부산지방법원-2024-구합-20346 (2026.01.29)

사 건

2024구합20346 종합소득세경정거부처분취소

원 고

김AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 11. 27.

판 결 선 고

2026. 1. 29.

주 문

1. 피고가 2022. 7. 28. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 59,732,849원, 2017년 귀속 종합소득세 45,643,533원, 2018년 귀속 종합소득세 23,503,353원, 2019년 귀속 종합소득세 6,628,158원 합계 135,507,870원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 이 사건 모법 조항 및 이 사건 조항 등 개관

소득세법 제33조 제1항 제5호(이하 ‘이 사건 모법 조항’이라 함)는 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 대통령령으로 정하는 가사(家事)의 경비와 이에 관련되는 경비(이하 ‘가사관련경비’라고 함)를 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

소득세법 시행령 제61조 제1항은 이 사건 모법 조항에서의 가사관련경비로서 제1호에서는 사업자가 가사와 관련하여 지출하였음이 확인되는 경비를, 제2호에서는 사업용자산의 합계액이 부채의 합계액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 ‘초과인출금’이라 함)에 상당하는 부채의 지급이자로서 재정경제부령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 각 규정하고 있다.

소득세법 시행규칙 제27조 제1항(이하에서 소득세법 시행령 제61조 제1항 제2호와함께 ‘이 사건 조항’이라 함) 전문은 소득세법 시행령 제61조 제1항 제2호의 규정에 의하여 필요경비에 산입하지 아니하는 금액은 ‘지급이자×당해 과세기간 중 초과인출금의 적수/당해 과세기간 중 차입금의 적수’의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 이 사건 모법 조항 및 이 사건 조항 외 이 사건 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○로 ○○, 2~4층(○○동, ○○빌딩)에서 ‘CC병원’이라는 이름의 병원(2020. 5. 12. ‘DD병원’에서 상호가 변경되었음. 이하 상호 변경 전후를 불문하고 ‘이 사건 병원’이라 함)을 운영하는 사람이다. 최EE은 2014. 9. 22. 이 사건 병원을 단독으로 개원하였는데, 그 뒤 이 사건 병원의 사업주는 아래와 같이 각 변경되었다.

나. 원고는 2016~2019년 귀속 종합소득세를 신고·납부(이하 ‘이 사건 신고·납부’라고함)하면서, 이 사건 병원에서 발생한 사업소득과 관련하여 이 사건 모법 조항 및 이 사건 조항에 따라 위 과세기간 중 발생한 지급이자 중 합계 360,972,832원(이하 ‘이 사건 필요경비 불산입액’이라 함)을 필요경비에 불산입하였다. 이 사건 필요경비 불산입액의 내역은 아래와 같다. 이 사건 필요경비 불산입액은 초과인출금 산정의 전제가 되는 ‘사업용 자산의 합계액’이 장부가액에 해당함을 전제로 산정되었다.

다. 원고는 2022. 5. 27. 피고에 [별지1] ‘경정청구 내역’ 기재와 같이 이 사건 신고·납부에 따른 2016~2019년 귀속 종합소득세 합계 135,507,893원의 경정 및 환급을 각 청구(이하에서 통틀어서 ‘이 사건 경정청구’라고 함)하였다. 원고가 이 사건 경정청구에서 주장한 바는, 원고가 차입금 전액을 이 사건 병원의 사업용 자산 매입비용 및 운영비에 사용하였으므로 이 사건 필요경비 불산입액이 모두 필요경비에 산입되어야 한다는 것이었다.

라. 피고는 2022. 7. 26. 이 사건 필요경비 불산입액은 초과인출금에 상당한 부채의 지급이자에 해당되고, 이는 ‘가사관련경비로서 필요경비 불산입 대상에 해당한다’는 이유로, 원고에게 이 사건 경정청구를 모두 받아들이지 않는다고 통지(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 함)하였다.

마. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2022. 10. 14. 조세심판원에 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 20. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제3호증, 갑 제12호증, 갑 제23호증, 을 제4호증 내지 을제18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 원고 주장의 요지

이 사건 경정거부처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 이 사건 조항은 이 사건 모법 조항의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효이고, 무효인 이 사건 조항에 근거하여 이루어진 이 사건 경정거부처분 역시 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 함).

나. 소득세법 제33조 제1항 제6호 및 소득세법 시행령 제62조 제1항에 따라, 사업용자산의 감가상각액의 필요경비 계상에는 일정한 한도가 있다. 그럼에도 불구하고 초과 인출금 산정의 전제가 되는 사업용 자산의 합계액을 장부가액을 기준으로 계산하면, 실제로 사업용으로만 인출한 부채를 초과인출금으로 취급하는 결과가 된다. 그뿐만 아니라 가사관련경비와 전혀 관련이 없는, 사업용자산의 감가상각비에 관한 필요경비 계상 여부와 그 방법에 따라 초과인출금액이 달라지는데, 이는 이 사건 모법 조항의 문언을 넘어서는 것으로서 조세법률주의원칙에도 반한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 병원의 사업용 자산 가액을 취득가액이 아닌 장부가액에 따라 산정함을 전제로 이 사건 경정거부처분을 하였고, 이는 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 함).

다. 국세청 실무상 차입금이 사업용으로 사용된 것이 확인되는 경우 그 지급이자를필요경비에 산입하고 있다. 원고는 이 사건 신고·납부 시부터 지급이자 관련 자료를 제출하였고, 그것이 이 사건 병원 운영과 관련된 것이라는 점 역시 명백하다. 이러한 사정들에도 불구하고 개인사업자가 사업을 위한 부채와 가사 관련 부채를 구분 없이 관리·사용할 가능성이 있다는 막연한 이유만으로 피고가 아무런 조사나 증명 없이 이 사건 필요경비 불산입액이 사업 관련성이 없다고 본 것은 국세청 실무 및 입증책임의 법리에도 반한다(이하 ‘제3주장’이라 함).

4. 판단

가. 제1주장에 관한 판단(대법원 2025. 1. 9. 선고 2022두32382 판결 참조)

법규명령이 법률의 위임범위를 벗어났는지는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 내용 뿐만 아니라 법률의 전반적인 체계와 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임범위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 법규명령의 내용과 비교해서 판단하여야 한다. 법규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지 않는다(대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결 등 참조). 어느 시행령 규정이 모법에 저촉되는지가 명백하지 않은 경우에는 모법과 시행령의 다른 규정들과 그 입법 취지, 연혁 등을 종합적으로 살펴 모법에 합치된다는 해석도 가능한 경우라면 그 규정을 모법 위반으로 무효라고 선언해서는 안 된다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2011두6264 판결, 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두55933 판결 등 참조).

이 사건 모법 조항 및 이 사건 조항의 체계와 내용을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 조항이 가사관련경비와 관련하여 이 사건 모법 조항의 위임범위를 벗어났다고 할 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 이 사건 모법 조항이 대통령령으로 정할 것을 위임한 가사관련경비의 범위에는‘가사와 관련하여 지출한 것으로 추정되는 경비’도 포함된다고 봄이 타당하다.

(가) 소득세법 제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정하고 있다. 이는 필요경비에 산입할 금액은 총수입금액과 같은 기간에 확정된 비용 중 총수입금액에 대응하는 비용으로 한다는 이른바 기간손익 계산의 원칙 및 수익비용대응의 원칙을 아울러 규정한 것으로 해석된다(대법원 2012.5. 24. 선고 2011두33020 판결 등 참조). 이 사건 모법 조항이 가사관련경비를 필요경비에 산입하지 않도록 규정한 것은 가사관련경비가 사업과 무관한 경비로서 총수입금액에 대응하는 비용에 해당하지 않기 때문이다.

(나) 이 사건 모법 조항은 단순히 ‘대통령령으로 정하는 가사의 경비’라고 규정하지않고 ‘대통령령으로 정하는 가사의 경비와 이에 관련되는 경비’라고 규정하고 있다. 이러한 문언 내용에 비추어 보면, 가사관련경비는 반드시 가사에 지출된 것임이 증명된 경비에 한정하지 않고 총수입금액에 대응하는 비용에 해당함이 증명되지 않아 사업과 무관한 경비인 것으로 추정되는 경비도 포함하는 것으로 볼 수 있다.

(다) 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 필요경비를 발생시키는 사실관계의대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있으므로 과세관청이 증명하기 어려운 점, 개인사업자의 경우 통상 ‘사업주체’로서 사업에 관하여 지출한 경비와 ‘가계주체’로서 가사와 관련하여 지출한 경비가 혼재되어 구분하기 어려운 경우가 많은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 모법 조항을 위와 같이 해석하는 것은 입법자가 의도한 조세정책적 입법 취지와 목적에 부합한다.

(2) 이 사건 조항은 필요경비 해당 여부에 관한 증명의 난이, 당사자의 형평 등을 고려하여 ‘초과인출금에 상당하는 부채의 지급이자’를 가사와 관련하여 지출한 것으로 추정하여 필요경비에 산입하지 않는다는 의미로 이해될 수 있고, 그와 같이 보는 이상 이 사건 모법 조항의 위임범위에 포함된다고 볼 수 있다.

(가) 초과인출금은 반드시 거주자가 사업상 차입금을 가사에 유용하는 때에만 발생하는 것이 아니다. 차입금을 인건비·접대비 등 사업 관련 소비성 비용으로 지출한 경우나 결손으로 인해 부채가 증가한 경우 또는 감가상각 대상 자산을 차입금으로 취득한 경우 등과 같이 초과인출금이 사업과 관련하여 지출된 경우에도 발생할 수 있다.

(나) 그런데도 이 사건 조항에서 초과인출금의 발생원인을 따지지 않고 ‘초과인출금에 상당하는 부채의 지급이자’를 모두 가사관련경비로 정하여 필요경비에 산입하지 않도록 한 것은, 사업용 자산의 합계액이 부채의 합계액에 미달하는 경우 그 초과인출금에 상당하는 부채는 적어도 사업용 자산의 취득에 대응하여 지출된 것이 아닐 개연성이 높다는 점을 고려한 것으로 보인다.

(다) 그렇다면 ‘초과인출금에 상당하는 부채의 지급이자’는 그 자체로는 가사와 관련하여 지출된 것임이 명확히 확인되지 않더라도, 앞서 본 하위규범의 모법합치적 법률해석의 원칙에 따라 이를 가사관련경비로 추정하여 필요경비에 산입하지 않도록 한것으로 충분히 해석될 수 있고, 그러한 해석이 문언해석의 허용 범위를 벗어난 것이라고 단정할 수 없다.

(라) 이와 같이 이 사건 조항을 추정규정으로 해석하는 이상, 초과인출금이 발생하였더라도 납세의무자가 초과인출금의 사업관련성을 증명함으로써 그 초과인출금에 상당하는 부채의 지급이자를 필요경비에 산입할 수 있다고 볼 수 있고, 이는 이 사건 모법 조항 및 이 사건 조항의 입법 목적이나 취지에 부합한다.

결국 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.

나. 제2주장에 관한 판단

소득세법 제70조 제4항 제3호는 개인사업자가 사업소득금액을 장부기장하는 경우기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류 등을 첨부하여 종합소득세를 신고하도록 규정하고 있다. 여기서 재무상태표상의 자산이란 회계연도 중 발생한 변동사항을 반영한 후 일정 시점 현재의 자산상태를 의미하는 것이므로, 이 사건 조항의 초과인출금 산정 기준이 되는 ‘사업용 자산의 합계액’에서의 자산도 매 회계연도의 장부가액을 의미한다고 해석하는 것이 타당하고, 감가상각 대상 자산이라 하여 달리 볼 만한 근거는 없다.

사업용 (유형·무형)자산의 감가상각비는 필요경비로 규정되어 있다(소득세법 시행령제55조 제1항 제14호). 개인사업자가 사업소득을 계산하면서 자신의 사업용 자산의 감가상각비를 장부에 계상하여 필요경비로 인정받는 경우, 개인사업자로서는 이를 통해 사업용 자산의 취득가액과 장부가액 사이의 차액 중 감가상각비를 이미 필요경비에 산입(그 상각범위액의 한도에서)한 것이다. 이러한 상황에서, 필요경비에 불산입되는 초과인출금의 산정기준이 되는 ‘사업용자산의 합계액’을 사업용 자산의 취득가액으로 보게 되면, 필요경비에 이미 산입된 감가상각비만큼 초과인출금이 과소 계산되고, 이에 따라 필요경비에 불산입되는 초과인출금의 지급이자도 축소되는 불합리한 결과가 발생한다.

따라서 초과인출금의 산정기준이 되는 ‘사업용 자산의 합계액’은 장부가액으로 계산하는 것이 타당하다. 원고의 제2주장 역시 받아들이기 어렵다.

다. 제3주장에 관한 판단

(1) 추가로 인정되는 사실

(가) 원고가 체결한 금전소비대차계약 또는 리스계약 내역은 아래와 같다(아래 표순번 1~10 기재 각 차입금을 이하에서 ‘제1~10차입금’이라 함).

(나) 아래와 같이 원고가 제1~10차입금을 사용한 내역들이 확인된다.

① 원고는 2014. 8. 29. 주식회사 FF기획(이하 ‘FF기획’이라고만 함)과 이사건 병원 운영을 위한 컨설팅계약(이하 ‘이 사건 컨설팅계약’이라 함)을 체결하였다. 원고는 2014. 10. 15. 제2차입금 원금 300,000,000원 전액을 이 사건 컨설팅계약에 따른 계약금 명목으로 지급하고, 이를 자산 항목인 기타보증금 계정과목에 기장하였다.

원고는 제5차입금 원금 200,000,000원 전액을 이 사건 컨설팅계약에 따른 수수료 명목으로 지급하였다.

② 원고는 제3차입금 원금 2,060,070,000원 전액을 2014. 9. 22. 및 2014. 10. 31. 자기공명영상(MRI) 촬영 장치 등 이 사건 병원의 의료기기 구매대금으로 지급하였다. 원고는 이를 자산 항목인 의료기구 계정과목에 각 기장하였다.

③ 원고는 제4차입금 원금 365,005,000원 전액을 2014. 9. 22. 및 2014. 9. 23. 이 사건 병원의 각종 의료기구와 컴퓨터 등 구매대금으로 지급하였다. 원고는 이를 자산 항목인 비품 등 계정과목에 각 기장하였다.

④ 원고는 제6차입금 원금 149,500,000원 전액을 씨암 엑스레이 촬영 장비(C-armX-ray System) 등 이 사건 병원의 의료기기 구매대금으로 지급하였다. 원고는 이를 자산 항목인 의료기구 계정과목에 각 기장하였다. 원고는 이를 자산 항목인 의료기구 계정과목에 각 기장하였다.

⑤ 제7차입금과 관련하여, 원고는 2015. 6. 11. GG캐피탈 주식회사와 할부금융계약을 체결하였고, 위 계약에 따른 판매자이자 연대보증인인 주식회사 ○○메디칼로부터 2015년에 매월 아래와 같이 의료소모품을 구입하였다. 원고는 이를 부채 항목인 외상매입금 계정에 각 기장하였다.

(다) 원고가 이 사건 신고·납부 당시 각 제출한 지급이자조정명세서(갑제12호증, 이하에서 통틀어서 ‘이 사건 각 지급이자조정명세서’라고 함)에 따르면, 이 사건 필요경비불산입액은 아래와 같이 산정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제5호증 내지 갑제18호증, 갑제22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(2) 구체적 판단

앞서 본 바와 같이, 이 사건 조항을 모법합치적 법률해석의 원칙에 따라 해석하면,초과인출금에 상당하는 부채의 지급이자, 즉 이 사건 필요경비 불산입액은 일단 가사관련경비로 추정되어 필요경비에 산입되지 않는다. 그러나 납세의무자(원고)가 초과인출금, 즉 사업용 자산의 합계액을 초과하는 부채의 합계액이 사업과 관련됨을 증명하면, 그에 상당하는 부채의 지급이자는 필요경비에 산입된다.

그런데 위와 같이 사업 관련성을 증명할 대상이 되는 부채 중 차입금을 제외한 나머지는 애초에 필요경비 산입 여부가 문제되는 지급이자와 관련이 없다. 더욱이 소득세법 시행규칙 제27조 제2항에 따라 이 사건 조항이 정한 필요경비 불산입액을 산정함에 있어 초과인출금의 적수가 차입금의 적수를 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다. 즉, 초과인출금이 차입금보다 큰 경우에는 차입금을 한도로 필요경비 불산입액이 산정되므로, 이 경우 차입금 이외의 부채는 더더욱 문제될 여지가 없다. 이러한 점들에 비추어, 이 사건 조항에 의하여 가사관련경비로 추정된 지급이자에 관하여 납세의무자가 이를 필요경비로 산입하기 위해서는 해당 과세기간의 부채 중 개별차입금이 사업과 관련됨을 증명하면 된다고 봄이 타당하다.

이를 전제로 살피건대, 앞서 인정한 사실들 및 앞서 든 증거들의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 필요경비 불산입액 중 일부는 이 사건 모법 조항에 따라 필요경비에 산입되지 않는 ‘가사의 경비와 이에 관련되는 경비’에 해당하지 않는 것으로서, 필요경비에 산입되었어야 한다고 판단된다. 이 사건 경정거부처분은 이와 전제를 달리 하여 이루어진 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다. 원고의 제3주장은 이유 있다.

(가) 앞서 본 것처럼, 제1~10차입금 중 제2~7차입금은 원고의 사업, 즉 이 사건 병원의 개설 및 운영과 관련하여 발생하였고, 실제로 그 원금 전부가 이를 위하여 지출되었다(다만 갑제19호증 내지 갑제21호증의 각 기재를 비롯하여 원고가 제출한 증거들만으로는 제1차입금 및 제8~10차입금의 사업 관련성이 입증되었다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다).

(나) 앞서 본 표1~4에 비추어, 위와 같이 사업 관련성이 인정되는 차입금 중 일부에 해당하는 지급이자가 이 사건 필요경비 불산입액 산정에서 포함된 것으로 판단된다. 예컨대 제3차입금은 표1의 순번 7, 표2의 순번 6, 표3의 순번 3, 표4의 순번 1에 각 해당하는 것으로 보인다. 또한 제6차입금은 표1의 순번 5, 표2의 순번 5, 표3의 순번 2에 각 해당하는 것으로 보인다.

(다) 이 사건 필요경비 불산입액 중 2016년 부분(표1)과 관련하여 본다. 이 사건 각 지급이자조정명세서에 의하면, 2016년의 초과인출금 적수(1,407,151,839,398원)는 차입금의 적수(1,694,414,356,232원)보다 적었다. 이 경우 이 사건 조항이 정한 산식에 따르면, 필요경비에 산입하지 않는 것으로 추정되는 금액은 153,512,468원[=지급이자(184,851,217원)×당해 과세기간 중 초과인출금의 적수(1,407,151,839,398원)/당해 과세기간 중 차입금의 적수(1,694,414,356,232원)]이 된다. 그럼에도 불구하고, 이 사건 신고·납부에서는 해당 과세기간의 차입금을 이자율이 높은 것부터 나열하여 각 차입금의 적수 합계가 초과인출금의 적수를 초과하기 전까지 각 차입금에 해당하는 지급이자 전액을 필요경비 불산입 대상 금액에 산입하고, 마지막으로 남은 차입금에 대해서만 그 차입금에 대한 지급이자에 남은 초과인출금의 적수를 곱한 다음 이를 해당 차입금의 적수로 나누는 방법으로 필요경비 불산입 대상 금액(165,464,921원)이 산정되었다(갑제12호증 2쪽). 이러한 산정 방식은 소득세법 시행령 제78조의2 제2항에 터 잡은 것으로 보인다. 그러나 위 규정은 그 문언대로 소득세법 시행령 제78조의2 제1항 각호의 규정을 적용함에 있어 서로 다른 이자율이 적용되는 이자가 함께 있는 경우 필요경비에서 제외하는 순서에 관한 것이다. 위 규정이 이 사건 조항에 따라 필요경비 불산입액을 계산함에 있어 그 이자율에 따라 차등을 둘 근거가 될 수는 없다고 판단된다. 그 결과 2016년의 필요경비 불산입 대상 금액은 위와 같이 이 사건 조항이 정한 것보다 많은 금액으로 산정되었고, 이러한 점에서도 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단된다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여, 주문과 같이 판결한다.