서울고등법원-2025-누-7865 (2026.08.27)

사 건

2025누7865 종합소득세경정거부처분취소

원 고

ㅇㅇㅇ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026. 7. 9.

판 결 선 고

2026. 8. 27.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2023. 5. 3. 원고에게 한 별지 1 기재 각 종합소득세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 및 AA의 주주 변동

1) AA 주식회사(변경 전 상호: AA 주식회사, 이하 ‘AA’라 한다)는 각종 공업용 가스의 제조ㆍ판매 등을 영위하는 회사이고, 원고는 2008. 6. 12.부터 2020. 2. 6.까지는 AA의 이사로, 2014. 6. 27.부터 2020. 2. 6.까지는 AA의 공동대표이사로 재직하였다.

2) 주식회사 BB홀딩스(이하 ‘BB’라 한다)는 사모펀드인 MM 파트너스가 설립한 회사로서 2017. 3. 24. AA의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 1주당 250,985원에 인수하여 1인 주주가 되었다.

3) CC 주식회사(이하 ‘CC’라 한다)는 사모펀드인 QQ자산운용이 설립한 회사로서 2020. 2. 6. AA의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 1주당 460,824원에 인수하여 1인 주주가 되었다.

나. 원고의 제1차 주식매수선택권 행사 및 주식 양도

1) AA는 2014. 10. 22. 주주총회를 개최하여 원고에게 ① 1주당 91,413원에 AA의 주식 127,681주를 인수할 수 있는 권리와 ② 1주당 114,266원에 AA의 주식

92,944주를 인수할 수 있는 권리를 부여하였다[이하 위 220,625주(= 127,681주 + 92,944주)를 인수할 수 있는 주식매수선택권을 통틀어 ‘제1차 주식매수선택권’이라 하고, 이를 위해 작성된 계약서를 ‘제1차 계약서’라 한다].

2) 앞서 본 것처럼 BB는 2017. 3. 24. AA의 발행주식 전부를 인수하였는데, 원고는 같은 날 제1차 주식매수선택권을 전부 행사한 다음, BB에 제1차 주식매수선택권의 행사로 얻은 주식 220,625주 전부를 1주당 250,985원(이하 ‘제1차 매매사례가액’이라 한다)에 양도하였다.

3) 원고는 제1차 매매사례가액이 제1차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당한다고 보아, 행사가액(127,681주에 대하여는 1주당 91,413원, 92,944주에 대하여는 1주당 114,266원)을 공제한 차액인 33,081,521,210원[= (220,625주 × 1주당 250,985원) - (127,681주 × 1주당 91,413원 + 92,944주 × 1주당 114,266원), 계산상 차이는 반올림 오차 때문으로 보임]을 2017년의 근로소득으로 하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고의 제2차 주식매수선택권 행사 및 주식 양도

1) AA는 2017. 8. 17. 주주총회를 개최하여 원고에게 1주당 251,167원에 AA의 주식 250,061주를 인수할 수 있는 권리를 부여하였다(이하 ‘제2차 주식매수선택권’이라 하고, 이를 위해 작성된 계약서를 ‘제2차 계약서’라 한다).

2) 앞서 본 것처럼 CC는 2020. 2. 6. AA의 발행주식 전부를 인수하였는데, 원고는 같은 날 제2차 주식매수선택권을 전부 행사한 다음, CC에 제2차 주식매수선택권의 행사로 얻은 주식 250,061주 전부를 1주당 460,824원(이하 ‘제2차 매매사례가액’이라 한다)에 양도하였다.

3) 원고는 제2차 매매사례가액이 제2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당한다고 보아, 행사가액(1주당 251,167원)을 공제한 차액인 52,427,148,494원[= (250,061주 × 1주당 460,824원) – (250,061주 × 1주당 251,167원), 계산상 차이는 반올림 오차 때문으로 보임]을 2020년의 근로소득으로 하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

라. 이 사건 처분

원고는 2021. 10. 22. 피고에게 ‘제1, 2차 매매사례가액에는 경영권 프리미엄이 포함되어 있으므로 제1, 2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 제1, 2차 매매사례가액에서 상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 한다) 제63조 제3항에서 정한 최대주주 할증률을 역으로 적용하여 할인한 가액이 시가에 해당한다고 보아야 한다. 위 가액을 시가로 볼 수 없다면 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당하므로 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 가액에 의하여야 한다’고 주장하면서 별지 1 기재와 같이 2017년, 2020년 귀속 각 종합소득세 합계 13,128,312,041원(= 2017년 5,061,878,368원 + 2020년 8,066,433,673원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고가 2023. 5. 3. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 6. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 5. 9. ‘제1차 매매사례가액은 원고 이외의 거래사례(이○○, 신○○)가 존재하고, 제1, 2차 매매사례가액 모두 AA 주식의 객관적인 교환가치를 반영한 시가로 인정된다’는 이유로 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5 내지 9, 25, 28호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고

주식매수선택권 행사로 인한 이익은 주식매수선택권 행사 당시 주식의 시가와 행사가격의 차액으로 산정되는데, 제1, 2차 매매사례가액은 경영권 프리미엄이 포함되어 있으므로 소수주주인 원고가 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 시가에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 제1, 2차 매매사례가액 중 경영권 프리미엄을 제외한 부분에 대해서는 근로소득세가, 경영권 프리미엄 부분에 대해서는 양도소득세가 부과되어야 함에도 피고가 제1, 2차 매매사례가액을 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 시가로 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

2) 피고

제1, 2차 매매사례가액에는 경영권 프리미엄이 포함되어 있지 않으므로 그 가액을 원고가 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 시가로 볼 수 있다. 설령 제1, 2차 매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있다고 하더라도, AA의 경영권 변동거래시 원고가 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 지배주주와 동일한 금액으로 매도할 수 있는 권리를 보유하고 있었으므로, 제1, 2차 매매거래가액은 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 시가에 해당한다. 따라서 이 사건 처분은 정당하고, 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도에 따른 양도차익이 발생하지 않았으므로 양도소득세를 부과할 수도 없다.

나. 쟁점의 정리

이 사건의 쟁점은 제1, 2차 매매사례가액이 원고가 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 시가로 볼 수 있는지 여부, 제1, 2차 주식매수선택권과 같이 주식매수선택권을 행사하기 전에 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 지배주주와 동일한 금액으로 매도하기로 하는 합의가 있었고, 실제 위 합의에 따라 주식매수선택권 행사 당일 양도한 경우에도 주식매수선택권 행사이익에 부과되는 근로소득세 외에 양도소득세가 부과될 수 있는지 여부이다.

다. 주식매수선택권 행사와 관련된 과세 체계

1) 주식매수선택권은 회사가 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회 특별결의로 회사의 설립･경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(이하 '임직원'이라 한다)에게 미리 정한 가액, 즉 행사가액으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리를 말한다(상법 제340조의2 제1항). 이러한 주식매수선택권 제도는 회사의 설립ㆍ경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 임직원에게 장차 주식매수로 인한 이득을 유인동기로 삼아 직무에 충실하도록 유도하기 위한 일종의 성과보상제도로(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016다237714 판결 등 참조), 주식 매매의 예약 내지 이와 유사한 법률관계에서 발생한 예약완결권(형성권)이다.

2) 한편 주식매수선택권은 그 행사 여부가 전적으로 이를 부여받은 임직원의 선택에 맡겨져 있어 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다고 볼 수 없고, 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득할 때에 비로소 해당 주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 내지 현실화된다(대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35079 판결 등 참조).

3) 소득세법은 법인의 임직원이 해당 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익을 근로소득에 포함되는 것으로 규정하면서, 그 이익을 ‘주식매수선택권의 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액’으로 규정한다(소득세법 제20조 제1항, 제3항, 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호). 한편 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 처분하는 경우 양도자와 양수자 사이에 실제로 거래가 이루어진 실지거래가액을 양도가액으로 하고, 주식매수선택권 행사 당시의 시가를 취득가액으로 하여 산정된 양도차액에 대하여 양도소득세가 과세된다(소득세법 제96조 제1항, 제97조 제1항 제1호). 위와 같이 소득세법은 주식매수선택권 행사 당시의 주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액을 주식매수선택권의 행사이익으로 보아 근로소득세를 과세하고, 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 처분하는 경우 실지거래가액과 주식매수선택권 행사 당시의 시가(취득가액)의 차액을 양도차익으로 보아 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 보유하는 과정에서 발생한 가치 상승분에 대하여 양도소득세를 과세하고 있다.

라. 주식매수선택권 행사 당시 주식의 시가와 경영권 프리미엄

1) 앞서 본 바와 같이 소득세법 제20조 제3항, 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호는 ‘주식매수선택권의 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액’을 근로소득으로 얻은 이익으로 규정한다. 또한 근로소득금액의 산정에 관하여 소득세법 제24조 제2항은 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산하도록 되어 있으며, 소득세법 시행령 제51조 제5항 제5호, 소득세법 시행규칙 제22조의2는 비상장주식의 수입금액 계산에 있어서는 법인세법 시행령 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 위와 같은 규정을 종합하여 보면 비상장주식의 시가를 산정하는 방법은 비상장주식의 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행령 제89조가 준용됨에 따라 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우’에는 그 가격을 시가로 보게 되고, 그러한 방법으로도 시가를 구하기 어려운 경우 상증세법을 재차 준용하여 이른바 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하게 된다 할 것이다.

2) 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 그와 같은 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 양도일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 하고, 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 한다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 등 참조).

그런데 회사의 발행주식을 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우에 거래가격은 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없으므로 (대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두335 판결 참조), 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우 그 실지거래가액을 주식만을 양도하는 경우의 시가로 일반화할 수는 없다. 그러나 경영권을 수반하지 않는 소수주주라고 하더라도 주식매수선택권 부여 당시부터 지배주주의 지분과 함께 처분되는 것을 예정하고 있었고, 지배주주의 매도가격으로 매각할 수 있는 권리를 보유하고 있는 경우에는 단지 소수지분이라는 사정만으로 지배주주의 매도가격에서 경영권 프리미엄에 상당하는 부분을 제외한 금액만이 소수주주가 보유하는 주식의 시가에 해당한다고 볼 수 없다. 왜냐하면 주식매수선택권 행사이익 산정의 기초가 되는 시가는 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 자체의 객관적 교환가치를 의미하므로, 실제 양도가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있는지 여부보다는 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 객관적 교환가치를 형성하는 권리의 내용 내지 거래조건에 좌우된다고 할 수 있기 때문이다.

마. 제1, 2차 매매사례가액이 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당하는지 여부

1) 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제12, 14, 16 내지 19, 23, 24, 26, 27, 29호증, 을 제5호증의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 원고의 부 김○○가 실질적으로 지배하고 있는 주식회사 DD지주(이하 ‘DD’라 한다)는 AA의 발행주식 100%를 소유하고 있었는데, DD는 2014. 5. 20. GG 컨소시엄(이하 ’GG‘라 한다)과 사이에 AA 발행주식의 60%를 매각하는 매매계약을 체결하였고, 같은 날 DD, GG, AA는 투자자 간 계약을 체결하였다. 위 투자자 간 계약에는 ’GG가 투자금 회수를 위하여 제3자에게 AA 주식의 매각을 시도하는 경우, DD에 우선매수권을 보장하고(제6.2.조), DD가 우선매수권을 행사하지 아니한 경우 DD, 주식매수선택권을 부여받은 임원에게 동반매도참여권(tag-along right)을 부여하며(제6.4.조), GG에는 동반매도참여권(drag-along right)을 부여한다(제6.5.조)‘는 내용이 포함되어 있다. GG는 2014. 8. 29. AA 발행주식의 60%를 취득하여 지배주주가 되었고, AA는 2014. 10. 22. 주주총회를 개최하여 원고를 비롯한 12명의 임원에게 주식매수선택권을 부여하였는데, 제1차 계약서에 의하면 제1차 주식매수선택권을 부여받은 임원들은 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 경영권 변동거래 종결일까지 제3자에게 처분할 수 없고, AA가 지정하는 자에게 의결권을 위임하여야 한다(제13조).

나) 제1차 매매사례가액은 MM 파트너스의 2017. 2. 2. 자 제안에 따라 GG와 협상을 통해 정해졌는데, 2017. 2. 24. 기존 주주인 DD와 GG, 원고를 비롯한 주식매수선택권을 부여받은 임원들과 BB 사이에서 BB가 제1차 매매사례가액으로 AA의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 매수하는 계약을 체결하였다. 위 매매계약에 따라 원고를 비롯하여 제1차 주식매수선택권을 부여받은 임원들은 2017. 3. 24. 제1차 주식매수선택권을 행사하여 취득한 AA 주식을, DD, GG는 그 보유 주식을 BB에 제1차 매매사례가액으로 매도하였다.

다) 위와 같이 BB가 AA의 발행주식 100%를 인수한 이후인 2017. 8. 17. 주주총회를 개최하여 대표이사인 원고에게 제2차 주식매수선택권을 부여하였는데, 제2차 계약서에 의하면 원고가 회사에 재직하는 동안에는 이사회의 사전 동의 없이는 주식매수선택권을 행사할 수 없고(제11조 제1항), 경영권 변동거래 시 행사기간에 관계없이 주식매수선택권을 행사할 수 있으나 경영권 변동거래일로부터 12개월 후에는 주식매수선택권이 소멸하며(제7조), 경영권 변동에 따라 조기행사주식에 대해서는 현금정산금을 수령하는 방식으로 주식매수선택권을 행사하여야 하는데, 이 경우에 주당 매각가격이 주식의 시가보다 높은 경우에는 경영권 변동거래의 주당 매각가격을 주식의 시가로 간주된다(제11조 제2항).

라) 제2차 매매사례가액도 CC의 2019. 8. 9. 자 제안에 따라 BB와 협상을 통해 정해졌는데, 2019. 12. 16. 1인 주주인 BB, 제2차 주식매수선택권을 부여받은 원고와 CC 사이에서 CC가 제2차 매매사례가액으로 AA의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 매수하는 계약을 체결하였다. 위 매매계약에 따라 원고는 2020. 2. 6. 제2차 주식매수선택권을 행사하여 취득한 AA 주식을, BB는 그 보유 주식을 CC에 제2차 매매사례가액으로 매도하였다.

2) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제1, 2차 매매사례가액을 원고가 제1, 2차 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식의 시가로 보고, 제1, 2차 매매사례가액과 행사가액의 차액에 대해 근로소득세를 부과한 이 사건 처분은 정당하다.

가) 통상적 주식매수선택권은 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 행사요건을 갖춘 후 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득하면 경영권 변동거래와 관계없이 자유롭게 처분하거나 의결권 행사에 특별한 제한을 받지 않는다. 이에 반해 AA는 원고 가족이 경영하던 ○○그룹의 재무상 문제를 해결하기 위하여 DD가 보유하던 AA의 발행주식 60%를 GG에 양도한 이후, 회사를 인수하였다가 재매각하여 이익을 남기는 것을 목적으로 하는 사모펀드가 설립한 회사(BB, CC)에 지배권이 양도되었는데, 지배권이 양도된 이후에도 공업용 가스의 제조ㆍ판매에 경험과 노하우를 보유한 ○○그룹을 대표하여 원고가 AA 경영에 참여하였다.

나) 이러한 상황에서 원고에게 주식매수선택권을 부여하는 제1, 2차 계약이 체결됨에 따라 주식매수선택권 행사기간이 도래하기 전에 경영권 변동거래가 있는 경우 원고에게 동반매도참여권이 보장되었거나(제1차 계약) 지배주주의 매도가격과 주식매수선택권 행사가액과의 차액을 현금정산 받을 수 있는 권리가 부여(제2차 계약)된 반면, 원고는 AA에 재직하는 동안에는 이사회 동의 없이 주식매수선택권을 행사할 수 없거나(제2차 계약) 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 제3자에게 처분하지 못 하고 의결권 행사도 제한되었다(제1차 계약). 위와 같이 제1, 2차 주식매수선택권은 원고로 하여금 AA 대표이사로서 경영에 관여하게 대신 원고에게 지배주주의 투자금 회수 시 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식도 지배주주의 매도가격으로 매도할 수 있는 권리를 부여하고 있었다.

다) 또한 원고가 제1, 2차 주식매수선택권을 행사하기 전 주식매수선택권 보유자로서 AA의 경영권을 인수할 매수인 측(BB, CC)과 주식매수선택권 행사로 취득할 주식을 제1, 2차 매매사례가액으로 매도하기로 하는 매매계약을 체결함으로써, 제1, 2차 주식매수선택권을 행사하기 전에 주식매수선택권을 행사하여 취득할 주식의 가치가 제1, 2차 매매사례가액으로 확정되어 있었다. 원고는 위 각 매매계약에 따라 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득함과 동시에 해당 주식을 위 매수인들에게 양도하였다.

라) 제1, 2차 매매사례가액은 AA의 재배주주, 주식매수선택권을 보유한 원고를 비롯한 임원들이 매수인 측과 협의하여 결정한 가격이고, MM 파트너스, QQ자산운용의 거래제안 및 매각제안서를 살펴보아도 위 각 금액은 AA의 재무상태, 성장가능성, 향후 예상 이익배당금 등 여러 요소를 종합적으로 고려하여 산정되었음을 알 수 있다. 또한 제1, 2차 매매사례가액은 매도인이 지배주주인지, 소수주주인지 여부를 가리지 않고 모두 동일한 금액으로 AA의 발행주식 전부가 양도되었는바, 이는 사모펀드의 투자금 회수과정에서 거래의 안정성과 효율성을 높이기 위해 AA 발행주식 전부를 함께 처분하도록 설계된 매각구조로 인한 것이므로, 이를 두고 원고에게 특유한 개인적 사정이라고 보기 어렵다.

마) 위에서 본 바와 같이 원고는 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도와 관계없이 동반매도참여권과 현금정산 조항, 주식매수선택권 행사 전 체결된 각 주식 매매계약에 의하여 제1, 2차 매매사례가액과 행사가액의 차액에 해당하는 경제적 이익을 취득할 수 있는 법률적 지위를 갖고 있었고, 제1, 2차 매매사례가액도 AA의 상각전 영업이익 등 기업가치 평가요소를 종합적으로 고려하여 경영권 변동거래의 당사자가 결정한 가액으로서 그 가액산정이 부당하다거나 AA의 기업가치를 제대로 반영하지 못하였다고 볼 만한 사정도 엿보이지 않는다.

주식의 시가는 해당 주식의 객관적 교환가치를 의미하므로 이를 산정함에 있어서는 해당 주식이 가진 권리의 내용, 거래조건에 의하여 결정된다고 할 수 있다. 회사의 경영권을 수반하는 지배주주의 양도가격을 경영권과 관련 없는 소수주주가 주식만을 양도한 경우의 시가로 볼 수 없다는 대법원 판결도 이러한 취지를 반영한 것으로 보인다.

그런데 원고는 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 AA의 경영권 변동거래 시에 지배주주의 매도가격으로 매도할 수 있는 권리를 보유하고 있었으므로, 제1, 2차 매매사례가액은 원고가 지배주주인지 여부, 제1, 2차 매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있는지 여부에 상관없이 원고가 제1, 2 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 객관적 교환가치를 반영하는 시가라고 볼 수 있고, 주식매수선택권을 행사함으로써 제1, 2차 매매사례가액과 동일한 가격으로 매도할 수 있는 경제적 이익을 실현하였다고 할 수 있다.

바) 한편 소득세법 시행규칙 제22조의2는 법인세법 시행령 제89조를 ‘준용’한다고 규정하고 있으므로, 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호의 ‘시가’를 산정함에 있어 위 법인세법 시행령의 기준이 적용될 수 있다. 그러나 앞서 본 소득세법 및 그 시행령 조항 등은 근로소득에 해당하는 주식매수선택권의 행사이익을 산정하기 위한 규정인 반면, 법인세법 시행령 제89조는 이른바 ‘부당행위계산의 부인’에 관련된 규정으로, 법인과 특수관계인 사이의 거래는 당사자들의 밀접한 관계로 말미암아 그 거래가액이 통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액보다 지나치게 고평가되거나 저평가될 우려가 있어 그와 같은 거래가액을 인정하지 않겠다는 취지로 도입된 것이다. 위와 같이 양 규정의 목적이 상이한 점과 관련 법리를 종합하여 보면, 비상장주식의 거래가격에 관한 실례가 존재하고 그 거래가액이 객관적으로 보아 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 그 가격은 주식매수선택권의 행사이익을 산정할 수 있는 시가에 해당한다고 봄이 타당하다.

그런데 앞서 본 바와 같이 제1, 2차 매매사례가액을 원고가 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식의 시가로 볼 수 있는 이상 이러한 경우까지 구체적인 취지가 다른 법인세법 규정에 따라 거래 당시의 가액을 새로 산정하여야 한다고 할 수 없다.

바. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도에 양도소득세가 부과되어야 하는지 여부

1) 위에서 본 바와 같이 제1, 2차 주식매수선택권은 그 행사로 취득한 주식의 양도와 관계없이 주식매수선택권 행사만으로 제1, 2차 매매사례가액 상당의 경제적 이익을 취득할 수 있는 권리이고, 원고가 AA에 근무하는 동안 제1, 2차 주식매수선택권을 행사함으로써 제1, 2차 매매사례가액과 행사가액의 차액 상당이 실현되었으므로, 그 행사이익에 대해서는 근로소득세가 과세되어야 한다.

2) 원고는 제1, 2차 매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있으므로, 경영권 프리미엄에 해당하는 이익은 근로소득세를 산정할 때 반영할 수 없고, 그 부분 이익에 대해서는 양도소득세가 부과되어야 한다고 주장한다.

그러나 원고가 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 제1, 2차 매매사례가액에 매도할 수 있는 법률상 지위에 있었던 이상, 제1, 2차 매매사례가액에 경영권 프리미엄이 포함되어 있는지 여부를 별도로 따질 필요가 없음은 앞서 본 바와 같다.

나아가 양도소득세는 본질적으로 자산의 유상양도로 인하여 생기는 소득에 대하여 부과하는 세금이므로, 비록 자산의 양도가 이루어졌다고 하더라도 소득이 없는 경우에는 양도소득세를 부과할 수 없음은 실질과세의 원칙상 당연하다(대법원 1983. 12. 13. 선고 83누307 판결 등 참조). 그런데 소득세법상 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 처분한 경우 양도차익은 실지거래가액과 주식매수선택권 행사 당시의 시가(취득가액)의 차액으로 산정되는데, 원고는 제1, 2차 주식매수선택권을 행사한 당일 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 미리 체결된 매매계약에 따라 제1, 2차 매매사례가액에 양도하였다. 따라서 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도차익은 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 실지거래가액과 주식매수선택권 행사 당시의 시가가 제1, 2차 매매사례가액으로 동일하므로, 양도차익이 존재하지 않는다.

위와 같이 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도와 관련하여 ‘주식매수선택권 행사에 따른 이익’과 구별되는 ‘양도 자체에 따른 소득’이 발생하지 않았으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.