서울고등법원-2024-누-44091 (2025.09.26)

사 건

2024누44091 조세부과처분 취소청구의 소

원 고

1.윤AA

2.유한회사 BB

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 6. 20.

판 결 선 고

2025. 9. 26.

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고들에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 추가하거나 고쳐 쓰고 원고들이 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제6면 제7행부터 제7면 제8행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『국세기본법 제81조의6 제3항은 “세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다”고 규정하면서 그중 하나로 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제4호)를 규정하고 있는바, 위 조항은 중복세무조사 예외사유인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우’(제81조의4 제2항 제1호)와 달리 ‘탈루’ 외에‘오류’를 들고 있는 점, 판례는 위 중복세무조사 예외사유를 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우’로 해석하고 있는바(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조) 비정기 세무조사대상자 선정사유는 중복세무조사 예외사유의 입법취지, 대상 및 요건에 비추어 그보다 완화하여 해석함이 상당한 점 등에 비추어, 비정기 세무조사대상자 선정사유인 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 ‘객관적인 자료에 의하여 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 뒷받침되는 경우’를 의미한다고 할 것이다1).

그런데 앞서 인정한 사실과 갑 제25, 33호증, 을 제4, 5, 10, 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고들이 개별소비세 및 부가가치세를 탈루하였음이 확인될 가능성이 객관적 자료에 의해 뒷받침 될 정도에 이르렀다고 볼 수 있으므로, 피고가 원고들을 비정기 세무조사 대상자로 선정한 것은 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 따른 것으로서 적법하다.

① 기획재정부가 2016. 9. 29. ‘담배의 잎에서 추출한 니코틴이면 구 담배사업법에 따른 담배에 해당하나, 담배의 줄기·뿌리에서 추출한 니코틴이면 구 담배사업법에 따른 담배에 해당하지 않는다’는 취지의 민원질의 회신을 한 이후 2017년경부터 수입된 니코틴은 대부분 ‘줄기·뿌리 추출 니코틴’으로 신고되었는데, 원고들도 그 무렵 원산지를 ‘Made in KOREA’, 제조업소명을 ‘B’로 표기한 담배를 시중에 유통하면서 이에 대하여 개별소비세를 신고‧납부하지 않았다.

② 중국 NN 농약제품 품질감독검측소는 2016. 12. 19. “중국에서 뿌리나 줄기만으로부터 니코틴을 추출하는 방법은 존재하지 않으며 실현가능성이 낮다”라는 취지의 의견을 밝혔고(을 제4호증), 한국과학기술연구원(KIST) 의약화학연구센터장 조CC도 2017. 4. 10. “담배 식물의 줄기나 뿌리는 니코틴 추출에 있어서 경제성 면이나 기술적인 면에서 큰 난점이 있는 것으로 사료된다”, “담배 식물에서의 잎과 줄기의 완전 분리 채취는 줄기에 잎맥 등의 단단한 구조물이 부착되어 있어 기술적인 면에서 매우 어려운 것으로 사료된다”라는 의견을 밝혔다.

③ 원고들은 수출업체인 DD가 중국의 EE로부터 줄기에서 추출한 쟁점 니코틴을 공급받아 원고들에게 공급하였다고 주장하였으나, 중국 과세관청이 2017. 9. 22. EE의 주소지(00, 00, China)에 방문하였으나 그 곳에는 EE의 사업장이 존재하지 않았다고 통보하였고, ㅇㅇ지방국세청장은 이러한 자료를 근거로 2019. 7. 15.경 이 사건 세무조사에 나아갔다.

④ 이 사건 세무조사 이전인 2018. 5. 24.경 진행된 현장조사 결과 쟁점 담배(60ml 용량)에 표기된 B 주소(서울 00구00로 00길) 2층에서는 라벨부착기가 발견되었고, 원고 회사의 사업자등록증상 주소(서울 00구 00로0길00)에서는 액상제조용 공병이 다수 발견되었다.

⑤ 원고들은 ㅇㅇ지방국세청장이 국외자료의 수집을 위하여 1년간 세무조사를 중단한 점을 지적하며 이 사건 세무조사를 시작할 당시에는 명백한 자료가 존재하지 않았다는 취지로도 주장하나, 이 사건에는 다수의 해외 업체들이 연루되어 있어 정확한 사실관계를 파악하기 위하여 국외자료를 수집할 필요가 있었던 점, 통상 해외 조사는 국내 조사보다 많은 시간을 필요로 할 것인데, ㅇㅇ지방국세청장이 당초 정한 조사기간은 45일(2019. 7. 16.부터 2019. 8. 29.까지)에 불과하였던 점, ㅇㅇ지방국세청장이 원고들이 쟁점 담배를 제조하였다는 명백한 자료가 있다고 보아 이 사건 세무조사를 시작했다고 하더라도 쟁점 담배에 담배의 잎이 포함되어 있는지 여부에 관하여는 국외자료 수집 등을 통하여 더욱 상세히 조사할 필요가 있었던 점 등에 비추어보면, ㅇㅇ지방국세청장이 이 사건 세무조사를 초기에 중단한 사실만으로 원고들의 조세탈루 혐의에 관한 객관적인 자료를 구비하지 못하였다고 볼 수 없다.

⑥ 원고들은 을 제21호증(분석보고서)의 주된 분석대상은 FF이었으므로 위 분석보고서를 FF의 관계기업에 불과한 원고들의 조세탈루 혐의에 관한 명백한 자료로 볼 수 없다는 취지로도 주장하나, 위 보고서의 주된 내용은 원고들이 제조하여 FF에게 공급한 담배가 구 담배사업법 제2조의 담배에 해당하는지에 관한 것이므로 위 보고서를 원고들의 조세탈루 혐의에 관한 객관적인 자료로 보기에 충분하다.』

○ 제1심판결 제8면 제12행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『원고들 주장의 쟁점 니코틴, 쟁점 담배의 제조 및 유통 과정을 그림으로 나타내면 아래와 같다.

<그림 생략>

○ 제1심판결 제9면 아래에서 제3행의 “의문이 든다” 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『(원고들은 DD의 최HH이 GG으로부터 구매계약서 날인을 위임받아 GG의 인장파일을 보유하고 있었던 것이라고 주장하나, 원고들의 위임 주장을 인정할 증거가 없고, GG이 DD의 최HH에게 계약서 날인을 일임하고 인장 파일까지 교부할 사정을 찾을 수도 없으므로, 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다)』

○ 제1심판결 제12면 제14행의 “있을 뿐이고,”를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『있을 뿐인 점, ④ 갑 제36, 60호증(각 사진)이 이 사건 부과처분의 대상이 된 제품들에 관한 것임을 알 수 없는 점, ⑤ 갑 제44호증은 원고들이 임의로 작성한 집계표로 그 기재 내용의 진위를 확인할 증거가 없고, 그 기재 내용이 이 사건 부과처분의 대상이 된 제품들에 관한 것인지도 알 수 없는 점, ⑥ 갑 제74호증은 장II 명의 진술서로서 갑 제41, 43, 44호증 등의 기재내용이 진실이라는 취지인바, 그 진술이 구체적이지 않고, 이 사건 부과처분의 대상이 된 제품들에 관한 것인지 알 수 없으며, 앞서 본 위 증거들에 관한 판단에 비추어 그 진술 내용을 그대로 믿기 어려운 점』

〇 제1심판결의 별지2에 이 판결 별지2 기재 조항들을 추가한다.

2. 추가 판단

가. 원고들의 ① 주장에 관한 추가 판단

원고들은 쟁점 니코틴이 이미 향이 첨가되고 희석된 완제품으로 자신들은 대부분을 그대로 소분하여 판매하기만 하였으므로 설령 원고들이 수입한 니코틴 용액이 과세물품(담배)에 해당한다고 하더라도, 이에 대한 개별소비세, 부가가치세의 부과·징수권은 ㅇㅇ세관장에게 있고, 따라서 피고가 한 이 사건 부과처분은 권한 없는 자가 행한 것으로서 위법하다고 주장하나, 앞서 인정한 사실 및 사정들과 앞서 든 증거들과 아래에서 드는 증거들에 의하여 인정되는 다음 사정들에 비추어 쟁점 니코틴은 완제품이 아니고 쟁점 담배의 원료로 사용되었다고 봄이 상당하다. 원고들의 위 주장은 이유 없다.

① 원고들은 조세심판절차에서 “EE가 줄기니코틴 원료를 제조한 후 GG이 여러 화학물질을 혼합 및 희석하여 니코틴 용액 반제품을 제조하여 DD에게 공급하면, 원고들이 DD로부터 이를 수입한 후 담배를 제조하여 판매하였다”라는 취지로 진술하였고(갑 제30호증 제6면), 이 법원에서도 “원고들은 2017. 1. 4. FF과 독점 OEM계약을 체결하고 그에 따라 FF이 지정하는 원료, 제조방법을 사용하여 FF이 요구하는 규격에 따라 제품을 생산하여 한동안 FF에게 공급해왔다”라는 취지로 진술하였다(2025. 1. 23.자 준비서면 제15, 16면 등).

② GG과 DD 사이에 작성된 계약서(갑 제19호증 및 을 제11호증)와 DD와 B 사이에 작성된 계약서(갑 제27호증) 모두 니코틴의 공급에 관한 내용만 기재되어 있고 이미 향이 첨가된 니코틴을 공급한다는 언급이 없다. JJ, EE, GG 3자 간 구매계약서(갑 제17호증)에는 GG이 ‘니코틴 + PG + VG = 혼합물 생산업체’라는 메모가 있을 뿐 향을 첨가하였다는 기재가 없다.

③ 원고들은 지속적으로 상당한 양의 향료를 구입하였고(2024. 5. 7.자 참고자료 8 전자세금계산서), 원고들의 사업장에는 다수의 향료 배합통들이 있었으며, 다양한 향료목록 및 향료 배합 레시피가 발견되었다. 전자담배는 니코틴 용액에 혼합하는 첨가제와 향료의 종류·비율에 따라 다양한 풍미와 기능을 갖게 되고, 원료인 니코틴 용액보다 고가에 판매될 수 있게 되는바, 원고들이 이 분야에 관하여 높은 수준의 기술과 노하우를 갖고 있었기에 FF으로부터 쟁점 담배의 제조를 제안받은 것으로 보인다. 원고들이 납품한 쟁점 담배의 뒷면에 ‘원산지: Made in KOREA(국내생산), 제조업소명: B’라고 기재되어 있던 것도 원고들이 단순히 쟁점 니코틴을 소분하여 판매한 것이 아니라 이를 가공하여 담배를 제조하였음을 보여준다(을 제20호증).

④ EE나 원고들이 제품명이 ‘CCC’로 된 제품을 제조 또는 판매한 적이 없는 것으로 보이는 점에 비추어, DD 또는 원고들은 거래품명을 ‘니코틴’으로만 할 경우, 과세 가능성이 있기에 ’줄기 니코틴 향이 나는 줄기 니코틴 용액’의 의미로 ‘DDD’, ‘(NOT DERIVED FROM TOBACCO LEAF)’라고 수입신고수리내역서(갑 제39호증)에 기재하였을 수 있다(만약 원고들이 향이 포함된 완제품을 수입하였다면 거래품명은 을 제23호증과 같이 ‘CAMEL FLAVOR’, ‘STATE EXPRESS FLAVOR’, ‘MARLBORO FLAVOR’, ‘MELON FLAVOR’, ‘MANGO FLAVOR’,‘BLUEBERRY FLAVOR’ 등으로 기재되었을 것이다).

⑤ 갑 제35호증은 해당 영상이 이 사건 부과처분의 대상이 된 제품들에 관한 것인지를 알 수 없고, 갑 제73호증은 ‘관세청이 2017. 1.경부터 니코틴 함량이 1% 이상인 니코틴 용액의 운송기준을 강화하겠다’는 취지에 불과한바, 위 증거들로써 쟁점 니코틴이 향이 첨가된 완제품이었음이 증명된다고는 볼 수 없다. 원고들이 2019~2020년 사이에 수입한 니코틴 용액에 대하여 서울세관이 개별소비세 과세처분을 하였다고 하여(갑 제62호증), 그로써 수입시기가 상이한 쟁점 니코틴이 향이 첨가된 완제품이었음이 증명되었다고 볼 수도 없다.

⑥ 원고들은 만약 수입한 니코틴 용액이 10,068,738ml, 반출한 담배가 19,725,880ml 라면, 원고들이 0.98% 농도의 니코틴을 수입 후 평균 0.49%의 농도의 담배를 판매한 셈인데, 이는 소비자의 기호에 반하여 불합리하다는 취지로도 주장하나, 원고들이 이에 부합하는 증거로 제출한 갑 제31, 39호증은 일부 기간에 한정된 것들인 점, 원고들이 니코틴 용액 재고를 보유하고 있었을 수 있는 점, 원고들이 자체적으로 소비자의 수요를 파악하여 그에 비례하여 쟁점 담배를 제조한 것이 아니라 FF의 주문에 따라 쟁점 담배를 제조한 점에 비추어, 원고들이 주장하는 위 사정만으로 쟁점 니코틴이 향이 첨가된 완제품이었음이 증명되었다고 볼 수 없다.

나. 원고들의 ② 주장에 관한 추가 판단

원고들은 쟁점 니코틴이 담배 줄기에서 추출된 것인지 여부에 관하여 서울세관이 먼저 조사한 적이 있으므로, ㅇㅇ지방국세청이 실시한 이 사건 세무조사는 위법한 중복조사이고, 그에 따라 이루어진 이 사건 부과처분도 위법하다고 주장하나, 앞서 인정한 사실 및 사정들과 앞서 든 증거들 및 갑 제28, 59호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음 사정들에 비추어 이 사건 세무조사가 중복세무조사라고 볼 수 없다. 원고들의 위 주장은 이유 없다.

① 국세기본법은 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고 과세를 공정하게 하며 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적으로 하는 데 반해 관세법은 관세의 부과·징수 및 수출입물품의 통관 적정성 보장을 그 입법목적으로 한다. 양 법률의 세무조사는 별도의 주체, 목적, 요건 하에 이루어진다. 따라서 두 법령이 규정하는 각 세무조사를 동일한 세무조사라고 볼 수 없다.

② 국세기본법 제81조의4는 내국세와 관련한 재조사 금지를 규정하고, 관세법 제111조는 관세조사권에 관하여 재조사 금지를 규정하고 있는바2), 위 법령들에서 어느 한 법률에 따른 세무조사가 다른 법률에 따른 세무조사와의 관계에서 재조사로 금지된다는 내용은 찾을 수 없다.

③ 서울세관은 원고들이 수입한 쟁점 니코틴과 관련된 관세법 위반(허위신고) 혐의에 관하여 조사하였고, 이 사건 세무조사는 원고들이 제조‧반출한 쟁점 담배와 관련하여 개별소비세 신고를 탈루하였다고 보아 조사한 것으로, 각 조사는 대상, 세목을 달리 한다.

④ 원고들이 취급한 니코틴이 담배의 줄기에서 추출된 것인지 여부가 서울세관의 세무조사와 이 사건 세무조사에 모두 관련되어 그 조사내용에 일부 중복이 있었다고 하더라도, 그러한 사정만으로 어느 한 세무조사를 다른 세무조사의 재조사라고 볼 수 없다.

⑤ 원고들은 2020. 11. 3. 서울세관에 ‘서울세관이 진행 중인 관세조사가 이 사건 세무조사와 동일 세목에 관한 것이어서 위법·부당한 중복조사다’라는 이유로 조사중지를 요청하였으나 ‘세무조사의 과세대상 물품이 상이하여 중복조사에 해당하지 않는다’는 이유로 거절된 바 있으므로, 이 사건 세무조사가 서울세관의 관세조사보다 뒤늦게 이루어졌다고 단정할 수도 없다.

다. 원고들의 ③ 주장에 관한 추가 판단

원고들은 자신들이 수입한 쟁점 니코틴은 담배의 잎이 아닌 줄기와 뿌리에서 추출된 것으로서 구 담배사업법 제2조의 ‘담배’에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞서 인정한 사실 및 사정들과 앞서 든 증거들과 아래에서 드는 증거들에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 쟁점 니코틴에 담배의 잎이 포함되어 있다는 점이 피고에 의하여 합리적으로 수긍할 수 있는 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고들이 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없다. 따라서 쟁점 니코틴을 원료로 만든 쟁점 담배가 구 담배사업법 제2조에서 정한 ‘담배’에 해당함을 전제로 피고가 이 사건 부과처분을 한 것은 적법하다. 원고들의 위 주장은 이유 없다.

① 중국 K주 경제협력외사국은 00 대한민국총영사관에 대한 회신에서 “2016~2017년 K주 연초전매국이 JJ에 폐기 연초를 위탁하여 처리한 적이 있는데, 제공된 연초 폐기물은 폐기 담뱃잎이며, 줄기는 포함되지 않았다”는 취지로 답변하였다(갑 제48, 51호증. 한편 갑 제48호증에 의하면 K주 연초전매국이 2017. 10. 이후 JJ에 연초 폐기물을 제공하지 않는 것으로 되어 있으나, JJ이 EE에게 재고로 보유하던 연초 폐기물을 제공하였을 수 있고, EE 또한 그러한 연초 폐기물이나 재고로 보유하였던 연초 폐기물을 이용하여 쟁점 니코틴을 제조하였을 수 있으며, EE, GG, DD 등이 니코틴 용액 재고를 보유하고 있었을 수도 있는 점, 갑 제63호증은 JJ이 직접 연초 폐기물을 이용하여 순도 약 40%의 저급 니코틴을 생산하여 LL에게 공급한 것인지 등이 쟁점이 된 사안으로 이 사건과는 쟁점을 달리하는 점에 비추어, 위 증거들로써 반증이 이루어졌다고 볼 수 없다).

② 원고들은 EE가 연초 폐기물이 아니라 담배 줄기에서 니코틴을 추출하였다고 주장하나, EE가 어떤 경로로 담배 줄기를 확보하였고, 어떻게 담배의 잎을 포함시키지 않고 니코틴을 추출하였는지에 관하여 구체적인 증거를 제출하지 못하고 있다. EE를 소개하는 인터넷 홈페이지에는 EE가 취급 및 판매하는 니코틴 제품들의 출처가 담배의 잎(leaf)으로 되어 있다(을 제19호증).

③ 갑 제16호증(성분분석보고서)은 MM라는 회사가 EE의 의뢰를 받아 작성한 것으로 보이는바, 위 보고서 중 ‘NOT DERIVED FROM TOBACCO LEAF(Stalk nicotine)’부분은 EE가 임의로 정한 샘플명일 뿐이고, 위 보고서를 통하여 알 수 있는 분석결과 는 쟁점 니코틴의 비선광도(specific rotation), 수분(water), 중금속(heavy metal), 포름알데히드(formaldehyde) 함량뿐이다. 00대한민국 총영사관은 “위 보고서 내용 중 stem nicotine, stalk nicotine 등의 표현은 고객이 제공한 자료에 따른 것이며, MM 회사는 문의한 니코틴이 담배의 줄기로부터 추출한 것인지 확인할 수 없다는 입장이다”라고 회신한 바 있다(갑 제53호증).

④ 중국 NN 농약제품 품질감독검측소가 2016. 12. 19.자 확인서에서 “중국에서 뿌리나 줄기만으로부터 니코틴을 추출하는 방법은 존재하지 않으며 실현가능성이 낮다”는 입장을 밝혔음은 앞서 인정한 바와 같은데, 위 확인서의 내용을 신빙할 수 없다고 볼만한 사정을 찾을 수 없다[이에 반하는 갑 제50호증(OO 명의의 사실확인서)은 그 기재 내용이 사실임을 인정할 객관적인 증거가 없다].

⑤ 한국과학기술연구원(KIST)의 의약화학연구센터장이었던 조CC은 2017. 4. 10. 제1심판결 제6면 아래에서 제4행부터 제7면 제1행까지의 내용이 기재된 의견서를 작성한 바 있다. 그런데 조CC은 (유)** 연구소장으로서 2024. 7. 1.자 의견서와 2025.4. 30.자 진술서를 작성하였고, 원고들은 이를 증거(갑 제52, 71호증)로 제출하였다. 그 취지는 기술 발전에 따라 니코틴 추출의 경제성에 관한 사정이 달라졌고, 담배의 줄기에서 니코틴을 추출하는 것은 경제적으로 실행 가능하고 환경상 이점도 있어 많은 담배 회사들 사이에서 관행이 되고 있다는 취지인데, 기존 의견서가 당시 상황에서 허위였다고 볼 객관적인 자료가 없고, 새로운 의견 및 진술의 진위를 확인할 수 없으며, 양 의견서의 작성시점과 작성자 신분에 큰 변화가 있음을 고려할 때, 위 증거들로써 반증이 이루어졌다고 보기 어렵다.

⑥ 국세청의 역외협력담당관 OOO은 2019. 8. 8.경 중국의 국가세무총국 국제조세 부서 부국장 00에게 EE, GG, DD에 관한 정보를 요청하였고, 2019. 11. 9. “중국 과세당국의 정보 시스템에는 EE 관련 정보가 없고, 제공한 주소의 현장을 방문했지만 해당 업체를 찾을 수 없었으며, GG은 DD 등과 거래한 사실이 없다”는 내용의 회신을 받았다(을 제10, 22호증). 원고들은 위 회신이 조작되었다고 주장하면서 그에 대한 증거로 갑 제64호증(이* 명의의 확인서), 제70호증(손* 명의의 진술서)을 제출하였으나, 위 각 증거들에 기재된 진술들의 진위를 확인할 수 없으므로, 위 증거들로써 위 회신이 허위 또는 조작된 것임이 증명되었다고 볼 수 없다.

⑦ 원고들은 이 사건 세무조사의 단서가 된 ‘담배 줄기‧뿌리 추출 전자담배 니코틴 용액의 수입 및 관리 실태’에 관한 감사원 감사가 위법 또는 왜곡된 것이라고 주장하기도 하나, 위 감사는 감사원이 8일간 감사인원 5명을 투입하여 실지감사를 하고 지적사항에 대한 관계기관의 의견을 수렴한 후 내부 검토를 거쳐 2019. 11. 28. 감사위원회의 의결로 감사결과를 확정하여 이루어진 것인데, 위 감사가 천연니코틴을 취급하는 원고들과 경쟁관계에 있는 합성니코틴 제조업자들의 청구에 의하여 개시되었다고 하더라도, 그러한 사정만으로 감사 내용이 허위이거나 조작되었다고 볼 수 없다.

⑧ 원고들은 쟁점 니코틴은 EE에서 제조된 것인데 서울세관은 2024. 10. 14. “원고들이 수입한 니코틴 용액 중 제조사가 P 및 Q 이외인 니코틴 용액은 개별소비세 부과대상인지에 대한 명확한 증거가 발견되지 않아 관세조사를 종결한다”고 결정하였으므로(갑제61호증), 쟁점 니코틴에 담배의 잎이 포함되어 있음이 증명되지 않았다고도 주장한다. 그러나 위 증거만으로는 서울세관이 이 사건 부과처분의 대상이 된 제품들의 원료인 니코틴 원액(쟁점 니코틴)에 대하여 조사를 실시하였는지를 알 수 없는 점, 위 관세조사의 대상 기간은 2017. 11. 8.부터 2020. 6. 30.까지인데, 이 사건 부과처분의 대상은 원고들이 2017. 1.경부터 2018. 12.경 사이에 제조한 쟁점 담배이므로, 원고들이 2017. 11. 이후 수입한 니코틴 용액에 담배의 잎이 포함되어 있다는 증거가 부족하다고 하더라도 이는 이 사건 부과처분과 양립가능한 점, 서울세관의 조사결과가 피고를 기속한다고 볼 수도 없는 점, 조사기관별로 조사의 목적, 범위, 정도, 기법, 수집자료에 차이가 있을 수 있는 점 등에 비추어, 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

⑨ 갑 제32호증의 동영상이 쟁점 니코틴의 제조 현장을 촬영한 것임을 인정할 증거가 없고(동영상이 항소심에 와서 제출된 점에 비추어 위 동영상은 최근에 제작된 것으로 보이고, 원고들이 주장하는 줄기 니코틴의 추출 과정 전체를 촬영한 것도 아니다), 갑 제75호증의 기재에 의하면 담배 줄기에서 니코틴을 추출하는 것이 기술적으로 가능하다고 보이기는 하나, 이는 2024. 11. 1.자 시험결과에 따른 것으로, 위 증거로써 EE가 2017~2018년경 줄기 추출 니코틴 제조기술을 이용하여 쟁점 니코틴을 생산하였다거나 쟁점 니코틴이 담배의 잎이 전혀 포함되지 않은 순수 줄기 추출 니코틴임이 증명된다고는 볼 수 없다.

라. 쟁점 니코틴은 담배이므로 개별소비세가 공제되었어야 한다는 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

원고들은 쟁점 니코틴은 니코틴 농도가 1% 미만으로 희석된 용액으로서 피우거나, 빨거나, 증기로 흡입하거나, 씹거나, 냄새 맡기에 적합한 상태였으므로 수입 당시에 이미 구 담배사업법 제2조의 담배에 해당하고, 개별소비세법 제9조 제2항에 의하면 원고들이 쟁점 니코틴에 대한 수입신고를 함으로써 개별소비세 신고를 한 것으로 볼 수 있어 결국 쟁점 니코틴은 같은 법 제20조 제1항의 ‘개별소비세가 납부될 물품’에 해당하여, 피고는 같은 항에 의하여 세액 공제가 이루어지는 부분을 초과하는 부분에 대하여만 개별소비세를 부과할 수 있는 것이며, 과세물품이 보세구역에서 반출된 이후 가공되었다는 등의 이유로 세관장의 과세권한이 세무서장에게 이전된다거나 세관장과 세무서장이 동시에 과세권한을 갖는 것은 아니라고 주장한다.

2) 판단

쟁점 니코틴을 향이 첨가된 완제품으로 볼 수 없음은 앞서 판단한 바와 같고, 쟁점니코틴이 수입된 상태 그대로, 즉 원고들이 아무런 가공을 하지 않은 상태에서 피우거나, 빨거나, 증기로 흡입하거나, 씹거나, 냄새 맡기에 적합한 상태였음을 인정할 증거가 없다. 설령 쟁점 니코틴을 수입된 상태 그대로 증기로 흡입하는 것이 가능하였더라도 다음과 같은 이유에서 원고들의 위 주장은 이유 없다.

① 개별소비세의 과세물품을 제조하여 반출하는 자(개별소비세법 제3조 제2호) 및 관세법에 따라 관세를 납부할 의무가 있는 자로서 과세물품을 관세법에 따른 보세구역에서 반출하는 자(같은 법 제3조 제3호)는 개별소비세를 납부할 의무가 있다.

개별소비세법은 제20조 제1항에서 “이미 개별소비세가 납부되었거나 납부될 물품 또는 그 원재료가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부 또는 징수할 세액에서 공제한다”고 정하면서 제1호에서 “과세물품의 제조장 또는 보세구역으로부터 과세물품을 반입하여 다른 과세물품의 제조·가공에 직접 사용하거나 제5조 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것으로서 해당 세액을 납부 또는 징수하는 경우”를 규정하고, 같은 조 제6항에서는 “제1항에 따른 공제를 할 때 해당 원재료 또는 구입물품에 대한 세액이 그 원재료를 사용하여 제조한 물품 또는 판매물품에 대한 세액을 초과하는 경우에는 그 초과 부분의 세액은 공제하지 아니한다”고 함으로써 하나의 과세물품을 재료로 하여 다른 과세물품을 제조‧가공하는 등 이미 개별소비세가 납부되었거나 납부될 물품에 관하여 재차 개별소비세가 과세될 수 있다는 전제 하에 이중과세가 되지 않도록 하기 위한 세액 공제에 관하여 규정하고 있다. 따라서 보세구역으로부터 반입한 과세물품을 다른 과세물품의 제조·가공에 직접 사용하는 등의 경우에 당초의 과세물품을 보세구역에서 반출하는 행위에 관하여는 세관장에게, 이를 사용하여 새로운 과세물품을 제조하여 반출하는 행위에 관하여는 세무서장에게 각각 개별소비세의 부과‧징수권이 있고, 다만 이미 전 단계에서 납부하였거나 납부할 세액은 그 다음 단계에서 공제할 수 있을 뿐이다.

② 원고들은 쟁점 니코틴에 향료 등을 첨가하여 쟁점 담배를 만들었으므로, 세관장의 과세권한이 미치는 쟁점 니코틴과 피고의 과세권한이 미치는 쟁점 담배는 화학적 성분, 향의 첨가 여부, 용량 등의 측면에서 차이가 있다. 원고들이 제조한 쟁점 담배를 ‘보세구역에서 반출하거나 보세공장으로 반입한 물품’이라고 볼 수 없으므로, 쟁점 담배에 관한 과세권한은 세관장이 아니라 피고에게 있다.

③ 원고들은 쟁점 니코틴이 줄기 추출 니코틴으로서 구 담배사업법 제2조의 담배에 해당하지 않는다는 취지로 수입신고를 하였다. 이를 두고 원고들이 쟁점 니코틴에 대한 개별소비세 신고를 하였다거나 쟁점 니코틴이 ‘개별소비세가 납부될 물품’이라고 보기는 어렵다. 개별소비세법 제20조 제1항에 따른 공제를 받으려는 자는 해당 사유가 발생한 날부터 6개월이 지난 날이 속하는 달의 말일까지 개별소비세를 신고하면서 세액 공제 사유의 발생 사실을 증명하는 서류와 개별소비세가 이미 납부되었거나 납부될 사실을 증명하는 서류3)를 첨부하여 세액 공제를 신청하여야 하는데(개별소비세법 시행령 제34조 제1항, 같은 법 시행규칙 제15조 제1항) 원고들은 법이 정한 기간 내에 쟁점 담배에 관하여 개별소비세 신고를 하지도 세액 공제를 신청하지도 않았다.

④ 개별소비세법은 제20조의3 제1항에서 “제14조 제1항4)에도 불구하고 제1조 제2항 제6호에 해당하는 물품(담배)에 대하여 개별소비세를 징수하지 아니하는 사유에 관하여는 지방세법 제53조를 준용하며, 그 절차 및 추징 등에 관하여는 제14조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항부터 제5항까지의 규정에 따른다”라고 규정하고, 지방세법 제53조 제2호는 “담배를 다른 담배의 원료로 사용하기 위하여 반출하는 경우”를 규정하고 있는바, 만약 쟁점 니코틴이 구 담배사업법 제2조의 담배에 해당한다면 원고들은 이를 다른 담배, 즉 쟁점 담배의 원료로 사용하기 위하여 보세구역에서 반출하였으므로, 원고들은 쟁점 니코틴을 보세구역에서 반출한 행위에 관하여는 개별소비세를 부담하지 않고(개별소비세법 제3조 제3호), 쟁점 담배를 제조하여 반출한 행위에 관하여만 개별소비세를 부담하게 된다(같은 법 제3조 제2호).

⑤ 만약 이 사건과 같은 사안에서 수입한 니코틴과 제조한 담배 모두에 대하여 각 개별소비세가 부과되어 이중과세가 발생할 우려가 있는 경우, 납세자로서는 기납부세액에 대한 경정신청 또는 후속 부과처분에 대하여 공제 주장을 함으로써 이중과세를 회피할 수 있으므로, 피고가 쟁점 담배에 대한 개별소비세 부과처분 시 부과된 적도 없고 납부된 적도 없는 쟁점 니코틴에 대한 개별소비세를 직권으로 조사, 계산하여 이를 공제한 나머지에 대해서만 개별소비세를 과세해야 한다고 볼 수 없다.

마. 실질과세 원칙의 적용 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

원고들은 개별소비세법 제3조 제3호에 따른 납부의무자는 관세법에 따라 관세를 납부할 의무가 있는 자이고, 부가가치세법 제3조 제1항 제2호에 따른 납부의무자는 재화를 수입하는 자인데, 쟁점 니코틴의 실제 화주는 원고들이 아니라 FF이므로 국세기본법 제14조 제1항 실질과세의 원칙에 따라 원고들은 쟁점 니코틴에 대한 개별소비세나 부가가치세의 납부의무를 지지 않는다고 주장한다.

2) 판단

이 사건 부과처분은 쟁점 담배에 대한 것이고, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점 담배는 쟁점 니코틴과 별개의 과세물품인 점, 피고는 원고들이 쟁점 담배를 제조·반출하였다고 보아 개별소비세법 제3조 제2호, 부가가치세법 제3조 제1항 제1호에 의하여 이 사건 부과처분을 한 것인 점, 개별소비세와 부가가치세는 사업자에 의하여 납부된 조세가 가격에 포함되어 소비자에게 전가될 것이 예정되어 있는 간접소비세로 재화나 용역의 공급으로 인한 이익이 실질적으로 누구에게 귀속되었는지에 따라 납세의무자가 정해지는 것이 아닌 점, 원고들이 주장하는 DD와 원고들 간의 거래나 원고들과 FF과의 거래가 사법상 무효라거나 거래서류들이 위조되었다고 볼 사정도 찾을 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점 니코틴의 실제 화주가 누구인지는 이 사건 부과처분의 적법여부와 관계없다고 할 것이다. 원고들의 위 주장은 이유 없다.5)

바. 부가가치세의 과세표준에 관한 주장에 대하여

1) 원고들의 주장

원고들은 쟁점 담배에 관한 개별소비세는 부가가치세의 과세표준인 공급가액에 포함되지 않는다고 주장한다.

2) 판단

아래와 같은 부가가치세법령의 규정 내용에 비추어볼 때, 피고가 쟁점 담배에 관한 개별소비세액을 부가가치세의 과세표준인 공급가액으로 보아 원고들에게 부가가치세 과세처분을 한 것은 적법하다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

① 부가가치세법은 제29조 제1항에서 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다”, 제3항에서 “제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금,수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다”고 정하고 있다. 이와 같이 부가가치세법은 다른 세금에 관하여는 규정하지 않으면서 부가가치세가 제외된다는 점만을 명시하고 있으므로, 위 조항의 반대해석상 부가가치세 이외의 세금은 공급가액에 포함될 수 있다고 보아야 한다.

② 부가가치세법 기본통칙 29-61-2는 “공급가액에는 거래상대자로부터 받는 대금·요금·수수료 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 실질적 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 포함한다”고 규정하고, 제5호에서 “개별소비세와 교통·에너지·환경세 및 주세가 과세되는 재화 또는 용역에 대하여는 해당 개별소비세와 교통·에너지·환경세 및 주세와 그 교육세 및 농어촌특별세상당액”이라고 규정하여, 개별소비세가 부가가치세의 과세표준에 포함된다는 점을 분명히 하고 있다.

③ 부가가치세법은 제29조 제2항에서 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준을 하면서 같은 조 제1항과 달리 개별소비세 등을 포함한다고 명시적으로 규정하고 있으나, 이는 국제무역에 있어서 소비지를 기준으로 부가가치세의 과세표준을 정함에 있어 구체적인 항목을 확인한 것으로 볼 수 있고, 부가가치세법이 재화의 수입을 과세거래로 정한 것은 수입물품을 내국물품과 동일하게 과세함으로써 소비지 과세원칙을 구현하기 위한 것이므로, 부가가치세법 제29조 제2항을 이유로 제1항을 달리 해석할 것은 아니다.

④ 부가가치세법은 제10조 제3항에서 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것을 재화의 공급으로 의제하면서, 개별소비세, 주세 및 교통·에너지·환경세가 부과되는 재화의 경우 개별소비세, 주세 및 교통·에너지·환경세의 과세표준에 해당 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세 상당액을 합계한 금액을 공급가액으로 정하고 있다(부가가치세법 제29조 제3항 제5호, 부가가치세법 시행령 제60조 제2항). 따라서 부가가치세의 과세표준은 재화 또는 용역을 공급하는 경우, 재화를 수입하는 경우, 재화의 공급이 의제되는 경우 모두 개별소비세를 포함한다고 봄이 상당하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.

1) 부산고등법원(창원) 2021. 1. 19. 선고 2021누10067 판결(대법원 2022. 6. 16. 선고 2022두35497 판결로 심리불속행기각)

2) 구 국세기본법 제81조의4는 세무공무원은 조사권을 남용하여서는 아니 되고(제1항), 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다(제2항)고 규정하면서 재조사가 가능한 사유로 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호)‘, ’2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우(제3호)’ 등을 규정하고 있다. 같은 법 제3조 제2항은 관세법에서 세관장이 부과․징수하는 국세에 관하여 국세기본법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 관세법에서 정하는 바에 따른다고 규정하고 있다. 관세법 제111조는 제1항에서 ‘세관공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하고 통관의 적법성을 보장하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 관세조사를 하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다’고 규정하고, 제2항에서 ‘세관공무원은 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사받은 자를 다시 조사할 수 없다’고 규정하면서 각 호에서 재조사가 가능한 사유를 규정하고 있다.

3) 개별소비세 부과(납부)사실 증명신청서 및 그 증명서

4) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 개별소비세를 징수하지 아니한다. (각 호 생략)

5) 원고들은, FF의 지시에 따라 이미 협상이 완료된 업체로부터 쟁점 니코틴을 수입하였을 뿐 DD 등 중국 측 업체와 직접 교섭하거나 쟁점 니코틴의 수입과 관련하여 자체적인 의사결정을 한 사실이 없고, 쟁점 니코틴의 대금 역시 사실상 FF이 부담하였으며, 수입된 쟁점 니코틴 전량을 FF에게 공급하였고, 쟁점 니코틴의 수입에 따른 이익은 FF에게 모두 귀속되었으며, 원고들은 독립적인 경제주체로서 이익을 얻지 못하였기에 쟁점 니코틴의 실제 화주가 아니라고 주장하나, 이는 원고들의 기존 주장(2024. 7. 9.자 항소이유서 17면 등)과 배치되고, 위 각 주장사실을 인정할 만한 증거를 찾을 수도 없다.