부산고등법원(창원)-2021-누-10067 (2022.01.19)

사 건

2021누10067 법인세등부과처분취소

원 고

○○외1

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2021.11.10.

판 결 선 고

2022.1.19.

주 문

1. 원고들의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 4. 1. 원고들에게 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이○○은 완성차 제조업체에 안전부품을 납품하는 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)을 운영하던 중인 2002. 7. 1. 자동차 안전벨트 부품을 연구·개발하는 업체인 원고 주식회사 ○○(이하 ‘원고 ○○’라 한다)를, 2006. 7. 3. 안전벨트 부품을 제조하는 업체인 원고 주식회사 ○○(이하 ‘원고 ○○’이라 한다)을 각각 설립하였다. 이○○은 원고들의 주식을 ○○의 임원이나 지인에게 명의신탁하였으나 실질적으로는 1인 주주로서 원고들을 경영하였다.

나. 피고는 2010. 10. 12.부터 2010. 10. 29.까지 원고 ○○의 2007~2009 사업연도에 대하여, 2011. 9. 14.부터 2011. 9. 23.까지 원고 ○○의 2008 사업연도에 대하여 각각 법인세, 부가가치세, 원천세 등에 관한 법인사업자 통합조사를 실시하였고(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다), 그 결과 원고 ○○의 경우 가공급여, 가스수도료, 외주가공비 등 항목의 허위계상을, 원고 ○○의 경우 교육훈련비 허위계상을 각각 적발하여, 원고 ○○에 대하여 2007~2009 사업연도에 관한 합계 298,273,555원의 법인세를, 원고 ○○에 대하여 2008 사업연도에 관한 27,839,690원의 법인세를 각각 부과하였다.

다. 이○○은 2010. 12. 30. 원고 ○○을, 2011. 6. 30. 원고 ○○를 각각 폐업하였다.

라. ○○지방국세청은 2015. 11. 26. ○○과 그 사주인 이○○을 주된 조사대상자로, 이○○이 실질적으로 운영하는 ○○ 등을 관련인으로 선정하고(조사대상기간은 2021. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지), 조사기간은 2015. 11. 26.부터 2016. 2. 5.까지로 하여 비정기 세무조사(법인사업자 통합조사)에 착수하였다(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다). 당시 원고들에 대한 조사대상 과세기간은 다른 기업과 달리 원고들이 폐업한 사업연도(원고 ○○은 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 30.까지, 원고 ○○는 2011. 1. 1.부터 2011. 6. 30.까지)였다.

마. ○○지방국세청은 제2차 세무조사 중인 2016. 1. 11.경 원고들을 추가 조사대상자로 선정하여 조사대상 과세기간을 원고 ○○은 2007~2014 사업연도로, 원고 ○○는 2007~2009, 2011~2014 사업연도로 확대하고(이하 ‘확대 세무조사’라고 한다), 2016. 1. 21.경 조사기간을 2016. 4. 5.까지로 연장하였으며, 세무조사 유형을 법인사업자 통합조사에서 조세범칙조사로 전환하였다.

바. ○○지방국세청은 확대 세무조사 결과 원고들이 2007~2009 사업연도 중 외주가공비, 복리후생비 등 여러 계정과목에 관하여 실제 지출한 사실이 없으면서 현금으로 지출한 것처럼 회계처리를 하는 방법으로 30,191,753,053원의 가공경비(원고 ○○ 20,033,614,509원, 원고 ○○ 10,158,138,544원)를 계상한 것(이하 ‘이 사건 가공원가 계상 행위’라 한다)을 적발하여 그 결과를 피고에게 통보하였다.

사. 이에 피고는 원고들이 이 사건 가공원가 계상 행위를 통해 해당 사업연도의 법인세를 탈루하였다고 보아 2016. 4. 1. 원고들에게 별지 1 기재 목록과 같은 각 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.).

아. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 9. 4. 이를 기각하는 결정이 내려졌다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

1) 세무조사대상자 선정의 위법

피고는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호 및 제4호의 사유가 있어 원고들을 비정기 세무조사(제2차 세무조사) 대상자로 선정하였다고 주장하나, 세무조사 통지서에는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호의 사유만 기재되어 있을 뿐이므로 이를 기초로만 세무조사 대상자 선정의 적법 여부를 판단하여야 하고, 같은 항 제2호는 원고들에 대한 세무조사 개시 근거가 될 수 없다. 그런데 ○○지방국세청장은 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 없음에도 불구하고 원고들을 제2차 세무조사 대상자로 선정하였다. 설령 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호를 그 근거조문으로 보더라도 그 사유 역시 인정되지 않는다. 따라서 ○○지방국세청장이 구체적 사유와 근거 없이 원고들을 제2차 세무조사 대상자로 선정한 것은 위법하다.

2) 확대 세무조사의 사전통지 불이행

세무조사의 범위를 확대하는 경우, 구 국세기본법 제81조의9 제2항에 따라 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 같은 법 제81조의7 제1항 단서를 근거로 사전통지를 생략할 수 없다. 그럼에도 ○○지방국세청장은 확대 세무조사 당시 원고들에게 확대의 범위와 사유를 통지하지 않았으므로 이는 중대한 절차상 하자에 해당한다.

3) 위법한 중복세무조사

○○지방국세청은 제2차 세무조사 시 원고 ○○의 2007~2009 사업연도 및 원고 ○○의 2008 사업연도 자료가 저장되어 있는 주○○의 외장하드를 확보함으로써 제1차 세무조사가 이루어졌던 원고 ○○의 2007~2009 사업연도 및 원고 ○○의 2008 사업연도에 대하여 중복세무조사를 하였고, 위 자료에 기초하여 확대 세무조사까지 진행하였다. 제2차 세무조사와 확대 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호의 중복세무조사를 할 수 있는 예외사유가 존재하지 않음에도 불구하고 개시된 것으로서 위법한 중복세무조사에 해당한다.

4) 조사권 남용

위 3)항과 같이 ○○지방국세청이 2차 세무조사 시 조사대상기간이 아닌 2007~2009 사업연도 관련 자료를 수집한 것은 필요․최소한의 범위 내에서 이루어지지 않은 것으로서, 구 국세기본법 제81조의4 제1항에 반하는 위법한 세무조사이다.

나. 관계법령

별지 2 기재와 같다.

다. 세무조사대상자 선정이 위법한지에 관한 판단

1) 구 국세기본법 제81조의6 제3항은 “세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.” 라고 규정하면서, 제2호에서 ‘무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’를, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 각각 들고 있다.

구 국세기본법 제81조의6이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의4 제1항과 제81조의6을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 참조).

그리고 세무조사의 공정성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의적인 세무조사권 발동으로 오․남용되는 것을 막고자한 위 규정 취지에 비추어 볼 때, 위 제2호의 사유는 거래 내용이 사실과 다르다는 점이 객관적인 자료에 의하여 뒷받침되는 합리적인 의심의 정도에 이르는 경우, 위 제4호의 사유는 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 객관적 자료에 의해 뒷받침되는 경우 인정할 수 있을 것이다.

2) 갑 19호증의 기재에 의하면, ○○지방국세청장이 2015. 11. 26.경 원고들에게제2차 세무조사에 관한 통지서(갑 19호증)를 발송한 사실, 위 통지서에는 조사 사유로 “귀사의 조사대상 과세기간 신고내용에 대한 분석 결과 탈루나 오류의 혐의가 있어, 신고내용의 적정여부를 검증하기 위해 조사대상자로 선정되었습니다.”라고 기재되어 있는 사실이 인정된다. 그러나 그 근거 조문으로 “국세기본법 제81조의6 제3항”이라고만 적시되어 있을 뿐인 사실도 인정되고, 아래에서 보는 바와 같은 제2차 세무조사 개시 경위에 비추어 보면 위 사유가 원고들의 주장과 같이 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 있는 경우만을 의미하는 것이라고 보기 어렵다.

3) 나아가 앞서 인정한 사실과 갑 17, 19, 22호증, 을 29 내지 31호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, ○○과 이○○이 원고들의 폐업을 통해 조세를 탈루하였다는 사실이 확인될 가능성이 원고들의 법인세 신고서, 재무제표, 법인등기부 등 객관적 자료에 의해 뒷받침될 뿐만 아니라 원고들의 폐업 시 법인세 신고 내용이 사실과 다르다는 점 역시 위와 같은 객관적 자료에 의해 뒷받침되는 합리적 의심의 정도에 이르렀다고 할 것인바, ○○지방국세청장이 원고들을 제2차 세무조사 대상자로 선정한 것은 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호 및 제4호에 따른것으로서 적법하다.

① 관세청은 이○○과 그가 운영하는 ○○이 2007년 홍콩에 페이퍼컴퍼니인 ○○를 설립한 후 2007. 11. 9.부터 2010. 6. 30.까지 위 법인을 거쳐 중국, 인도, 체코 공장으로 자동차 안전벨트 부품을 수출하면서 ○○에 저가 수출하는 방법으로 신고 차액 1,300만 불을 국외 도피하는 등 특정경제범죄가중처벌등에관한법률(재산국외도피), 대외무역법위반, 외국환거래법위반 혐의를 적발하여 검찰에 고발하였다. 그리고 관세청과 검찰은 2015. 11.경 ○○지방국세청에 ○○가 얻은 거래이익 및 이전소득 조정 등과 관련한 이○○과 ○○의 탈세 혐의사실을 통보하였다.

② 이에 따라 ○○지방국세청은 ○○과 이○○, 원고들을 비롯한 ○○의 계열사사이의 자금 흐름 등을 분석하였고, 그 결과 ○○과 이○○에게 해외거래를 이용한 부외자금 조성, 해외현지법인 인건비 대신 부담, 로열티 등 미수취, 임가공비 과다지급, 부산물 매출신고누락, 접대비계상 누락, 연구개발비 허위계상, 계열사 부당지원, 매입세액 부당공제, 매입채무 과다계상 혐의가 있다고 판단하여 이들을 주된 조사대상자로 선정하였고, 2015. 11. 26. 이들의 2012~2014 사업연도를 조사대상기간으로 하여 제2차 세무조사를 개시하였다.

③ 또한, ○○지방국세청은 제2차 세무조사 시 원고들을 ○○과 이○○의 관련인으로 선정하여 동시조사하기로 하였는데, 이는 원고 ○○의 2011. 3. 31. 자 2010년귀속 법인세 과세표준 및 세액신고서와 원고 ○○의 2012. 3. 29. 자 2011년 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고서, 이에 첨부된 원고들의 재무제표, 원고들의 법인등기사항 증명서의 내용을 분석한 결과 ○○과 이○○이 ○○의 계열사인 원고들을 통하여 탈세를 하였다는 혐의가 드러났기 때문이다. 즉, 원고 ○○이 꾸준한 외형 성장과 충분한 소득금액이 발생하고 있었음에도 불구하고 2010. 12. 30. 사업부진이라는 석연치 않은 사유로 폐업하였고, 폐업 시 재무제표 상 미처분 이익잉여금 45억 원이 계상되어 있으나 청산절차가 이루어지지 않았고 청산소득에 대한 법인세 신고도 없는 점, 원고 ○○은 폐업 이후 법인 등기가 말소되지 않았고 오히려 2014. 11. 19. 변경등기(사내이사, 감사의 퇴임 및 취임 등기)까지 이루어진 점, ○○의 2010. 12. 31. 기준 원고 ○○에 대한 외상매입금은 52억 2,400만원이고 2013. 12. 31. 기준 외상매입금은 4억 2,500만 원이므로, 원고 ○○이 폐업 후 ○○으로부터 47억 9,900만 원의 외상매출채권을 회수한 것으로 확인되나 그 사용내역이 불분명한 점, 원고 ○○는 ○○과 원고 ○○이라는 안정적 매출처가 있음에도 불구하고 2011. 6. 30. 폐업한 점, 원고 ○○의 2011 사업연도 재무제표 상 주요자산 구성은 단기예금 30억 6,100만 원, 매출채권 27억 4,100만 원, 단기대여금 14억 6,000만 원 등 유동성․환가성이 높은 자산이며 미처분 이익잉여금은 59억 8,000만 원인 점 등 위 자료의 분석 결과에 따라, ○○지방국세청은 ○○의 사주 이○○이 원고들을 페업한 후 미처분 이익잉여금 등을 다시 돌려받아 106억 원의 비자금을 조성한 혐의가 있다고 판단하여 원고들을 ○○과 이○○의 관련인으로 선정하여 원고들의 각 폐업연도(원고 ○○ 2010년, 원고 ○○ 2011년)에 대하여 제2차 세무조사를 개시하였다.

라. 세무조사 범위 확대 통지를 불이행하였는지에 관한 판단

1) 갑 19, 20호증, 을 10호증의 각 기재에 의하면, ○○지방국세청장은 2015. 11.26. 조사대상 세목을 법인세, 부가가치세, 원천세 등을 포함한 법인제세, 조사대상 과세기간을 원고 ○○의 경우 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 30.까지, 원고 ○○의 경우 2011. 1. 1.부터 2011. 6. 30.까지, 조사기간을 2015. 11. 26.부터 2016. 2. 5.까지로 하여 비정기 세무조사(제2차 세무조사)를 시작한 사실, ○○지방국세청장은 원고들에 대한 사전 통지 없이 2016. 1. 11. 조세대상 과세기간을 2007년부터 2014년까지로 확대하고(확대 세무조사), 2016. 1. 21. 조사 유형을 조세범칙조사로 전환하고, 조사 기간을 2016. 4. 5.까지로 연장한 사실이 인정된다.

2) 구 국세기본법 제81조의7 제1항은, 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 등을 통지하여야 하고, 다만 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 이처럼 세무조사에 앞서 납세자에게 사전통지를 하도록 규정한 것은 납세자로 하여금 세무조사의 필요성을 납득시키고 조사에 대비한 필요한 준비를 할 수 있도록 함으로써 납세자의 권익증진과 함께 조사의 효율화를 도모하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이다. 그런데 국세기본법은 세무조사범위 확대에 관하여는 이러한 사전통지를 규정하고 있지 않다. 즉, 구 국세기본법 제81조의9 제1, 2항은, 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없고, 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 세무조사 진행 중 세무조사 범위를 확대하는 경우에는 통지 시기를 구체적으로 정함 없이 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하도록 하였을 뿐이다. 이는 세무조사 진행 중 이루어지는 세무조사 범위 확대의 시기적 특성상 사전 통지를 할 수 없기 때문인바, 세무조사 범위 확대 시에는 사전통지를 규정한 구 국세기본법 제81조의7 제1항은 적용되지 않는다고 할 것이다.

3) 나아가 을 10호증의 4, 5, 을 27, 28호증의 각 기재에 의하면, 원고들은 2016. 1. 12.경 2015. 11. 26.부터 2016. 2. 5.까지 실시한 세무조사와 관련하여 세무조사 통지, 납세자권리헌장 등을 수령하고 조사공무원으로부터 조사사유, 조사기간 등에 대하여 설명받았음을 확인한다는 내용의 납세자권리헌장 등 수령 및 낭독확인서에 서명한 사실, 원고들은 2016. 1. 22.경 2016. 1. 21. 조세대상 세목(법인세 등 모든 세목)과 조세대상 과세기간(2007. 1. 1.~2014. 12. 31.)은 그대로 유지하면서 조사기간을 2016. 4. 5.로 연장하고, 조사유형이 조세범칙조사로 전환되었다는 내용의 범위확대(유형전환) 통지를 수령한 사실이 인정되는바, 원고들은 ○○지방국세청장이 조세대상 과세기간을 확대한 다음날인 2016. 1. 12.과 조사기간을 연장하고 조사유형을 전환한 다음 날인 2016. 1. 22. 그 내용을 문서로 통지받았다고 할 것이다. 따라서 세무조사 범위 확대에 관한 통지를 받지 못하였다는 원고들의 주장도 받아들이지 않는다.

마. 위법한 중복세무조사에 해당하는지에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 국세기본법 제81조의4는 제2항에서 “세무공무원은 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수없다.”라고 규정하면서, 그 각 호에서 예외적으로 재조사가 허용되는 사유로서 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제1호), ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’(제2호), ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’(제3호) 등을 들고 있다. 그리고 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 위반하여 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조).

나) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그렇지만 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 결국 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지의 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결, 대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두42255 판결 등 참조).

다) 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조). 또한 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시당시에 구비되어야 하므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참조).

2) 2차 세무조사에 관한 판단

○○지방국세청 소속 조사관이 제2차 세무조사를 개시한 2015. 11. 26. ○○의 사무실에서 ○○의 회계팀장 주○○로부터 외장하드를 임의제출받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

원고들은 당시 위 외장하드에 원고들의 제1차 세무조사 대상기간(원고 ○○2007~2009 사업연도, 원고 ○○ 2008 사업연도) 자료가 저장되어 있었고 조사관들이 이를 알면서도 위 자료가 포함된 외장하드 자체를 가져갔다고 주장한다. 그러나 원고들의 주장에 부합하는 듯한 갑 18호증(사실확인서)은 위 주○○가 작성한 것으로서 주○○와 ○○ 및 원고들과 ○○의 각 관계, 원고들의 회계자료는 회계전산프로그램에 일부 남아 있을 뿐이라는 내용의 주○○의 검찰 진술에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다. 그리고 갑 20호증(주○○의 외장하드 화면)의 영상에 의하면, 외장하드의 ‘주○○’ 폴더 안에 ‘FW ○○ 09년 9월 손익보고’, ‘○○자 재생산보고(200909)’ 등 파일과 ‘2007년’ ‘2008년’ ‘2009’라는 이름의 폴더가 존재하는 사실은 인정되나, 이러한 사실만으로는 위 외장하드가 제2차 세무조사 당시 주○○가 ○○지방국세청 조사관에게 임의제출한 외장하드라고 단정할 수 없고, 설령 동일한 외장하드라고 하더라도 위 전자정보에 접근한 자는 언제든지 파일명, 폴더명을 생성 또는 변경할 수 있고 그 내용은 확인된바 없으므로 제2차 세무조사 당시 외장하드 내의 파일명과 폴더명 및 그 내용이 위 파일명, 폴더명 및 내용과 동일하였다고 단정할 수도 없다.

설령 원고들의 주장과 같이 ○○지방국세청 조사관이 주○○로부터 외장하드를 임의제출받을 때 갑 20호증의 영상과 같은 내용을 확인하였고, 외장하드에 원고 ○○

의 2007~2009 사업연도, 원고 ○○의 2008 사업연도 자료가 포함되어 있었다고 하더라도, 앞서 인정한 사실과 갑 16, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ○○지방국세청 조사관은 원고들이 아니라 ○○의 여의도 사무실에서 ○○에 대한 세무조사를 진행하는 중 ○○의 회계팀장인 주○○로부터 외장하드를 임의제출받은 점, ○○지방국세청 조사관은 외장하드 내에 저장된 전자정보가 방대하여 그 자리에서 저장된 각 파일 등의 내용을 모두 확인할 수 없어 외장하드 자체를 임의제출받은 것으로 보이는 점, ‘2007년’ ‘2008년’ ‘2009’라는 폴더명만으로는 당해 폴더 안에 있는 구체적 자료의 내용을 알 수 없는 점, 주○○는 검찰에서 원고들이 폐업한 지 오랜 시간이 지나서 ○○에서 원고들의 회계나 세무 관련 실물자료는 보관하고 있지 않았고, 회계 프로그램에 전산으로만 일부 자료가 남아 있다고 진술한 점, ○○지방국세청 소속 조사관 김○○은 검찰에서 제2차 세무조사 당시 ○○의 회계팀에 원고들의 회계 자료는 전혀 남아 있지 않았다고 진술한 점, 원고들은 외장하드 내의 파일명과 폴더명이 원고들의 2007~2009 사업연도에 관한 것이라고만 주장할 뿐 그 파일과 폴더 내 자료의 구체적 내용을 밝히고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 그 실질을 원고들의 제1차 세무조사 대상기간(원고 ○○ 2007~2009 사업연도, 원고 ○○2008 사업연도)에 관한 자료 제출 요구와 동일하게 볼 수 없으므로 원고들의 제1차 세무조사 대상기간에 대하여 세무조사를 하였다고 인정하기 어렵다. 따라서 ○○지방국세청이 제2차 세무조사 시 원고들의 제1차 세무조사 대상기간에 대한 중복세무조사를 하였음을 전제로 한 원고들의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

3) 확대 세무조사에 관한 판단

○○지방국세청이 제2차 세무조사 시 원고들의 제1차 세무조사 대상기간에 대한 중복세무조사를 하였다고 보기 어려운 이상, 이와 다른 전제에서 확대 세무조사 역시 중복세무조사로서 위법하다고 하는 원고들의 주장도 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그리고 앞서 인정한 사실관계에 갑 22, 23호증, 을 6 내지 31호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 더하여보면, ○○지방국세청은 ○○의 직원으로부터 임의제출받은 ○○의 분석을 통해 확보한 허위영수증 관련 파일 등 자료, 금고에서 발견된 거액의 현금 출처를 확인하기 위한 금융조사를 통해 밝혀진 부외자산 및 관련된 회계장부와의 대조 등을 바탕으로 조사대상 과세기간 범위를 확대하였다. 그러므로 이는 제1차 세무조사 당시 발견되지 않았으나 원고들의 조세탈루사실에 대한 개연성이 상당한 정도로 인정될 만한 객관성과 합리성을 갖춘 자료가 새로 발견된 경우로서 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 정한 ’조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우‘에 해당할 뿐만 아니라, 거액의 부외자산을 형성하기 위해서는 다년간의 매출 누락이나 가공경비 계상 등 행위가 수반될 수 있음은 쉽게 추론할 수 있다는 점까지 더하여 보면, 이는 이○○의 부외자산을 형성하기 위한 원칙이 결정된 다음 이후 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 가공경비 계상 등 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루지는 경우로도 볼 수 있어 2007~2009 사업연도로 조사대상 과세기간 범위를 확장한 것은 같은 항 제3호에서 정한 ’2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우‘에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 확대 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 제4호에 따라 허용되는 중복세무조사에 해당한다.

① ○○지방국세청 조사팀은 ○○의 여의도 사무실에서 현장조사를 하던 중 ○○의 사용 흔적을 발견하여 임의제출을 요구하였고, ○○의 회계팀장 주○○는 이에 응하여 ○○와 외장하드를 임의제출하였다. 조사팀은 제출받은 자료를 분석하던 중 ○○의 직원들이 원고들의 가공경비를 계상하기 위한 근거 자료를 만들기 위해 조직적으로 대량의 허위영수증을 수집하려는 정황이 나타난 내부 이메일과 함께 허위영수증과 관련된 파일이 존재함을 확인하였다.

② 또한 ○○지방국세청 조사팀은 위 사무실 금고에서 거액의 현금과 관계회사들의 ELS 증권카드 등을 발견하여 그 출처 확인을 위해 금융조사를 실시하였다. 그 과정에서 ○○ 등이 가공경비를 계상하여 관련 금액을 수시로 현금 출금하여 금고에 보관하고, ○○증권 계좌에 거액의 ELS 증권을 보유한 사실을 확인하였으며, 위 ○○파일 내용을 아울러 분석한 결과 이는 원고들이 보유하다가 폐업 후 이자수익을 발생시키지 않기 위해 위 증권의 만기일이 도래하기 전 원고들의 역할을 대신할 목적으로 설립한 ○○ 등의 계좌로 대체된 것임을 확인하였다. 그리고 원고들의 재무상태표상의 금융자산 잔액과 실제 예금 잔액을 대사하여 원고들의 재무상태표에 기록된 금융자산 잔액이 실제와 다르다는 것도 확인하였다.

③ ○○지방국세청 조사팀은 위 조사 결과 원고들이 위와 같이 회계장부에 기록되지 않은 부외자산을 형성하는 과정에서 2007~2009 사업연도 귀속 허위영수증을 이용하여 가공경비를 계상한 사실을 발견하였고, 이에 따라 2016. 1. 11.경 조사대상과세기간을 2007~2009 사업연도로 확대하면서 조사기간도 2016. 4. 5.까지로 연장하고(확대 세무조사), 2016. 1. 21.경 세무조사 유형을 법인사업자 통합조사에서 조세범칙조사로 전환하였다.

바. 조사권을 남용하였는지에 관한 판단

1) 구 국세기본법은 제81조의4 제1항에서 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하고 있다. 이 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다. 따라서 세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다. 세무조사가 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결하며, 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하더라도 만약 남용이나 오용을 막지 못한다면 납세자의 영업활동 및 사생활의 평온이나 재산권을 침해하고 나아가 과세권의 중립성과 공공성 및 윤리성을 의심받는 결과가 발생할 것이기 때문이다(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 참조).

2) 그러나 ○○지방국세청이 2차 세무조사 시 원고 ○○의 2007~2009 사업연도,원고 ○○의 2008 사업연도 관련 자료를 수집하였다거나 이에 대한 세무조사를 하였다고 보기 어렵고, ○○지방국세청이 원고들을 제2차 세무조사 대상자로 선정한 것은 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호 및 제4호에 따른 것으로서 적법하며, 확대 세무조사 역시 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 제4호에 따라 허용되는 중복재조사에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 달리 ○○지방국세청이 세무조사의 권한을 남용하였다고 볼 만한 사정도 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소는 이유 없어 모두 기각한다