,000,000원 을 경정․고지하였다(이하 통칭하여 '이 사건 각 처분‘이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 3. 3. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2016. 6. 20. 심사청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체

의취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

첫째, 원고는 ZZZ로부터 실제로 가공계육을 공급받고 ZZZ에게 그 대금을 지급하는 등물 거래가 적법․유효하게 이루어졌으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다.

둘째, 피고가 법인세 과세표준 산정시 원고와 ZZZ 사이의 매입금액 0,000,000,000원과 ZZZ와 계육가공업체 사이의 매입금액 0,000,000,000원의 차액인 000,000,000원을 가공매입금액으로 보아 손금불산입한 구체적인 근거가 부족하다.

셋째, 원고는 조세포탈의 고의가 없었을 뿐만 아니라 사기나 그 밖의 부정한 행위로 조세를 포탈하지 않았으므로, 이 사건 각 처분 중 2009년 1기분부터 2010년 1기분까지의 각 부가가치세(가산세 포함) 및 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분은 5년의 부과제척기간이 도과하였다.

넷째, 이 사건 각 부과처분 중 부당과소신고가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

1) 인정사실

가) 원고는 2001년경부터 ‘피자AAA’이라는 상호의 피자 프랜차이즈 사업을 하다가 2008년경 치킨 프랜차이즈 사업을 추가로 시작한 회사이고, ZZZ는 2009. 2.경 원고의 대표이사 K**의 동생인 K**인이 설립한 개인 사업체이다.

나) K**는 2015. 9. 24. 서울지방국세청에서 조사를 받을 당시 ‘원고는 원래 계육가공업체들로부터 2009. 5.경부터 직접 가공계육을 공급받았는데 동생인 K**이 설립한 ZZZ가 사업 초기에 어려움을 겪어 경제적인 지원을 하기 위하여 ZZZ 로부터 가공계육을 공급받기로 했다. 원고가 ZZZ로부터 가공계육을 공급받기로 한 전후를 비교할 때, 계육의 가공 및 납품과정에 실질적인 변경은 없었다. 그 후 계림 F&C가 어느 정도 성장하여 더 이상 도움을 주지 않아도 되겠다고 판단하여 2011. 3.경부터는 다시 계육가공업체로부터 직접 가공계육을 공급받았다’는 취지로 진술하였다.

다) 원고가 가맹점들로부터 주문을 받아 필요한 가공계육 수량을 계육가공업체와 ZZZ에게 동시에 주문하면 계육가공업체는 ZZZ를 거치지 않고 직접 원고에게 가공계육을 운송하여 납품하면서 거래명세서(공급자는 ‘ZZZ’로 기재된 것으로 보인다)를 교부하였고, 원고가 ZZZ에게 그 거래명세서를 팩스 등으로 보내면 ZZZ는 계육가공업체의 입고가에 일정 금액(100~200원 상당)을 가산하여 원고에게 세금계산서를 교부하였다.

라) 원고는 ZZZ로부터 가공계육을 공급받기 시작한 이후에도 여전히 계육가공업체들과 계육 가격, 물류비 분담 등을 협의하고, 계육가공업체들에게 불량계육 공급에 따른 조치 등을 요구하며, 품질점검을 직접 실시하기도 하였다.

마) 원고는 계육가공업체들이 계육을 가공하면서 사용할 염지제를 직접 구입하여 계육가공업체들에게 공급한 적이 있다.

바) ZZZ는 원고로부터 한 달에 두 번 정도 매출대금을 입금받아 당일 또는 수일 내에 계육가공업체들에게 매입대금을 지급하였다.

사) 이 사건 거래기간 동안 원고는 계육가공업체들로부터 판매장려금(매입금액의약 1%)이나 광고협찬금을 지급받고 가맹점 신규 오픈시 일정 수량의 가공계육을 무상

으로 제공받은 반면, ZZZ는 그러한 물품이나 금전을 지원받은 적이 없다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7호증, 을 제2호증, 을 제3호증, 을 제6호증, 을 제내지 23호증, 을 제29호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론

전체의 취지

2) 판 단

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매 출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담한다. 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워넣기 거래’를 들 수 있다.

나) 살피건대, 원고가 자신의 가맹점들로부터 가공계육 공급을 요청받으면 ZZZ에게 가공계육을 주문한 점, 계육가공업체들이 원고의 주장에 부합하는 취지의 진술을 하고 있는 점 및 원고는 서울남부지방검찰청으로부터 ‘원고가 ZZZ로부터 실제로 가공계육을 공급받지 않았음에도 허위의 매입세금계산서를 발급받았다’는 내용의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소 처분을 받은 점 등의 사정이 있기는 하다.

다) 그러나 행정재판은 검찰의 불기소처분 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있는바(대법원 1987.10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있거나 추단할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 원고는 실제로는 ZZZ가 아닌 계육가공업체들로부터 가공계육을 공급받았음에도 원고의 대표이사 K**의 동생인 K**이 운영하는 ZZZ에게 경제적 이익을 제공하기 위한 방편으로 이른바 ‘끼워넣기 거래’를 통해 ZZZ로부터 가공계육을 공급받는 것처럼 외관을 갖추었다고 봄이 타당하므로, 이 사건 세금계산서는 공급자의 기재가 사실과 다른 세금 계산서에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 그 대표이사 K**의 동생이 운영하는 ZZZ에게 경제적 이익을 공여할 목적으로 이 사건 거래를 시작한 것으로 보인다.

(2) 원고가 ZZZ와 이 사건 거래를 시작한 후에도 여전히 가격 및 계육 규격변경, 배송 등의 협의, 클레임 처리, 품질점검 등의 업무를 수행한 것에 비추어 이 사건 거래로 인해 계육의 가공 및 납품과정, 사후관리 등에 있어 실질적인 변경이 있었다고 보기 어렵다.

(3) 이 사건 거래는 발주, 가공(계육 가공, 절단, 염지, 포장 등), 배송, 세금계산서등 증빙서류 발급과 대금 지급, 품질점검 및 사후관리 등으로 구성되는데, 이러한 과정 중에서 세금계산서 등 증빙서류 발급과 대금 지급 외에 ZZZ가 실질적으로 수행하거나 관여한 부분이 있다고 인정할 만한 객관적인 자료가 부족하다.

(4) ZZZ는 원고로부터 매출대금을 지급받은 후에야 비로소 계육가공업체들에게 매입대금을 지급하였기 때문에 대금 지급에 대한 부담이 전혀 없었다.

(5) 이 사건 거래기간 동안 원고는 계육가공업체들로부터 각종 물품 및 협찬금 등을 제공받은 반면, 오히려 ZZZ는 그러한 지원을 받지 못하였는바, 이에 관한 원고의 납득할 만한 설명이 없다.

(6) 원고가 계육가공업체들로부터 직접 가공계육을 공급받지 않고 ZZZ로부터 가공계육을 공급받음으로써 같은 재화를 오히려 더 비싼 가격에 구입한 결과가 초래 되었는바, ZZZ에 대한 경제적 이익 공여 목적 외에 원고가 계육가공업체들이 아닌 ZZZ로부터 가공계육을 공급받아야 할 특별한 이유를 찾아볼 수 없다.

라. 법인세 과세표준 산정시 가공매입금액의 손금 불산입에 대한 근거 유무

법인세법 제19조 제1항은 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항에 따른 손비는 그 법 인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다.

살피건대, 이 사건 거래에서 원고에게 실제로 가공계육을 공급한 상대방은 ZZZ가 아니라 계육가공업체들이고, 원고는 법인세 과세표준 신고시 ZZZ에게 지급한 매입금액 전액을 손금산입하였음은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 ZZZ에게 지급한 매입금액은 가공비용으로서 손금의 요건을 갖추었다고 보기 어려워 이를 전액 손금산입할 수는 없다. 다만 ZZZ가 계육가공업체들에게 지급한 매입금액은 이 사건 거래 이전에 원고가 계육가공업체들로부터 가공계육을 납품받으면서 계육가공업체들에게 지급한 매입금액과 같다고 보이므로 이를 원고가 통상적으로 지출하는 가공계육 매입금액으로 인정하여 손금산입할 수 있다고 보인다. 그러므로 피고가 법인세 과세표준산정시 원고와 ZZZ 사이의 매입금액 0,000,000,000원과 ZZZ와 계육가공업체 사이의 매입금액 0,000,000,000원의 차액인 000,000,000원을 가공매입금액으로 보아 손금불산입한 것에 근거가 없다거나 어떠한 잘못이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 부과제척기간 도과 및 부당과소신고가산세의 적법 여부

1) 부가가치세 부분

가) 관련 법령의 내용 및 법리

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호는 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ’부정행위‘라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년간 국세를 부과할 수 있고, 이에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 부과할 수 없다고 규정하고 있다.

그리고 구 국세기본법 제47조의3 제1항, 제2항 제1호는 납세지가 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 하되, 부정행위로 과소신고한 경우에는 그 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 하도록 규정하고 있다.

그런데 납세자가 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 적힌 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매액세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 부정행위로서 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에 해당하여 구 국세기본법 제26 조의2 제1항 제1호가 정한 10년의 부과제척기간이 적용되고 구 국세기본법 제47조의3 제1항, 제2항 제1호가 정한 부정행위로 과세표준을 과소신고한 경우에 해당하기 위해 서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부 가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상 의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과 적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다 (대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등의 취지 참조).

나) 판 단

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수있는 다음과 같은 사정들 즉, 원고는 ZZZ에게 이 사건 세금계산서상의 매입금액 및 부가가치세 상당 금액을 모두 지급하였고, ZZZ는 과세관청인 피고에게 이 사건 피고 과세기간 부당과소신고가산세 정당한 가산세액건 세금계산서상의 매출금액을 기준으로 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․ 납부한 점(갑 제12호증), ZZZ가 이와 같이 부가가치세를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈하였다고 볼 자료가 없는 점 등을 종합해 보면, 비록 원고가 피고들에게 ZZZ가 발급한 사실과 다른 세금계산서를 제출하여 매입세액의 공제를 받았다고 하더라도, 피고들이 제출한 증거들만으로는 ZZZ가 이 사건 세금계산서와 관련하여 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 소결론(정당한 세액의 계산)

원고가 부정행위로써 매입세액의 공제를 받아 부가가치세 납부의무를 면탈한 경우 에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분 중 2009년 1기분부터 2010년 1기분 까지의 각 부가가치세(가산세 포함) 부분은 5년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다.

그리고 원고에게 부가가치세를 부과함에 있어서는 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 각 처분 가운데 2010년 2기분부 터 2011년 1기분까지의 각 부가가치세 부당과소신고가산세 중 일반과소신고가산세가 부과되었을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하고, 그 정당한 가산세액을 계산하면 아래 표의 ‘정당한 가산세액’(원 미만 버림)란 기재 각 금액과 같다.

2) 법인세 부분

가) 관련 법령의 내용 및 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 부정행위로 국세를 포탈하는 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년, 이에 해당하지 아니하는 경우에는 5년이 각 경과하면 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제47조의3 제1항, 제2항 제 1호가 납세자가 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 부정행위로 과소 신고한 경우에는 그 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 하도록 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같고, 여기서의 부정행위에 대하여 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제 23592호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항은 ‘거짓 증명 또는 거짓 문서

의 작성’(제2호), ‘거짓 증명 등의 수취’(제3호) 등을 들고 있다.

구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란 하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소 신고하는 경우로서 그 과소 신고가 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 참조).

나) 판 단

먼저 원고가 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소 신고하였는지 여부에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 거래와 관련하여 통상적으로 계육가공업체에게 지급하는 매입금액을 초과하여 ZZZ에게 매입금액을 지급하고, 이 사건 세금계산서를 기초로 그 전액을 손금산입하여 법인세 과세표준을 과소 신고하였음은 앞서 본 바와 같고, 또한 서울지방국세청이 상당기간의 세무조사를 거친 후에야 비로소 이 사건 세금계산서가 허위로 작성되었다는 것을 알 수 있었던 것으로 보이므로, 이는 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항 제3호의 ‘거짓 증명 등의 수취’ 등에 따른 부정행위에 의하여 법인세 과세표준을 과소 신고한 경우에 해당하고 볼 것이다.

다음으로 원고에게 조세포탈의 목적이 있었는지에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 이 부분의 과다손금을 상쇄할 수 있는 방안이나 회계처리 등의 조치를 취하지 아니한 점,원고는 서울지방국세청의 세무조사를 받기 전에 수정신고 등을 통하여 법인세를 납부할 수 있는 기회가 있었음에도 이를 이행하지 아니한 점 등에 비추어 보면, 원고에게 조세포탈의 목적도 있었다고 봄이 타당하다.

따라서 원고는 부정행위 내지 부정한 적극적인 행위에 의하여 법인세의 과세표준을 과소 신고하였다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

바. 소결론

이 사건 각 처분 중 2009년 1기분부터 2010년 1기분까지의 각 부가가치세(가산세 포함) 부분과 2010년 2기분부터 2011년 1기분까지의 각 부가가치세 부당과소신고가산세 중 앞서 본 표의 ‘정당한 가산세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용

하고 나머지 각 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.