서울행정법원-2025-구단-53034 (2025.12.19)

사 건

2025구단53034 양도소득세부과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 10. 24.

판 결 선 고

2025. 12. 19.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 10. 7. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 ***원의 과세처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 11. 2. 서울 서초구 ***(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하고 2000. 3. 29. 전입하여 거주하였다.

나. 원고는 2021. 6. 25. 이 사건 종전주택을 AAA, BBB에게 매매대금 ***원으로 정하여 매도하면서 잔금일을 2021. 11. 25.로 정하였다. 그러나 AAA, BBB이 이 사건 종전주택에 대한 임대차계약을 하지 못하였다는 이유로 잔금일을 2022. 1. 12.로 변경할 것을 요청함에 따라 AAA, BBB, 원고 사이에 이 사건C종전주택에 대한 잔금일을 2022. 1. 12.로 변경하는 취지의 새로운 매매계약서를 작성C하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

다. 원고는 2021. 11. 30. 서울 송파구 ***(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 취득하고 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2022. 2. 28. 이 사건 양도에 관하여 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항 제2호에 정한 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 ***원을 납부하였다.

마. CC지방국세청장은 2024. 2. 13.부터 2024. 3. 4.까지 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과 원고가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호에 정하는 신규주택으로의 전입요건을 충족하지 못한 것으로 보아 일시적 1세대 2주택 비과세특례를 적용 배제하여 관련 양도소득세를 경정하라는 지시를 통보하였다.

바. 피고는 2024. 10. 7. 원고에게 일시적 1세대 2주택 비과세특례 적용을 배제하여 2022년 귀속 양도소득세 ***원(신고불성실가산세 ***원, 납부지연가산세 ***원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 이 사건 종전주택의 잔금일을 당초 2021. 11. 24.로 정하였으나 매수인들의 잔금 미지급으로 잔금일을 변경하여 일시적 2주택자가 되었을 뿐이고, 이 사건 신규주택 취득일 기준 이 사건 종전주택에 대하여 최초 정한 잔금일까지 도과하는 등 실질적인 1주택자에 불과하다.

2) 원고는 2015년경 신장암으로 신장 수술을 받았고 척추전방전위증까지 있어 일상생활이 어려웠기 때문에 이 사건 신규주택에 입주하지 못하였는바, 직장 및 질병으로 인하여 이 사건 신규주택에 입주하지 못한 경우에 해당한다.

3) 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 소득세법 시행령(이하 ‘개정 소득세법 시행령’이라 한다) 제155조 제1항 제2호가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에서 정하는 신규주택으로의 전입요건을 삭제한 것은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목의 재산권 침해 및 평등 원칙 위배의 위헌적인 요소를 없애려는 반성적 고려에 의한 것이므로 이를 소급하여 이 사건 양도에 적용하여야 한다.

4) 예비적으로, 원고는 앞서 본 바와 같은 이유로 일시적 1세대 2주택 특례가 원고에게 적용되는 것으로 판단하여 양도소득세를 신고·납부하였는바, 당시 양도소득세와 관련한 시행령이 여러 차례 개정되고 이후 완화되기도 한 사정을 고려하여 원고가 정확한 양도소득세를 계산하여 납부하는 것을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 할 것이므로, 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.

나. 본세 부분에 관한 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 참조).

2) 위 인정사실과 앞서 든 증거들 및 갑 제3, 4호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 양도에는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호에 의한 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 없으므로, 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

가) 구 소득세법(2022. 2. 18. 법률 제18425호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(제4조 제1항 제3호), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(제89조), 원고가 주장하는 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례에 관한 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호는 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

나) 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호에 의하면, 종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득한 경우 신규 주택의 취득일 로부터 1년 이내에 종전 주택을 양도하고, 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하고 주민등록법 제16조에 따라 전입신고를 마쳐야 하는데, 원고는 이 사건 신규주택을 취득한 2021. 11. 30. 이후 이 사건 신규주택으로 전입신고를 하지 못하였다.

원고는 원고의 지병과 직장과의 거리 때문에 신규주택에 전입하지 못하였다는 취지로 주장한다. 그러나 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에서 정하는 예외사유인 ‘기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유’는 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우에 대한 것이고, 그 외에 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호에는 다른 어떠한 예외사유도 규정하고 있지 않은바, 이러한 명백한 특혜규정을 확장, 유추해석할 수는 없다.

다) 원고는 이 사건 종전주택에 대한 최초 매매계약에서는 잔금일을 이 사건 신규주택 취득일 이전으로 하였으나, 매수인들이 잔금을 지급하지 못하여 잔금 지급기일을 연기하여 주었기 때문에 1세대 2주택에 해당하게 된 것일 뿐이고, 이 사건 신규주택 취득 당시 중도금을 모두 지급받았으므로 서류상 2주택에 불과하다는 취지로 주장하기도 한다. 그러나 조세법규를 엄격히 해석하여야 함은 앞서 본 바와 같고, 구 소득세법 제98조는 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다”고 규정하고 있는바, 이 사건 종전주택에 대한 대금을 청산한 날이 2022. 1. 12.인 사실은 앞서 본 바와 같다.

라) 원고는 개정 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에서 정하는 신규주택으로의 전입요건을 삭제한 것은 반성적 고려에 의한 것이므로 이를 소급하여 이 사건 양도에 적용하여야 한다고도 주장한다.

개정 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에서 정한 신규주택으로의 전입요건을 삭제하였으나, 개정 소득세법 시행령 부칙 제32654호, 2022. 5. 31. 제3조에서 제155조 제1항 제2호의 적용에 소급효를 부여하지 않은 점, 개정 소득세법 시행령의 개정이유가 ‘전입요건 없이 신규주택 취득 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도하면 비과세를 적용받을 수 있도록 요건을 완화하여 납세자의 편의를 도모함’인 점 등에 비추어 보면, 개정 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호의 위헌적인 요소를 없애려는 반성적 고려에서 개정된 것이 아니라, 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 조세정책적인 고려 및 입법자의 입법재량권 행사에 따라 개정된 것으로 보이므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

다. 가산세 부분에 관한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고･납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의･과실은 고려되지 않으므로 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점[대법원 2010. 1. 28. 선고 2008두8505, 2008두8512(병합) 판결 등 참조], 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 납부하도록 유도하고 그 납부의무의 이행을 확보함과 아울러 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상 제재인 점(대법원 1998. 11.27. 선고 96누16308 판결 등 참조), 일시적 1세대 2주택의 특례 적용요건에 관하여 치열한 견해의 대립이 존재한다고 보기도 어려운 점 등을 종합하면, 원고가 당초 양도소득세를 과소신고·납부한 것이 조세법령의 부지 또는 착오에서 비롯한 것으로 보일 따름이어서 피고가 이 사건 처분을 하면서 과소신고 및 납부불성실가산세를 부과한 것이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.