부산지방법원-2019-구합-23167 (2020.06.26)

사 건

2019구합23167 부가가치세등부과처분취소

원고, 항소인

주식회사 AAAAA

피고, (피)항소인

KK세무서장

제1심 판 결

변 론 종 결

2020. 5. 15.

판 결 선 고

2020. 6. 26.

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 2018. 7. 16. 한 2008년 1기 부가가치세 19,713,340원의 부과처분과 2018. 10. 1. 한 2008년 2기 부가가치세 42,405,400원, 2009년 1기 부가가치세 425,899,810원, 2009년 2기 부가가치세 146,433,040원, 2010년 1기 부가가치세

200,639,060원, 2010년 2기 부가가치세 63,483,670원, 2011년 1기 부가가치세238,975,220원, 2011년 2기 부가가치세 203,081,250원, 2012년 1기 부가가치세343,257,400원, 2012년 2기 부가가치세 125,544,440원, 2013년 1기 부가가치세481,932,910원, 2009 사업연도 법인세 434,038,620원, 2010 사업연도 법인세53,824,580원, 2011 사업연도 법인세 132,215,040원, 2012 사업연도 법인세197,498,810원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

주문 제1항 및 피고가 2018. 10. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세

199,090,360원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 산업용고무제품 제조업 및 매매업 등을 운영하는 회사이다.

나. 원고는 ① QQQ, QQQ건설, QQQ플랜텍, WW제철, EEEE(이하 ‘발주처’라 한다)이 발주한 각 컨베이어벨트 구매입찰에서 RRRR 주식회사(이하 ‘RR’이라 한다), FFFF 주식회사(이하 ‘FF’이라 하고, RR과 FF을 통틀어 ‘거래회사들’이라 한다)와 함께 낙찰받을 품목, 낙찰예정가, 투찰가, 이익 공유에 대하여 합의하고, ② 원고가 구매입찰에서 낙찰자가 되면 발주처와 물품납품계약을 체결한 다음, 원고는 전체 계약금액의 6 ~ 10%를 공제한 금액을 RR로부터 매입하고, RR은 RR이 원고에게 판매한 금액의 6 ~ 10%를 공제한 금액을 FF로부터 매입하고, FF은FF이 RR에게 판매한 금액의 6 ~ 10%를 공제한 금액을 원고로부터 매입하고, 원고는 생산업체로서 직접 물품을 제작하여 FF에 판매하면서 낙찰자로서 발주처에 위 물품을 납품하는 방식(아래 그림과 같이 원고와 거래회사들은 개별 구매입찰 건마다 낙찰자 또는 중간수급인으로 지위가 변경되기도 하였는데, 이와 같은 원고와 거래회사들 사이의 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다)으로 담합하였다는 사실로 공정거래위원회로부터 시정명령 및 과징금 부과처분을 받았다.

다. 원고는 거래회사들로부터 2008년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 위 매입을 통한 세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 차감하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

라. 부산지방국세청장은 2018. 3. 14.부터 2018. 9. 11.까지 원고에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 컨베이어벨트 구매입찰 관련 부당한 공동행위(담합)로 공정거래위원회로부터 과징금을 부과받은 사실을 확인하고, 2008년 1기부터 2013년 1기까지의 과세기간 동안 실물거래 없는 거짓세금계산서를 수수한 혐의가 있다고 보아 조세범칙조사로 전환한 다음, 원고가 위 나.항과 같이컨베이어벨트 구매입찰 관련 공동행위(담합)를 하였으며 공동행위 사업자 간 외주 또는 상품 매출 처리방식으로 이익을 분배하고, 이를 위해 2008년 1기부터 2013년 1기까지 공급가액 16,777,086,239원 상당의 가공매출 세금계산서, 공급가액18,048,524,757원 상당의 가공매입 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급하거나 수취하였다고 보아 위 과세기간의 부가가치세 및 법인세를 부과하면서 원고가 위 기간 중에 제작한 매출 및 매입을 제외한 건에 대하여 지급받은 공동이익분배금 합계　 998,700,201원을 담합사례금으로 보아 익금산입하도록 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

마. 이에 피고는 원고에게 별지1 기재와 같이 2018. 7. 16. 2008년 1기 부가가치세19,713,340원과 2018. 10. 1. 2008년 2기 ~ 2013년 1기 부가가치세 합계 2,271,625,200원(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다) 및 2009 ~ 2013 사업연도 법인세 합계 1,016,6667,410원(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 각 경정·고지하였다

(이하 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각

처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 10. 11. 이 사건 각 처분 중 2008년 1기 부가가치세 부분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2019. 6. 24. 기각되

었고, 2018. 11. 21. 이 사건 각 처분 중 2008년 2기부터 2013년 1기까지 부가가치세

및 법인세 부분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 5. 8. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 11호증 및 을 제1 내지 15, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 아래와 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고와 거래회사들 사이에는 컨베이어벨트라는 실물이 존재하고 공급가격 및 각 거래회사의 이익률을 개별적으로 협상하여 계약을 체결하며 상대방에 대한 대금지급 의무와 대금미회수에 따른 위험을 부담하는 등 실제 거래가 존재하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다.

2) 이 사건 세무조사는 이미 과거에 세무조사가 이루어진 2008 ~ 2012 사업연도에 대한 것이고, 중복세무조사의 예외사유가 존재하지 않음에도 2008 ~ 2013 사업연도까지 조사대상을 확장한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복세무조사에 해당한다.

3) 설령 원고와 거래회사들 사이의 거래가 가공거래라 하더라도 원고 및 거래회사들에게는 조세회피 목적이 없었고 실제로 조세를 탈루하지 않았으므로 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하지 않으므로, 10년의 부과제척기간을 적용해서는 안 된다. 이 사건 각 처분 중 2013 사업연도 법인세 부분을 제외한 나머지 부분은 5년의 부과제척기간이 도과하였다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되면서 제39조 제1항 제2호로 변경되었다)는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담한다. 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다

고 볼 여지가 있는 ‘끼워 넣기 거래’를 들 수 있고, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정

거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

2) 살피건대, 갑 제9호증의 기재에 의하면, 원고가 특정범죄가중처벌등에관한법률 위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소 처분을 받은 사실이 인정되기는 한다.

그러나 행정재판은 검찰의 불기소처분 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있는바(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 앞서 본 인정사실과 을 제15 내지 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 거래는 실제 물품의 이동이나 운송 없이 서류상으로만 이루어지고, 원고와 거래회사가 담합하여 경제적 이익을 공여할 목적으로만 이 사건 거래를 한 것으로 보이는 점, ② 이 사건 거래는 발주, 가공·제작, 배송, 세금계산서 등 증빙서류 발급과 대금지급, 품질점검 등의 일련의 과정으로 구성된다고 할 것인데, 이러한 과정 중에서 세금계산서 등 증빙서류 발급과 대금 지급 외에는 중간수급인에 해당하는 담합 참여업체들이 실질적으로 수행하거나 관여한 부분이 있다고 인정할 만한 객관적인 자료가 부족한 점, ③ 낙찰받은 회사는 발주처에 납품하여 공급대금을 수령한 다음 중간수급인들에게 담합이익을 분배할 의무를 부담할 뿐이고, 중간수급인들은 누구에게도 물품 공급 또는 용역 제공에 대한 의무를 부담하지 아니한 점 등을 종합해 보면, 원고와 거래회사들은 실제로 낙찰받은 회사가 물품을 제작하고 발주처에 납품함에도 서로에게 담합에 따른 경제적이익을 제공하기 위한 방편으로 이른바 ‘끼워넣기 거래’를 통해 거래회사들로부터 물품을 주문하여 공급받는 것처럼 외관을 갖추었다고 봄이 타당하므로, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 발급된, 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 세무조사가 중복세무조사로서 위법한지 여부

1) 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 RR한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014

두12062 판결 참조).

2) 살피건대, 앞서 본 인정사실과 을 제16, 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 3호에 의해 허용되는 재조사이므로 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 조사대상을 2015 사업연도 법인세로 하여 시작된 이 사건 세무조사 도중 원고가 거래회사들과 컨베이어벨트 구매입찰 관련 공동행위(담합)를 하여 공정거래위원회로부터 과징금을 부과받은 사실이 확인됨에 따라 세무조사 범위가 확대되었다.

② 공정거래위원회 결의서에 의하면 원고와 거래회사들이 외주 또는 상품 매출 처리방식으로 이익을 분배하였고, 이 과정에서 실물거래 없는 거짓 세금계산서를 발급·수수한 사실을 알 수 있는데, 이는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 정한 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 할 수 있다.

③ 또한 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 의하면 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우를 예외사유로 정하고 있는데, 공정거래위원회 결의서에 의하면 원고는 2001년경부터 2012년경까지 담합에 참여한 사실이 인정되고, 원고와 거래회사의 전체적인 거래구조와 방식에 비추어 볼 때 원고와 거래회사가 각 구매입찰 건마다 낙찰받을 품목, 낙찰예정가, 투찰가, 이익률을 별도로 합의하였다고 하더라도 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

마. 부과제척기간 도과 여부

1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 ‘국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난날 후에는 부과할 수 없다’고 규정하면서 제1호에서 ‘납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 그 기간을 정하고 있고, 제3호에서 ‘제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 그 기간을 정하고 있다.

2) 이 사건 부가가치세 부분

가) 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2015. 2. 16. 선고 2014두42001 판결, 대법원 2017. 1. 12. 선고 2016두52811 판결 등 참조).

나) 살피건대, 이 사건 거래는 가공거래에 해당하는 것으로서 그에 관하여 발급된 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 허위의 세금계산서에 해당하는 것임은 앞서 본 바와 같다. 그런데 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 거래회사들은 원고에게 발행한 이 사건 세금계산서 금액을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고, 납부하였고, 이에 대한 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려는 시도를 하지 아니한 점, 원고는 담합에 대한 이익을 분배하기 위한 목적에서 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 보이고, 그밖에 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소가 발생하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등을 종합하면 원고는 거래회사들이 원고로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고․납부할 것이라고 인식하고 있었던 것으로 봄이 상당하므로, 원고에게 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다. 따라서 원고가사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받았다고 볼 수 없으므로이 사건 세금계산서와 관련한 부가가치세 부과처분에 대하여는 5년의 부과제척기간이적용되어야 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 모두 제척기간이 경과된 후 이루어

진 것이어서 위법하다.

3) 이 사건 법인세 부과처분

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 부정행위라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조). 이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고 납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 참조).

나) 살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 거래회사들은 담합에 대한 경제적 이익을 분배하기 위한 목적으로 사실과 다른 세금계산서를 발행한 점, ② 원고와 거래회사들은 낙찰업체와 중간수급인들 사이의 이익마진율을 계산하여 정한 돈을 실제로 지급하고 수수하면서 위 돈을 각각 손금 및 익금으로 산입한 점 등에 비추어 보면, 원고의 행위가 법인세를 포탈하겠다는 적극적 은닉의도를 가지고 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 한 것에 해당한다고 보기 어렵다.

바. 소결론

이 사건 각 처분 중 2008년 1기부터 2013년 1기까지의 각 부가가치세 부분과 2009부터 2012 사업연도까지의 법인세 부과처분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구

는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.