서울행정법원-2019-구합-53884 (2020.01.31)

사 건

법인세 등 부과처분취소

원 고

주식회사 AAAAA

피 고

aaa, bbb

변 론 종 결

2019. 11. 29.

판 결 선 고

2020. 1. 31.

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 bbb이 2017. 3. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 제1항 소득금액변동 목록 기재

소득금액변동통지처분 및 피고 aaa이 2017. 3. 2. 원고에 대하여 한 별지 1 제2항 기재

과세처분 목록 기재 법인세 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산개발업, 주택건설업, 부동산 분양 및 임대업 등을 영위하는 회사

이다.

나. 원고의 대표이사 BBB은 원고의 주식 51%를, 주주이자 사내이사인 CCC은 원고의

주식 49%를 보유하고 있고, BBB과 CCC은 형제 관계이다.

다. BBB과 CCC의 아버지 DDD은 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○ 대 1911.1㎡, 같

은 동 ○○○-○○ 대 657.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 이

사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유하고 있었다.

라. 원고는 2012. 5. 21. DDD과 사이에 이 사건 부동산에 관하여 매매대금을 xxx억

원(토지 xxx억 원 + 건물 xx억 원)으로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한

다)을 체결한 뒤 2012. 6. 21. 위 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 피고 bbb은 2016. 12. 21.부터 2017. 1. 13.까지 원고에 대한 정기 법인세통합조사를

실시한 결과, 원고가 이 사건 부동산을 매수하기 위하여 DDD에게 지급한 매매대금 xxx억 원 외에 원고의 대표자 등과 특수관계에 있는 이 사건 부동산의 임차인인 BBB,

CCC으로부터 건물과 시설장치를 인도받기 위하여 시설장치 매매 및 권리금계약(이하

‘시설장치계약’이라 한다)을 체결하고 xx억 원(이하 ‘이 사건 명도비’라 한다)을

지급하였는데, 위 비용을 이 사건 토지와 함께 원고의 회계장부에 ‘건설용지’로 계상한

사실을 확인하였다.

바. 이에 피고 bbb은 이 사건 명도비가 건설용지로 과다 계상되었다고 보아 구

법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전의 것) 제19조,제27조에

근거하여 유보처분을 한 뒤 이에 따른 분양원가를 분양진행률에 따라 손금불

산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고 aaa에게 통보하면서, 2017. 3. 1.

이 사건 명도비가 BBB, CCC에게 사외유출된 것으로 보아 구 법인세법 제67조 및

구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제106조 제

1항에 따라 별지 1 제1항 기재와 같이 BBB, CCC에 대한 상여로 소득 처분(BBB의

2012년 귀속 소득금액 xxx원, CCC의 2012년 귀속 소득금액 xxx원)하는 내용의

소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

사. 피고 aaa은 피고 bbb이 통보한 과세자료에 따라 2017. 3. 2. 원고에게 별지 1

제2항 기재와 같이 법인세를 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라

하고, 이 사건 소득금액변동통지와 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 2017. 5. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 11. 23. 기각

되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 5, 6, 13 내지 16, 19호증, 을 1 내지 3, 5, 8호증의

기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 소 중 소득금액변동통지 처분 취소 부분의 적법 여부

가. 피고 주장의 요지

원고는 심판청구 당시 이 사건 소득금액변동통지 부분을 심판대상으로 다투지

아니하고 소득세 원천징수 부분만을 다투었다. 조세의 부과처분과 징수처분은 별개의

독립된 처분이므로, 원고가 위와 같이 원천징수처분만을 다투었다면 소득금액변동통지

부분에 관하여 전심절차를 거쳤다고 볼 수 없다.

나. 판단

1) 국세기본법 제56조 제2항, 제68조 제1항에 의하면 국세처분에 대한 행정소송은

행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항, 제3항의 규정에 불구하고 국세기본법에 의한

심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없으며,

심사청구 또는 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는

그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 따라서 국세처분의 취소를 구하는

행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시

국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야 하는 필요적 전치주의가

적용된다. 다만, 조세행정에서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적ㆍ발전적

과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그

대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한

행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여

또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과

국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는

기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이

가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지

아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야

한다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 참조).

2) 이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 조세심판원에 제출한 심판청구서(을 8호증)의

‘청구취지’란 기재에 의하면 원고는 심판청구 단계에서 이 사건 법인세 부과처분 및

BBB, CCC에 대한 소득세 원천징수 처분이 위법‧부당함을 주장하며 그 취소를

구하였을 뿐 이 사건 소득금액변동통지를 다투지는 아니하였다.

3) 그러나 소득금액변동통지와 소득세 원천징수처분은 원천징수세액의 존부 및 범위에

관하여 단계적 관계에 있는 처분들로 서로 내용상 관련이 있는 경우에 해당한다. 또한

원고가 내세우는 소득세 원천징수처분의 위법사유와 소득금액변동통지 처분의

위법사유가 동일하고, 조세심판원 또한 원고가 소득금액변동통지에 불복하여 심판

청구를 제기하였음을 전제로 그에 관한 결정을 하였다(갑 16호증 조세심판결정문 4, 5

면 참조).

4) 따라서 이 사건에 관하여 납세의무자인 원고로 하여금 또다시 전심절차를 거치게

하는 것은 가혹하다고 할 것이고, 조세심판원 또한 소득금액변동통지에 관한 기본적

사실관계와 법률문제를 재차 판단할 수 있었던 것으로 보이므로, 원고는 전심절차를

거치지 아니하고도 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수

있다고 보아야 한다.

5) 그러므로 이 부분 소가 부적법하다는 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 부동산에 관하여 당초 DDD과 주식회사 EEE 도시개발(이하 ‘EEE’이라 한다)

사이에 체결된 매매계약이나 DDD과 원고 사이에 체결된 1차 매매계약의 내용에

의하면, 이 사건 명도비는 매수인인 원고가 부담하는 것으로 정해져 있었다.

그런데 이 사건 부동산 개발을 시행하는 대우건설에 대한 대출금융기관의 계약서

형식 수정 요구로 원고는 계약서의 특약사항 중 원고의 임차인에 대한 명도비 지급의

무에 관한 사항을 삭제하고, 그 대신 원고와 임차인들 사이에 체결된 계약서를 작성하

여 참여기관에 제출한 것이다.

즉 임차인들에 대한 명도비 지급의무는 매수인인 원고에게 있고, 명도비의 액수도

매도인에 의하여 이미 결정되어 있어 이를 매수인인 원고가 감액할 수 없었으므로, 이

사건 명도비는 원고가 이 사건 부동산을 취득하는데 필요한 비용으로 보아 손금으로

인정되어야 한다.

나. 판단

1) 갑 6호증, 을 1 내지 4, 7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은

사실이 인정된다.

가) 원고는 2005. 6. 1. 개업하여 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위하다가 2012. 3.

7. BBB과 CCC이 발행주식 전부를 인수하여 부동산개발 및 매매업으로 업종을

변경하였다.

나) 이 사건 부동산에 관하여 작성된 원고와 DDD 사이의 매매계약서 제6조에는

다음과 같은 사항이 기재되어 있었다.

제6조 소유권 이전

양도인은 위 부동산에 설정된 저당권, 지상권, 임차권 등 소유자의 행사를 제한하는 사유가

있거나 조세공과, 기타 부담금의 미납금 등이 있을 때에는 중도금 수령과 동시에 은행부채

와 함께 해결하고 소유권이전 등기에 필요한 모든 서류를 양수인에게 교부하고 등기절차에

협력하며 토지 중도금일을 소유권 이전일로 한다.

다) 2012. 6. 8. 임차인 BBB, CCC, FFF, GGG과 ‘시설장치 매매 및 권리금 계약서’라는

제목으로 원고가 직접 위 임차인들에게 이 사건 명도비(FFF 5억 원, BBB 9억 원,

CCC 10억 원, GGG에게 1억 원)를 지급하는 내용의 계약서가 작성되었다.

라) 원고 대표이사 BBB은 2017. 1. 10. 세무조사 당시 다음과 같은 내용의 확인서(을

4호증)를 제출하였다.

[확인사실]

상기 본인은 부동산분양업 등을 하는 원고의 대표이사로서 피고 bbb이 2016.

12. 19.부터 2017. 1. 25. 실시하는 법인사업자 정기 세무조사와 관련하여 아래와 같이 확

인된 내용이 있음을 세무사 입회하에 임의로 확인합니다.

□ 원가계상한 건설용지 계정

- 원고가 부동산분양업을 위한 건설용지 취득가액 25,024,000,000원 중 아래 금액은 원고

가 지급할 의무가 없음에도 불구하고 원고가 지급하였음을 확인합니다.

마) BBB은 세무조사 당시 자신이 이 사건 명도비에 관하여 다른 임차인들과 협의하여

직접 금액을 정하였다고 진술하였다.

바) 폐업 전 3년 동안의 임차인들의 종합소득세 신고내역은 다음 표와 같다.

2) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건

명도비의 지급의무는 원고가 아닌 양도인 DDD에게 있음에도 원고가 이를 지급하였던

것으로 보인다. 따라서 이 사건 명도비 상당액을 원고의 업무와 무관한 비용으로 보아

과세한 이 사건 처분은 적법하다.

가) 이 사건 계약에 관하여 원고와 DDD이 작성한 계약서에는 부동산의 양도인이 이

사건 부동산에 설정된 임차권을 소유권이 이전되기 전에 사전에 해결하도록 하는

문언이 기재되어 있다. 위와 같은 문언에 의하면 이 사건 명도비 지급의 주체는

원칙적으로 원고가 아닌 양도인 DDD이다.

나) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가

가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에

반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에

대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는

쉽게 부인할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두2864 판결 등 참조).

이 사건의 납세의무자인 원고의 대표이사 BBB은 원고의 대표이사이면서 주요 주주

이자 이 사건 명도비 중 일부를 지급받은 임차인의 지위에 있음에도 세무조사 과정에

서 양수인인 원고에게 이 사건 명도비의 지급의무가 없음을 자인하는 내용의 확인서를

작성하였는데, 위 확인서가 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 내용이 미비하여 입

증자료로 삼기 어렵다는 등의 사정도 보이지 않는다.

다) 원고는 이 사건 계약이 체결되기 이전에 체결된 DDD과 EEE 사이의 계약 및

DDD과 원고 사이에 체결되었던 계약의 내용에 원고가 이 사건 명도비를 부담하기로

하는 내용이 기입되었음을 원고에게 유리한 정황으로 들고 있으나, 위 각 계약은 모두

이 사건 계약 체결 전 실효된 바 있어 고려할 것이 아니다.

라) 이 사건 명도비 산정에 있어 각 사업장의 소득금액, 감정평가금액, 권리금액 등

객관적 기준이 될 만한 자료는 전혀 없다. 오히려 임차인들의 종합소득세 신고내역에

비추어 보면, 이 사건 부동산의 각 사업장에서 임차인들이 폐업 전 3개년동안

종합소득세로 신고한 소득금액에 비해 그 명도비 지급액이 매우 과다하다.

마) 임차인 중 BBB, CCC은 양도인인 DDD의 아들이자 원고의 주요

주주들이다. 결국 이 사건 명도비는 ‘임차인에 대한 명도비’라는 외형을 빌려 양도인의

아들이자 원고의 대표이사 BBB, CCC이 임차인으로서 원고의 법인자금을 과다 지

급받기 위한 방편으로 지급된 것이 아닌가 하는 의심이 든다.

5. 결론

원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.